In questa pagina viene spiegato come esportare le istanze DICOM da Cloud Storage e come importarvi oggetti DICOM. Un'istanza DICOM è in genere un'immagine, ma può essere un altro tipo di dati permanenti come un report strutturato. Un oggetto DICOM in Cloud Storage è un'istanza DICOM che risiede in Cloud Storage. Per ulteriori informazioni, consulta Cloud Storage.
Impostazione delle autorizzazioni Cloud Storage
Prima di esportare e importare i dati DICOM in e da Cloud Storage, devi concedere autorizzazioni aggiuntive all'account di servizio dell'agente di servizio Cloud Healthcare. Per ulteriori informazioni, consulta Autorizzazioni Cloud Storage per gli archivi DICOM.
Importazione degli oggetti DICOM
Per importare diversi file di istanze DICOM in un archivio DICOM, puoi utilizzare uno dei seguenti metodi:
- Archivia i dati direttamente in un archivio DICOM a livello di programmazione dalla tua macchina locale in modo programmatico utilizzando il servizio web RESTful Transazione di archiviazione implementato nell'API Cloud Healthcare.
- Carica i dati DICOM in un bucket Cloud Storage, quindi importa i file in un archivio DICOM utilizzando una singola operazione di importazione, come spiegato in questa sezione.
Gli esempi riportati di seguito mostrano come importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage.
Console
Per importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, completa i seguenti passaggi:
- Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Vai a Set di dati - Fai clic sul set di dati che contiene l'archivio DICOM in cui stai importando gli oggetti DICOM.
- Nell'elenco dei datastore, scegli Importa dall'elenco Azioni per l'archivio DICOM.
Viene visualizzata la pagina Importa nell'archivio DICOM. - Nell'elenco Progetto, seleziona un progetto Cloud Storage.
- Nell'elenco Località, seleziona un bucket Cloud Storage.
- Per impostare una posizione specifica per l'importazione dei file:
- Espandi Opzioni avanzate.
- Seleziona Override del percorso di Cloud Storage.
- Per impostare un'origine specifica per l'importazione dei file, definisci il percorso utilizzando le seguenti variabili nella casella di testo Posizione:
*
: trova caratteri che non sono separatori.**
: corrisponde a caratteri, inclusi i separatori. Questa estensione può essere utilizzata con un'estensione del nome file in modo che corrisponda a tutti i file dello stesso tipo.?
: corrisponde a 1 carattere.
- Fai clic su Importa per importare gli oggetti DICOM dall'origine definita.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Al termine dell'operazione, vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto l'intestazione OK.
- La sezione Panoramica contiene un segno di spunta verde e un indicatore OK nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, utilizza il comando gcloud healthcare dicom-stores import gcs
. Specifica il nome del set di dati padre, il nome dell'archivio DICOM e la posizione dell'oggetto in un bucket Cloud Storage.
- La posizione dei file all'interno del bucket è arbitraria e non deve rispettare esattamente il formato specificato nell'esempio seguente.
- Quando specifichi la posizione degli oggetti DICOM in Cloud Storage, puoi utilizzare i caratteri jolly per importare più file da una o più directory.
Sono supportati i seguenti caratteri jolly:
- Utilizza
*
per trovare una corrispondenza con zero o più caratteri non separatori. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corrisponde a Example.dcm e Example22.dcm in DIRECTORY. - Utilizza
**
per trovare corrispondenze di 0 o più caratteri (inclusi i separatori). Deve essere utilizzato alla fine di un percorso e senza altri caratteri jolly. Può essere utilizzato anche con un'estensione di nome file (come .dcm), che importa tutti i file con tale estensione nella directory specificata e nelle relative sottodirectory. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa tutti i file con l'estensione .dcm in DIRECTORY e nelle relative sottodirectory. - Usa
?
per la corrispondenza di 1 carattere. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corrisponde a Example1.dcm, ma non a Example.dcm o Example01.dcm.
- Utilizza
Il seguente esempio mostra come importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage.
gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/DICOM_INSTANCE.dcm
La riga di comando visualizza l'ID operazione:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Una volta completato il comando, la risposta include done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ImportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Per importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
- La posizione dei file all'interno del bucket può variare e non deve necessariamente corrispondere al formato specificato negli esempi seguenti.
- Quando specifichi la posizione degli oggetti DICOM in Cloud Storage, utilizza i caratteri jolly per importare più file da una o più directory.
Sono supportati i seguenti caratteri jolly:
- Utilizza
*
per trovare una corrispondenza con zero o più caratteri non separatori. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corrisponde a Example.dcm e Example22.dcm in DIRECTORY. - Utilizza
**
per trovare corrispondenze di 0 o più caratteri (inclusi i separatori). Deve essere utilizzato alla fine di un percorso e senza altri caratteri jolly. Può essere utilizzato anche con un'estensione di nome file (come .dcm), che importa tutti i file con tale estensione nella directory specificata e nelle relative sottodirectory. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa tutti i file con l'estensione .dcm in DIRECTORY e nelle relative sottodirectory. - Usa
?
per la corrispondenza di 1 carattere. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corrisponde a Example1.dcm, ma non a Example.dcm o Example01.dcm.
- Utilizza
REST
Importa l'oggetto DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
PROJECT_ID
: l'ID del tuo progetto Google CloudLOCATION
: la posizione del set di datiDATASET_ID
: il set di dati padre dell'archivio DICOMDICOM_STORE_ID
: l'ID archivio DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: il percorso dell'oggetto DICOM in Cloud Storage
Corpo JSON della richiesta:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } EOF
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentVisualizza lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Go
Java
Node.js
Python
Per recuperare una singola istanza o studio da un archivio DICOM, recupera i dati DICOM utilizzando il servizio web RESTful Recupera transazione come implementato nell'API Cloud Healthcare.
Specifica una classe di archiviazione per importare gli oggetti DICOM (anteprima)
Per impostazione predefinita, il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.import
importa
un oggetto DICOM in un archivio DICOM con una classe di archiviazione standard. Puoi impostare la classe di archiviazione quando importi oggetti DICOM da Cloud Storage.
Per ulteriori informazioni, consulta Modificare la classe di archiviazione DICOM.
I seguenti esempi mostrano come specificare la classe di archiviazione quando importi oggetti DICOM da Cloud Storage.
REST
Utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
Importa l'oggetto DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
PROJECT_ID
: l'ID del tuo progetto Google CloudLOCATION
: la posizione del set di datiDATASET_ID
: il set di dati padre dell'archivio DICOMDICOM_STORE_ID
: l'ID archivio DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: il percorso dell'oggetto DICOM in Cloud StorageSTORAGE_CLASS
: la classe di archiviazione per l'oggetto DICOM nell'archivio DICOM daSTANDARD
,NEARLINE
,COLDLINE
eARCHIVE
Corpo JSON della richiesta:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } EOF
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentVisualizza lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Risoluzione dei problemi relativi alle richieste di importazione DICOM
Se si verificano errori durante una richiesta di importazione DICOM, vengono registrati in Cloud Logging. Per maggiori informazioni, consulta Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Esportazione delle istanze DICOM
Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage. Questa operazione prevede l'esportazione di tutte le istanze nell'archivio DICOM.
Console
Per esportare le istanze DICOM in Cloud Storage, completa questi passaggi:
- Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Vai a Set di dati - Fai clic sul set di dati che contiene l'archivio DICOM da cui stai esportando le istanze DICOM.
- Nell'elenco dei datastore, scegli Esporta dall'elenco Azioni per l'archivio DICOM.
- Nella pagina Esporta archivio DICOM visualizzata, seleziona Bucket Google Cloud Storage.
- Nell'elenco Progetto, seleziona un progetto Cloud Storage.
- Nell'elenco Località, seleziona un bucket Cloud Storage.
- In Impostazioni di esportazione DICOM, seleziona il tipo di file utilizzato per esportare le istanze DICOM. Sono disponibili i seguenti tipi:
- File DICOM (
.dcm
) - Flusso di ottetti
- Immagine (
.jpg
,.png
)
- File DICOM (
- Per definire la sintassi di trasferimento aggiuntiva, sceglila dall'elenco Sintassi di trasferimento.
- Fai clic su Esporta per esportare le istanze DICOM nella località definita in Cloud Storage.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Al termine dell'operazione, vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto l'intestazione OK.
- La sezione Panoramica contiene un segno di spunta verde e un indicatore OK nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage, utilizza il comando gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
- Fornisci il nome del set di dati padre, il nome dell'archivio DICOM e il bucket Cloud Storage di destinazione.
- Scrivi in una directory o in un bucket Cloud Storage, anziché in un oggetto, perché l'API Cloud Healthcare crea un file
.dcm
per ogni oggetto. - Se il comando specifica una directory che non esiste, viene creata.
Il seguente esempio mostra il comando gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
gcloud healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://BUCKET/DIRECTORY
La riga di comando visualizza l'ID operazione:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Una volta completato il comando, la risposta include done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Per esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
- Scrivi in un bucket o in una directory Cloud Storage, anziché in un oggetto, perché l'API Cloud Healthcare crea un file
.dcm
per ogni oggetto DICOM. - Se il comando specifica una directory che non esiste, viene creata.
curl
Per esportare le istanze DICOM, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la posizione del set di dati padre
- Il nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
Il seguente esempio mostra una richiesta POST
che utilizza curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Per monitorare lo stato dell'operazione, utilizza il metodo dell'operazione get
:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce una risposta con lo stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES } }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Per esportare le istanze DICOM, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la posizione del set di dati padre
- Il nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
Il seguente esempio mostra una richiesta POST
mediante Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Per monitorare lo stato dell'operazione, utilizza il metodo dell'operazione get
:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce una risposta con lo stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES }, }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Go
Java
Node.js
Python
Esportazione delle istanze DICOM utilizzando i filtri
Per impostazione predefinita, quando esporti i file DICOM in Cloud Storage, vengono esportati tutti i file DICOM nell'archivio DICOM. Analogamente, quando esporti i metadati DICOM in BigQuery, vengono esportati i metadati di tutti i dati DICOM nell'archivio DICOM.
Puoi esportare un sottoinsieme di dati o metadati DICOM utilizzando un file di filtro.
Configurare un file di filtro
Utilizzando un file di filtro puoi definire l'elenco dei file DICOM da esportare in Cloud Storage o BigQuery.
Ogni riga del file di filtro definisce lo studio, la serie o l'istanza e utilizza il formato /studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID/instances/INSTANCE_UID
.
Puoi troncare una riga per specificare il livello a cui funziona il filtro.
Ad esempio, puoi esportare un intero studio specificando
/studies/STUDY_INSTANCE_UID
oppure un'intera serie specificando
/studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID
.
Considera il seguente file di filtro:
/studies/1.123.456.789 /studies/1.666.333.111/series/123.456 /studies/1.666.333.111/series/567.890 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/111 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/222 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/333
Questo file di filtro comporta il filtraggio dei seguenti elementi:
- L'intero studio con l'UID dell'istanza dello studio come
1.123.456.789
- Due serie separate con UID di istanze di serie come
123.456
e567.890
nello studio1.666.333.111
- Tre singole istanze con ID istanza come
111
,222
e333
nello studio1.888.999.222
e nella serie123.456
Creare un file di filtro utilizzando BigQuery
Per creare un file di filtro utilizzando BigQuery, devi esportare i metadati del tuo archivio DICOM in BigQuery. I metadati esportati mostrano lo studio, la serie e gli UID delle istanze dei dati DICOM nel tuo archivio DICOM.
Dopo l'esportazione, completa i seguenti passaggi:
Query sugli UID dello studio, della serie e dell'istanza richiesti.
Ad esempio, dopo aver esportato i metadati DICOM in BigQuery, esegui la seguente query per concatenare gli UID dello studio, della serie e dell'istanza in modo che corrisponda ai requisiti del formato del file di filtro:
SELECT CONCAT ('/studies/', StudyInstanceUID, '/series/', SeriesInstanceUID, '/instances/', SOPInstanceUID) FROM [PROJECT_ID:BIGQUERY_DATASET.BIGQUERY_TABLE]
(Facoltativo) Se la query restituisce un set di risultati di grandi dimensioni che supera la dimensione massima della risposta, salva i risultati della query in una nuova tabella di destinazione in BigQuery.
Salva i risultati della query in un file ed esportali in Cloud Storage. Se hai salvato i risultati della query in una nuova tabella di destinazione nel passaggio 2, consulta Esportazione dei dati della tabella per esportare i contenuti della tabella in Cloud Storage.
Modifica il file esportato in base alle tue esigenze e utilizzalo come file di filtro. La posizione del file del filtro in Cloud Storage è obbligatoria nell'operazione di esportazione.
Creare manualmente un file di filtro
Per creare un file di filtro con contenuti personalizzati e caricarlo in un bucket Cloud Storage, completa questi passaggi:
Crea un file di filtro contenente un elenco di istanze la cui classe di archiviazione deve essere modificata sulla macchina locale. Utilizza il formato descritto nella sezione Configurare il file di filtro.
Carica il file di testo del filtro in un percorso di Cloud Storage.
gsutil cp PATH_TO_FILTER_FILE/FILTER_FILE_NAME.txt gs://BUCKET/DIRECTORY
Sostituisci quanto segue:
PATH_TO_FILTER_FILE
: il percorso del file di filtro sulla macchina localeFILTER_FILE_NAME
: il nome del file filtroBUCKET/DIRECTORY
: il percorso della località di Cloud Storage
Ad esempio:
gsutil cp my-local-folder/archive-filters.txt gs://my-bucket/my-directory
Passaggio nel file di filtro
Dopo aver creato un file di filtro, chiama l'operazione di esportazione DICOM e passa il file del filtro utilizzando l'API REST. Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare i dati DICOM utilizzando un filtro.
gcloud
Per esportare i metadati DICOM in Cloud Storage utilizzando un filtro, utilizza il comando gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs
:
gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY \ --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE
Sostituisci quanto segue:
- DICOM_STORE_ID: l'identificatore dell'archivio DICOM
- DATASET_ID: il nome del set di dati padre dell'archivio DICOM
- LOCATION: la posizione del set di dati padre dell'archivio DICOM
- DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY: il bucket Cloud Storage di destinazione
- BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE: la posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
L'output è il seguente:
Request issued for: [DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Sostituisci quanto segue:
- OPERATION_ID: l'ID restituito dalla risposta precedente
- DATASET_ID: il nome del set di dati padre dell'archivio DICOM
- LOCATION: la posizione del set di dati padre dell'archivio DICOM
L'output è il seguente:
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: 'CREATE_TIME' endTime: 'END_TIME' logsUrl: 'https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL' name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': '...'
API
Per esportare i dati DICOM utilizzando un filtro, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
curl
Per esportare i dati DICOM utilizzando un file di filtro, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la posizione del set di dati padre
- Il nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
- La posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
Il seguente esempio mostra una richiesta POST
che utilizza curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Utilizza il metodo dell'operazione get
per monitorare lo stato dell'operazione:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME"
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Per esportare i dati DICOM utilizzando un file di filtro, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la posizione del set di dati padre
- Il nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
- La posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
Il seguente esempio mostra una richiesta POST
mediante Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Utilizza il metodo dell'operazione get
per monitorare lo stato dell'operazione:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta con lo stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Risoluzione dei problemi relativi alle richieste di esportazione DICOM
Se si verificano errori durante una richiesta di esportazione DICOM, vengono registrati in Cloud Logging. Per maggiori informazioni, consulta Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Se l'intera operazione restituisce un errore, consulta Risoluzione dei problemi relativi alle operazioni a lunga esecuzione.