Archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI
Questa pagina mostra come utilizzare l'API Cloud Healthcare e Google Cloud CLI per completare le seguenti attività:
- Creare un set di dati dell'API Cloud Healthcare.
- Crea uno dei seguenti datastore all'interno del set di dati:
- Archivio Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
- Archivio Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
- Archivio Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
- Archivia dati DICOM, FHIR e HL7v2 e visualizza i metadati DICOM.
Se ti interessa utilizzare un solo tipo di datastore, puoi andare direttamente a quella sezione della guida rapida dopo aver completato i passaggi descritti in Prima di iniziare e Creare un set di dati.
Prima di iniziare
- Accedi al tuo account Google Cloud. Se non conosci Google Cloud, crea un account per valutare le prestazioni dei nostri prodotti in scenari reali. I nuovi clienti ricevono anche 300 $di crediti gratuiti per l'esecuzione, il test e il deployment dei carichi di lavoro.
-
Nella console di Google Cloud Console, nella pagina del selettore dei progetti, seleziona o crea un progetto Google Cloud.
-
Verifica che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata per un progetto.
-
Attiva l'API richiesta.
-
Nella console di Google Cloud Console, nella pagina del selettore dei progetti, seleziona o crea un progetto Google Cloud.
-
Verifica che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud. Scopri come verificare se la fatturazione è abilitata per un progetto.
-
Attiva l'API richiesta.
-
Attiva Cloud Healthcare API.
In base a come utilizzi Google Cloud CLI, completa uno dei seguenti passaggi:
Se utilizzi Cloud Shell, vai alla console Google Cloud e fai clic sul pulsante Attiva Cloud Shell nella finestra della console.
Viene aperta una sessione di Cloud Shell all'interno di un nuovo frame nella console e viene visualizzato un prompt della riga di comando. L'inizializzazione della sessione shell potrebbe richiedere alcuni minuti.
Se utilizzi una macchina virtuale Compute Engine, apri la finestra del terminale della macchina virtuale.
Se utilizzi gcloud CLI sulla tua macchina, installa e inizializza gcloud CLI.
crea un set di dati
I set di dati contengono datastore, i quali a loro volta contengono dati sanitari. Per utilizzare l'API Cloud Healthcare, devi creare almeno un set di dati.
Crea un set di dati utilizzando il comando gcloud healthcare datasets create
:
gcloud healthcare datasets create my-dataset \ --location=us-central1 \ --project=PROJECT_ID
Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.
L'output è il seguente:
Created dataset [my-dataset].
Per completare questa guida rapida, scegli una delle seguenti sezioni:
Archivia e visualizza un'istanza DICOM
Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:
- Creare un archivio DICOM.
- Importa un'istanza DICOM da Cloud Storage nell'archivio DICOM.
- Visualizzare i metadati dell'istanza DICOM.
L'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb per archiviare i dati medici e accedervi.
Crea un archivio DICOM
Gli archivi DICOM esistono all'interno di set di dati e contengono istanze DICOM.
Crea un archivio DICOM utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores create
:
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
L'output è il seguente:
Created dicomStore [my-dicom-store].
Importa un'istanza DICOM
Importa l'istanza DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores import
:
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
L'output è il seguente:
Request issued for: [my-dicom-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset
In questo output:
- PROJECT_ID,
us-central1
,my-dataset
: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando - OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare
Visualizza i metadati dell'istanza DICOM
L'interfaccia a riga di comando gcloud non supporta le transazioni DICOMweb, come la visualizzazione o il recupero delle istanze. In alternativa, puoi utilizzare lo strumento a riga di comando DICOMweb di Google. Lo strumento a riga di comando DICOMweb viene eseguito utilizzando Python. Per informazioni su come configurare Python su Google Cloud, consulta Configurare un ambiente di sviluppo Python.
Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:
Dopo aver configurato Python, installa lo strumento a riga di comando DICOMweb utilizzando Pip:
pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
Aggiorna la variabile
PATH
in modo che includa il percorso di installazione didcmweb
:export PATH="$HOME/bin:$PATH"
Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:
dcmweb \ https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \ search instances
Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.
L'output è il seguente:
[ { "00080016": { "Value": [ "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7" ], "vr": "UI" }, "00080018": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480" ], "vr": "UI" }, "00080060": { "Value": [ "DX" ], "vr": "CS" }, "00100020": { "Value": [ "1" ], "vr": "LO" }, "00100040": { "Value": [ "M" ], "vr": "CS" }, "0020000D": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604" ], "vr": "UI" }, "0020000E": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724" ], "vr": "UI" }, "00280010": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280011": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280100": { "Value": [ 8 ], "vr": "US" } } ]
Ora che hai importato un'istanza DICOM nell'API Cloud Healthcare e visualizzato i relativi metadati, continua con la procedura di pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.
Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come cercare o recuperare le immagini DICOM, consulta la sezione Passaggi successivi.
Archivia risorse FHIR
Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:
- Creare un archivio FHIR.
- Importa le risorse FHIR da un bucket Cloud Storage nell'archivio FHIR.
Crea un archivio FHIR
Gli archivi FHIR esistono all'interno di set di dati e contengono risorse FHIR.
Crea un archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores create
:
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --version=R4
L'output è il seguente:
Created fhirStore [my-fhir-store].
Importa risorse FHIR
Importa le risorse FHIR dal bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
nel tuo archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores import
:
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \ --content-structure=RESOURCE
L'output è il seguente:
Request issued for: [my-fhir-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset version: R4
In questo output:
- PROJECT_ID,
us-central1
,my-dataset
: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando - OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare
Ora che hai importato le risorse FHIR nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.
Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come visualizzare e cercare le risorse FHIR, consulta la sezione Passaggi successivi.
Archivia un messaggio HL7v2
Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:
- Crea un archivio HL7v2.
- Crea un bucket Cloud Storage e copia un messaggio HL7v2 nel bucket.
- Importa il messaggio HL7v2 dal bucket Cloud Storage nell'archivio HL7v2.
L'implementazione di HL7v2 nell'API Cloud Healthcare è conforme allo standard HL7v2.
Crea un archivio HL7v2
Gli archivi HL7v2 esistono all'interno di set di dati e contengono messaggi HL7v2.
Crea un archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores create
:
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
L'output è il seguente:
Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].
Importa i messaggi HL7v2
Importa i messaggi HL7v2 in gs://cloud-samples-data/health/hl7v2/messages.ndjson nel tuo archivio HL7v2 utilizzando il comando
gcloud healthcare hl7v2-stores import
:
gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
L'output è il seguente:
Request issued for: [my-hl7v2-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store
In questo output:
- PROJECT_ID,
us-central1
,my-dataset
,my-hl7v2-store
: i valori che hai fornito durante l'esecuzione del comando - OPERATION_ID: un identificatore per l'operazione a lunga esecuzione fornita dall'API Cloud Healthcare
Ora che hai importato un messaggio HL7v2 nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.
Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio su come visualizzare i contenuti di un messaggio HL7v2, consulta la sezione Passaggi successivi.
Esegui la pulizia
Per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina, segui questi passaggi:
Se hai creato un nuovo progetto per questa guida rapida, segui i passaggi descritti in Eliminare il progetto. In caso contrario, segui i passaggi descritti in Eliminare il set di dati.
Elimina il progetto
- Nella console Google Cloud, vai alla pagina Gestisci risorse.
- Nell'elenco dei progetti, seleziona il progetto che vuoi eliminare, quindi fai clic su Elimina.
- Nella finestra di dialogo, digita l'ID del progetto e fai clic su Chiudi per eliminare il progetto.
Eliminazione del set di dati
Se non hai più bisogno del set di dati creato in questa guida di avvio rapido, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati è definitiva ed elimina permanentemente tutti gli archivi FHIR, HL7v2 o DICOM che contiene.
Per eliminare un set di dati, utilizza il comando
gcloud healthcare datasets delete
:gcloud healthcare datasets delete my-dataset \ --location=us-central1 \ --project=PROJECT_ID
Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.
Per confermare, digita Y.
L'output è il seguente:
Deleted dataset [my-dataset].
Com'è andata?
Passaggi successivi
Consulta le seguenti sezioni per informazioni generali sull'API Cloud Healthcare
e su come eseguire attività utilizzando la console Google Cloud o curl
e
Windows PowerShell.
- Visualizza il riferimento per l'interfaccia a riga di comando gcloud per i comandi dell'API Cloud Healthcare
- Leggi una panoramica dei concetti dell'API Cloud Healthcare
- Utilizza l'API Cloud Healthcare con
curl
e Windows PowerShell - Utilizza l'API Cloud Healthcare con la console Google Cloud
DICOM
Continua a leggere la guida DICOM per ulteriori informazioni su argomenti come i seguenti:
- Creazione e gestione degli archivi DICOM
- Connessione di un PACS all'API Cloud Healthcare
- Utilizzo dello standard DICOMweb
- Importazione ed esportazione di dati DICOM tramite Cloud Storage
Leggi la dichiarazione di conformità DICOM per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb.
FHIR
Continua a leggere la guida FHIR per ulteriori informazioni su argomenti quali:
- Creazione e gestione degli archivi FHIR
- Creazione e gestione delle risorse FHIR
- Importazione ed esportazione di dati FHIR tramite Cloud Storage
Leggi la dichiarazione di conformità FHIR per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard FHIR.
HL7v2
Continua a leggere la guida HL7v2 per ulteriori informazioni su argomenti quali: