クイックスタート: Google Cloud CLI で医療データを保存する

Google Cloud CLI で医療データを保存する

このページでは、Google Cloud CLI で Cloud Healthcare API を使用して次のタスクを実行する方法について説明します。

  1. Cloud Healthcare API データセットを作成します。
  2. データセット内に次のいずれかのデータストアを作成します。
    • Digital Imaging and Communications in Medicine(DICOM)ストア
    • Fast Healthcare Interoperability Resources(FHIR)ストア
    • Health Level Seven International Version 2(HL7v2)ストア
  3. DICOM、FHIR、HL7v2 データを保存し、DICOM メタデータを表示します。

1 種類のデータストアのみを使用する場合は、はじめにデータセットを作成するのステップが完了後に、クイックスタートのセクションに直接スキップすることができます。

始める前に

  1. Google Cloud アカウントにログインします。Google Cloud を初めて使用する場合は、アカウントを作成して、実際のシナリオでの Google プロダクトのパフォーマンスを評価してください。新規のお客様には、ワークロードの実行、テスト、デプロイができる無料クレジット $300 分を差し上げます。
  2. Google Cloud Console の [プロジェクト セレクタ] ページで、Google Cloud プロジェクトを選択または作成します。

    プロジェクト セレクタに移動

  3. Cloud プロジェクトに対して課金が有効になっていることを確認します。詳しくは、プロジェクトで課金が有効になっているかどうかを確認する方法をご覧ください。

  4. 必要な API を有効にします。

    API を有効にする

  5. Google Cloud Console の [プロジェクト セレクタ] ページで、Google Cloud プロジェクトを選択または作成します。

    プロジェクト セレクタに移動

  6. Cloud プロジェクトに対して課金が有効になっていることを確認します。詳しくは、プロジェクトで課金が有効になっているかどうかを確認する方法をご覧ください。

  7. 必要な API を有効にします。

    API を有効にする

  8. Cloud Healthcare API を有効にします。

    API を有効にする

Google Cloud CLI の使用状況に応じて、次のいずれかの手順を行います。

  • Cloud Shell を使用している場合は、Google Cloud Console に移動し、コンソール ウィンドウの [Cloud Shell をアクティブにする] ボタンをクリックします。

    Google Cloud Console に移動

    コンソールの新しいフレーム内で Cloud Shell セッションが開き、コマンドライン プロンプトが表示されます。Shell セッションの初期化には数分かかることがあります。

  • Compute Engine 仮想マシンを使用している場合は、仮想マシンのターミナル ウィンドウを開きます。

  • マシンで gcloud CLI を使用している場合は、gcloud CLI をインストールして初期化します。

データセットを作成する

データセット内にデータストアを作成し、データストアに医療データを格納します。Cloud Healthcare API を使用するには、少なくとも 1 つのデータセットを作成する必要があります。

gcloud healthcare datasets create コマンドを使用してデータセットを作成します。

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID

PROJECT_ID は、始める前にで作成または選択した Google Cloud プロジェクトの ID に置き換えます。

次のような出力が表示されます。

Created dataset [my-dataset].

このクイックスタートを行うには、次のセクションから 1 つ選択します。

DICOM インスタンスの保存と表示

このセクションでは、次のタスクを行う方法を示しています。

  1. DICOM ストアを作成します。
  2. Cloud Storage から DICOM ストアに DICOM インスタンスをインポートします。
  3. DICOM インスタンスのメタデータの表示。

Cloud Healthcare API は、医療画像データを保存してアクセスするための DICOMweb 標準を実装しています。

DICOM ストアの作成

DICOM ストアはデータセット内に存在し、DICOM インスタンスを含みます。

gcloud healthcare dicom-stores create コマンドを使用して DICOM ストアを作成します。

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

次のような出力が表示されます。

Created dicomStore [my-dicom-store].

DICOM インスタンスのインポート

gcloud healthcare dicom-stores import コマンドを使用して gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm DICOM インスタンスをインポートします。

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

次のような出力が表示されます。

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset

この出力で:

  • PROJECT_IDus-central1my-dataset: コマンドを実行したときに指定した値
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API によって指定される長時間実行オペレーションの識別子

DICOM インスタンスのメタデータの表示

gcloud CLI は、インスタンスの表示や取得などの DICOMweb トランザクションをサポートしていません。代わりに、Google の DICOMweb コマンドライン ツールを使用できます。DICOMweb コマンドライン ツールは、Python を使用して実行されます。Google Cloud での Python の設定方法については、Python 開発環境の設定をご覧ください。

DICOM インスタンスのメタデータを表示します。

  1. Python を設定したら、Pip を使用して DICOMweb コマンドラインツールをインストールします。

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. PATH 変数を更新して、dcmweb のインストール場所を追加します。

    export PATH="$HOME/bin:$PATH"
    
  3. DICOM インスタンスのメタデータの表示。

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
      search instances
    

    PROJECT_ID は、始める前にで作成または選択した Google Cloud プロジェクトの ID に置き換えます。

    次のような出力が表示されます。

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

DICOM インスタンスを Cloud Healthcare API にインポートし、メタデータを表示したら、このページで使用されるリソースに対して Google Cloud アカウントに課金されないようにクリーンアップを続行します。

次のステップの DICOM イメージの検索方法や取得方法などについては、次のステップをご覧ください。

FHIR リソースの保存

このセクションでは、次のタスクを行う方法を示しています。

  1. FHIR ストアを作成します。
  2. Cloud Storage バケットから FHIR ストアに FHIR リソースをインポートします。

FHIR ストアの作成

FHIR ストアはデータセット内に存在し、FHIR データを含みます。

gcloud healthcare fhir-stores create コマンドを使用して FHIR ストアを作成します。

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

次のような出力が表示されます。

Created fhirStore [my-fhir-store].

FHIR リソースのインポート

gcloud healthcare fhir-stores import コマンドを使用して、gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients バケットから FHIR ストアに FHIR リソースをインポートします。

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

次のような出力が表示されます。

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset
version: R4

この出力で:

  • PROJECT_IDus-central1my-dataset: コマンドを実行したときに指定した値
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API によって指定される長時間実行オペレーションの識別子

FHIR リソースを Cloud Healthcare API にインポートしたので、このページで使用されるリソースに対して Google Cloud アカウントに課金されないように、クリーンアップに進みます。

次のステップの FHIR リソースの表示や検索方法などについては、次のステップをご覧ください。

HL7v2 メッセージの保存

このセクションでは、次のタスクを行う方法を示しています。

  1. HL7v2 ストアを作成します。
  2. Cloud Storage バケットを作成し、HL7v2 メッセージをそのバケットにコピーします。
  3. Cloud Storage バケットから HL7v2 メッセージを HL7v2 ストアにインポートします。

Cloud Healthcare API 内の HL7v2 実装は、HL7v2 標準に適合しています。

HL7v2 ストアの作成

HL7v2 ストアはデータセット内に存在し、HL7v2 メッセージを保持します。

gcloud healthcare hl7v2-stores create コマンドを使用して、HL7v2 ストアを作成します。

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

次のような出力が表示されます。

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

HL7v2 メッセージをインポートする

HL7v2 メッセージをgs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson HL7v2 ストアへのインポート gcloud healthcare hl7v2-stores import コマンド:

gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

次のような出力が表示されます。

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

この出力で:

  • PROJECT_IDus-central1my-datasetmy-hl7v2-store: コマンドを実行したときに指定した値
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API によって指定される長時間実行オペレーションの識別子

これで HL7v2 メッセージが Cloud Healthcare API にインポートされたので、クリーンアップに進んで、このページで使用されるリソースに対して Google Cloud アカウントに課金されないようにします。

次のステップの HL7v2 メッセージの内容を表示する方法などについては、次のステップをご覧ください。

クリーンアップ

このページで使用したリソースについて、Google Cloud アカウントに課金されないようにするには、次の手順を行います。

このクイックスタート用に新しいプロジェクトを作成した場合は、プロジェクトの削除の手順に従ってください。それ以外の場合は、データセットの削除の手順に従ってください。

プロジェクトの削除

  1. コンソールで [リソースの管理] ページに移動します。

    [リソースの管理] に移動

  2. プロジェクト リストで、削除するプロジェクトを選択し、[削除] をクリックします。
  3. ダイアログでプロジェクト ID を入力し、[シャットダウン] をクリックしてプロジェクトを削除します。

データセットの削除

このクイックスタートで作成したデータセットが不要になった場合は、削除できます。データセットを完全に削除すると、データセットと、データセットに含まれる FHIR ストア、HL7v2ストア、または DICOM ストアが完全に削除されます。

  1. データセットを削除するには、gcloud healthcare datasets delete コマンドを使用します。

    gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID
    

    PROJECT_ID は、始める前にで作成または選択した Google Cloud プロジェクトの ID に置き換えます。

  2. 確認するには、「Y」と入力します。

次のような出力が表示されます。

Deleted dataset [my-dataset].

いかがでしたか

次のステップ

Cloud Healthcare API に関する一般的な情報と、コンソール、curl、Windows PowerShell を使用してタスクを実行する方法については、以下のセクションをご覧ください。

DICOM

DICOM ガイドに進んで、以下に掲載したものを含むトピックについてお読みください。

Cloud Healthcare API で DICOMweb 標準を実装する方法については、DICOM 適合性ステートメントをご覧ください。

FHIR

FHIR ガイドに進んで、以下のトピックをお読みください。

Cloud Healthcare API で FHIR 標準を実装する方法については、FHIR 適合性ステートメントをご覧ください。

HL7v2

HL7v2 ガイドに進んで、以下のトピックをお読みください。