スタートガイド

このページでは、Cloud Genomics の使用前に必要な設定手順について説明します。

クイックスタートを完了している場合は、この手順の一部はすでに完了しています。このページを確認して Cloud Genomics の使用準備を整えてください。)

始める前に

  1. Google アカウントにログインします。

    Google アカウントをまだお持ちでない場合は、新しいアカウントを登録します。

  2. GCP プロジェクトを選択または作成します。

    [リソースの管理] ページに移動

  3. プロジェクトに対して課金が有効になっていることを確認します。

    課金を有効にする方法について

  4. Cloud Genomics API を有効にします。

    APIを有効にする

プロジェクトで最初に Cloud Genomics Pipelines API を有効にしたときに、そのプロジェクト用の新しいサービス アカウントに自動的に役割(genomics.serviceAgent)が割り当てられます。この役割によって、プロジェクト内の Compute Engine インスタンスを開始および停止できるようになります。

後で、このデフォルトの役割を関連プロジェクトのサービス アカウントから削除したりサービス アカウント自体を削除したりすると、エラーが発生する可能性があります。特に、API を使用してパイプラインを実行しようとすると、権限エラーが発生します。また、API はパイプラインが完了した時点でインスタンスを停止できず、引き続きこのリソースに対する請求が発生します。この問題の修正方法について詳しくは、トラブルシューティングをご覧ください。

Cloud SDK と gcloud の設定

Cloud Genomics、Compute Engine、Cloud Storage、BigQuery のツールとライブラリを使用するには Cloud SDK をインストールします。SDK には gcloudgsutilbq コマンドライン ツールが含まれています。

  1. Cloud SDK をダウンロードしてインストールします。

  2. Cloud SDK を初期化します。

  3. SDK を初期化したら、Cloud Genomics のコマンドをインストールします。

    gcloud components update alpha
    

    gcloud をデフォルトでインストールして Compute Engine VM を使用している場合は、コンポーネントを更新できません。Compute Engine VM で Cloud Genomics を使用できるようにするには、次のコマンドを実行して gcloud を再インストールします。

    sudo apt-get remove google-cloud-sdk
        curl https://sdk.cloud.google.com | bash
        exec -l $SHELL
        gcloud init
    

API にアクセスするための認証情報のダウンロード

Cloud Genomics の GitHub リポジトリにあるコードサンプルを使用する場合や、Cloud Genomics Pipelines API に直接アクセスする gcloud コマンドライン ツール以外のツールを使用する場合は、次の手順でプロジェクト用の client_secrets.json ファイルをダウンロードしてください。

  1. Google アカウントにログインします。

    Google アカウントをまだお持ちでない場合は、新しいアカウントを登録します。

  2. GCP プロジェクトを選択または作成します。

    [リソースの管理] ページに移動

  3. プロジェクトに対して課金が有効になっていることを確認します。

    課金を有効にする方法について

  4. Cloud Genomics と Cloud Storage JSON API を有効にします。

    APIを有効にする

  5. API Console で [認証情報] ページを開きます。
  6. [認証情報を作成] > [OAuth クライアント ID] をクリックします。
  7. アプリケーション タイプを Other に設定し、フォームに入力します。

認証情報を作成したら、GCP Console の [認証情報] ページに移動し、クライアント ID の右側にある [JSON をダウンロード] file_download をクリックして、client_secret.json ファイルをダウンロードします。このファイルはアプリケーションしかアクセスできない場所に安全に保存してください。

API のクエリを初めて実行する場合、ダウンロードしたクライアント シークレット ファイルの値を使用して認証されます。この初期認証後、トークンが保存されて後続の API リクエストで使用されます。

次のステップ

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