Stocker des données médicales avec la console Google Cloud

Stocker des données médicales avec la console Google Cloud

Cette page explique comment utiliser l'API Cloud Healthcare et la console Google Cloud pour effectuer les tâches suivantes :

1. créer un ensemble de données pour l'API Cloud Healthcare ;
2. Créer l'un des datastores suivants dans l'ensemble de données :
• Magasin DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine)
• Datastore FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources)
• Magasin HL7v2 (Health Level Seven International Version 2)
3. Stocker des données DICOM ou FHIR, et affichez le contenu des ressources FHIR.

Si vous souhaitez travailler uniquement avec un type de data store, vous pouvez passer directement à cette section du guide de démarrage rapide après avoir suivi les étapes des sections Avant de commencer et Créer un ensemble de données.

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Pour obtenir des instructions détaillées sur cette tâche directement dans la console Google Cloud, cliquez sur Visite guidée :

Visite guidée

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Avant de commencer

1. Connectez-vous à votre compte Google Cloud. Si vous débutez sur Google Cloud, créez un compte pour évaluer les performances de nos produits en conditions réelles. Les nouveaux clients bénéficient également de 300 $ de crédits gratuits pour exécuter, tester et déployer des charges de travail.

2. Dans Google Cloud Console, sur la page de sélection du projet, sélectionnez ou créez un projet Google Cloud.

   Remarque : Si vous ne comptez pas conserver les ressources créées dans cette procédure, créez un projet au lieu de sélectionner un projet existant. Après avoir suivi ces étapes, vous pouvez supprimer le projet. Cela entraîne la suppression de toutes les ressources qui lui sont associées.

   Accéder au sélecteur de projet

3. Vérifiez que la facturation est activée pour votre projet Google Cloud.

4. Dans Google Cloud Console, sur la page de sélection du projet, sélectionnez ou créez un projet Google Cloud.

   Remarque : Si vous ne comptez pas conserver les ressources créées dans cette procédure, créez un projet au lieu de sélectionner un projet existant. Après avoir suivi ces étapes, vous pouvez supprimer le projet. Cela entraîne la suppression de toutes les ressources qui lui sont associées.

   Accéder au sélecteur de projet

5. Vérifiez que la facturation est activée pour votre projet Google Cloud.

6. Activez Cloud Healthcare API.

   Activer l'API

Créer un ensemble de données

Les ensembles de données contiennent des datastores. Les datastores contiennent des données de santé. Pour utiliser l'API Cloud Healthcare, vous devez créer au moins un ensemble de données.

1. Dans la console Google Cloud, cliquez sur Healthcare pour accéder à la page Ensembles de données.

   Accéder à la page du navigateur

2. Cliquez sur Créer un ensemble de données.

3. Dans le champ Nom, saisissez my-dataset.

4. Dans le champ Région, sélectionnez us-central1, puis cliquez sur Créer.

Le nouvel ensemble de données apparaît dans la liste des ensembles de données sur le navigateur.

Pour suivre ce guide de démarrage rapide, choisissez l'une des sections suivantes :

• Stocker une instance DICOM
• Stocker et afficher des ressources FHIR
• Stocker des messages HL7v2

Stocker une instance DICOM

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

1. Créer un magasin DICOM.
2. Importez une instance DICOM dans le magasin DICOM.

L'API Cloud Healthcare met en œuvre la norme DICOMweb pour stocker et accéder aux données d'imagerie médicale. La console Google Cloud n'accepte pas les transactions DICOMweb, telles que l'affichage ou la récupération d'instances.

Créer un datastore DICOM

1. Dans la console Google Cloud, accédez à la page du navigateur de l'API Cloud Healthcare :

   Accéder à la page du navigateur

1. Cliquez sur l'ensemble de données my-dataset.

2. Cliquez sur Créer un datastore.

3. Dans le menu Type, sélectionnez DICOM.

4. Dans le champ ID, saisissez my-dicom-store.

5. Cliquez sur Créer.

Le magasin DICOM my-dicom-store s'affiche sur la page Datastores de l'ensemble de données my-dataset.

Importer une instance DICOM

Des exemples de données DICOM sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

1. Dans la liste des datastores dans votre ensemble de données, recherchez le datastore DICOM créé, puis sélectionnez le menu Actions.

2. Sélectionnez Importer.

3. Sur la page Importer des données dans un datastore DICOM, sélectionnez le menu Options avancées, puis sélectionnez Ignorer le chemin d'accès Cloud Storage.

4. Dans le champ Emplacement sous le menu Options avancées, saisissez l'emplacement suivant de l'instance DICOM que vous importez :

   gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
   

5. Cliquez sur Importer.

6. Pour suivre l'état de l'opération, cliquez sur l'onglet Opérations.

   Si vous rencontrez des erreurs, cliquez sur Actions, puis sur Afficher les détails dans Cloud Logging.

Maintenant que vous avez stocké une instance DICOM dans l'API Cloud Healthcare, passez à la section Étapes suivantes pour en savoir plus sur les étapes suivantes, telles que la recherche ou la récupération d'images DICOM.

Stocker et afficher des ressources FHIR

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

1. Créez un magasin FHIR.
2. Importez des ressources FHIR dans le magasin FHIR.
3. Afficher les données des ressources FHIR.

L'API Cloud Healthcare met en œuvre la spécification FHIR pour stocker des données FHIR et y accéder. La console Google Cloud n'est pas compatible avec certaines méthodes de l'API FHIR, telles que la création ou la suppression de ressources FHIR, mais vous pouvez utiliser la visionneuse FHIR pour afficher le contenu des ressources FHIR.

Créer un datastore FHIR

1. Cliquez sur Navigateur pour accéder à la page Ensembles de données.

2. Cliquez sur l'ensemble de données my-dataset.

3. Cliquez sur Créer un datastore.

4. Dans le menu Type, sélectionnez FHIR.

5. Dans le champ ID, saisissez my-fhir-store.

6. Pour ouvrir la section Configurer votre datastore FHIR, cliquez sur Suivant.

7. Cliquez sur R4.

8. Cliquez sur Créer.

Le magasin FHIR my-fhir-store s'affiche sur la page Datastores de l'ensemble de données my-dataset.

Importer des ressources FHIR

Des exemples de données FHIR sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients. Le bucket comprend un répertoire fhir_r4_ndjson/ qui contient plusieurs types de ressources FHIR.

1. Dans la liste des datastores de votre ensemble de données, trouvez le datastore FHIR my-fhir-store créé, puis sélectionnez le menu Actions.

2. Sélectionnez Importer.

3. Dans le menu Options avancées, sélectionnez Ignorer le chemin d'accès Cloud Storage.

4. Dans le champ Emplacement sous le menu Options avancées, saisissez l'emplacement suivant les ressources FHIR que vous importez :

   gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson
   

5. Dans la section Paramètres d'importation FHIR, sélectionnez Ressource.

6. Cliquez sur Importer.

7. Pour suivre l'état de l'opération, cliquez sur l'onglet Opérations.

   Si vous rencontrez des erreurs, cliquez sur Actions, puis sur Afficher les détails dans Cloud Logging.

Afficher le contenu des ressources FHIR

1. Dans la console Google Cloud, accédez à la page Visionneuse FHIR.

   Accéder au lecteur FHIR

1. Dans la liste déroulante Datastore FHIR, sélectionnez l'ensemble de données my-dataset, puis le datastore FHIR my-fhir-store.

2. Cliquez sur le champ Type de ressource. Dans la liste déroulante Propriétés qui s'affiche, sélectionnez Type de ressource, puis saisissez Patient.

3. Cliquez sur Patient dans la liste Type de ressource.

4. Sélectionnez l'une des ressources Patient qui s'affiche. Pour afficher plus d'informations sur la ressource Patient, cliquez sur l'onglet Éléments ou sur l'onglet JSON pour afficher les détails de la ressource Patient au format JSON.

Maintenant que vous avez stocké et affiché une ressource FHIR dans l'API Cloud Healthcare, passez à la section Étapes suivantes pour en savoir plus sur les étapes suivantes.

Stocker les messages HL7v2

Ce document explique comment effectuer les tâches suivantes :

1. Créer un magasin HL7v2.
2. Importez des messages HL7v2 dans le store HL7v2.

Créer un datastore HL7v2

Les datastores HL7v2 existent au sein des ensembles de données et contiennent des messages HL7v2.

1. Cliquez sur Navigateur pour accéder à la page Ensembles de données.

2. Cliquez sur l'ensemble de données my-dataset.

3. Cliquez sur Créer un datastore.

4. Dans le menu Type, sélectionnez HL7v2.

5. Dans le champ ID, saisissez my-hl7v2-store.

6. Cliquez sur Créer.

Le datastore HL7v2 my-hl7v2-store s'affiche sur la page Datastores de l'ensemble de données my-dataset.

Importer des messages HL7v2

Des exemples de messages HL7v2 sont disponibles dans gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson.

1. Dans la liste des datastores dans votre ensemble de données, trouvez le datastore HL7v2 créé, puis sélectionnez le menu Actions.

2. Sélectionnez Importer.

3. Sur la page Importer des données dans un magasin HL7v2, sélectionnez le menu Options avancées, puis sélectionnez Ignorer le chemin d'accès Cloud Storage.

4. Dans le champ Emplacement sous le menu Options avancées, saisissez l'emplacement suivant pour les messages HL7v2 que vous importez :

   gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
   

5. Cliquez sur Importer.

6. Pour suivre l'état de l'opération, cliquez sur l'onglet Opérations.

   Si vous rencontrez des erreurs, cliquez sur Actions, puis sur Afficher les détails dans Cloud Logging.

Maintenant que vous avez créé un store HL7v2, passez à la section Étapes suivantes pour obtenir des informations sur les étapes suivantes, telles que l'ingestion et l'affichage des messages HL7v2.

Effectuer un nettoyage

Pour éviter que les ressources utilisées sur cette page soient facturées sur votre compte Google Cloud, procédez comme suit :

Si vous n'avez plus besoin de l'ensemble de données et du datastore créés dans ce guide de démarrage rapide, vous pouvez supprimer l'ensemble de données. La suppression d'un ensemble de données entraîne la suppression définitive de l'ensemble de données et des datastores FHIR, HL7v2 ou DICOM qu'il contient.

Pour supprimer un ensemble de données, suivez les étapes suivantes :

1. Cliquez sur Navigateur pour accéder à la page Ensembles de données.
2. Cliquez sur Actions à côté de l'ensemble de données, puis cliquez sur Supprimer.
3. Confirmez la suppression.

Vous pouvez aussi supprimer le projet que vous avez créé.

Étapes suivantes

Consultez les sections suivantes pour obtenir des informations générales sur l'API Cloud Healthcare et sur la façon d'effectuer des tâches à l'aide des requêtes HTTP et de Google Cloud CLI :

• Lisez la présentation des concepts de l'API Cloud Healthcare.
• Utilisez l'API Cloud Healthcare avec curl ou PowerShell.
• Utilisez l'API Cloud Healthcare avec gcloud CLI.

DICOM

Consultez le guide DICOM pour apprendre à :

• Créer et gérer des datastores DICOM
• Connecter un PACS à l'API Cloud Healthcare
• Utiliser la norme DICOMweb
• Importer et exporter des données DICOM à l'aide de Cloud Storage

Consultez la déclaration de conformité DICOM pour en savoir plus sur la manière dont l'API Cloud Healthcare implémente la norme DICOMweb.

FHIR

Consultez le guide FHIR pour apprendre à :

• Créer et gérer des datastores FHIR
• Créer et gérer des ressources FHIR
• Importer et exporter des données FHIR à l'aide de Cloud Storage

Consultez la déclaration de conformité FHIR pour en savoir plus sur la manière dont l'API Cloud Healthcare implémente la norme FHIR.

HL7v2

Consultez le guide HL7v2 pour apprendre à :

• Créer et gérer des datastores HL7v2
• Créer et gérer des messages HL7v2
• Transmettre les messages HL7v2 via des connexions TCP/IP
• Importer et exporter des messages HL7v2 à l'aide de Cloud Storage