Variant Transforms adalah alat open source yang digunakan dengan Cloud Life Sciences. Alat ini didasarkan pada Apache Beam dan menggunakan Dataflow.
Anda dapat menggunakan Transformasi Varian untuk mengubah dan memuat hal berikut dengan cara yang skalabel:
- Ratusan ribu file
- Jutaan sampel
- Miliaran data
Anda dapat menggunakan preprocessor Variant Transforms untuk memvalidasi file VCF dan mengidentifikasi inkonsistensi.
Alur kerja standar saat menggunakan alat ini terdiri dari langkah-langkah berikut:
- Menyimpan file VCF mentah di Cloud Storage.
- Menggunakan alat Variant Transforms untuk memuat file VCF dari Cloud Storage ke BigQuery.
Kemudian, Anda dapat menggunakan BigQuery untuk menganalisis varian.
Anda harus memahami skema varian BigQuery untuk mendapatkan informasi tentang cara alat memuat file VCF ke tabel BigQuery.