Archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI

Guida rapida: archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI

Archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI

Questa pagina mostra come utilizzare l'API Cloud Healthcare e Google Cloud CLI per completare le seguenti attività:

1. Creare un set di dati dell'API Cloud Healthcare.
2. Crea uno dei seguenti datastore all'interno del set di dati:
• Archivio Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
• Archivio Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
• Archivio Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
3. Archivia dati DICOM, FHIR e HL7v2 e visualizza i metadati DICOM.

Se ti interessa utilizzare un solo tipo di datastore, puoi andare direttamente a quella sezione della guida rapida dopo aver completato i passaggi descritti in Prima di iniziare e Creare un set di dati.

Prima di iniziare

1. Accedi al tuo account Google Cloud. Se non conosci Google Cloud, crea un account per valutare le prestazioni dei nostri prodotti in scenari reali. I nuovi clienti ricevono anche 300 $di crediti gratuiti per l'esecuzione, il test e il deployment dei carichi di lavoro.

2. Nella console di Google Cloud Console, nella pagina del selettore dei progetti, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

   Nota: se non prevedi di conservare le risorse che crei in questa procedura, crea un progetto invece di selezionarne uno esistente. Dopo aver completato questi passaggi, puoi eliminare il progetto e rimuovere tutte le risorse associate.

   Vai al selettore progetti

3. Verifica che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata per un progetto.

4. Attiva l'API richiesta.

   Abilita l'API

5. Nella console di Google Cloud Console, nella pagina del selettore dei progetti, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

   Nota: se non prevedi di conservare le risorse che crei in questa procedura, crea un progetto invece di selezionarne uno esistente. Dopo aver completato questi passaggi, puoi eliminare il progetto e rimuovere tutte le risorse associate.

   Vai al selettore progetti

6. Verifica che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata per un progetto.

7. Attiva l'API richiesta.

   Abilita l'API

8. Attiva Cloud Healthcare API.

   Abilita l'API

In base a come utilizzi Google Cloud CLI, completa uno dei seguenti passaggi:

• Se utilizzi Cloud Shell, vai alla console Google Cloud e fai clic sul pulsante Attiva Cloud Shell nella finestra della console.

  Vai alla console Google Cloud

  Viene aperta una sessione di Cloud Shell all'interno di un nuovo frame nella console e viene visualizzato un prompt della riga di comando. L'inizializzazione della sessione shell potrebbe richiedere alcuni minuti.

• Se utilizzi una macchina virtuale Compute Engine, apri la finestra del terminale della macchina virtuale.

• Se utilizzi gcloud CLI sulla tua macchina, installa e inizializza gcloud CLI.

crea un set di dati

I set di dati contengono datastore, i quali a loro volta contengono dati sanitari. Per utilizzare l'API Cloud Healthcare, devi creare almeno un set di dati.

Crea un set di dati utilizzando il comando gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID

Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

L'output è il seguente:

Created dataset [my-dataset].

Per completare questa guida rapida, scegli una delle seguenti sezioni:

• Archivia e visualizza un'istanza DICOM
• Archivia risorse FHIR
• Archivia un messaggio HL7v2

Archivia e visualizza un'istanza DICOM

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

1. Creare un archivio DICOM.
2. Importa un'istanza DICOM da Cloud Storage nell'archivio DICOM.
3. Visualizzare i metadati dell'istanza DICOM.

L'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb per archiviare i dati medici e accedervi.

Crea un archivio DICOM

Gli archivi DICOM esistono all'interno di set di dati e contengono istanze DICOM.

Crea un archivio DICOM utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores create:

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

L'output è il seguente:

Created dicomStore [my-dicom-store].

Importa un'istanza DICOM

Importa l'istanza DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores import:

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset

In questo output:

• PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
• OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM

L'interfaccia a riga di comando gcloud non supporta le transazioni DICOMweb, come la visualizzazione o il recupero delle istanze. In alternativa, puoi utilizzare lo strumento a riga di comando DICOMweb di Google. Lo strumento a riga di comando DICOMweb viene eseguito utilizzando Python. Per informazioni su come configurare Python su Google Cloud, consulta Configurare un ambiente di sviluppo Python.

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:

1. Dopo aver configurato Python, installa lo strumento a riga di comando DICOMweb utilizzando Pip:

   pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
   

2. Aggiorna la variabile PATH in modo che includa il percorso di installazione di dcmweb:

   export PATH="$HOME/bin:$PATH"
   

3. Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:

   dcmweb \
     https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
     search instances
   

   Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

   L'output è il seguente:

   [
     {
       "00080016": {
         "Value": [
           "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00080018": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00080060": {
         "Value": [
           "DX"
         ],
         "vr": "CS"
       },
       "00100020": {
         "Value": [
           "1"
         ],
         "vr": "LO"
       },
       "00100040": {
         "Value": [
           "M"
         ],
         "vr": "CS"
       },
       "0020000D": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "0020000E": {
         "Value": [
           "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
         ],
         "vr": "UI"
       },
       "00280010": {
         "Value": [
           1024
         ],
         "vr": "US"
       },
       "00280011": {
         "Value": [
           1024
         ],
         "vr": "US"
       },
       "00280100": {
         "Value": [
           8
         ],
         "vr": "US"
       }
     }
   ]
   

Ora che hai importato un'istanza DICOM nell'API Cloud Healthcare e visualizzato i relativi metadati, continua con la procedura di pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come cercare o recuperare le immagini DICOM, consulta la sezione Passaggi successivi.

Archivia risorse FHIR

Nota: l'API Cloud Healthcare implementa lo standard della specifica FHIR per archiviare i dati FHIR e accedervi. L'interfaccia a riga di comando gcloud non supporta determinati metodi dell'API FHIR, ad esempio l'archiviazione di risorse FHIR, ma puoi utilizzare il comando gcloud healthcare fhir-stores import per importare risorse FHIR da Cloud Storage.

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

1. Creare un archivio FHIR.
2. Importa le risorse FHIR da un bucket Cloud Storage nell'archivio FHIR.

Crea un archivio FHIR

Gli archivi FHIR esistono all'interno di set di dati e contengono risorse FHIR.

Crea un archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores create:

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

L'output è il seguente:

Created fhirStore [my-fhir-store].

Importa risorse FHIR

Importa le risorse FHIR dal bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients nel tuo archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores import:

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset
version: R4

In questo output:

• PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
• OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Ora che hai importato le risorse FHIR nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come visualizzare e cercare le risorse FHIR, consulta la sezione Passaggi successivi.

Archivia un messaggio HL7v2

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

1. Crea un archivio HL7v2.
2. Crea un bucket Cloud Storage e copia un messaggio HL7v2 nel bucket.
3. Importa il messaggio HL7v2 dal bucket Cloud Storage nell'archivio HL7v2.

Nota: i comandi dell'interfaccia a riga di comando HL7v2 gcloud CLI per importare ed esportare i messaggi HL7v2 da e verso Cloud Storage sono in anteprima.

L'implementazione di HL7v2 nell'API Cloud Healthcare è conforme allo standard HL7v2.

Crea un archivio HL7v2

Gli archivi HL7v2 esistono all'interno di set di dati e contengono messaggi HL7v2.

Crea un archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores create:

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

L'output è il seguente:

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Importa i messaggi HL7v2

Importa i messaggi HL7v2 in gs://cloud-samples-data/health/hl7v2/messages.ndjson nel tuo archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores import:

gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

In questo output:

• PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
• OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Ora che hai importato un messaggio HL7v2 nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio su come visualizzare i contenuti di un messaggio HL7v2, consulta la sezione Passaggi successivi.

Esegui la pulizia

Per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina, segui questi passaggi:

Se hai creato un nuovo progetto per questa guida rapida, segui i passaggi descritti in Eliminare il progetto. In caso contrario, segui i passaggi descritti in Eliminare il set di dati.

Elimina il progetto

Attenzione: l'eliminazione di un progetto ha i seguenti effetti:

• L'intero contenuto del progetto viene eliminato. Se hai utilizzato un progetto esistente per questo tutorial, quando lo elimini elimini anche tutti gli altri lavori che hai svolto nel progetto.
• Gli ID progetto personalizzati non sono più disponibili. Quando hai creato questo progetto, potresti aver creato un ID progetto personalizzato che vuoi utilizzare in futuro. Per conservare gli URL che utilizzano l'ID progetto, ad esempio un URL appspot.com, elimina le risorse selezionate all'interno del progetto anziché eliminare l'intero progetto.

Se intendi esplorare più tutorial e guide rapide, puoi riutilizzare i progetti ed evitare così di superare i limiti di quota.

1. Nella console Google Cloud, vai alla pagina Gestisci risorse.

   Vai a Gestisci risorse

2. Nell'elenco dei progetti, seleziona il progetto che vuoi eliminare, quindi fai clic su Elimina.
3. Nella finestra di dialogo, digita l'ID del progetto e fai clic su Chiudi per eliminare il progetto.

Eliminazione del set di dati

Se non hai più bisogno del set di dati creato in questa guida di avvio rapido, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati è definitiva ed elimina permanentemente tutti gli archivi FHIR, HL7v2 o DICOM che contiene.

1. Per eliminare un set di dati, utilizza il comando gcloud healthcare datasets delete:

   gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
   --location=us-central1 \
   --project=PROJECT_ID
   

   Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

2. Per confermare, digita Y.

L'output è il seguente:

Deleted dataset [my-dataset].

Com'è andata?

Ha funzionato.

Ottimo! Cosa ti è piaciuto della guida rapida? Cosa avremmo potuto fare meglio? Facci sapere!

Mi sono bloccato.

Ci spiace molto. Spiegaci cosa è andato storto. Vogliamo correggerlo.

Passaggi successivi

Consulta le seguenti sezioni per informazioni generali sull'API Cloud Healthcare e su come eseguire attività utilizzando la console Google Cloud o curl e Windows PowerShell.

• Visualizza il riferimento per l'interfaccia a riga di comando gcloud per i comandi dell'API Cloud Healthcare
• Leggi una panoramica dei concetti dell'API Cloud Healthcare
• Utilizza l'API Cloud Healthcare con curl e Windows PowerShell
• Utilizza l'API Cloud Healthcare con la console Google Cloud

DICOM

Continua a leggere la guida DICOM per ulteriori informazioni su argomenti come i seguenti:

• Creazione e gestione degli archivi DICOM
• Connessione di un PACS all'API Cloud Healthcare
• Utilizzo dello standard DICOMweb
• Importazione ed esportazione di dati DICOM tramite Cloud Storage

Leggi la dichiarazione di conformità DICOM per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb.

FHIR

Continua a leggere la guida FHIR per ulteriori informazioni su argomenti quali:

• Creazione e gestione degli archivi FHIR
• Creazione e gestione delle risorse FHIR
• Importazione ed esportazione di dati FHIR tramite Cloud Storage

Leggi la dichiarazione di conformità FHIR per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard FHIR.

HL7v2

Continua a leggere la guida HL7v2 per ulteriori informazioni su argomenti quali:

• Creazione e gestione degli archivi HL7v2
• Creazione e gestione dei messaggi HL7v2
• Trasmissione di messaggi HL7v2 su connessioni TCP/IP
• Importazione ed esportazione di messaggi HL7v2 mediante Cloud Storage