Menyimpan data layanan kesehatan dengan Google Cloud CLI
Halaman ini menunjukkan cara menggunakan Cloud Healthcare API dan Google Cloud CLI untuk menyelesaikan tugas-tugas berikut:
- Membuat set data Cloud Healthcare API.
- Buat salah satu penyimpanan data berikut di dalam set data:
- Toko Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
- Penyimpanan Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
- Toko Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
- Menyimpan data DICOM, FHIR, dan HL7v2, serta melihat metadata DICOM.
Jika Anda hanya tertarik untuk menggunakan satu jenis penyimpanan data, Anda dapat langsung melanjutkan ke bagian panduan memulai tersebut setelah menyelesaikan langkah-langkah di bagian Sebelum memulai dan Membuat set data.
Sebelum memulai
- Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
- Install the Google Cloud CLI.
-
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
gcloud init
-
Buat atau pilih project Google Cloud.
-
Membuat project Google Cloud:
gcloud projects create PROJECT_ID
Ganti
PROJECT_ID
dengan nama untuk project Google Cloud yang Anda buat. -
Pilih project Google Cloud yang Anda buat:
gcloud config set project PROJECT_ID
Ganti
PROJECT_ID
dengan nama project Google Cloud Anda.
-
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Aktifkan Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
- Replace
PROJECT_ID
with your project ID. -
Replace
USER_IDENTIFIER
with the identifier for your user account. For example,user:myemail@example.com
. - Replace
ROLE
with each individual role.
- Replace
- Install the Google Cloud CLI.
-
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
gcloud init
-
Buat atau pilih project Google Cloud.
-
Membuat project Google Cloud:
gcloud projects create PROJECT_ID
Ganti
PROJECT_ID
dengan nama untuk project Google Cloud yang Anda buat. -
Pilih project Google Cloud yang Anda buat:
gcloud config set project PROJECT_ID
Ganti
PROJECT_ID
dengan nama project Google Cloud Anda.
-
-
Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Aktifkan Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
- Replace
PROJECT_ID
with your project ID. -
Replace
USER_IDENTIFIER
with the identifier for your user account. For example,user:myemail@example.com
. - Replace
ROLE
with each individual role.
- Replace
Membuat set data
Set data berisi penyimpanan data, dan penyimpanan data berisi data layanan kesehatan. Untuk menggunakan Cloud Healthcare API, Anda harus membuat minimal satu set data.
Contoh berikut menunjukkan cara membuat set data bernama my-dataset
di
region us-central1
. Anda akan menggunakan set data di seluruh panduan memulai ini untuk
membuat penyimpanan DICOM, penyimpanan FHIR, dan penyimpanan HL7v2.
gcloud
Buat set data menggunakan
perintah
gcloud healthcare datasets create
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare datasets create my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Anda akan melihat respons seperti berikut:
Respons
Create request issued for: [my-dataset] Created dataset [my-dataset].
Untuk menyelesaikan panduan memulai ini, pilih salah satu bagian berikut:
Menyimpan dan melihat instance DICOM
Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:
- Membuat penyimpanan DICOM.
- Mengimpor instance DICOM dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan DICOM.
- Melihat metadata instance DICOM.
Cloud Healthcare API mengimplementasikan standar DICOMweb untuk menyimpan dan mengakses data citra medis.
Membuat penyimpanan DICOM
Penyimpanan DICOM ada di dalam set data dan berisi instance DICOM. Contoh berikut
menunjukkan cara membuat penyimpanan DICOM bernama my-dicom-store
.
gcloud
Buat
penyimpanan DICOM menggunakan perintah gcloud healthcare dicom-stores create
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Anda akan melihat respons seperti berikut:
Respons
Created dicomStore [my-dicom-store].
Mengimpor instance DICOM
Contoh data DICOM tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray
.
gcloud
Impor instance gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
menggunakan
perintah
gcloud healthcare dicom-stores import
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Dalam output ini:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-dicom-store
: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintahOPERATION_ID
: ID untuk operasi yang berjalan lama yang diberikan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor instance DICOM. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu instance DICOM biasanya merupakan operasi cepat, sehingga output-nya ditampilkan hampir seketika.
Respons
Request issued for: [my-dicom-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store
Melihat metadata instance DICOM
Gcloud CLI tidak mendukung transaksi DICOMweb, seperti melihat atau mengambil instance. Sebagai gantinya, Anda dapat menggunakan alat command line DICOMweb dari Google yang dijalankan menggunakan Python. Untuk mengetahui informasi tentang cara menyiapkan Python di Google Cloud, lihat Menyiapkan lingkungan pengembangan Python.
Selesaikan langkah-langkah berikut untuk melihat metadata instance DICOM menggunakan alat command line DICOMweb:
Instal alat command line DICOMweb menggunakan Pip:
pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
Perbarui variabel
PATH
untuk menyertakan lokasi penginstalandcmweb
:export PATH="$HOME/bin:$PATH"
Lihat metadata instance DICOM:
dcmweb \ https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \ search instances
Ganti
PROJECT_ID
dengan ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di bagian Sebelum memulai.Output-nya adalah sebagai berikut. Lihat Atribut Modul Umum SOP untuk kolom dalam output.
[ { "00080016": { "Value": [ "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7" ], "vr": "UI" }, "00080018": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480" ], "vr": "UI" }, "00080060": { "Value": [ "DX" ], "vr": "CS" }, "00100020": { "Value": [ "1" ], "vr": "LO" }, "00100040": { "Value": [ "M" ], "vr": "CS" }, "0020000D": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604" ], "vr": "UI" }, "0020000E": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724" ], "vr": "UI" }, "00280010": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280011": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280100": { "Value": [ 8 ], "vr": "US" } } ]
Setelah mengimpor instance DICOM ke Cloud Healthcare API dan melihat metadatanya, lanjutkan ke Pembersihan agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.
Untuk mengetahui informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara menelusuri atau mengambil gambar DICOM menggunakan standar DICOMweb di Cloud Healthcare API, lihat Langkah berikutnya.
Menyimpan resource FHIR
Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:
- Membuat penyimpanan FHIR.
- Mengimpor resource FHIR dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan FHIR.
Membuat penyimpanan FHIR
Penyimpanan FHIR ada di dalam {i>dataset<i} dan berisi sumber daya FHIR. Contoh berikut
menunjukkan cara membuat penyimpanan FHIR bernama my-fhir-store
yang menggunakan
FHIR versi R4.
gcloud
Buat
penyimpanan FHIR menggunakan perintah gcloud healthcare fhir-stores create
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --version=R4
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --version=R4
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --version=R4
Anda akan melihat respons seperti berikut:
Respons
Created fhirStore [my-fhir-store].
Mengimpor resource FHIR
Contoh data FHIR tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
.
gcloud
Impor resource FHIR di gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
menggunakan perintah
gcloud healthcare fhir-stores import
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \ --content-structure=RESOURCE
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ` --content-structure=RESOURCE
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^ --content-structure=RESOURCE
Dalam output ini:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-fhir-store
: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintahOPERATION_ID
: ID untuk operasi yang berjalan lama yang disediakan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor resource FHIR. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor resource FHIR memerlukan waktu sekitar satu hingga dua menit.R4
: versi FHIR store
Respons
Request issued for: [my-fhir-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store version: R4
Setelah mengimpor resource FHIR ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Clean up agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.
Untuk mengetahui informasi tentang langkah selanjutnya, seperti cara melihat dan menelusuri resource FHIR, lihat Langkah berikutnya.
Menyimpan pesan HL7v2
Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:
- Membuat penyimpanan HL7v2.
- Mengimpor pesan HL7v2 dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan HL7v2.
Implementasi HL7v2 di Cloud Healthcare API sesuai dengan standar HL7v2.
Membuat penyimpanan HL7v2
Penyimpanan HL7v2 ada di dalam {i>dataset<i} dan berisi pesan HL7v2. Contoh berikut
menunjukkan cara membuat penyimpanan HL7v2 bernama my-hl7v2-store
.
gcloud
Buat penyimpanan HL7v2 menggunakan perintah gcloud healthcare hl7v2-stores create
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Anda akan melihat respons seperti berikut:
Respons
Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].
Mengimpor pesan HL7v2
gcloud
Impor pesan gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
HL7v2 menggunakan
perintah
gcloud healthcare hl7v2-stores import
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Dalam output ini:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-hl7v2-store
: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintahOPERATION_ID
: ID untuk operasi yang berjalan lama yang diberikan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor pesan HL7v2. Operasi yang berjalan lama akan ditampilkan ketika panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu pesan HL7v2 biasanya merupakan operasi cepat, sehingga output-nya ditampilkan hampir seketika.
Respons
Request issued for: [my-hl7v2-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store
Setelah mengimpor pesan HL7v2 ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Clean up untuk menghindari tagihan ke akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.
Untuk mengetahui informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara melihat konten pesan HL7v2, lihat Langkah berikutnya.
Pembersihan
Agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan pada halaman ini, hapus project Google Cloud yang berisi resource tersebut.
Jika Anda membuat project baru untuk panduan memulai ini, ikuti langkah-langkah di bagian Menghapus project. Jika tidak, ikuti langkah-langkah di Menghapus set data.
Opsional: Cabut kredensial dari gcloud CLI.
gcloud auth revoke
Menghapus project
Menghapus project Google Cloud:
gcloud projects delete PROJECT_ID
Menghapus set data
Jika tidak lagi memerlukan set data yang dibuat di panduan memulai ini, Anda dapat menghapusnya. Menghapus set data akan menghapus set data tersebut secara permanen dan semua FHIR, HL7v2, atau DICOM menyimpannya.
gcloud
Hapus set data menggunakan
perintah
gcloud healthcare datasets delete
.
Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:
PROJECT_ID
: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai
Jalankan perintah berikut:
Linux, macOS, atau Cloud Shell
gcloud healthcare datasets delete my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Respons
You are about to delete dataset [my-dataset] Do you want to continue (Y/n)? Y Deleted dataset [my-dataset].
Bagaimana hasilnya?
Langkah selanjutnya
Lihat bagian berikut untuk mengetahui informasi umum tentang Cloud Healthcare API dan cara melakukan tugas di panduan memulai ini menggunakan antarmuka lain:
- Baca ringkasan konsep Cloud Healthcare API
- Menyimpan data layanan kesehatan dengan
curl
atau PowerShell - Menyimpan data layanan kesehatan dengan library klien
- Menyimpan data layanan kesehatan dengan gcloud CLI
DICOM
- Membuat dan mengelola penyimpanan DICOM
- Menghubungkan PACS ke Cloud Healthcare API
- Menggunakan standar DICOMweb
- Mengimpor dan mengekspor data DICOM menggunakan Cloud Storage
Lihat pernyataan kesesuaian DICOM untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar DICOMweb.
FHIR
- Membuat dan mengelola penyimpanan FHIR
- Membuat dan mengelola resource FHIR
- Mengimpor dan mengekspor data FHIR menggunakan Cloud Storage
Lihat pernyataan kesesuaian FHIR untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar FHIR.