Menghubungkan PACS ke Cloud Healthcare API

Halaman ini menjelaskan cara menggunakan adaptor DICOM Cloud Healthcare API open source di Google Kubernetes Engine (GKE) untuk menyelesaikan tugas berikut:

  • Menghubungkan Gambar Pengarsipan dan Sistem Komunikasi (PACS) ke Cloud Healthcare API.
  • Mengimpor data DICOM dari PACS ke penyimpanan DICOM di Cloud Healthcare API.

Panduan ini memberikan cara sederhana untuk menyiapkan prototipe menggunakan Google Kubernetes Engine dan virtual machine (VM) Compute Engine. VM Compute Engine menyimulasikan PACS lokal. Untuk informasi lebih detail, lihat README adaptor DICOM.

Ringkasan adaptor DICOM

Adaptor terdiri dari dua komponen utama: adaptor impor dan adaptor ekspor. Panduan ini menunjukkan cara menggunakan adaptor impor untuk menyimpan gambar DICOM di penyimpanan DICOM.

Gunakan adaptor DICOM untuk menerjemahkan data antara protokol tradisional dan protokol RESTful. Misalnya, Anda dapat menerjemahkan dari format C-STORE ke format STOW-RS.

Biaya

Panduan ini menggunakan komponen Google Cloud yang dapat ditagih, termasuk hal berikut:

  • Cloud Healthcare API
  • Google Kubernetes Engine
  • Compute Engine

Gunakan Kalkulator Harga untuk membuat perkiraan biaya berdasarkan penggunaan yang Anda proyeksikan. Pengguna Cloud Platform baru mungkin memenuhi syarat untuk mendapatkan uji coba gratis.

Sebelum memulai

  1. Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
  2. Di konsol Google Cloud, pada halaman pemilih project, pilih atau buat project Google Cloud.

    Buka pemilih project

  3. Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

  4. Aktifkan API Cloud Healthcare API, Google Kubernetes Engine, and Container Registry.

    Mengaktifkan API

  5. Di konsol Google Cloud, pada halaman pemilih project, pilih atau buat project Google Cloud.

    Buka pemilih project

  6. Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

  7. Aktifkan API Cloud Healthcare API, Google Kubernetes Engine, and Container Registry.

    Mengaktifkan API

  8. Tunggu sampai GKE API dan layanan terkait diaktifkan. Proses ini dapat memerlukan waktu beberapa menit.
  9. Buat penyimpanan DICOM jika Anda belum melakukannya.

Memilih shell

Untuk menyelesaikan panduan ini, gunakan Cloud Shell atau shell lokal Anda.

Cloud Shell adalah lingkungan shell untuk mengelola resource yang dihosting di Google Cloud. Cloud Shell dilengkapi dengan alat berikut, yang dapat Anda gunakan dalam panduan ini:

  • gcloud CLI: menyediakan antarmuka command line utama untuk Google Cloud
  • kubectl: menyediakan antarmuka command line untuk menjalankan perintah pada cluster GKE

Untuk membuka Cloud Shell atau mengonfigurasi shell lokal Anda, lakukan langkah-langkah berikut:

Cloud Shell

  1. Buka Konsol Google Cloud.

    Google Cloud console

  2. Dari pojok kanan atas konsol, klik tombol Activate Google Cloud Shell:

Sesi Cloud Shell akan terbuka di dalam frame di bagian bawah konsol. Anda menggunakan shell ini untuk menjalankan perintah gcloud dan kubectl.

Shell lokal

Jika lebih suka menggunakan shell lokal, Anda harus menginstal gcloud CLI. Lihat Menginstal Google Cloud CLI untuk mengetahui petunjuknya.

Men-deploy adaptor menggunakan Google Kubernetes Engine

Adaptor impor dan adaptor ekspor adalah aplikasi dalam container yang disiapkan dalam image Docker yang telah dibangun di Container Registry. Dalam panduan ini, Anda akan men-deploy image dicom-import-adapter untuk dijalankan di cluster GKE.

Memberikan izin akun layanan Compute Engine

Ikuti petunjuk dalam Membuat dan mengaktifkan akun layanan untuk instance untuk memberikan peran roles/healthcare.dicomEditor kepada akun layanan default Compute Engine. Untuk mengetahui informasi selengkapnya, lihat Peran penyimpanan DICOM.

Membuat cluster

gcloud

Untuk membuat cluster di GKE bernama dicom-adapter, jalankan perintah gcloud container clusters create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • COMPUTE_ZONE: zona tempat cluster Anda di-deploy. Zona adalah perkiraan lokasi regional tempat cluster Anda dan resource-nya di-deploy. Misalnya, us-west1-a adalah zona di region us-west. Jika Anda telah menetapkan zona default menggunakan perintah gcloud config set compute/zone, nilai flag dalam perintah sebelumnya akan menggantikan nilai default.

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud container clusters create dicom-adapter \
  --zone=COMPUTE_ZONE \
  --scopes=https://www.googleapis.com/auth/cloud-healthcare

Windows (PowerShell)

gcloud container clusters create dicom-adapter `
  --zone=COMPUTE_ZONE `
  --scopes=https://www.googleapis.com/auth/cloud-healthcare

Windows (cmd.exe)

gcloud container clusters create dicom-adapter ^
  --zone=COMPUTE_ZONE ^
  --scopes=https://www.googleapis.com/auth/cloud-healthcare

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Creating cluster dicom-adapter in COMPUTE_ZONE... Cluster is being health-checked (master is healthy)...done.
Created [https://container.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/zones/COMPUTE_ZONE/clusters/dicom-adapter].
To inspect the contents of your cluster, go to: https://console.cloud.google.com/kubernetes/workload_/gcloud/COMPUTE_ZONE/dicom-adapter?project=PROJECT_ID
kubeconfig entry generated for dicom-adapter.
NAME           LOCATION    MASTER_VERSION  MASTER_IP        MACHINE_TYPE   NODE_VERSION   NUM_NODES  STATUS
dicom-adapter  COMPUTE_ZONE 1.18.16-gke.502   123.456.789.012  n1-standard-1  1.18.16-gke.502  3     RUNNING

Mengonfigurasi Deployment

Saat men-deploy aplikasi ke GKE, Anda menentukan properti Deployment menggunakan file manifes Deployment, yang biasanya berupa file YAML. Untuk mengetahui informasi tentang file manifes Deployment, lihat Membuat Deployment.

Dengan menggunakan editor teks, buat file manifes Deployment untuk adaptor impor bernama dicom_adapter.yaml dengan konten berikut:

apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
  name: dicom-adapter
spec:
  replicas: 1
  selector:
    matchLabels:
      app: dicom-adapter
  template:
    metadata:
      labels:
        app: dicom-adapter
    spec:
      containers:
        - name: dicom-import-adapter
          image: gcr.io/cloud-healthcare-containers/healthcare-api-dicom-dicomweb-adapter-import:0.2.43
          ports:
            - containerPort: 2575
              protocol: TCP
              name: "port"
          args:
            - "--dimse_aet=IMPORTADAPTER"
            - "--dimse_port=2575"
            - "--dicomweb_address=https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID/dicomWeb"

Ganti kode berikut:

  • PROJECT_ID: ID project
  • LOCATION: lokasi set data
  • DATASET_ID: ID untuk set data induk penyimpanan DICOM Anda
  • DICOM_STORE_ID: ID untuk penyimpanan DICOM tempat Anda mengimpor data DICOM

Mengonfigurasi Layanan

Agar adaptor DICOM dapat diakses oleh aplikasi di luar cluster GKE (seperti PACS), Anda harus mengonfigurasi load balancer internal. Dengan load balancer, Anda dapat mengekspos port DIMSE secara internal (dalam panduan ini, port 2575).

Buat file manifes Service untuk mengonfigurasi load balancing. Di direktori tempat Anda membuat file manifes Deployment, gunakan editor teks untuk membuat file bernama dicom_adapter_load_balancer.yaml dengan konten berikut. Anda membuat dan men-deploy file manifes Layanan di bagian Men-deploy Layanan dan load balancer internal.

apiVersion: v1
kind: Service
metadata:
  name: dicom-adapter-load-balancer
  # The "Internal" annotation will result in an load balancer that can only
  # be accessed from within the VPC the Kubernetes cluster is in.
  # You can remove this annotation to get an externally accessible load balancer.
  annotations:
    cloud.google.com/load-balancer-type: "Internal"
spec:
  ports:
  - port: 2575
    targetPort: 2575
    protocol: TCP
    name: port
  selector:
    app: dicom-adapter
  type: LoadBalancer

Men-deploy Deployment

Untuk men-deploy adaptor ke cluster GKE, jalankan perintah berikut di direktori yang berisi file manifes Deployment dicom_adapter.yaml:

kubectl apply -f dicom_adapter.yaml

Output-nya adalah sebagai berikut:

deployment.apps/dicom-adapter created

Memeriksa Deployment

Setelah Anda membuat Deployment, gunakan alat kubectl untuk memeriksanya.

Untuk mendapatkan informasi mendetail tentang Deployment, jalankan perintah berikut:

kubectl describe deployment dicom-adapter

Untuk melihat Pod yang dibuat oleh Deployment, jalankan perintah berikut:

kubectl get pods -l app=dicom-adapter

Untuk mendapatkan informasi tentang Pod yang dibuat, jalankan perintah berikut menggunakan nama Pod yang ditampilkan dari perintah sebelumnya:

kubectl describe pod POD_NAME

Jika Deployment berhasil, bagian terakhir output dari perintah sebelumnya berisi informasi berikut. Adaptor siap menayangkan permintaan jika penampung dicom-import-adapter memiliki nilai Started di kolom Reason.

Events:
  Type    Reason     Age    From                                                   Message
  ----    ------     ----   ----                                                   -------
  Normal  Scheduled  3m33s  default-scheduler                                      Successfully assigned default/dicom-adapter-69d579778-qrm7n to gke-dicom-adapter-default-pool-6f6e0dcd-9cdd
  Normal  Pulling    3m31s  kubelet, gke-dicom-adapter-default-pool-6f6e0dcd-9cdd  Pulling image "gcr.io/cloud-healthcare-containers/healthcare-api-dicom-dicomweb-adapter-import:0.2.43"
  Normal  Pulled     3m10s  kubelet, gke-dicom-adapter-default-pool-6f6e0dcd-9cdd  Successfully pulled image "gcr.io/cloud-healthcare-containers/healthcare-api-dicom-dicomweb-adapter-import:0.2.43"
  Normal  Created    3m7s   kubelet, gke-dicom-adapter-default-pool-6f6e0dcd-9cdd  Created container dicom-import-adapter
  Normal  Started    3m7s   kubelet, gke-dicom-adapter-default-pool-6f6e0dcd-9cdd  Started container dicom-import-adapter

Men-deploy Layanan dan load balancer internal

Untuk membuat load balancer internal, jalankan perintah berikut di direktori yang berisi file manifes Layanan dicom_adapter_load_balancer.yaml:

kubectl apply -f dicom_adapter_load_balancer.yaml

Output-nya adalah sebagai berikut:

service/dicom-adapter-load-balancer created

Memeriksa Layanan

Setelah membuat Layanan, periksa untuk memverifikasi bahwa layanan telah dikonfigurasi dengan benar.

Untuk memeriksa load balancer, jalankan perintah berikut:

kubectl describe service dicom-adapter-load-balancer

Output-nya adalah sebagai berikut:

Name:                     dicom-adapter-load-balancer
Namespace:                default
Labels:                   <none>
Annotations:              cloud.google.com/load-balancer-type: Internal
Selector:                 app=dicom-adapter
Type:                     LoadBalancer
IP:                       198.51.100.1
LoadBalancer Ingress:     203.0.113.1
Port:                     port  2575/TCP
TargetPort:               2575/TCP
NodePort:                 port  30440/TCP
Endpoints:                192.0.2.1:2575
Session Affinity:         None
External Traffic Policy:  Cluster
Events:

Events:
  Type    Reason                Age   From                Message
  ----    ------                ----  ----                -------
  Normal  EnsuringLoadBalancer  1m    service-controller  Ensuring load balancer
  Normal  EnsuredLoadBalancer   1m    service-controller  Ensured load balancer

Pengisian alamat IP LoadBalancer Ingress mungkin memerlukan waktu hingga satu menit. Simpan alamat IP LoadBalancer Ingress. Anda akan menggunakannya untuk mengakses Layanan dari luar cluster di bagian berikutnya.

Membuat virtual machine Compute Engine

Untuk menyimulasikan PACS lokal, buat VM Compute Engine untuk mengirim permintaan ke adaptor DICOM. Karena Anda men-deploy load balancer internal, VM yang Anda buat dan cluster GKE yang ada harus berada di region yang sama dan menggunakan jaringan VPC yang sama.

Selesaikan langkah-langkah berikut untuk membuat instance virtual machine Linux di Compute Engine:

Konsol

  1. Di Konsol Google Cloud, buka halaman VM Instances.

    Buka Instance VM

  2. Klik Create instance.

  3. Pilih Region dan Zone untuk instance yang cocok dengan zona yang Anda pilih saat membuat cluster. Misalnya, jika Anda menggunakan us-central1-a untuk COMPUTE_ZONE saat membuat cluster, pilih us-central1 (Iowa) untuk Region dan us-central1-a untuk Zone.

  4. Di bagian Boot disk, klik Change untuk mengonfigurasi boot disk Anda.

  5. Pada tab Gambar publik, pilih versi 9 sistem operasi Debian.

  6. Klik Select.

  7. Di bagian Firewall, pilih Allow HTTP traffic.

  8. Klik Create untuk membuat instance.

gcloud

Jalankan perintah gcloud compute instances create. Perintah ini menggunakan tag http-server untuk mengizinkan traffic HTTP.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud Anda
  • COMPUTE_ZONE: zona yang Anda pilih saat membuat cluster
  • INSTANCE_NAME: nama VM

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud compute instances create INSTANCE_NAME \
  --project=PROJECT_ID \
  --zone=COMPUTE_ZONE \
  --image-family=debian-9 \
  --image-project=debian-cloud \
  --tags=http-server

Windows (PowerShell)

gcloud compute instances create INSTANCE_NAME `
  --project=PROJECT_ID `
  --zone=COMPUTE_ZONE `
  --image-family=debian-9 `
  --image-project=debian-cloud `
  --tags=http-server

Windows (cmd.exe)

gcloud compute instances create INSTANCE_NAME ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --zone=COMPUTE_ZONE ^
  --image-family=debian-9 ^
  --image-project=debian-cloud ^
  --tags=http-server

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Created [https://www.googleapis.com/compute/v1/projects/PROJECT_ID/zones/COMPUTE_ZONE/instances/INSTANCE_NAME].
NAME          ZONE           MACHINE_TYPE   PREEMPTIBLE  INTERNAL_IP  EXTERNAL_IP    STATUS
INSTANCE_NAME  COMPUTE_ZONE           n1-standard-1               INTERNAL_IP  EXTERNAL_IP    RUNNING

Tunggu hingga instance memulai. Setelah dimulai, instance akan tercantum di halaman Instance VM dengan ikon status hijau.

Menghubungkan ke VM

Untuk terhubung ke VM, selesaikan langkah-langkah berikut:

Konsol

  1. Di Konsol Google Cloud, buka halaman VM Instances.

    Buka Instance VM

  2. Dalam daftar instance virtual machine, klik SSH di baris instance yang telah dibuat.

gcloud

Jalankan perintah gcloud compute ssh.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud Anda
  • COMPUTE_ZONE: zona VM
  • INSTANCE_NAME: nama VM

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud compute ssh INSTANCE_NAME \
  --project PROJECT_ID \
  --zone COMPUTE_ZONE

Windows (PowerShell)

gcloud compute ssh INSTANCE_NAME `
  --project PROJECT_ID `
  --zone COMPUTE_ZONE

Windows (cmd.exe)

gcloud compute ssh INSTANCE_NAME ^
  --project PROJECT_ID ^
  --zone COMPUTE_ZONE

Sekarang Anda memiliki jendela terminal untuk berinteraksi dengan instance Linux.

Mengimpor gambar DICOM ke penyimpanan DICOM

Ada beberapa opsi software yang tersedia yang dapat Anda gunakan untuk mengirim image DICOM melalui jaringan. Di bagian berikut, Anda menggunakan toolkit DICOM DCMTK.

Untuk mengimpor gambar DICOM ke penyimpanan DICOM, selesaikan langkah-langkah berikut dari VM yang Anda buat di bagian sebelumnya:

  1. Instal perangkat lunak toolkit DICOM DCMTK:

    sudo apt-get install -y dcmtk
    
  2. Simpan image DICOM ke VM. Misalnya, jika image DICOM disimpan di bucket Cloud Storage, jalankan perintah berikut untuk mendownloadnya ke direktori kerja Anda saat ini:

    gsutil cp gs://BUCKET/DCM_FILE .

    Untuk menggunakan image DICOM yang disediakan secara gratis oleh Google Cloud dari set data gcs-public-data--healthcare-tcia-lidc-idri, jalankan perintah berikut:

    gsutil -u PROJECT_ID cp gs://gcs-public-data--healthcare-tcia-lidc-idri/dicom/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.100036212881370097961774473021/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.130765375502800983459674173881/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.100395847981751414562031366859.dcm .
  3. Jalankan perintah dcmsend, yang tersedia melalui toolkit DICOM DCMTK. Saat Anda menjalankan perintah tersebut, tetapkan Judul Entitas Aplikasi (AE) ke IMPORTADAPTER. Anda juga dapat menambahkan flag --verbose untuk menampilkan detail pemrosesan. Port yang digunakan dalam panduan ini adalah 2575.

    dcmsend --verbose PEER 2575 DCM_FILE_IN -aec IMPORTADAPTER

    Ganti kode berikut:

    • PEER: Alamat IP LoadBalancer Ingress yang ditampilkan saat Anda memeriksa Layanan
    • DCMFILE_IN: jalur ke image DICOM pada VM

    Saat menjalankan dcmsend dengan satu image DICOM, output-nya adalah sebagai berikut:

    I: checking input files ...
    I: starting association #1
    I: initializing network ...
    I: negotiating network association ...
    I: Requesting Association
    I: Association Accepted (Max Send PDV: 16366)
    I: sending SOP instances ...
    I: Sending C-STORE Request (MsgID 1, MR)
    I: Received C-STORE Response (Success)
    I: Releasing Association
    I:
    I: Status Summary
    I: --------------
    I: Number of associations   : 1
    I: Number of pres. contexts : 1
    I: Number of SOP instances  : 1
    I: - sent to the peer       : 1
    I:   * with status SUCCESS  : 1
    
  4. Untuk memverifikasi bahwa image DICOM berhasil diimpor ke penyimpanan DICOM Anda. telusuri instance di penyimpanan DICOM dan pastikan image DICOM baru ada di penyimpanan.

Setelah menyelesaikan bagian ini, Anda telah berhasil men-deploy adaptor DICOM ke GKE dan mengirim image DICOM dari instance PACS melalui adaptor ke Cloud Healthcare API.

Memecahkan masalah

Pemecahan masalah GKE

Jika adaptor DICOM mengalami kegagalan setelah Anda men-deploy-nya ke GKE, ikuti langkah-langkah dalam Memecahkan masalah terkait workload yang di-deploy.

Pemecahan masalah adaptor

Adaptor impor dan ekspor menghasilkan log yang dapat Anda gunakan untuk mendiagnosis masalah apa pun. Saat Anda menjalankan adaptor menggunakan GKE, log disimpan di Cloud Logging. Untuk melihat log, selesaikan langkah-langkah berikut menggunakan Konsol Google Cloud atau alat kubectl:

Konsol

  1. Buka dasbor GKE Workloads di Konsol Google Cloud.

    Buka Workload GKE

  2. Pilih beban kerja dicom-adapter.

  3. Di halaman Detail deployment, klik Log container.

kubectl

Untuk melihat semua Pod yang berjalan di cluster Anda, jalankan perintah berikut:

kubectl get pods

Cari Pod yang namanya diawali dengan dicom-adapter.

Untuk mendapatkan log Pod, jalankan perintah berikut:

kubectl logs POD_NAME

Jika Anda melewatkan salah satu langkah dalam panduan ini, perintah dcmsend mungkin gagal mengupload gambar. Untuk menyelidiki masalah ini, jalankan kembali perintah dengan flag -d (untuk "debug"). Tanda ini mencetak log tindakan yang lebih panjang, termasuk pesan yang memberikan informasi tentang kegagalan.

Pemecahan masalah izin dan otorisasi

Bagian berikut menjelaskan error yang dapat terjadi di dcmsend saat izin atau otorisasi dikonfigurasi dengan tidak benar.

Error pengaitan yang dibatalkan oleh rekan sejawat

Masalah berikut terjadi saat traffic jaringan tidak dapat mengalir dari PACS ke port 2575 load balancer:

cannot send SOP instance: Peer aborted Association (or never connected)

Untuk mengatasi masalah ini, pastikan VM PACS dan cluster GKE berjalan di jaringan VPC yang sama. Jika tidak berjalan di jaringan VPC yang sama, periksa hal-hal berikut ini:

  • Load balancer tidak dikonfigurasi sebagai "internal".
  • Tidak ada aturan firewall yang memblokir koneksi ke port 2575.

Error ini juga dapat terjadi jika layanan load balancer atau Pod adaptor tidak disiapkan dengan benar di cluster GKE. Untuk memastikan semuanya disiapkan dengan benar, tinjau Memeriksa Deployment dan Memeriksa Layanan dalam panduan ini.

Error API yang diperlukan tidak diaktifkan

Masalah berikut terjadi jika Cloud Healthcare API belum diaktifkan di project tempat cluster GKE dengan adaptor berjalan:

LO [Http_403, PERMISSION_DENIED, Cloud Healthcare API has not been u]

Untuk mengatasi masalah ini, pastikan semua API yang diperlukan telah diaktifkan dengan mengikuti petunjuk di Sebelum memulai.

Error cakupan tidak memadai

Masalah berikut terjadi saat cluster GKE tempat adaptor dijalankan tidak menetapkan nilai cakupan yang benar:

LO [Http_403, PERMISSION_DENIED, Request had insufficient authentica]

Untuk mengatasi masalah ini, update cluster GKE atau buat cluster baru dengan flag berikut:

--scopes=https://www.googleapis.com/auth/cloud-healthcare

Error izin penyimpanan DICOM ditolak

Error berikut terjadi jika akun layanan yang digunakan oleh cluster GKE tempat adaptor dijalankan tidak memiliki peran roles/healthcare.dicomEditor:

LO [Http_403, PERMISSION_DENIED, Permission healthcare.dicomStores.d]

Untuk mengatasi masalah ini, ikuti petunjuk dalam artikel Memberikan izin akun layanan Compute Engine.

Langkah selanjutnya

Setelah mengonfigurasi prototipe dalam panduan ini, Anda dapat mulai menggunakan Cloud VPN untuk mengenkripsi traffic antara PAS Anda dan Cloud Healthcare API.