Auf dieser Seite wird erläutert, wie Sie DICOM-Daten de-identifizieren, Metadaten zum De-Identifikationsvorgang schreiben und herausfinden, was in einem FHIR-Speicher de-identifiziert wurde. Die Metadaten werden in FHIR-Provenance-Ressourcen im FHIR-Speicher abgelegt. Anschließend können Sie die Daten mit benutzerdefinierten FHIR-Suchen abfragen, um Fragen wie die folgenden zu beantworten:
- Was wurde de-identifiziert?
- Wie und warum wurden die Daten de-identifiziert?
- Wann wurde der De-Identifikationsvorgang durchgeführt und wie lange hat er gedauert?
Hinweise
FHIR anstelle von Annotationen verwenden
Die Cloud Healthcare API bietet eine Annotations-API, mit der Sie de-identifizierte Daten annotieren können.
Das Schreiben von Metadaten zu De-Identifikationsvorgängen in einen FHIR-Speicher funktioniert ähnlich und hat folgende Vorteile:
- Sie müssen die Annotations API nicht verwenden, die eine separate API ist.
- Sie müssen keine Anmerkungsspeicher und Anmerkungseinträge erstellen und verwalten.
- Sie können weiterhin mit dem FHIR-Standard und der FHIR API der Cloud Healthcare API arbeiten.
- Sie können die FHIR-Ressourcen nach BigQuery exportieren, um sie zu untersuchen und zu analysieren. Die generierten Daten sind nur mit dem
LOSSLESS- oderANALYTICS_V2-SchemaTypekompatibel.- Sie können Änderungen an der FHIR-Ressource an BigQuery streamen, um die Daten in einem FHIR-Speicher nahezu in Echtzeit mit einem BigQuery-Dataset zu synchronisieren.
- Zu den Metadaten des De-Identifikationsvorgangs werden weitere Informationen bereitgestellt.
Voraussetzungen
Der FHIR-Speicher, der die Metadaten des De-Identifizierungsvorgangs enthält, muss folgende Anforderungen erfüllen:
- Er muss bereits vorhanden sein.
- Er muss ein FHIR-Speicher der Version R4 sein.
enableUpdateCreatemuss auftruefestgelegt sein.
Herkunftsressourcen im FHIR-Speicher für Vorgangsmetadaten
Wenn Sie einen DICOM-De-Identifikationsvorgang ausführen, werden folgende Herkunftsressourcen in den FHIR-Speicher der Vorgangsmetadaten geschrieben:
Eine Herkunftsressource, die den De-Identifikationsvorgang zusammenfasst, z. B. den Namen des Vorgangs mit langer Ausführungszeit, die Zeit des Vorgangs und die verwendete Konfiguration. Eine Liste der Felder in dieser Provenance-Ressource finden Sie unter Metadaten von Vorgängen in einer Provenance-Ressource de-identifizieren.
Eine Herkunftsressource pro de-identifizierter DICOM-Instanz. Eine Liste der Felder in dieser Herkunftsressource finden Sie unter DICOM-De-Identifikationsmetadaten in einer Herkunftsressource.
- Die Ressource enthält Informationen darüber, was de-identifiziert wurde, z. B. ein DICOM-Tag oder ein Teil eines DICOM-Image und die ergriffenen Aktionen, z. B. ob Informationen entfernt, transformiert oder ignoriert wurden.
Die Ressource kann de-identifizierte Daten enthalten, die von der optischen Zeichenerkennung (OCR, Optical Character Recognition) verarbeitet wurden und in den Bereich geschützter Gesundheitsinformationen (PHI, Protected Health Information) fallen.
Der de-identifizierte Text (oder
quote) wird von seinem Informationstyp (oderinfoType) und der Wahrscheinlichkeit der Suche nach den Informationen (oderconfidence) begleitet. Beispiel: Wenn ein DICOM-Image mit dem eingebrannten TextJohn Doede-identifiziert wird, ist in der HerkunftsressourcequoteaufJohn DoeundinfoTypeaufPERSON_NAMEgesetzt. Weiter ist einconfidence-Wert zwischen 0 und 1 vorhanden.Die DICOM-De-Identifikationsmetadaten werden nur generiert, wenn die
dicomStores.deidentify-Methode mitImageConfig.textRedactionModeaufREDACT_SENSITIVE_TEXToderREDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORSfestgelegt aufgerufen wird.
Vorgangsmetadaten in einer Provenance-Ressource de-identifizieren
In folgender Tabelle werden die Metadaten im De-Identifizierungsvorgang und das entsprechende Feld in den Metadaten beschrieben, in denen sie sich in der Herkunftsressource befinden. Die Zellenfelder für die Herkunftsressource enthalten Beispielwerte, die zu Demonstrationszwecken dienen.
| Metadatenbeschreibung | Feld der Herkunftsressource |
|---|---|
| Ressourcen-ID der Herkunft | Provenance.id |
| Beginn des De-Identifikationsvorgangs | Provenance.occurredDateTime |
| Zeitstempel der Erstellung der Herkunftsressource | Provenance.recorded |
| Name des Vorgangs zur De-Identifikation mit langer Ausführungszeit |
Provenance.agent.who: {
"identifier": {
"system": "https://g.co/healthcare/operation"
"value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}
}
|
| DICOM-Quellspeicher |
Provenance.entity.role: "SOURCE"
Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
|
| Ziel-DICOM-Speicher | Provenance.target.type.value |
Verwendeter DeidentifyConfig-Wert |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/deidentify-config',
valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
}]
|
DICOM-De-Identifikationsmetadaten in einer Herkunftsressource
In folgender Tabelle sind die Metadaten der DICOM-Instanz, die de-identifiziert wurde, und das den Metadaten entsprechende Feld in einer Herkunftsressource beschrieben. Die Zellenfelder für die Herkunftsressource enthalten Beispielwerte, die zu Demonstrationszwecken dienen.
| Metadatenbeschreibung | Feld der Herkunftsressource |
|---|---|
| Link zur Ressource für den De-Identifikationsvorgang | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
| Zeitstempel der Erstellung der Herkunftsressource | Provenance.recorded |
| REST-Pfad der DICOM-Quellinstanz |
Provenance.entity.role: SOURCE
Provenance.entity.what.identifier.value
|
| REST-Pfad der Ziel-DICOM-Instanz | Provenance.target.type.value |
| Größe des DICOM-Image |
Provenance.entity.extension: [
{
url: 'https://g.co/WIDTH',
valueDecimal: WIDTH
},
url: 'https://g.co/HEIGHT',
valueDecimal: HEIGHT
}
]
|
| Strukturierte Größe |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
valueDecimal: VALUE,
}]
|
| DICOM-Image-Annotation |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
extension: [
{ FRAME_0
},
{ FRAME_1
},
...
]
}]
|
| DICOM-Frame-Annotation |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
{
url: 'frame-index',
valueDecimal: 0,
extension: [
{
url: 'left',
valueDecimal: LEFT_VALUE
},
{
url: 'right',
valueDecimal: RIGHT_VALUE
},
{
url: 'top',
valueDecimal: TOP_VALUE
},
{
url: 'bottom',
valueDecimal: BOTTOM_VALUE
},
{
url: 'relative-left',
valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-right',
valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
},
{
url: 'relative-top',
valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-bottom',
valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
}
]
}
]
|
| DICOM-Frame-Annotation |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
// REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "quote", // The PHI text de-identified
"valueString": "John Doe"
},
{
"url": "infoType", // The type of the de-identified text
"valueString": "PERSON_NAME"
},
{
"url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
"valueDecimal": 0.7
}
]
|
| Annotation für alle DICOM-Tags |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/dicom-tags',
extension: [
{ // tag (0002,0000)
},
{ // tag (0002,0001)
},
...
]
}]
|
| Einzelne DICOM-Tag-Notation |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
{
url: 'tag-id',
valueString: '00080012',
extension: [
{
url: 'byte-start',
valueDecimal: 10
},
{
url: 'byte-end',
valueDecimal: 18
},
{
url: 'finding-infotype',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'text-original',
valueString: 'John Doe'
},
{
url: 'text-replaced',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'deidentify-action',
valueString: 'REMOVED'
// Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
// "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
},
{
url: 'deidentify-reason',
valueString: 'Matched VALUE'
// Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
// for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
}
]
}
]
|
Beispiele
Hinweise
Prüfen Sie, ob Sie die roles/healthcare.fhirResourceEditor-Rolle für den FHIR-Speicher der Vorgangsmetadaten haben, bevor Sie eines der folgenden Beispiele ausführen. Sie benötigen diese Rolle, um in den FHIR-Speicher der Vorgangsmetadaten schreiben zu können.
DICOM-Daten de-identifizieren, in einen FHIR-Speicher schreiben und Herkunftsressourcen suchen
Führen Sie die folgenden Schritte aus, bevor Sie dieses Beispiel ausführen:
- Erstellen Sie ein Quell-Dataset, das einen DICOM-Speicher mit mindestens einer DICOM-Instanz enthält, die de-identifiziert werden soll.
- Erstellen Sie ein Ziel-Dataset, das einen leeren DICOM-Speicher und einen leeren FHIR-Speicher enthält. Der FHIR-Speicher muss die Anforderungen erfüllen.
Dieses Beispiel wird auf die Kombination von Tag-De-Identifikation und dem Entfernen eingebrannten Texts erweitert. In diesem Beispiel erfolgt die De-Identifikation in einem einzelnen DICOM-Speicher und die de-identifizierten Daten werden in einen neuen DICOM-Speicher geschrieben. Der FHIR-Speicher für Vorgangsmetadaten befindet sich im selben Dataset wie der neue DICOM-Speicher.
In diesem Beispiel werden zwei DICOM-Instanzen verwendet. Die Instanzen werden nicht für Sie bereitgestellt, entsprechend werden die Beispielantworten nicht genau mit Ihren de-identifizierten Daten übereinstimmen.
De-identifizieren Sie die DICOM-Daten.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: Der Speicherort des Datasets, das den DICOM-Quellspeicher enthält
- SOURCE_DATASET_ID: Das übergeordnete Dataset des DICOM-Quellspeichers
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: Die ID des DICOM-Speichers, der Daten enthält, die Sie de-identifizieren
- DESTINATION_DATASET_ID: Ein vorhandenes Dataset, das den FHIR-Speicher des Metadatenvorgangs enthält und in dem der de-identifizierte DICOM-Speicher erstellt werden wird
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID: Der DICOM-Speicher, in den de-identifizierte Daten aus dem DICOM-Quellspeicher geschrieben werden
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: Der FHIR-Speicher, in den Metadaten des De-Identifikationsvorgangs geschrieben werden
JSON-Text anfordern:
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die Antwort lautet: Die Antwort enthält eine Kennung für einen Vorgang mit langer Ausführungszeit. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Notieren Sie sich den Wert von OPERATION_ID. Sie benötigen diesen Wert im nächsten Schritt.curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand ContentRufen Sie den Status des Vorgangs ab.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: Speicherort des Datasets
- SOURCE_DATASET_ID: Das Dataset, in dem der De-Identifikationsvorgang ausgeführt wird
- OPERATION_ID: die ID des De-Identifikationsvorgangs
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Öffnen Sie die Methodenreferenzseite. Der API Explorer wird rechts auf der Seite geöffnet. Sie können mit diesem Tool interagieren, um Anfragen zu senden. Füllen Sie die Pflichtfelder aus und klicken Sie auf Ausführen.
Sie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Nachdem Sie DICOM-Daten erfolgreich de-identifiziert und die Vorgangsmetadaten in einen FHIR-Speicher geschrieben haben, können Sie die Herkunftsressourcen im FHIR-Speicher anzeigen lassen.
Verwenden Sie die
fhir.search-Methode, um die Herkunftsressourcen anzuzeigen.Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die folgende Antwort war das Ergebnis der De-Identifikation von zwei DICOM-Instanzen. Der De-Identifikationsvorgang hat dazu geführt, dass die folgenden drei Provenance-Ressourcen erstellt wurden:curl
Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- Eine Herkunftsressource für jede der beiden DICOM-Instanzen
- Eine Herkunftsressourcen für den De-Identifizierungsvorgang
Beispieldaten speichern, benutzerdefinierte relative FHIR-x-Koordinaten-Suche erstellen und eine Abfrage ausführen
Erstellen Sie vor Ausführung dieses Beispiels ein Ziel-Dataset, das einen leeren DICOM-Speicher und einen leeren FHIR-Speicher enthält. Der FHIR-Speicher muss die Anforderungen erfüllen.
Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie Sie die drei Herkunftsressourcen speichern, die unter DICOM-Daten de-identifizieren, in einen FHIR-Speicher schreiben, Herkunftsressourcen suchen und dann eine benutzerdefinierte Suche erstellen. Bei der benutzerdefinierten Suche wird relative-x-coordinate-bottom-left in einer der de-identifizierten DICOM-Instanzen abgefragt.
Speichern Sie die Herkunftsressourcen.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentSie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Erstellen Sie eine SearchParameter-Ressource auf der relative x-Koordinate des DICOM-Image.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentSie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Aktivieren Sie die benutzerdefinierte SearchParameter-Ressource im FHIR-Speicher.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die Antwort lautet: Die Antwort enthält eine Kennung für einen Vorgang mit langer Ausführungszeit. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Notieren Sie sich den Wert von OPERATION_ID. Sie benötigen diesen Wert im nächsten Schritt.curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentRufen Sie den Status des Vorgangs ab.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: Speicherort des Datasets
- DATASET_ID: Dataset, in dem der benutzerdefinierte Suchvorgang ausgeführt wird
- OPERATION_ID: ID des benutzerdefinierten Suchvorgangs
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Öffnen Sie die Methodenreferenzseite. Der API Explorer wird rechts auf der Seite geöffnet. Sie können mit diesem Tool interagieren, um Anfragen zu senden. Füllen Sie die Pflichtfelder aus und klicken Sie auf Ausführen.
Sie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Fragen Sie die Herkunftsressource mit dem relativen x-Koordinaten-Suchparameter ab:
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die Antwort zeigt, dass eine DICOM-Instanz, die die Suchabfrage erfüllt, zurückgegeben wird:curl
Im folgenden Beispiel wird dierelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05-Abfrage verwendet, die nach einer x-Koordinate innerhalb von 5 % des Image-Rands sucht.Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
Im folgenden Beispiel wird dierelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05-Abfrage verwendet, die nach einer x-Koordinate innerhalb von 5 % des Image-Rands sucht.Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
Beispieldaten speichern, benutzerdefinierte FHIR-Quell-DICOM-Suche erstellen und eine Abfrage machen
Erstellen Sie vor der Ausführung dieses Beispiels ein Ziel-Dataset, das einen leeren DICOM-Speicher und einen leeren FHIR-Speicher enthält. Der FHIR-Speicher muss die Anforderungen erfüllen.
Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie Sie die drei Herkunftsressourcen speichern, die unter DICOM-Daten de-identifizieren, in einen FHIR-Speicher schreiben, Herkunftsressourcen suchen und dann eine benutzerdefinierte Suche erstellen. Die benutzerdefinierten Suchabfragen werden nach Informationen zu einem der beiden DICOM-Quellbilder durchgeführt.
Speichern Sie die Herkunftsressourcen.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentSie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Erstellen Sie eine SearchParameter-Ressource für das DICOM-Quellbild.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentSie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Aktivieren Sie die benutzerdefinierte SearchParameter-Ressource im FHIR-Speicher.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
JSON-Text anfordern:
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die Antwort lautet: Die Antwort enthält eine Kennung für einen Vorgang mit langer Ausführungszeit. Lang andauernde Vorgänge werden zurückgegeben, wenn die Ausführung von Methodenaufrufen sehr lange dauern kann. Notieren Sie sich den Wert von OPERATION_ID. Sie benötigen diesen Wert im nächsten Schritt.curl
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOFFühren Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen
request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentRufen Sie den Status des Vorgangs ab.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: Speicherort des Datasets
- DATASET_ID: Dataset, in dem der benutzerdefinierte Suchvorgang ausgeführt wird
- OPERATION_ID: ID des benutzerdefinierten Suchvorgangs
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
curl
Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Öffnen Sie die Methodenreferenzseite. Der API Explorer wird rechts auf der Seite geöffnet. Sie können mit diesem Tool interagieren, um Anfragen zu senden. Füllen Sie die Pflichtfelder aus und klicken Sie auf Ausführen.
Sie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:
Fragen Sie die Herkunftsressource mit dem Quell-DICOM-Image-Suchparameter ab.
Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:
- PROJECT_ID: Ihre Google Cloud-Projekt-ID
- LOCATION: der Speicherort des übergeordneten Datasets
- DATASET_ID: das übergeordnete Dataset des FHIR-Speichers
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: die ID des FHIR-Speichers, der die Metadaten enthält
Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:
Die Antwort zeigt, dass eine DICOM-Instanz, die die Suchabfrage erfüllt, zurückgegeben wird:curl
Im folgenden Beispiel wird dielookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4-Abfrage verwendet, die Informationen zu der Instanz zurückgibt, diestudies/1/series/2/instances/4in ihrer Kennzeichnung enthält.Führen Sie folgenden Befehl aus:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
Im folgenden Beispiel wird dielookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4-Abfrage verwendet, die Informationen zu der Instanz zurückgibt, diestudies/1/series/2/instances/4in ihrer Kennzeichnung enthält.Führen Sie folgenden Befehl aus:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
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FHIR-Speicher für Vorgangsmetadaten exportieren und abfragen
Im folgenden Beispiel wird gezeigt, wie Sie die Metadaten des De-Identifikationsvorgangs im FHIR-Speicher nach BigQuery exportieren und die exportierten Daten nach PHI-Daten abfragen, die von OCR verarbeitet wurden. Die generierten Daten sind nur mit dem LOSSLESS- oder ANALYTICS_V2-SchemaType kompatibel.
Exportieren Sie die Metadaten im FHIR-Speicher in ein BigQuery-Dataset.
Die Metadaten werden in eine Tabelle mit dem Namen
Provenanceim ausgewählten BigQuery-Dataset exportiert.Rufen Sie die Seite BigQuery auf.
Führen Sie im Bereich Explorer folgende Schritte aus:
- Wählen Sie Ihr Google Cloud-Projekt aus.
- Wählen Sie das BigQuery-Dataset aus, in das Sie die DICOM-Metadaten exportiert haben.
- Wählen Sie die Tabelle Herkunft aus.
Klicken Sie auf Neue Abfrage erstellen.
Führen Sie die folgende Abfrage aus:
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10Ersetzen Sie Folgendes:
- PROJECT_ID ist die ID Ihres Google Cloud-Projekts
- BIGQUERY_DATASET: das BigQuery-Dataset, in das Sie die Metadaten aus dem FHIR-Speicher exportiert haben
Klicken Sie auf Ausführen.
Die Abfrageergebnisse zeigen die Metadaten für die de-identifizierten PHI-Daten in einem Tabellenformat. Wenn Sie keine Zieltabelle angeben, schreibt der Abfragejob die Ausgabe in eine temporäre (Cache-)Tabelle.
Kontingent
Beim Schreiben von Vorgangsmetadaten in einen FHIR-Speicher wird das fhir_ops-Kontingent in dem Projekt verbraucht, in das die Vorgangsmetadaten geschrieben werden.
Für jede DICOM-Instanz wird eine FHIR-Ressource erstellt, sodass der Durchsatz des De-Identifikationsvorgangs nicht größer sein kann, als es Ihr FHIR-Kontingent zulässt.
Abrechnung
Für jede im Ressourcenmetadaten-FHIR-Speicher erstellte Herkunftsressource fallen Gebühren für das Aufrufen von fhir.update an.
Die Anzahl der API-Aufrufe von fhir.update kann so berechnet werden: Total number of DICOM instances de-identified + 1.
Nächste Schritte
- FHIR-Ressourcen zur Untersuchung und Analyse nach BigQuery exportieren
- FHIR-Ressourcenänderungen an BigQuery streamen, um die Daten in einem FHIR-Speicher nahezu in Echtzeit mit einem BigQuery-Dataset zu synchronisieren.