本页面介绍了如何启用 Healthcare Natural Language API、如何配置权限以及如何调用 analyzeEntities 方法从医学信息中提取医学数据分析。
概览
Healthcare Natural Language API 提供用于从医学文本提取数据分析的机器学习解决方案。Healthcare Natural Language API 是 Cloud Healthcare API 的一部分。如需简要了解 Healthcare Natural Language API，请参阅 Healthcare Natural Language API 概念文档。
Healthcare Natural Language API 会解析非机构化医学文本，例如医疗记录或保险索赔。然后，它会生成存储在这些数据源中的医学知识实体的结构化数据表示，以用于下游分析和自动化。例如，您可以：
- 提取关于疾病、药物、医疗设备、手术及其临床相关特性等医学概念的信息
- 将医学概念与 RxNorm、ICD-10、MeSH 和 SNOEDED CT 等标准医学词汇相对应（仅限美国用户）
- 从文本中提取医学数据分析，并将其与 Google Cloud 中的数据分析产品集成
可用位置
Healthcare Natural Language API 在以下位置可用：
| 地点名称 | 地点描述 |
|---|---|
asia-south1 |
印度孟买 |
australia-southeast1 |
澳大利亚悉尼 |
europe-west2 |
英国伦敦 |
europe-west4 |
荷兰 |
northamerica-northeast1 |
加拿大蒙特利尔 |
us-central1 |
美国爱荷华州 |
启用 Healthcare Natural Language API
在开始使用 Healthcare Natural Language API 之前，您必须为您的 Google Cloud 项目启用该 API。您可以在不启用或使用 Cloud Healthcare API 功能的情况下使用 Healthcare Natural Language API。
如需启用 API，请完成以下步骤：
- Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
-
In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Set the environment variable
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALSto the path of the JSON file that contains your credentials. This variable applies only to your current shell session, so if you open a new session, set the variable again. -
In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Set the environment variable
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALSto the path of the JSON file that contains your credentials. This variable applies only to your current shell session, so if you open a new session, set the variable again. -
Enable the Cloud Healthcare API.
- Install the Google Cloud CLI.
-
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
gcloud init
设置权限
为了使用本指南中的功能，您必须拥有 healthcare.nlpservice.analyzeEntities 权限，它包含在 healthcare.nlpServiceViewer 角色中。
如需分配此角色，请运行 gcloud projects add-iam-policy-binding 命令：
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID \
--member serviceAccount:SERVICE_ACCOUNT_ID \
--role roles/healthcare.nlpServiceViewer
提取实体、关系和情境特性
Healthcare Natural Language API 使用情境感知模型来提取医疗实体、关系和情境特性。每个文本实体会提取到一个医学字典条目中。如需从医学文本中提取此级层的医学数据分析，请使用 projects.locations.services.nlp.analyzeEntities 方法。
如需在请求中包含许可的词汇，例如国际疾病分类、第十版临床修改 (ICD10CM) 和 SNOMED 临床术语 (SNOMEDCT_US)，请参阅包括许可的词汇。
如需使用 Healthcare Natural Language API 从医学文本中提取医学数据分析，请发出 POST 请求并在 documentContent 字段中指定目标文本。医学文本的大小上限为 20,000 个 Unicode 字符。
以下示例展示了如何使用 analyzeEntities 方法从医学文本“胰岛素方案：人体静脉注射 5 个单位”中提取医学数据分析。
REST
在使用任何请求数据之前，请先进行以下替换：
PROJECT_ID：您的 Google Cloud 项目的 IDLOCATION：数据集位置
请求 JSON 正文：
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
如需发送请求，请选择以下方式之一：
curl
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
EOF
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
如果请求成功，响应中会包含以下信息：
- 识别出的医学知识实体
- 功能特征
- 识别出的实体之间的关系
- 情境特性
- 将医学知识实体映射到标准术语
如需查看受支持的实体、属性和关系类型的列表，请参阅 Healthcare Natural Language API 功能。
以下响应将治疗性胰岛素（NCI 术语系统中代码 C581 的实体）标识为药物。响应还包含为响应分配的置信度分数。如需详细了解响应字段，请参阅 analyzeEntities 文档。
包含已获许可的词汇
您可以在向 Healthcare Natural Language API 发出的请求中添加以下许可词汇：
- 国际疾病分类第十版临床修订版 (ICD10CM)：用于对住院和门诊记录、医师诊所以及大多数国家卫生统计中心 (NCHS) 调查问卷的发病数据进行编码和分类。
- 美国版 SNOMED 临床术语 (SNOMEDCT_US)：提供电子健康记录的核心一般术语。
以下示例展示了如何向 Healthcare Natural Language API 发出 POST 请求，并在 licensedVocabularies 对象中包含这两种可用的许可词汇。您可以指定一个或多个可用的许可词汇。
REST
在使用任何请求数据之前，请先进行以下替换：
PROJECT_ID：您的 Google Cloud 项目的 IDLOCATION：数据集位置
请求 JSON 正文：
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
如需发送请求，请选择以下方式之一：
curl
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
EOF
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
SNOMEDCT_US 和 ICD10CM 许可词汇表的词汇代码。输出如下所示，所请求的许可词汇代码以粗体显示：
将输出提取为 FHIR R4 软件包
您可以从文本中提取实体，并将其映射到 FHIR R4 资源和元素。生成的 FHIR R4 软件包包括 JSON 格式的所有实体、实体提及和关系。例如，Healthcare Natural Language API 将基本实体 PROBLEM 映射到 Condition FHIR R4 资源，实体 PROBLEM.ANATOMICAL_STRUCTURE 映射到 Condition.bodySite FHIR 元素。如需查看其他映射的列表，请参阅以 FHIR 软件包形式提供的 Healthcare Natural Language API 输出。
以下示例展示了如何向 Healthcare Natural Language API 发出 POST 请求并提取 FHIR R4 软件包中的文本实体。如需了解详情，请参阅 AlternativeOutputFormat 对象。
REST
在使用任何请求数据之前，请先进行以下替换：
PROJECT_ID：您的 Google Cloud 项目的 IDLOCATION：数据集位置
请求 JSON 正文：
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
如需发送请求，请选择以下方式之一：
curl
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
EOF
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
将请求正文保存在名为 request.json 的文件中。在终端中运行以下命令，在当前目录中创建或覆盖此文件：
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
然后，执行以下命令以发送 REST 请求：
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
- 已识别的实体采用类似于 提取实体、关系和上下文特性 (Extract entity,lations and contextual Properties) 中的输出的格式提及实体及其关系。
- 包含字符串格式的 FHIR Bundle 资源的
fhirBundle键。FHIR 软件包包括所有实体、实体提及项以及 JSON 格式的关系。