빠른 시작: Google Cloud CLI로 의료 데이터 저장

Google Cloud CLI로 의료 데이터 저장

이 페이지에서는 Cloud Healthcare API와 Google Cloud CLI를 사용하여 다음 태스크를 완료하는 방법을 설명합니다.

  1. Cloud Healthcare API 데이터 세트를 만듭니다.
  2. 데이터 세트 내에 다음 데이터 저장소 중 하나를 만듭니다.
    • Digital Imaging and Communications in Medicine(DICOM) 저장소
    • Fast Healthcare Interoperability Resources(FHIR) 저장소
    • Health Level Seven International Version 2(HL7v2) 저장소
  3. DICOM, FHIR, HL7v2 데이터를 저장하고 DICOM 메타데이터를 봅니다.

한 가지 유형의 데이터 저장소로 작업하는 데 관심이 있는 경우 시작하기 전에데이터 세트 만들기의 단계별 안내를 완료한 후에 빠른 시작에서 해당 항목으로 곧장 건너뛰면 됩니다.

시작하기 전에

  1. Google Cloud 계정에 로그인합니다. Google Cloud를 처음 사용하는 경우 계정을 만들고 Google 제품의 실제 성능을 평가해 보세요. 신규 고객에게는 워크로드를 실행, 테스트, 배포하는 데 사용할 수 있는 $300의 무료 크레딧이 제공됩니다.
  2. Google Cloud Console의 프로젝트 선택기 페이지에서 Google Cloud 프로젝트를 선택하거나 만듭니다.

    프로젝트 선택기로 이동

  3. Cloud 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인합니다. 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인하는 방법을 알아보세요.

  4. 필요한 API를 사용 설정합니다.

    API 사용 설정

  5. Google Cloud Console의 프로젝트 선택기 페이지에서 Google Cloud 프로젝트를 선택하거나 만듭니다.

    프로젝트 선택기로 이동

  6. Cloud 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인합니다. 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인하는 방법을 알아보세요.

  7. 필요한 API를 사용 설정합니다.

    API 사용 설정

  8. Cloud Healthcare API 사용 설정

    API 사용 설정

Google Cloud CLI를 사용하는 방법에 따라 다음 단계 중 하나를 완료합니다.

  • Cloud Shell을 사용하는 경우 Google Cloud Console로 이동한 다음 콘솔 창에서 Cloud Shell 활성화 버튼을 클릭합니다.

    Google Cloud Console로 이동

    Console의 새 프레임 내에 Cloud Shell 세션이 열리면서 명령줄 프롬프트가 표시됩니다. 셸 세션이 초기화되는 데 몇 분 정도 걸릴 수 있습니다.

  • Compute Engine 가상 머신을 사용하는 경우 가상 머신의 터미널 창을 엽니다.

  • 머신에서 gcloud CLI를 사용하는 경우 gcloud CLI를 설치하고 초기화합니다.

데이터 세트 만들기

데이터 세트에는 데이터 저장소가 포함되고 데이터 저장소에는 의료 데이터가 포함됩니다. Cloud Healthcare API를 사용하려면 적어도 하나 이상의 데이터 세트를 만들어야 합니다.

gcloud healthcare datasets create 명령어를 사용하여 데이터 세트를 만듭니다.

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID

PROJECT_ID시작하기 전에에서 만들었거나 선택한 Google Cloud 프로젝트의 ID로 바꿉니다.

출력은 다음과 같습니다.

Created dataset [my-dataset].

이 빠른 시작을 완료하려면 다음 섹션 중 하나를 선택하세요.

DICOM 인스턴스 저장 및 보기

이 섹션에서는 다음 태스크를 완료하는 방법을 보여줍니다.

  1. DICOM 저장소를 만듭니다.
  2. Cloud Storage의 DICOM 인스턴스를 DICOM 저장소로 가져옵니다.
  3. DICOM 인스턴스의 메타데이터를 확인합니다.

Cloud Healthcare API는 의료 영상 데이터를 저장하고 액세스하기 위해 DICOMweb 표준을 구현합니다.

DICOM 저장소 만들기

DICOM 저장소는 데이터 세트 내에 있으며 DICOM 인스턴스를 보관합니다.

gcloud healthcare dicom-stores create 명령어를 사용하여 DICOM 저장소를 만듭니다.

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

출력은 다음과 같습니다.

Created dicomStore [my-dicom-store].

DICOM 인스턴스 가져오기

gcloud healthcare dicom-stores import 명령어를 사용하여 gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm DICOM 인스턴스를 가져옵니다.

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

출력은 다음과 같습니다.

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset

이 출력에서 각 항목의 의미는 다음과 같습니다.

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: 명령어를 실행할 때 제공한 값입니다.
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API로 제공된 장기 실행 작업의 식별자입니다.

DICOM 인스턴스 메타데이터 보기

gcloud CLI에서는 인스턴스 보기 또는 검색과 같은 DICOMweb 트랜잭션을 지원하지 않습니다. 대신 Google의 DICOMweb 명령줄 도구를 사용할 수 있습니다. DICOMweb 명령줄 도구는 Python을 사용하여 실행됩니다. Google Cloud에서 Python을 설정하는 방법에 대한 자세한 내용은 Python 개발 환경 설정을 참조하세요.

DICOM 인스턴스 메타데이터를 확인합니다.

  1. Python을 설정한 후 Pip를 사용하여 DICOMweb 명령줄 도구를 설치합니다.

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. dcmweb 설치 위치를 포함하도록 PATH 변수를 업데이트합니다.

    export PATH="$HOME/bin:$PATH"
    
  3. DICOM 인스턴스의 메타데이터를 확인합니다.

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
      search instances
    

    PROJECT_ID시작하기 전에에서 만들었거나 선택한 Google Cloud 프로젝트의 ID로 바꿉니다.

    출력은 다음과 같습니다.

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

이제 DICOM 인스턴스를 Cloud Healthcare API로 가져오고 메타데이터를 확인했으므로 삭제를 계속 진행하여 이 페이지에서 사용된 리소스에 대해 Google Cloud 계정에 요금이 청구되지 않도록 합니다.

DICOM 이미지 검색 방법과 같은 다음 단계에 대한 자세한 내용은 다음 단계를 참조하세요.

FHIR 리소스 저장

이 섹션에서는 다음 태스크를 완료하는 방법을 보여줍니다.

  1. FHIR 저장소를 만듭니다.
  2. Cloud Storage 버킷에서 FHIR 저장소로 FHIR 리소스를 가져옵니다.

FHIR 저장소 만들기

FHIR 저장소는 데이터 세트 내에 존재하며 FHIR 리소스를 보관합니다.

gcloud healthcare fhir-stores create 명령어를 사용하여 FHIR 저장소를 만듭니다.

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

출력은 다음과 같습니다.

Created fhirStore [my-fhir-store].

FHIR 리소스 가져오기

gcloud healthcare fhir-stores import 명령어를 사용하여 FHIR 리소스를 gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients 버킷에서 FHIR 저장소로 가져옵니다.

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

출력은 다음과 같습니다.

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset
version: R4

이 출력에서 각 항목의 의미는 다음과 같습니다.

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset: 명령어를 실행할 때 제공한 값입니다.
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API로 제공된 장기 실행 작업의 식별자입니다.

이제 FHIR 리소스를 Cloud Healthcare API로 가져왔으므로 삭제를 계속 진행하여 이 페이지에서 사용한 리소스에 대해 Google Cloud 계정에 요금이 청구되지 않도록 합니다.

FHIR 리소스를 보고 검색하는 방법과 같은 다음 단계에 대한 자세한 내용은 다음 단계를 참조하세요.

HL7v2 메시지 저장

이 섹션에서는 다음 태스크를 완료하는 방법을 보여줍니다.

  1. HL7v2 저장소를 만듭니다.
  2. Cloud Storage 버킷을 만들고 HL7v2 메시지를 버킷에 복사합니다.
  3. Cloud Storage 버킷에서 HL7v2 저장소로 HL7v2 메시지를 가져옵니다.

Cloud Healthcare API의 HL7v2 구현은 HL7v2 표준과 일치합니다.

HL7v2 저장소 만들기

HL7v2 저장소는 데이터 세트 내에 있으며 HL7v2 메시지를 포함합니다.

gcloud healthcare hl7v2-stores create 명령어를 사용하여 HL7v2 저장소를 만듭니다.

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

출력은 다음과 같습니다.

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

HL7v2 메시지 가져오기

gcloud healthcare hl7v2-stores import 명령어를 사용하여 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson의 HL7v2 메시지를 HL7v2 저장소로 가져옵니다.

gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

출력은 다음과 같습니다.

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

이 출력에서 각 항목의 의미는 다음과 같습니다.

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: 명령어를 실행할 때 제공한 값입니다.
  • OPERATION_ID: Cloud Healthcare API로 제공된 장기 실행 작업의 식별자입니다.

Cloud Healthcare API로 HL7v2 메시지를 가져왔으므로 삭제를 계속 진행하여 이 페이지에서 사용한 리소스에 대해 Google Cloud 계정에 요금이 청구되지 않도록 합니다.

HL7v2 메시지의 콘텐츠를 보는 방법 등 다음 단계에 대한 자세한 내용은 다음 단계를 참조하세요.

삭제

이 페이지에서 사용한 리소스 비용이 Google Cloud 계정에 청구되지 않도록 하려면 다음 단계를 수행합니다.

이 빠른 시작용으로 새 프로젝트를 만든 경우 프로젝트 삭제 단계를 수행합니다. 그렇지 않으면 데이터 세트 삭제 단계를 수행합니다.

프로젝트 삭제

  1. 콘솔에서 리소스 관리 페이지로 이동합니다.

    리소스 관리로 이동

  2. 프로젝트 목록에서 삭제할 프로젝트를 선택하고 삭제를 클릭합니다.
  3. 대화상자에서 프로젝트 ID를 입력한 후 종료를 클릭하여 프로젝트를 삭제합니다.

데이터 세트 삭제

이 빠른 시작에서 만든 데이터 세트가 더 이상 필요하지 않으면 삭제할 수 있습니다. 데이터 세트를 삭제하면 데이터 세트 및 데이터 세트에 포함된 모든 FHIR, HL7v2 또는 DICOM 저장소가 영구적으로 삭제됩니다.

  1. 데이터 세트를 삭제하려면 gcloud healthcare datasets delete 명령어를 사용합니다.

    gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
    --location=us-central1 \
    --project=PROJECT_ID
    

    PROJECT_ID시작하기 전에에서 만들었거나 선택한 Google Cloud 프로젝트의 ID로 바꿉니다.

  2. 확인하려면 Y를 입력합니다.

출력은 다음과 같습니다.

Deleted dataset [my-dataset].

어땠나요?

다음 단계

Cloud Healthcare API에 대한 일반적인 정보와 콘솔 또는 curl 및 Windows PowerShell을 사용하여 작업을 수행하는 방법은 다음 섹션을 참조하세요.

DICOM

DICOM 가이드로 이동하여 다음 주제를 검토하세요.

Cloud Healthcare API가 DICOMweb 표준을 구현하는 방법에 대한 자세한 내용은 DICOM 적합성 명세를 참조하세요.

FHIR

FHIR 가이드로 이동하여 다음 주제를 검토하세요.

Cloud Healthcare API가 FHIR 표준을 구현하는 방법에 대한 자세한 내용은 FHIR 적합성 명세를 참조하세요.

HL7v2

HL7v2 가이드로 이동하여 다음 주제를 검토하세요.