Guida rapida: archiviare i dati sanitari con l'interfaccia a riga di comando di Google Cloud

Archivia i dati sanitari con l'interfaccia a riga di comando di Google Cloud

Questa pagina mostra come utilizzare l'API Cloud Healthcare e l'interfaccia a riga di comando di Google Cloud per completare le seguenti attività:

  1. Creare un set di dati dell'API Cloud Healthcare.
  2. Crea uno dei seguenti datastore all'interno del set di dati:
    • Archivio Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
    • Archivio Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
    • Archivio Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
  3. Archivia i dati DICOM, FHIR e HL7v2 e visualizza i metadati DICOM.

Se ti interessa lavorare con un solo tipo di datastore, puoi passare direttamente a quella sezione della guida rapida dopo aver completato i passaggi in Prima di iniziare e Creare un set di dati.

Prima di iniziare

  1. Accedi al tuo account Google Cloud. Se non conosci Google Cloud, crea un account per valutare le prestazioni dei nostri prodotti in scenari reali. I nuovi clienti ricevono anche 300 $di crediti gratuiti per l'esecuzione, il test e il deployment dei carichi di lavoro.
  2. Nella pagina del selettore dei progetti in Google Cloud Console, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

    Vai al selettore progetti

  3. Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata su un progetto.

  4. Attiva l'API richiesta.

    Abilita l'API

  5. Nella pagina del selettore dei progetti in Google Cloud Console, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

    Vai al selettore progetti

  6. Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata su un progetto.

  7. Attiva l'API richiesta.

    Abilita l'API

  8. Attiva Cloud Healthcare API.

    Abilita l'API

A seconda di come utilizzi l'interfaccia a riga di comando di Google Cloud, completa uno dei seguenti passaggi:

  • Se utilizzi Cloud Shell, vai a Google Cloud Console e fai clic sul pulsante Attiva Cloud Shell nella finestra della console.

    Vai a Google Cloud Console

    Una sessione di Cloud Shell si apre all'interno di un nuovo frame nella console e mostra un prompt della riga di comando. L'inizializzazione della sessione della shell potrebbe richiedere alcuni minuti.

  • Se utilizzi una macchina virtuale Compute Engine, apri la finestra del terminale della macchina virtuale.

  • Se utilizzi l'interfaccia a riga di comando gcloud sulla tua macchina, installa e inizializza l'interfaccia a riga di comando gcloud.

Crea un set di dati

I set di dati contengono datastore, i quali a loro volta contengono dati sanitari. Per utilizzare l'API Cloud Healthcare, devi creare almeno un set di dati.

Crea un set di dati utilizzando il comando gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID

Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

L'output è il seguente:

Created dataset [my-dataset].

Per completare questa guida rapida, scegli una delle seguenti sezioni:

Archivia e visualizza un'istanza DICOM

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

  1. Crea un archivio DICOM.
  2. Importare un'istanza DICOM da Cloud Storage nell'archivio DICOM.
  3. Visualizza i metadati dell'istanza DICOM.

L'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb per archiviare e accedere ai dati di diagnostica per immagini.

Crea un archivio DICOM

Gli archivi DICOM esistono all'interno dei set di dati e contengono istanze DICOM.

Crea un archivio DICOM utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores create:

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

L'output è il seguente:

Created dicomStore [my-dicom-store].

Importa un'istanza DICOM

Importa l'istanza DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores import:

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset

In questo output:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
  • OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM

L'interfaccia a riga di comando gcloud non supporta le transazioni DICOMweb, come la visualizzazione o il recupero delle istanze. In alternativa, puoi utilizzare lo strumento a riga di comando DICOMweb di Google. Lo strumento a riga di comando DICOMweb viene eseguito utilizzando Python. Per informazioni su come configurare Python su Google Cloud, consulta l'articolo Configurare un ambiente di sviluppo Python.

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:

  1. Dopo aver configurato Python, installa lo strumento a riga di comando DICOMweb utilizzando Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. Aggiorna la variabile PATH in modo da includere il percorso di installazione di dcmweb:

    export PATH="$HOME/bin:$PATH"
    
  3. Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
      search instances
    

    Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

    L'output è il seguente:

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Ora che hai importato un'istanza DICOM nell'API Cloud Healthcare e visualizzato i relativi metadati, vai alla sezione Pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio per cercare o recuperare le immagini DICOM, consulta la sezione Qual è il prossimo passaggio.

Archivia risorse FHIR

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

  1. Creare un archivio FHIR.
  2. Importare le risorse FHIR da un bucket Cloud Storage nell'archivio FHIR.

Crea un archivio FHIR

Gli archivi FHIR esistono all'interno di set di dati e contengono risorse FHIR.

Crea un archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores create:

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

L'output è il seguente:

Created fhirStore [my-fhir-store].

Importa risorse FHIR

Importa le risorse FHIR dal bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients nel tuo archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores import:

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset
version: R4

In questo output:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
  • OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Ora che hai importato risorse FHIR nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come visualizzare e cercare le risorse FHIR, consulta la sezione Prossimi passaggi.

Archiviare un messaggio HL7v2

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

  1. Crea un archivio HL7v2.
  2. Crea un bucket Cloud Storage e copia un messaggio HL7v2 nel bucket.
  3. Importa il messaggio HL7v2 dal bucket Cloud Storage nell'archivio HL7v2.

L'implementazione HL7v2 nell'API Cloud Healthcare è conforme allo standard HL7v2.

Crea un archivio HL7v2

Gli archivi HL7v2 esistono all'interno di set di dati e contengono messaggi HL7v2.

Crea un archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores create:

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

L'output è il seguente:

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Importa i messaggi HL7v2

Importa i messaggi HL7v2 in gs://cloud-samples-data/health/hl7v2/messages.ndjson nel tuo archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores import:

gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

L'output è il seguente:

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

In questo output:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando
  • OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare

Ora che hai importato un messaggio HL7v2 nell'API Cloud Healthcare, continua con la Pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio per visualizzare i contenuti di un messaggio HL7v2, vedi Prossimi contenuti.

Esegui la pulizia

Per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina, segui questi passaggi.

Se hai creato un nuovo progetto per questa guida rapida, segui i passaggi descritti in Eliminare il progetto. In caso contrario, segui la procedura descritta in Eliminare il set di dati.

Elimina il progetto

  1. Nella console, vai alla pagina Gestisci risorse.

    Vai a Gestisci risorse

  2. Nell'elenco dei progetti, seleziona il progetto da eliminare, quindi fai clic su Elimina.
  3. Nella finestra di dialogo, digita l'ID del progetto e fai clic su Chiudi per eliminare il progetto.

Eliminazione del set di dati

Se non hai più bisogno del set di dati creato in questa guida di avvio rapido, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati elimina definitivamente il set di dati e qualsiasi archivio FHIR, HL7v2 o DICOM in cui contiene.

  1. Per eliminare un set di dati, utilizza il comando gcloud healthcare datasets delete:

    gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID
    

    Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

  2. Per confermare, digita Y.

L'output è il seguente:

Deleted dataset [my-dataset].

Com'è andata?

Passaggi successivi

Consulta le sezioni seguenti per informazioni generali sull'API Cloud Healthcare e su come eseguire attività utilizzando la console o curl e Windows PowerShell.

DICOM

Passa alla guida DICOM per leggere argomenti quali i seguenti:

Leggi la dichiarazione di conformità DICOM per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb.

FHIR

Continua a leggere la guida FHIR per ulteriori informazioni su argomenti quali:

Leggi la dichiarazione di conformità FHIR per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard FHIR.

HL7v2

Continua a leggere la guida HL7v2 per ulteriori informazioni su argomenti quali: