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Gesundheitsdaten mit der Google Cloud CLI speichern

Auf dieser Seite erfahren Sie, wie Sie mit der Cloud Healthcare API und der Google Cloud CLI die folgenden Aufgaben ausführen:

ein Cloud Healthcare API-Dataset erstellen
Erstellen Sie einen der folgenden Datenspeicher im Dataset:

DICOM-Speicher (Digital Imaging and Communications in Medicine)
FHIR-Speicher (Fast Healthcare Interoperability Resources)
Health Level Seven International Version 2-Speicher (HL7v2)

DICOM-, FHIR- und HL7v2-Daten speichern und DICOM-Metadaten aufrufen.

Wenn Sie nur mit einer Art von Datenspeicher arbeiten möchten, können Sie diesen Schritt überspringen. direkt zu diesem Abschnitt der Kurzanleitung wechseln, nachdem Sie die Schritte in Vorbereitung und Dataset erstellen

Hinweise

Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.

Install the Google Cloud CLI.

To initialize the gcloud CLI, run the following command:

gcloud init

Create or select a Google Cloud project.

Create a Google Cloud project:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.
Select the Google Cloud project that you created:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.

Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

Enable the Cloud Healthcare API:

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="USER_IDENTIFIER" --role=ROLE

Replace PROJECT_ID with your project ID.
Replace USER_IDENTIFIER with the identifier for your user account. For example, user:myemail@example.com.
Replace ROLE with each individual role.

Install the Google Cloud CLI.

To initialize the gcloud CLI, run the following command:

gcloud init

Create or select a Google Cloud project.

Create a Google Cloud project:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.
Select the Google Cloud project that you created:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.

Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

Enable the Cloud Healthcare API:

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="USER_IDENTIFIER" --role=ROLE

Replace PROJECT_ID with your project ID.
Replace USER_IDENTIFIER with the identifier for your user account. For example, user:myemail@example.com.
Replace ROLE with each individual role.

Dataset erstellen

Datasets enthalten Datenspeicher und Datenspeicher enthalten medizinische Daten. Um die Cloud Healthcare API verwenden zu können, müssen Sie mindestens ein Dataset erstellen.

Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie ein Dataset mit dem Namen my-dataset in der Region us-central1 erstellt wird. Sie verwenden das Dataset in dieser Kurzanleitung, DICOM-, FHIR- und HL7v2-Speicher erstellen.

gcloud

Erstellen Sie ein Dataset mithilfe der gcloud healthcare datasets create .

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:

Antwort

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

Wählen Sie einen der folgenden Abschnitte aus, um diese Kurzanleitung abzuschließen:

DICOM-Instanz speichern und ansehen
FHIR-Ressourcen speichern
HL7v2-Nachricht speichern

DICOM-Instanz speichern und ansehen

In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:

DICOM-Speicher erstellen
Importieren Sie eine DICOM-Instanz aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den DICOM-Speicher.
Metadaten der DICOM-Instanz aufrufen

Die Cloud Healthcare API implementiert die DICOMweb für die Speicherung und den Zugriff auf medizinische Bildgebungsdaten.

DICOM-Speicher erstellen

DICOM-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten DICOM-Instanzen. Die folgenden Beispiel zeigt, wie Sie einen DICOM-Speicher mit dem Namen my-dicom-store erstellen.

gcloud

Erstellen Einen DICOM-Speicher mit dem Befehl gcloud healthcare dicom-stores create

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:

Antwort

Created dicomStore [my-dicom-store].

DICOM-Instanz importieren

Beispiele für DICOM-Daten finden Sie im Cloud Storage-Bucket gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

gcloud

Importieren Sie die gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm-Instanz mit dem Befehl gcloud healthcare dicom-stores import.

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

In dieser Ausgabe gilt:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-dicom-store: die Werte, die Sie beim Ausführen des Befehls angegeben haben
OPERATION_ID: eine Kennzeichnung für den lang andauernden Vorgang, der von der Cloud Healthcare API beim Importieren einer DICOM-Instanz bereitgestellt wird. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn Methodenaufrufe sehr lange dauern können. Das Importieren einer DICOM-Instanz geht in der Regel schnell, sodass die Ausgabe nahezu sofort zurückgegeben wird.

Antwort

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

Metadaten der DICOM-Instanz ansehen

Die gcloud CLI unterstützt keine DICOMweb-Transaktionen, wie das Anzeigen oder Abrufen von Instanzen. Stattdessen können Sie das DICOMweb-Befehlszeilentool von Google verwenden, das mit Python ausgeführt wird. Informationen zum Einrichten von Python in Google Cloud finden Sie unter Python-Entwicklungsumgebung einrichten

Führen Sie die folgenden Schritte aus, um die Metadaten der DICOM-Instanz mithilfe der DICOMweb-Befehlszeilentool:

Installieren Sie das DICOMweb-Befehlszeilentool mit Pip:

pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip

Aktualisieren Sie die Variable PATH, um den Installationsort dcmweb aufzunehmen:
```
export PATH="$HOME/bin:$PATH"
```

Rufen Sie die Metadaten der DICOM-Instanz auf:

dcmweb \
  https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
  search instances

Ersetzen Sie PROJECT_ID durch die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben.

Die Ausgabe sieht so aus. Informationen zu den Feldern in der Ausgabe finden Sie unter Attribute des SOP Common-Moduls.

[
  {
    "00080016": {
      "Value": [
        "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080018": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080060": {
      "Value": [
        "DX"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "00100020": {
      "Value": [
        "1"
      ],
      "vr": "LO"
    },
    "00100040": {
      "Value": [
        "M"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "0020000D": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "0020000E": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00280010": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280011": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280100": {
      "Value": [
        8
      ],
      "vr": "US"
    }
  }
]

Nachdem Sie die DICOM-Instanz in die Cloud Healthcare API importiert und ihre Metadaten aufgerufen haben, fahren Sie mit Bereinigen fort, um zu vermeiden, dass Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen in Rechnung gestellt werden.

Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. wie Sie nach DICOM-Bildern suchen oder diese abrufen DICOMweb-Standard in der Cloud Healthcare API verwenden, siehe Weitere Informationen.

FHIR-Ressourcen speichern

In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:

Erstellen Sie einen FHIR-Speicher.
Importieren Sie FHIR-Ressourcen aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den FHIR-Speicher.

FHIR-Speicher erstellen

FHIR-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten FHIR-Ressourcen. Die folgenden zeigt, wie Sie einen FHIR-Speicher mit dem Namen my-fhir-store erstellen, der FHIR-Version R4.

gcloud

Erstellen Einen FHIR-Speicher mit dem Befehl gcloud healthcare fhir-stores create

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:

Antwort

Created fhirStore [my-fhir-store].

FHIR-Ressourcen importieren

Beispiele für FHIR-Daten finden Sie im Cloud Storage-Bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients.

gcloud

Importieren Sie die FHIR-Ressourcen in gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients. mit gcloud healthcare fhir-stores import .

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

In dieser Ausgabe gilt:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-fhir-store: die Werte, die Sie beim Ausführen des Befehls angegeben haben
OPERATION_ID: eine Kennzeichnung für den lang andauernden Vorgang, der von der Cloud Healthcare API beim Importieren einer FHIR-Ressource bereitgestellt wird. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn Methodenaufrufe sehr lange dauern können. Das Importieren der FHIR-Ressourcen dauert etwa ein bis zwei Minuten.
R4: die FHIR-Speicherversion

Antwort

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

Nach dem Importieren der FHIR-Ressourcen in die Cloud Healthcare API Fahren Sie mit dem Abschnitt Bereinigen fort, damit keine Gebühren für Ihr Google Cloud-Konto für die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen.

Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. zum Aufrufen und Suchen von FHIR-Ressourcen, finden Sie unter Nächste Schritte.

HL7v2-Nachricht speichern

In diesem Abschnitt wird beschrieben, wie Sie die folgenden Aufgaben ausführen:

HL7v2-Speicher erstellen.
Importieren Sie eine HL7v2-Nachricht aus einem öffentlichen Cloud Storage-Bucket in den HL7v2-Speicher.

Die HL7v2-Implementierung in der Cloud Healthcare API entspricht der HL7v2-Standard.

HL7v2-Speicher erstellen

HL7v2-Speicher befinden sich in Datasets und enthalten HL7v2-Nachrichten. Die folgenden Das Beispiel zeigt, wie ein HL7v2-Speicher mit dem Namen my-hl7v2-store erstellt wird.

gcloud

Erstellen Sie mit dem Befehl gcloud healthcare hl7v2-stores create einen HL7v2-Speicher.

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:

Antwort

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

HL7v2-Nachrichten importieren

gcloud

Importieren Sie den gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson. HL7v2-Nachricht mit der Methode gcloud healthcare hl7v2-stores import .

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

In dieser Ausgabe gilt:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: die Werte, die Sie beim Ausführen des Befehls angegeben haben
OPERATION_ID: eine Kennung für den lang andauernden Vorgang, der von der Cloud Healthcare API beim Importieren einer HL7v2-Nachricht bereitgestellt wird. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Das Importieren einer HL7v2-Nachricht ist in der Regel ein schneller Vorgang, sodass die Ausgabe nahezu sofort zurückgegeben wird.

Antwort

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

Nachdem Sie die HL7v2-Nachricht in die Cloud Healthcare API importiert haben, Fahren Sie mit dem Abschnitt Bereinigen fort, damit keine Gebühren für Ihr Google Cloud-Konto für die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen.

Informationen zu den nächsten Schritten, z. B. zum Anzeigen des Inhalts einer HL7v2-Nachricht, finden Sie unter Nächste Schritte.

Bereinigen

Löschen Sie das Google Cloud-Projekt mit den Ressourcen, damit Ihrem Google Cloud-Konto die auf dieser Seite verwendeten Ressourcen nicht in Rechnung gestellt werden.

Wenn Sie ein neues Projekt für diese Kurzanleitung erstellt haben, führen Sie die Schritte unter Projekt löschen aus. Andernfalls führen Sie die Schritte unter Dataset löschen aus.

Optional: Revoke credentials from the gcloud CLI.

gcloud auth revoke

Projekt löschen

Achtung: Das Löschen von Projekten hat folgende Auswirkungen:

Alle Inhalte des Projekts werden gelöscht. Wenn Sie für die Aufgaben in diesem Dokument ein bereits bestehendes Projekt verwendet haben und dieses löschen, werden auch alle anderen im Rahmen des Projekts erstellten Daten gelöscht.
Benutzerdefinierte Projekt-IDs gehen verloren. Beim Erstellen dieses Projekts haben Sie möglicherweise eine benutzerdefinierte Projekt-ID erstellt, die Sie weiterhin verwenden möchten. Damit die URLs, die die Projekt-ID nutzen, z. B. eine appspot.com-URL, erhalten bleiben, sollten Sie ausgewählte Ressourcen innerhalb des Projekts löschen, statt das gesamte Projekt.

Wenn Sie mehrere Architekturen, Anleitungen und Kurzanleitungen durcharbeiten möchten, können Sie die Überschreitung von Projektkontingenten verhindern, indem Sie Projekte wiederverwenden.

Delete a Google Cloud project:

gcloud projects delete PROJECT_ID

Dataset löschen

Wenn Sie das in dieser Kurzanleitung erstellte Dataset nicht mehr benötigen, können Sie es löschen. Durch das Löschen eines Datasets werden das Dataset und alle darin enthaltenen FHIR-, HL7v2- oder DICOM-Speicher endgültig gelöscht.

gcloud

Löschen Sie ein Dataset mit dem gcloud healthcare datasets delete .

Ersetzen Sie folgende Werte, bevor sie einen der Befehlsdaten verwenden:

PROJECT_ID: Die ID des Google Cloud-Projekts, das Sie unter Vorbereitung erstellt oder ausgewählt haben

Führen Sie folgenden Befehl aus:

Linux, macOS oder Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Geben Sie zur Bestätigung Y ein. Sie sollten eine Antwort ähnlich der folgenden erhalten:

Antwort

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

Wie ist es gelaufen?

Nächste Schritte

In den folgenden Abschnitten finden Sie allgemeine Informationen zur Cloud Healthcare API und wie Sie die Aufgaben in dieser Kurzanleitung über eine andere Benutzeroberfläche ausführen:

DICOM

Informationen dazu, wie die Cloud Healthcare API den DICOMweb-Standard umsetzt, finden Sie in der DICOM-Konformitätserklärung.

FHIR

Informationen dazu, wie die Cloud Healthcare API den FHIR-Standard umsetzt, finden Sie in der FHIR-Konformitätserklärung.