Stocker des données de santé avec Google Cloud CLI

Cette page explique comment utiliser l'API Cloud Healthcare et Google Cloud CLI pour effectuer les tâches suivantes :

créer un ensemble de données pour l'API Cloud Healthcare ;
Créer l'un des datastores suivants dans l'ensemble de données :

Magasin DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine)
Datastore FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources)
Datastore HL7v2 (Health Level Seven International Version 2)

Stockez les données DICOM, FHIR et HL7v2, et affichez les métadonnées DICOM.

Si vous souhaitez travailler uniquement avec un type de data store, vous pouvez passer directement à cette section du guide de démarrage rapide après avoir suivi les étapes des sections Avant de commencer et Créer un ensemble de données.

Avant de commencer

Connectez-vous à votre compte Google Cloud. Si vous débutez sur Google Cloud, créez un compte pour évaluer les performances de nos produits en conditions réelles. Les nouveaux clients bénéficient également de 300 $ de crédits gratuits pour exécuter, tester et déployer des charges de travail.

Installez Google Cloud CLI.

Pour initialiser gcloudCLI, exécutez la commande suivante :

gcloud init

Créez ou sélectionnez un projet Google Cloud.

Créez un projet Google Cloud :
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Remplacez PROJECT_ID par le nom du projet Google Cloud que vous créez.
Sélectionnez le projet Google Cloud que vous avez créé :
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Remplacez PROJECT_ID par le nom de votre projet Google Cloud.

Vérifiez que la facturation est activée pour votre projet Google Cloud.

Activer Cloud Healthcare API :

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

Attribuez des rôles à votre compte Google. Exécutez la commande suivante une fois pour chacun des rôles IAM suivants : roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

en remplaçant PROJECT_ID par l'ID de votre projet :
Remplacez EMAIL_ADDRESS par votre adresse e-mail.
Remplacez ROLE par chaque rôle individuel.

Installez Google Cloud CLI.

Pour initialiser gcloudCLI, exécutez la commande suivante :

gcloud init

Créez ou sélectionnez un projet Google Cloud.

Créez un projet Google Cloud :
```
gcloud projects create PROJECT_ID
```
Remplacez PROJECT_ID par le nom du projet Google Cloud que vous créez.
Sélectionnez le projet Google Cloud que vous avez créé :
```
gcloud config set project PROJECT_ID
```
Remplacez PROJECT_ID par le nom de votre projet Google Cloud.

Vérifiez que la facturation est activée pour votre projet Google Cloud.

Activer Cloud Healthcare API :

gcloud services enable healthcare.googleapis.com

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE

en remplaçant PROJECT_ID par l'ID de votre projet :
Remplacez EMAIL_ADDRESS par votre adresse e-mail.
Remplacez ROLE par chaque rôle individuel.

Créer un ensemble de données

Les ensembles de données contiennent des datastores. Les datastores contiennent des données de santé. Pour utiliser l'API Cloud Healthcare, vous devez créer au moins un ensemble de données.

L'exemple suivant montre comment créer un ensemble de données nommé my-dataset dans la région us-central1. Tout au long de ce guide de démarrage rapide, vous allez utiliser l'ensemble de données pour créer des magasins DICOM, FHIR et HL7v2.

gcloud

Créez un ensemble de données à l'aide de la commande gcloud healthcare datasets create.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Vous devriez obtenir un résultat semblable à celui-ci :

Réponse

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

Pour suivre ce guide de démarrage rapide, choisissez l'une des sections suivantes :

Stocker et afficher une instance DICOM
Stocker des ressources FHIR
Stocker un message HL7v2

Stocker et afficher une instance DICOM

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

Créer un magasin DICOM.
importer une instance DICOM à partir d'un bucket Cloud Storage public dans le magasin DICOM ;
Afficher les métadonnées de l'instance DICOM.

L'API Cloud Healthcare met en œuvre la norme DICOMweb pour stocker et accéder aux données d'imagerie médicale.

Créer un datastore DICOM

Les magasins DICOM existent à l'intérieur des ensembles de données et contiennent des instances DICOM. L'exemple suivant montre comment créer un magasin DICOM nommé my-dicom-store.

gcloud

Créez un magasin DICOM à l'aide de la commande gcloud healthcare dicom-stores create.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Vous devriez obtenir un résultat semblable à celui-ci :

Réponse

Created dicomStore [my-dicom-store].

Importer une instance DICOM

Des exemples de données DICOM sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

gcloud

Importez l'instance gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm à l'aide de la commande gcloud healthcare dicom-stores import.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Dans ce résultat :

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-dicom-store: valeurs que vous avez fournies lors de l'exécution de la commande
OPERATION_ID: identifiant de l'opération de longue durée fourni par l'API Cloud Healthcare lorsque vous importez une instance DICOM. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre beaucoup de temps. L'importation d'une instance DICOM est généralement une opération rapide, de sorte que la sortie est renvoyée presque immédiatement.

Réponse

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

Afficher les métadonnées d'instance DICOM

La gcloud CLI ne prend pas en charge les transactions DICOMweb, telles que l'affichage ou la récupération d'instances. À la place, vous pouvez utiliser l'outil de ligne de commande DICOMweb de Google, qui s'exécute à l'aide de Python. Pour en savoir plus sur la configuration de Python sur Google Cloud, consultez la page Configurer un environnement de développement Python.

Procédez comme suit pour afficher les métadonnées de l'instance DICOM à l'aide de l'outil de ligne de commande DICOMweb:

Installez l'outil de ligne de commande DICOMweb à l'aide de Pip:

pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip

Mettez à jour la variable PATH afin d'inclure l'emplacement d'installation de dcmweb :
```
export PATH="$HOME/bin:$PATH"
```

Affichez les métadonnées de l'instance DICOM :

dcmweb \
  https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
  search instances

Remplacez PROJECT_ID par l'ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer.

Le résultat est le suivant. Consultez la section Attributs du module commun SOP pour les champs de sortie.

[
  {
    "00080016": {
      "Value": [
        "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080018": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00080060": {
      "Value": [
        "DX"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "00100020": {
      "Value": [
        "1"
      ],
      "vr": "LO"
    },
    "00100040": {
      "Value": [
        "M"
      ],
      "vr": "CS"
    },
    "0020000D": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "0020000E": {
      "Value": [
        "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
      ],
      "vr": "UI"
    },
    "00280010": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280011": {
      "Value": [
        1024
      ],
      "vr": "US"
    },
    "00280100": {
      "Value": [
        8
      ],
      "vr": "US"
    }
  }
]

Après avoir importé l'instance DICOM dans l'API Cloud Healthcare et affiché ses métadonnées, passez à la section Nettoyage pour éviter que des frais ne soient facturés sur votre compte Google Cloud pour les ressources utilisées dans cette page.

Pour plus d'informations sur les étapes suivantes, telles que la recherche ou la récupération d'images DICOM à l'aide du standard DICOMweb dans l'API Cloud Healthcare, consultez la section Étapes suivantes.

Stocker des ressources FHIR

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

Créez un magasin FHIR.
Importez des ressources FHIR depuis un bucket Cloud Storage public dans le magasin FHIR.

Créer un datastore FHIR

Les magasins FHIR existent à l'intérieur des ensembles de données et contiennent des ressources FHIR. L'exemple suivant montre comment créer un magasin FHIR nommé my-fhir-store qui utilise la version FHIR R4.

gcloud

Créez un magasin FHIR à l'aide de la commande gcloud healthcare fhir-stores create.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

Vous devriez obtenir un résultat semblable à celui-ci :

Réponse

Created fhirStore [my-fhir-store].

Importer des ressources FHIR

Des exemples de données FHIR sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients.

gcloud

Importez les ressources FHIR dans gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients à l'aide de la commande gcloud healthcare fhir-stores import.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

Dans ce résultat :

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-fhir-store: valeurs que vous avez fournies lors de l'exécution de la commande
OPERATION_ID: identifiant de l'opération de longue durée fourni par l'API Cloud Healthcare lorsque vous importez une ressource FHIR. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre beaucoup de temps. L'importation des ressources FHIR prend environ une à deux minutes.
R4: version du magasin FHIR

Réponse

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

Après avoir importé les ressources FHIR dans l'API Cloud Healthcare, passez à l'étape Nettoyage pour éviter que des frais ne soient facturés sur votre compte Google Cloud pour les ressources utilisées dans cette page.

Pour en savoir plus sur les étapes suivantes, telles que l'affichage et la recherche de ressources FHIR, consultez la section Étapes suivantes.

Stocker un message HL7v2

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

Créer un magasin HL7v2.
Importez un message HL7v2 à partir d'un bucket Cloud Storage public dans le magasin HL7v2.

L'implémentation de HL7v2 dans l'API Cloud Healthcare est conforme à la norme HL7v2.

Créer un datastore HL7v2

Les datastores HL7v2 existent au sein des ensembles de données et contiennent des messages HL7v2. L'exemple suivant montre comment créer un magasin HL7v2 nommé my-hl7v2-store.

gcloud

Créez un magasin HL7v2 à l'aide de la commande gcloud healthcare hl7v2-stores create.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Vous devriez obtenir un résultat semblable à celui-ci :

Réponse

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Importer des messages HL7v2

gcloud

Importez le message HL7v2 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson à l'aide de la commande gcloud healthcare hl7v2-stores import.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Dans ce résultat :

PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: valeurs que vous avez fournies lors de l'exécution de la commande
OPERATION_ID: identifiant de l'opération de longue durée fourni par l'API Cloud Healthcare lorsque vous importez un message HL7v2. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre beaucoup de temps. L'importation d'un message HL7v2 est généralement une opération rapide, de sorte que la sortie est renvoyée presque immédiatement.

Réponse

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

Après avoir importé le message HL7v2 dans l'API Cloud Healthcare, passez à l'étape Nettoyage pour éviter que des frais ne soient facturés sur votre compte Google Cloud pour les ressources utilisées dans cette page.

Pour en savoir plus sur les étapes suivantes, telles que l'affichage du contenu d'un message HL7v2, consultez la section Étapes suivantes.

Effectuer un nettoyage

Pour éviter que les ressources utilisées sur cette page ne soient facturées sur votre compte Google Cloud, supprimez le projet Google Cloud contenant les ressources.

Si vous avez créé un projet pour ce démarrage rapide, suivez les étapes décrites dans la section Supprimer le projet. Sinon, suivez la procédure décrite dans la section Supprimer l'ensemble de données.

Facultatif : Révoquez les identifiants de la CLI gcloud.

gcloud auth revoke

Supprimer le projet

Attention : La suppression d'un projet aura les effets suivants :

Tout le contenu du projet est supprimé. Si vous avez utilisé un projet existant pour les tâches de ce document, lorsque vous le supprimez, vous supprimez également tout autre travail effectué dans le projet.
Les ID de projets personnalisés sont perdus. Lorsque vous avez créé ce projet, vous avez peut-être créé un ID de projet personnalisé que vous souhaitez utiliser à l'avenir. Pour conserver les URL qui utilisent l'ID de projet, telle qu'une URL appspot.com, supprimez les ressources sélectionnées dans le projet au lieu de supprimer l'ensemble du projet.

Si vous envisagez d'explorer plusieurs architectures, tutoriels et guides de démarrage rapide, réutiliser des projets peut vous aider à ne pas dépasser les limites de quotas des projets.

Supprimez un projet Google Cloud :

gcloud projects delete PROJECT_ID

Supprimer l'ensemble de données

Si vous n'avez plus besoin de l'ensemble de données créé dans ce guide de démarrage rapide, vous pouvez le supprimer. La suppression d'un ensemble de données entraîne la suppression définitive de l'ensemble de données et des datastores FHIR, HL7v2 ou DICOM qu'il contient.

gcloud

Supprimez un ensemble de données à l'aide de la commande gcloud healthcare datasets delete.

Avant d'utiliser les données de la commande ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :

PROJECT_ID : ID du projet Google Cloud que vous avez créé ou sélectionné dans la section Avant de commencer

Exécutez la commande suivante:

Linux, macOS ou Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Pour confirmer, saisissez Y. Vous devriez obtenir un résultat semblable au suivant.

Réponse

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

Comment ça s'est passé ?

Étapes suivantes

Consultez les sections suivantes pour obtenir des informations générales sur l'API Cloud Healthcare et découvrir comment effectuer les tâches de ce guide de démarrage rapide à l'aide d'une autre interface:

DICOM

Consultez la déclaration de conformité DICOM pour en savoir plus sur la manière dont l'API Cloud Healthcare implémente la norme DICOMweb.

FHIR

Consultez la déclaration de conformité FHIR pour en savoir plus sur la manière dont l'API Cloud Healthcare implémente la norme FHIR.