Esta página explica como remover a identificação dos dados DICOM e escrever metadados sobre a operação de remoção da identificação e o que foi removido da identificação para um arquivo FHIR. Os metadados são armazenados em recursos Provenance FHIR na loja FHIR. Em seguida, pode consultar os dados através de pesquisas personalizadas da FHIR para responder a perguntas como as seguintes:
- O que foi anonimizado?
- Como e por que motivo os dados foram desidentificados?
- Quando ocorreu a operação de desidentificação e quanto tempo demorou?
Antes de começar
Usar FHIR em vez de anotações
A API Cloud Healthcare oferece uma API de anotações que pode usar para anotar dados desidentificados.
A gravação de metadados da operação de desidentificação num arquivo FHIR funciona de forma semelhante e tem as seguintes vantagens:
- Não precisa de usar a API Annotations, que é uma API separada.
- Não tem de criar nem gerir lojas de anotações e registos de anotações.
- Pode continuar a trabalhar com a norma FHIR e a API Cloud Healthcare API FHIR.
- Pode exportar os recursos FHIR para o BigQuery
para exploração e análise. Os dados gerados só são compatíveis com o
LOSSLESSou oANALYTICS_V2SchemaType.- Pode transmitir alterações de recursos FHIR para o BigQuery para sincronizar os dados num FHIR store com um conjunto de dados do BigQuery praticamente em tempo real.
- São fornecidas mais informações sobre os metadados da operação de desidentificação.
Requisitos
O FHIR store que contém os metadados da operação de desidentificação tem de cumprir os seguintes requisitos:
- Tem de existir.
- Tem de ser uma versão R4 da loja FHIR.
- Tem de ter
enableUpdateCreatedefinido comotrue.
Recursos de proveniência na loja FHIR de metadados de operações
Quando executa uma operação de desidentificação DICOM, os seguintes recursos de Provenance são escritos na loja FHIR de metadados da operação:
Um recurso Provenance que resume a operação de desidentificação, como o nome da operação de longa duração, quando ocorreu a operação e que configuração foi usada. Para ver uma lista de campos neste recurso Provenance, consulte Metadados da operação de desidentificação num recurso Provenance.
Um recurso Provenance para cada instância DICOM que foi desidentificada. Para ver uma lista de campos neste recurso Provenance, consulte o artigo Metadados de desidentificação DICOM num recurso Provenance.
- O recurso contém informações sobre o que foi anonimizado, como uma etiqueta DICOM ou a parte de uma imagem DICOM, e as ações que foram realizadas, como se as informações foram ocultadas, transformadas ou ignoradas.
O recurso pode conter dados anonimizados processados por reconhecimento ótico de carateres (OCR) que se enquadram no âmbito das informações de saúde protegidas (PHI).
O texto anonimizado, ou
quote, é acompanhado do respetivo tipo de informação, ouinfoType, e da probabilidade de encontrar as informações, ouconfidence. Por exemplo, se uma imagem DICOM que contenha o texto incorporadoJohn Doefor desidentificada, o recurso Provenance vai conterquotedefinido comoJohn Doe,infoTypedefinido comoPERSON_NAMEe um valorconfidenceentre 0 e 1.Os metadados de desidentificação DICOM só são gerados se o método
dicomStores.deidentifyfor chamado comImageConfig.textRedactionModedefinido comoREDACT_SENSITIVE_TEXTouREDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS. Se definirREDACT_ALL_TEXT, o método gera texto desidentificado como uma string única no campoextracted-text. A string não contém segmentação. Os tokens estão separados por espaços.
Metadados da operação de desidentificação num recurso Provenance
A tabela seguinte mostra uma descrição dos metadados na operação de desidentificação e o campo correspondente nos metadados onde podem ser encontrados no recurso Provenance. As células "Campo de recurso de Provenance" contêm valores de exemplo para fins de demonstração.
| Descrição dos metadados | Campo do recurso de proveniência |
|---|---|
| ID do recurso de proveniência | Provenance.id |
| Quando a operação de anulação da identificação começou | Provenance.occurredDateTime |
| Data/hora de criação do recurso de proveniência | Provenance.recorded |
| Nome da operação de longa duração de desidentificação |
Provenance.agent.who: {
"identifier": {
"system": "https://g.co/healthcare/operation"
"value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}
}
|
| Arquivo DICOM de origem |
Provenance.entity.role: "SOURCE"
Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
|
| Destino da loja DICOM | Provenance.target.type.value |
Valor DeidentifyConfig usado |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/deidentify-config',
valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
}]
|
Metadados de desidentificação DICOM num recurso Provenance
A tabela seguinte mostra uma descrição dos metadados na instância DICOM que foram anonimizados e o campo correspondente dos metadados num recurso Provenance. As células "Campo de recurso de Provenance" contêm valores de exemplo para fins de demonstração.
| Descrição dos metadados | Campo do recurso de proveniência |
|---|---|
| Link para o recurso da operação de desidentificação | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
| Data/hora de criação do recurso de proveniência | Provenance.recorded |
| Caminho REST da instância DICOM de origem |
Provenance.entity.role: SOURCE
Provenance.entity.what.identifier.value
|
| Caminho REST da instância DICOM de destino | Provenance.target.type.value |
| Tamanho da imagem DICOM |
Provenance.entity.extension: [
{
url: 'https://g.co/WIDTH',
valueDecimal: WIDTH
},
url: 'https://g.co/HEIGHT',
valueDecimal: HEIGHT
}
]
|
| Tamanho estruturado |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
valueDecimal: VALUE,
}]
|
| Anotação de imagens DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
extension: [
{ FRAME_0
},
{ FRAME_1
},
...
]
}]
|
| Anotação de frames DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
{
url: 'frame-index',
valueDecimal: 0,
extension: [
{
url: 'left',
valueDecimal: LEFT_VALUE
},
{
url: 'right',
valueDecimal: RIGHT_VALUE
},
{
url: 'top',
valueDecimal: TOP_VALUE
},
{
url: 'bottom',
valueDecimal: BOTTOM_VALUE
},
{
url: 'relative-left',
valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-right',
valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
},
{
url: 'relative-top',
valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-bottom',
valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
}
]
}
]
|
| Anotação de frames DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
// REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "quote", // The PHI text de-identified
"valueString": "John Doe"
},
{
"url": "infoType", // The type of the de-identified text
"valueString": "PERSON_NAME"
},
{
"url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
"valueDecimal": 0.7
}
]
|
| Anotação de frames DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_ALL_TEXT
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "extracted-text", // The entire PHI text de-identified
"valueString": "John Doe 27-Jan-1999 Sex:M"
}
]
|
| Anotação de todas as etiquetas DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/dicom-tags',
extension: [
{ // tag (0002,0000)
},
{ // tag (0002,0001)
},
...
]
}]
|
| Notação de etiquetas individuais DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
{
url: 'tag-id',
valueString: '00080012',
extension: [
{
url: 'byte-start',
valueDecimal: 10
},
{
url: 'byte-end',
valueDecimal: 18
},
{
url: 'finding-infotype',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'text-original',
valueString: 'John Doe'
},
{
url: 'text-replaced',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'deidentify-action',
valueString: 'REMOVED'
// Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
// "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
},
{
url: 'deidentify-reason',
valueString: 'Matched VALUE'
// Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
// for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
}
]
}
]
|
Exemplos
Antes de começar
Certifique-se de que tem a função roles/healthcare.fhirResourceEditor
na loja FHIR de metadados de operações antes de executar qualquer um dos
exemplos seguintes. Precisa desta função para escrever na loja FHIR de metadados de operações.
Remova a identificação dos dados DICOM, escreva numa loja FHIR e pesquise recursos de Provenance
Antes de executar este exemplo, conclua os seguintes passos:
- Crie um conjunto de dados de origem que contenha um armazenamento DICOM com, pelo menos, uma instância DICOM a ser anonimizada.
- Crie um conjunto de dados de destino que contenha um arquivo DICOM vazio e um arquivo FHIR vazio. O arquivo FHIR tem de cumprir os requisitos.
Este exemplo expande o artigo Combinar a desidentificação de etiquetas e a ocultação de texto incorporado. Neste exemplo, a desidentificação ocorre num único armazenamento DICOM e os dados desidentificados são escritos num novo armazenamento DICOM. A loja FHIR de metadados de operações está no mesmo conjunto de dados que a nova loja DICOM.
Este exemplo usa duas instâncias DICOM. As instâncias não são fornecidas, pelo que as respostas de exemplo não se vão alinhar exatamente com os seus dados anonimizados.
Desidentificar os dados DICOM.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados que contém a loja DICOM de origem
- SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados principal do armazenamento DICOM de origem
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: o ID do armazenamento DICOM que contém os dados que está a desidentificar
- DESTINATION_DATASET_ID: um conjunto de dados existente que contém a loja FHIR de operação de metadados e onde a loja DICOM anonimizada vai ser criada
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID: o armazenamento DICOM onde os dados anonimizados do armazenamento DICOM de origem vão ser escritos
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o armazenamento FHIR onde os metadados da operação de desidentificação vão ser escritos
Corpo JSON do pedido:
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta é a seguinte. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar um período considerável a serem concluídas. Repare no valor de OPERATION_ID. Precisa deste valor no passo seguinte.curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand ContentObtenha o estado da operação.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados
- SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados onde a operação de desidentificação está a ser executada
- OPERATION_ID: o ID da operação de desidentificação
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de APIs
Abra a página de referência do método. O painel APIs Explorer é aberto no lado direito da página. Pode interagir com esta ferramenta para enviar pedidos. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Deve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Depois de desidentificar com êxito os dados DICOM e escrever os metadados da operação num arquivo FHIR, pode ver os recursos de Provenance no arquivo FHIR.
Para ver os recursos de Provenance, use o método
fhir.search.Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta seguinte foi o resultado da desidentificação de duas instâncias DICOM. A operação de desidentificação resultou na criação dos seguintes três recursos Provenance:curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- Um recurso Provenance para cada uma das duas instâncias DICOM
- Um recurso Provenance para a operação de desidentificação
Armazene dados de amostra, crie uma pesquisa FHIR personalizada de coordenadas x relativas e consulte
Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino que contenha um arquivo DICOM vazio e um arquivo FHIR vazio. O arquivo FHIR tem de cumprir os requisitos.
O exemplo seguinte mostra como pode armazenar os três recursos Provenance criados
em Desidentifique dados DICOM, escreva num arquivo FHIR e pesquise recursos Provenance
e, em seguida, crie uma pesquisa personalizada. A pesquisa personalizada
consulta o relative-x-coordinate-bottom-left numa das instâncias DICOM
desidentificadas.
Armazenar os recursos de Provenance.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentDeve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Crie um recurso SearchParameter na coordenada x relativa da imagem DICOM.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentDeve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Ative o recurso SearchParameter personalizado na loja FHIR.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta é a seguinte. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar um período considerável a serem concluídas. Repare no valor de OPERATION_ID. Precisa deste valor no passo seguinte.curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtenha o estado da operação.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados onde a operação de pesquisa personalizada está a ser executada
- OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de APIs
Abra a página de referência do método. O painel APIs Explorer é aberto no lado direito da página. Pode interagir com esta ferramenta para enviar pedidos. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Deve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Consulte o recurso Provenance através do parâmetro de pesquisa de coordenadas x relativas:
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta mostra que é devolvida uma instância DICOM que satisfaz a consulta de pesquisa:curl
O exemplo seguinte usa a consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que pesquisa uma coordenada x dentro de 5% do limite da imagem.Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
O exemplo seguinte usa a consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que pesquisa uma coordenada x dentro de 5% do limite da imagem.Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
Armazene dados de amostra, crie uma pesquisa FHIR personalizada DICOM de origem e consulte
Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino que contenha um arquivo DICOM vazio e um arquivo FHIR vazio. O arquivo FHIR tem de cumprir os requisitos.
O exemplo seguinte mostra como pode armazenar os três recursos Provenance criados em Desidentifique dados DICOM, escreva num arquivo FHIR e pesquise recursos Provenance e, em seguida, crie uma pesquisa personalizada. A pesquisa personalizada consulta informações sobre uma das duas imagens DICOM de origem.
Armazenar os recursos de Provenance.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentDeve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Crie um recurso SearchParameter na imagem DICOM de origem.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentDeve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Ative o recurso SearchParameter personalizado na loja FHIR.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Corpo JSON do pedido:
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta é a seguinte. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar um período considerável a serem concluídas. Repare no valor de OPERATION_ID. Precisa deste valor no passo seguinte.curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOFEm seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtenha o estado da operação.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados onde a operação de pesquisa personalizada está a ser executada
- OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorador de APIs
Abra a página de referência do método. O painel APIs Explorer é aberto no lado direito da página. Pode interagir com esta ferramenta para enviar pedidos. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Deve receber uma resposta JSON semelhante à seguinte:
Consultar o recurso Provenance através do parâmetro de pesquisa de imagens DICOM de origem.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do FHIR store
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
A resposta mostra que é devolvida uma instância DICOM que satisfaz a consulta de pesquisa:curl
O exemplo seguinte usa a consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que devolve informações sobre a instância que contémstudies/1/series/2/instances/4no respetivo identificador.Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
O exemplo seguinte usa a consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que devolve informações sobre a instância que contémstudies/1/series/2/instances/4no respetivo identificador.Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
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Exporte e consulte a loja FHIR de metadados de operações
O exemplo seguinte mostra como pode exportar os metadados da operação de desidentificação na loja FHIR para o BigQuery e consultar os dados exportados para dados de PHI processados por OCR. Os dados gerados só são compatíveis com o LOSSLESS ou o ANALYTICS_V2
SchemaType.
Exporte os metadados no arquivo FHIR para um conjunto de dados do BigQuery.
Os metadados são exportados para uma tabela denominada
Provenanceno conjunto de dados do BigQuery selecionado.Aceda à página do BigQuery.
No painel Explorador, conclua estes passos:
- Selecione o seu projeto do Google Cloud .
- Selecione o conjunto de dados do BigQuery para o qual exportou os metadados DICOM.
- Selecione a tabela Proveniência.
Clique em Compor nova consulta.
Execute a seguinte consulta:
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10Substitua o seguinte:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- BIGQUERY_DATASET: o conjunto de dados do BigQuery para o qual exportou os metadados da loja FHIR
Clique em Executar.
Os resultados da consulta mostram os metadados dos dados de IPH desidentificados num formato tabular. Se não especificar uma tabela de destino, a tarefa de consulta escreve o resultado numa tabela temporária (cache).
Quota
A gravação de metadados da operação de desidentificação num FHIR store consome fhir_write_opsquotas no projeto onde os metadados da operação são gravados.
É criado um recurso FHIR para cada instância DICOM, pelo que o débito da operação de desidentificação não pode ser superior ao permitido pela sua quota do FHIR.
Faturação
Cada recurso Provenance criado no FHIR store de metadados da operação
incorre num custo pela chamada de fhir.update.
O número de chamadas da API para fhir.update pode ser calculado da seguinte forma:
Total number of DICOM instances de-identified + 1.
O que se segue?
- Saiba como exportar os recursos FHIR para o BigQuery para exploração e análise.
- Saiba como transmitir alterações de recursos FHIR para o BigQuery para sincronizar os dados num arquivo FHIR com um conjunto de dados do BigQuery praticamente em tempo real.