Guida rapida: archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI

Archivia i dati sanitari con Google Cloud CLI

Questa pagina mostra come utilizzare l'API Cloud Healthcare e Google Cloud CLI per completare le seguenti attività:

Creare un set di dati dell'API Cloud Healthcare.
Crea uno dei seguenti datastore all'interno del set di dati:

Archivio Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
Archivio Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
Archivio Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)

Archivia i dati DICOM, FHIR e HL7v2 e visualizza i metadati DICOM.

Se ti interessa lavorare con un solo tipo di datastore, puoi andare direttamente a quella sezione della guida rapida dopo aver completato i passaggi descritti in Prima di iniziare e Creare un set di dati.

Prima di iniziare

Accedi al tuo account Google Cloud. Se non conosci Google Cloud, crea un account per valutare le prestazioni dei nostri prodotti in scenari reali. I nuovi clienti ricevono anche 300 $di crediti gratuiti per l'esecuzione, il test e il deployment dei carichi di lavoro.

Installa Google Cloud CLI.

Per inizializzare l'interfaccia a riga di comando gcloud, esegui il comando seguente:

gcloud init

Crea o seleziona un progetto Google Cloud.

Crea un progetto Google Cloud:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Seleziona il progetto Google Cloud che hai creato:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```

Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

Attiva Cloud Healthcare API.

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

Concedi i ruoli al tuo Account Google. Esegui il comando seguente una volta per ciascuno dei seguenti ruoli IAM: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

Sostituisci PROJECT_ID con l'ID progetto.
Sostituisci EMAIL_ADDRESS con il tuo indirizzo email.
Sostituisci ROLE con ogni ruolo.

Installa Google Cloud CLI.

Per inizializzare l'interfaccia a riga di comando gcloud, esegui il comando seguente:

gcloud init

Crea o seleziona un progetto Google Cloud.

Crea un progetto Google Cloud:
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Seleziona il progetto Google Cloud che hai creato:
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```

Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

Attiva Cloud Healthcare API.

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

Sostituisci PROJECT_ID con l'ID progetto.
Sostituisci EMAIL_ADDRESS con il tuo indirizzo email.
Sostituisci ROLE con ogni ruolo.

Crea un set di dati

I set di dati contengono datastore, i quali a loro volta contengono dati sanitari. Per utilizzare l'API Cloud Healthcare, devi creare almeno un set di dati.

L'esempio seguente mostra come creare un set di dati denominato my-dataset nella regione us-central1. Utilizzi il set di dati in questa guida rapida per creare archivi DICOM, archivi FHIR e archivi HL7v2.

gcloud

Crea un set di dati utilizzando il comando gcloud healthcare datasets create.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:

Risposta

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

Per completare questa guida rapida, scegli una delle seguenti sezioni:

Archivia e visualizza un'istanza DICOM
Archiviare risorse FHIR
Archiviare un messaggio HL7v2

Archivia e visualizza un'istanza DICOM

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

Creare un archivio DICOM.
Importa un'istanza DICOM da un bucket Cloud Storage pubblico nell'archivio DICOM.
Visualizzare i metadati dell'istanza DICOM.

L'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb per archiviare i dati di diagnostica per immagini e accedervi.

Crea un archivio DICOM

Gli archivi DICOM esistono all'interno di set di dati e contengono istanze DICOM. L'esempio seguente mostra come creare un archivio DICOM denominato my-dicom-store.

gcloud

Crea un archivio DICOM utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores create.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:

Risposta

Created dicomStore [my-dicom-store].

Importa un'istanza DICOM

I dati DICOM di esempio sono disponibili nel bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray .

gcloud

Importa l'istanza gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm utilizzando il comando gcloud healthcare dicom-stores import.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

In questo output:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: my-dicom-store: i valori forniti durante l'esecuzione del comando
OPERATION_ID: un identificatore dell'operazione a lunga esecuzione fornito dall'API Cloud Healthcare quando importi un'istanza DICOM. Le operazioni a lunga esecuzione vengono restituite quando il completamento delle chiamate dei metodi può richiedere molto tempo. L'importazione di un'istanza DICOM è in genere un'operazione rapida, quindi l'output viene restituito quasi immediatamente.

Risposta

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM

L'interfaccia a riga di comando gcloud non supporta le transazioni DICOM, come la visualizzazione o il recupero delle istanze. In alternativa, puoi utilizzare lo strumento a riga di comando DICOMweb di Google, che viene eseguito utilizzando Python. Per informazioni su come configurare Python su Google Cloud, consulta la pagina Configurare un ambiente di sviluppo Python.

Completa i seguenti passaggi per visualizzare i metadati dell'istanza DICOM utilizzando lo strumento a riga di comando DICOMweb:

Installa lo strumento a riga di comando DICOMweb utilizzando Pip:

pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip

Aggiorna la variabile PATH in modo da includere il percorso di installazione di dcmweb:
```
export PATH="$HOME/bin:$PATH"
```

Visualizza i metadati dell'istanza DICOM:

dcmweb \
  https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
  search instances

Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare.

L'output è il seguente. Per i campi nell'output, consulta Attributi del modulo comune SOP.

[
  {
    "00080016": {
      "Value": [
        "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080018": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080060": {
      "Value": [
        "DX"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "00100020": {
      "Value": [
        "1"
      ],
      "vr": "LO"
    },
    "00100040": {
      "Value": [
        "M"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "0020000D": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "0020000E": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00280010": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280011": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280100": {
      "Value": [
        8
      ],
      "vr": "US"
    }
  }
]

Dopo aver importato l'istanza DICOM nell'API Cloud Healthcare e visualizzato i relativi metadati, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio su come cercare o recuperare le immagini DICOM utilizzando lo standard DICOMweb nell'API Cloud Healthcare, consulta Passaggi successivi.

Archivia risorse FHIR

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

Creare un archivio FHIR.
Importa le risorse FHIR da un bucket Cloud Storage pubblico nell'archivio FHIR.

Crea un archivio FHIR

Gli archivi FHIR esistono all'interno di set di dati e contengono risorse FHIR. L'esempio seguente mostra come creare un archivio FHIR denominato my-fhir-store che utilizza versione FHIR R4.

gcloud

Crea un archivio FHIR utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores create.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:

Risposta

Created fhirStore [my-fhir-store].

Importa risorse FHIR

I dati FHIR di esempio sono disponibili nel bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients.

gcloud

Importa le risorse FHIR in gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients utilizzando il comando gcloud healthcare fhir-stores import.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

In questo output:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: my-fhir-store: i valori forniti durante l'esecuzione del comando
OPERATION_ID: un identificatore dell'operazione a lunga esecuzione fornito dall'API Cloud Healthcare quando importi una risorsa FHIR. Le operazioni a lunga esecuzione vengono restituite quando il completamento delle chiamate dei metodi può richiedere molto tempo. L'importazione delle risorse FHIR richiede circa uno o due minuti.
R4: la versione dell'archivio FHIR

Risposta

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

Dopo aver importato le risorse FHIR nell'API Cloud Healthcare, continua con la pulizia per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come visualizzare e cercare le risorse FHIR, consulta Passaggi successivi.

Archivia un messaggio HL7v2

Questa sezione mostra come completare le seguenti attività:

Crea un archivio HL7v2.
Importa un messaggio HL7v2 da un bucket Cloud Storage pubblico nell'archivio HL7v2.

L'implementazione di HL7v2 nell'API Cloud Healthcare è in linea con lo standard HL7v2.

Crea un archivio HL7v2

Gli archivi HL7v2 esistono all'interno di set di dati e contengono messaggi HL7v2. L'esempio seguente mostra come creare un archivio HL7v2 denominato my-hl7v2-store.

gcloud

Crea un archivio HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores create.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:

Risposta

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Importa i messaggi HL7v2

gcloud

Importa il messaggio gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson HL7v2 utilizzando il comando gcloud healthcare hl7v2-stores import.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

In questo output:

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: my-hl7v2-store: i valori forniti durante l'esecuzione del comando
OPERATION_ID: un identificatore dell'operazione a lunga esecuzione fornito dall'API Cloud Healthcare quando importi un messaggio HL7v2. Le operazioni a lunga esecuzione vengono restituite quando il completamento delle chiamate dei metodi può richiedere molto tempo. L'importazione di un messaggio HL7v2 è in genere un'operazione rapida, quindi l'output viene restituito quasi immediatamente.

Risposta

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

Dopo aver importato il messaggio HL7v2 nell'API Cloud Healthcare, continua a Pulire per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina.

Per informazioni sui passaggi successivi, ad esempio come visualizzare i contenuti di un messaggio HL7v2, consulta Passaggi successivi.

Esegui la pulizia

Per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina, elimina il progetto Google Cloud con le risorse.

Se hai creato un nuovo progetto per questa guida rapida, segui i passaggi descritti in Eliminare il progetto. In caso contrario, segui la procedura descritta in Eliminare il set di dati.

Facoltativo: revoca le credenziali dallgcloud CLI.

gcloud auth revoke

Elimina il progetto

Attenzione: l'eliminazione di un progetto ha i seguenti effetti:

L'intero contenuto del progetto viene eliminato. Se hai utilizzato un progetto esistente per le attività in questo documento, quando lo elimini elimini anche qualsiasi altro lavoro svolto nel progetto.
Gli ID progetto personalizzati non sono più disponibili. Quando hai creato questo progetto, potresti aver creato un ID progetto personalizzato che vuoi utilizzare in futuro. Per conservare gli URL che utilizzano l'ID progetto, ad esempio un URL appspot.com, elimina le risorse selezionate all'interno del progetto anziché eliminare l'intero progetto.

Se intendi esplorare più architetture, tutorial o guide rapide, puoi riutilizzare i progetti ed evitare così di superare i limiti di quota.

Elimina un progetto Google Cloud:

gcloud projects delete PROJECT_ID

Eliminazione del set di dati

Se non hai più bisogno del set di dati creato in questa guida di avvio rapido, puoi eliminarlo. L'eliminazione di un set di dati è definitiva ed elimina permanentemente tutti gli archivi FHIR, HL7v2 o DICOM che contiene.

gcloud

Eliminare un set di dati utilizzando il comando gcloud healthcare datasets delete.

Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, apporta le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud che hai creato o selezionato in Prima di iniziare

Esegui questo comando:

Linux, macOS o Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Per confermare, digita Y. Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente.

Risposta

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

Com'è andata?

Passaggi successivi

Consulta le seguenti sezioni per informazioni generali sull'API Cloud Healthcare e su come eseguire le attività in questa guida rapida utilizzando un'altra interfaccia:

DICOM

Leggi la dichiarazione di conformità DICOM per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard DICOMweb.

FHIR

Leggi la dichiarazione di conformità FHIR per informazioni su come l'API Cloud Healthcare implementa lo standard FHIR.