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Guía de inicio rápido para la herramienta de línea de comandos de gcloud

En esta página, se muestra cómo usar la API de Cloud Healthcare con la herramienta de línea de comandos de gcloud para completar las siguientes tareas:

  1. Crear un conjunto de datos de la API de Cloud Healthcare
  2. Crea uno de los siguientes almacenes de datos dentro del conjunto de datos:
    • Imágenes y comunicaciones digitales en la Medicina (DICOM)
    • Almacén de recursos de interoperabilidad de Healthcare rápida (FHIR)
    • Tienda de la versión 2 (HL7v2) de Health Seven
  3. Almacena y, luego, inspecciona un tipo particular de datos médicos en el almacén de DICOM, FHIR o HL7v2.

Antes de comenzar

  1. Accede a tu cuenta de Google Cloud. Si eres nuevo en Google Cloud, crea una cuenta para evaluar el rendimiento de nuestros productos en situaciones reales. Los clientes nuevos también obtienen $300 en créditos gratuitos para ejecutar, probar y, además, implementar cargas de trabajo.
  2. En la página del selector de proyectos de Google Cloud Console, selecciona o crea un proyecto de Google Cloud.

    Ir al selector de proyecto

  3. Comprueba que la facturación esté habilitada en tu proyecto.

    Descubre cómo puedes habilitar la facturación

  4. Habilita las Cloud Healthcare API.

    Habilita la API

  5. Instala gsutil, una herramienta que te permite acceder a Cloud Storage desde la línea de comandos con HTTPS.
  6. Según cómo uses la herramienta de línea de comandos de gcloud, completa uno de los siguientes pasos:
    • Si usas Cloud Shell, ve a Google Cloud Console y haz clic en el botón Activar Cloud Shell en la parte superior de la ventana de la consola.

      Ir a Google Cloud Console

      Se abrirá una sesión de Cloud Shell en un marco nuevo en la parte inferior de la consola, en la que se mostrará una línea de comandos. La sesión de shell puede tomar unos segundos en inicializarse.

    • Si usas una máquina virtual de Compute Engine, abre la ventana de la terminal de la máquina virtual.
    • Si usas la herramienta de gcloud en tu máquina, instala y, luego, inicializa el SDK de Cloud.

Crear un conjunto de datos

Los conjuntos de datos son los contenedores básicos que contienen los datos de atención médica en Google Cloud. Para usar la API de Cloud Healthcare, debes crear al menos un conjunto de datos.

Para crear un conjunto de datos, usa el comando gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create DATASET_ID \
    --location=LOCATION

Reemplaza lo siguiente:

  • DATASET_ID: Un identificador para el conjunto de datos El ID del conjunto de datos debe ser único dentro de la ubicación. El ID del conjunto de datos puede ser cualquier string Unicode de 1-256 caracteres compuesta por números, letras, guiones bajos, guiones y puntos.
  • LOCATION: La ubicación de Google Cloud en la que se crea el conjunto de datos. Usa us-central1, us-west2, us-east4, europe-west2, europe-west4, europe-west6, northamerica-northeast1, southamerica-east1, asia-east2, asia-northeast1, asia-southeast1, australia-southeast1 o us. A fin de usar la región predeterminada para el proyecto, omite la opción --location.

Este es el resultado:

Created dataset [DATASET_ID].

Almacena y visualiza datos de DICOM, FHIR y HL7v2

Para completar esta guía de inicio rápido, elige una de las siguientes secciones:

Almacena y visualiza instancias de DICOM

En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:

  1. Crea un almacén de DICOM.
  2. Importar una instancia de DICOM desde Cloud Storage al almacén DICOM
  3. Observa los metadatos de la instancia de DICOM (opcional).

La API de Cloud Healthcare implementa el estándar DICOMweb para almacenar datos de imagen médica y acceder a ellos.

  1. Los almacenes DICOM existen dentro de conjuntos de datos y contienen instancias de DICOM. Para crear un almacén DICOM, usa el comando gcloud healthcare dicom-stores create:

    gcloud healthcare dicom-stores create DICOM_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • DICOM_STORE_ID: Un identificador para el almacén de DICOM. El ID del almacén de DICOM debe ser único en el conjunto de datos. El ID de almacenamiento de DICOM puede ser cualquier string Unicode de 1 a 256 caracteres que consta de números, letras, guiones bajos, guiones y puntos.
    • DATASET_ID: el nombre del conjunto de datos superior del almacén DICOM.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior

    Este es el resultado:

    Created dicomStore [DICOM_STORE_ID].
    
  2. Los datos de DICOM de muestra están disponibles en el depósito gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray de Cloud Storage.

    Importa la instancia de DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm con el comando gcloud healthcare dicom-stores import:

    gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • DICOM_STORE_ID: El identificador del almacén DICOM.
    • DATASET_ID: el nombre del conjunto de datos superior del almacén DICOM.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior

    Este es el resultado:

    Request issued for: [DICOM_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    
  3. La herramienta gcloud no admite transacciones web DICOM, como la visualización o la recuperación de instancias (opcional). En su lugar, puedes usar la herramienta de línea de comandos de DICOMweb de Google. La herramienta de línea de comandos de DICOMweb se ejecuta con Python. Para obtener información sobre cómo configurar Python en Google Cloud, consulta Configura un entorno de desarrollo de Python.

    Después de configurar Python, puedes instalar la herramienta con Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    

    Para ver los metadatos de la instancia, ejecuta el siguiente comando con la herramienta de línea de comandos DICOMweb:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID/dicomWeb \
      search instances
    

    Este es el resultado:

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Ahora que ya almacenaste una instancia de DICOM en la API de Cloud Healthcare, ve a Próximos pasos para obtener información sobre los próximos pasos, como cómo buscar o recuperar imágenes de DICOM.

Almacena y visualiza recursos de FHIR

En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:

  1. Crea un almacén de FHIR.
  2. Crea un depósito de Cloud Storage y copia un archivo de recursos FHIR al depósito.
  3. Importa el recurso de FHIR del depósito de Cloud Storage al almacén de FHIR.

Para completar esta guía de inicio rápido, sigue estos pasos:

  1. Los almacenes de FHIR existen dentro de conjuntos de datos y contienen recursos FHIR. Para crear un almacén de FHIR, usa el comando gcloud healthcare fhir-stores create:

    gcloud healthcare fhir-stores create FHIR_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --version=STU3
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • FHIR_STORE_ID: Un identificador para el almacén de FHIR. El ID del almacén de FHIR debe ser único en el conjunto de datos. El ID de almacén de FHIR puede ser cualquier string Unicode de 1 a 256 caracteres compuesta por números, letras, guiones bajos, guiones y puntos.
    • DATASET_ID: es el nombre del conjunto de datos superior del almacén de FHIR.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior
    • Las opciones disponibles para la versión del almacén de FHIR son DSTU2, STU3 o R4. Para esta guía de inicio rápido, usa STU3.

    Este es el resultado:

    Created fhirStore [FHIR_STORE_ID].
    
  2. Guarda el archivo de recursos FHIR de muestra de JSON en tu máquina. El archivo contiene datos básicos para un recurso del paciente y un encuentro que encontró el paciente.

  3. Si aún no tienes un depósito de Cloud Storage que deseas usar para almacenar el archivo de recursos FHIR de muestra, crea un depósito nuevo con el comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Reemplaza la variable BUCKET con tu propio nombre de depósito único a nivel global.

    Este es el resultado:

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Si el nombre del depósito que elegiste ya está en uso, tú o alguien más, el comando muestra el siguiente mensaje:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Si el nombre del depósito ya está en uso, vuelva a intentarlo con otro nombre.

  4. Copia el archivo de recursos JSON FHIR de muestra al depósito mediante el comando gsutil cp:

    gsutil cp resources.ndjson gs://BUCKET
    

    Este es el resultado:

    Copying file://resources.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  860.0 B/  860.0 B]
    Operation completed over 1 objects/860.0 B.
    
  5. Después de copiar el archivo de recursos de FHIR al depósito, importa el recurso de FHIR mediante el comando gcloud healthcare fhir-stores import:

    gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/resources.ndjson \
     --content-structure=RESOURCE
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • FHIR_STORE_ID: El identificador del almacén de FHIR.
    • DATASET_ID: es el nombre del conjunto de datos superior del almacén de FHIR.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior
    • BUCKET: el nombre del depósito de Cloud Storage que contiene el archivo de recursos FHIR.

    Este es el resultado:

    Request issued for: [FHIR_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    version: STU3
    

Ahora que ya almacenaste un recurso de FHIR en la API de Cloud Healthcare, ve a Próximos pasos para obtener información sobre los próximos pasos, como cómo ver y buscar recursos de FHIR en el Almacén de FHIR.

Almacenamiento y visualización de mensajes HL7v2

En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:

  1. Crea una tienda de HL7v2
  2. Crea un depósito de Cloud Storage y copia un mensaje HL7v2 al depósito.
  3. Importa el mensaje HL7v2 del depósito de Cloud Storage al almacén HL7v2.

La implementación de HL7v2 en la API de Cloud Healthcare se alinea con el estándar HL7v2.

  1. Los almacenes HL7v2 existen dentro de los conjuntos de datos y contienen mensajes HL7v2. Para crear un almacén HL7v2, usa el comando gcloud healthcare hl7V2-stores create:

    gcloud healthcare hl7V2-stores create HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • HL7V2_STORE_ID: Es un identificador para el almacén de HL7v2. El ID de almacén de HL7v2 debe ser único en el conjunto de datos. El ID de tienda de HL7v2 puede ser cualquier string Unicode de 1 a 256 caracteres que consta de números, letras, guiones bajos, guiones y puntos.
    • DATASET_ID: es el nombre del conjunto de datos superior del almacén de HL7v2.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior

    Este es el resultado:

    Created hl7v2Store [HL7V2_STORE_ID].
    
  2. Guarda el archivo de mensaje de HL7v2 de muestra en tu máquina. El mensaje contiene la siguiente información básica, en la que se codifica en el formato base64 en el campo data del archivo de muestra:

    MSH|^~\&|A|SEND_FACILITY|A|A|20180101000000||TYPE^A|20180101000000|T|0.0|||AA||00|ASCII
    EVN|A00|20180101040000
    PID||14^111^^^^MRN|11111111^^^^MRN~1111111111^^^^ORGNMBR
    
  3. Si aún no tienes un depósito de Cloud Storage que quieres usar para almacenar el mensaje de HL7v2 de muestra, crea un depósito nuevo con el comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Reemplaza la variable BUCKET con tu propio nombre de depósito único a nivel global.

    Este es el resultado:

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Si el nombre del depósito que elegiste ya está en uso, tú o alguien más, el comando muestra lo siguiente:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Si el nombre del depósito ya está en uso, vuelva a intentarlo con otro nombre.

  4. Copia el mensaje de HL7v2 de muestra en el depósito mediante el comando gsutil cp:

    gsutil cp hl7v2-sample-import.ndjson gs://BUCKET
    

    Este es el resultado:

    Copying file://hl7v2-sample-import.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  241.0 B/  241.0 B]
    Operation completed over 1 objects/241.0 B.
    
  5. Después de copiar el archivo HL7v2 en el depósito, importa el mensaje HL7v2 con el comando gcloud beta healthcare hl7V2-stores import:

    gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/hl7v2-sample-import.ndjson
    

    Reemplaza lo siguiente:

    • HL7V2_STORE_ID: Es el identificador del almacén de HL7v2.
    • DATASET_ID: es el nombre del conjunto de datos superior del almacén de HL7v2.
    • LOCATION: la ubicación del conjunto de datos superior
    • BUCKET: es el nombre del depósito de Cloud Storage que contiene el archivo HL7v2.

    Este es el resultado:

    Request issued for: [HL7V2_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    

Ahora que almacenaste un mensaje de HL7v2 en la API de Cloud Healthcare, sigue a Próximos pasos para obtener información sobre los próximos pasos, como cómo ver el contenido del mensaje HL7v2 en su tienda.

Limpia

Para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos utilizados en este instructivo, puedes limpiar los recursos que creaste en Google Cloud.

Si creaste un proyecto nuevo para este instructivo, sigue los pasos en Borra el proyecto. De lo contrario, sigue los pasos en Borra el conjunto de datos.

Borra el proyecto

  1. En Cloud Console, ve a la página Administrar recursos.

    Ir a Administrar recursos

  2. En la lista de proyectos, elige el proyecto que quieres borrar y haz clic en Borrar.
  3. En el diálogo, escribe el ID del proyecto y, luego, haz clic en Cerrar para borrar el proyecto.

Borra el conjunto de datos

Si ya no necesitas el conjunto de datos que creaste en esta guía de inicio rápido, puedes borrarlo. Si borras un conjunto de datos, se borrará de forma permanente y todas las tiendas de FHIR, HL7v2 o DICOM que contenga.

  1. Para borrar un conjunto de datos, usa el comando gcloud healthcare datasets delete:

    gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
    --location=LOCATION \
    --project=PROJECT_ID
    
  2. Para confirmar, escribe Y.

Este es el resultado:

Deleted dataset [DATASET_ID].

¿Cómo fue?

¿Qué sigue?

Consulta las secciones siguientes para obtener información general sobre la API de Cloud Healthcare y sobre cómo realizar tareas con Cloud Console o curl y Windows PowerShell.

DICOM

Continúa con la guía de DICOM para revisar temas como los siguientes:

Consulta la declaración de conformidad de DICOM para obtener información sobre cómo la API de Cloud Healthcare implementa el estándar DICOMweb.

FHIR

Continúa con la guía de FHIR para revisar temas como los siguientes:

Consulta la declaración de conformidad de FHIR para obtener información sobre cómo la API de Cloud Healthcare implementa el estándar de FHIR.

HL7v2

Continúa con la guía de HL7v2 para revisar temas como los siguientes: