本页面介绍如何从 Cloud Life Sciences 迁移到 Batch。
2023 年 7 月 17 日，Google Cloud 宣布弃用 Cloud Life Sciences（Beta 版）。2025 年 7 月 8 日之后，该服务在 Google Cloud 上将不再可用。不过，Batch 已正式发布，并且是支持 Cloud Life Sciences 的所有用例的全面后续版本。
详细了解 Batch、Cloud Life Sciences 和产品发布阶段。
Cloud Life Sciences 与 Batch
从 Cloud Life Sciences 迁移到 Batch 主要涉及到如何将 Batch 用于当前通过运行 Cloud Life Sciences 流水线来执行的工作负载。
如需了解如何在 Batch 上执行 Cloud Life Sciences 工作负载，请参阅以下所有部分：
概览
Cloud Life Sciences 流水线描述了要执行的一系列操作（容器）以及要在其中执行容器的环境。
批量作业描述了一个或多个任务的数组以及执行这些任务的环境。您可以将作业的工作负载定义为要执行的一个或多个可运行对象（容器和/或脚本）的一个序列。作业的每个任务都表示其可运行对象序列的一次执行。
Cloud Life Sciences 流水线可以表示为单任务批量作业。
例如，以下示例描述了一个简单的 Cloud Life Sciences 流水线及其等效的批处理作业：
| Cloud Life Sciences 流水线 | 批量作业 |
|---|---|
{
"actions": [
{
"imageUri": "bash",
"commands": [
"-c",
"echo Hello, world!"
]
}
]
}
|
{
"taskGroups" : [{
"taskSpec" : {
"runnables" : [{
"container":{
"imageUri": "bash",
"commands": [
"-c",
"echo Hello, world!"
]
}
}]
}
}]
}
|
多任务批处理作业类似于复制的 Cloud Life Sciences 流水线。
与 Cloud Life Sciences 不同，Batch 允许您自动安排工作负载的多次执行。 通过定义任务数量，可指明要为作业执行可运行对象序列的次数。当某个作业具有多个任务时，您可以通过在可运行对象中引用任务的索引来指定您希望每个执行项如何变化。此外，您还可以配置作业任务的相对时间表，例如，是允许多个任务并行运行，还是要求任务按顺序运行且一次一个任务。Batch 管理作业任务的调度：当一个任务完成后，作业会自动启动下一个任务（如果有）。
有关示例，请参阅以下批量作业。此示例作业包含 100 个任务，这些任务在 10 个 Compute Engine 虚拟机 (VM) 实例上执行，因此在任何给定时间大约有 10 个任务并行运行。此示例作业中的每个任务仅执行一个可运行任务：一个脚本，用于输出一条消息和任务索引（由 BATCH_TASK_INDEX 预定义环境变量定义）。
{
"taskGroups" : [{
"taskSpec" : {
"runnables" : [{
"script":{
"text": "echo Hello world! This is task ${BATCH_TASK_INDEX}."
}
}]
},
"taskCount": 100,
"parallelism": 10
}]
}
有时，您可以利用 Batch 的内置调度功能来简化涉及创建和监控多个类似 Cloud Life Sciences 流水线的 Workflows。
基本操作
本部分介绍 Cloud Life Sciences 与 Batch 中的基本操作。
下表总结了 Cloud Life Sciences 和 Batch 的基本操作选项。
| 基本操作 | Cloud Life Sciences 选项 | 批处理选项 |
|---|---|---|
| 执行工作负载。 |
|
|
| 查看您的所有工作负载。 |
|
|
| 查看工作负载的详细信息和状态。 |
|
|
| 停止和移除工作负载。 |
|
|
Cloud Life Sciences 和 Batch 的基本操作有几个关键区别。
首先，长时间运行的操作资源在 Batch 中的作用与在 Cloud Life Sciences 中不同。
Cloud Life Sciences 中长时间运行的操作资源 (LRO) 是用于列出和查看流水线的主要资源。但是，Batch 和其他 Google Cloud API 中的长时间运行的操作资源仅用于监控需要很长时间才能完成的请求的状态。具体而言，在 Batch 中，唯一会返回长时间运行的操作资源的请求是删除作业。
如需详细了解 Batch 的长时间运行的操作资源，请参阅 projects.locations.operations REST 资源的 Batch API 参考文档。Batch 包含您可查看和删除工作负载的作业资源，而不是使用长时间运行的操作资源。
其次，在 Batch 中查看工作负载的详细信息涉及的操作与 Cloud Life Sciences 不同。您可以查看作业以了解其详细信息和状态。但是，每项作业的任务也都有自己的详细信息和状态，您可以通过查看作业的任务列表和任务详细信息来查看这些详细信息和状态。
为了帮助您进一步了解 Cloud Life Sciences 与 Batch 的基本操作，以下部分提供了其中一些基本操作的 Google Cloud CLI 命令和 API 请求路径示例。
gcloud CLI 命令示例
对于 gcloud CLI，Cloud Life Sciences 命令以 gcloud beta lifesciences 开头，Batch 命令以 gcloud batch 开头。
如需查看示例，请参阅以下 gcloud CLI 命令。
Cloud Life Sciences 示例 gcloud CLI 命令：
运行流水线：
gcloud beta lifesciences pipelines run \ --project=PROJECT_ID \ --regions=LOCATION \ --pipeline-file=JSON_CONFIGURATION_FILE获取长时间运行的操作的详细信息：
gcloud beta lifesciences operations describe OPERATION_ID
请替换以下内容：
PROJECT_ID：您的项目 ID。LOCATION：流水线的位置。JSON_CONFIGURATION_FILE：流水线的 JSON 配置文件。OPERATION_ID：长时间运行的操作的标识符，由运行流水线的请求返回。
批处理示例 gcloud CLI 命令：
创建并运行作业：
gcloud batch jobs submit JOB_NAME \ --project=PROJECT_ID \ --location=LOCATION \ --config=JSON_CONFIGURATION_FILE查看任务详情：
gcloud batch jobs describe JOB_NAME \ --project=PROJECT_ID \ --location=LOCATION \查看作业的任务列表：
gcloud batch tasks list \ --project=PROJECT_ID \ --location=LOCATION \ --job=JOB_NAME查看任务的详细信息：
gcloud batch tasks describe TASK_INDEX \ --project=PROJECT_ID \ --location=LOCATION \ --job=JOB_NAME \ --task_group=TASK_GROUP删除（和取消）作业：
gcloud batch jobs delete JOB_NAME \ --project=PROJECT_ID \ --location=LOCATION
请替换以下内容：
API 请求路径示例
对于 API，Cloud Life Sciences 使用 lifesciences.googleapis.com 请求路径，Batch 使用 batch.googleapis.com 请求路径。
例如，请参阅以下 API 请求路径。与 Cloud Life Sciences 不同，Batch 没有 RPC API，而是只有 REST API。
Cloud Life Sciences 示例 API 请求路径：
运行流水线：
POST https://lifesciences.googleapis.com/v2beta/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/pipelines:run获取长时间运行的操作的详细信息：
GET https://lifesciences.googleapis.com/v2beta/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/operations/OPERATION_ID
请替换以下内容：
PROJECT_ID：您的项目 ID。LOCATION：流水线的位置。OPERATION_ID：长时间运行的操作的标识符，由运行流水线的请求返回。
批处理示例 API 请求路径：
创建并运行作业：
POST https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs?job_id=JOB_NAME查看任务详情：
GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME查看作业的任务列表：
GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME/taskGroups/TASK_GROUP/tasks删除作业
DELETE https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME检查作业删除请求的状态：
GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/operations/OPERATION_ID
请替换以下内容：
IAM 角色和权限
本部分总结了 Cloud Life Sciences 和 Batch 在 Identity and Access Management 角色与权限方面的差异。如需详细了解任何角色及其权限，请参阅 IAM 基本角色和预定义角色参考文档。
下表介绍了 Cloud Life Sciences 用户所需的预定义角色及其权限。
| Cloud Life Sciences 角色 | 权限 |
|---|---|
以下任意一项：
|
|
项目的 Cloud Life Sciences Viewer (roles/lifesciences.viewer) |
|
下表介绍了 Batch 的一些预定义角色及其权限。与 Cloud Life Sciences 不同，Batch 要求您向用户和服务帐号授予作业的权限。如需详细了解 IAM 要求，请参阅 Batch 的前提条件。
| 用户的批处理角色 | 权限 |
|---|---|
项目的 Batch Job Editor (roles/batch.jobsEditor) |
|
项目的 Batch Job Viewer (roles/batch.jobsViewer) |
|
作业的服务帐号的 Service Account User (roles/iam.serviceAccountUser) |
|
| 服务帐号的批处理角色 | 权限 |
项目的 Batch Agent Reporter (roles/batch.agentReporter) |
|
对应的特征
下表介绍了 Cloud Life Sciences 的功能、Batch 的等效功能，以及它们之间的差异的详细信息。
每个特征都由说明及其 JSON 语法表示。 通过 API 访问 Batch 或通过 Google Cloud CLI 指定 JSON 配置文件时，可以使用 JSON 语法。 但请注意，您还可以通过其他方法使用 Batch 功能，例如通过 Google Cloud 控制台字段、标志 gcloud CLI 和客户端库，这在 Batch 文档中有所介绍。
如需详细了解每项功能及其 JSON 语法，请参阅以下内容：
如需了解 Cloud Life Sciences，请参阅有关
projects.locations.pipelinesREST 资源的 Cloud Life Sciences API 参考文档。对于 Batch，请参阅
projects.locations.jobsREST 资源的 Batch API 参考文档。
| Cloud Life Sciences 特性 | 批处理功能 | 详细信息 |
|---|---|---|
流水线 (pipeline) |
作业 (job) 及其任务 (taskGroups[]) |
批处理作业由包含一个或多个任务的数组组成，每个任务执行所有相同的可运行对象。Cloud Life Sciences 流水线类似于包含一个任务的批处理作业。 但是，Cloud Life Sciences 没有针对（具有多个作业的作业）任务的等效概念，任务有点类似于流水线的重复。 如需详细了解作业和任务，请参阅 Batch 概览。 |
流水线的操作 (actions[]) |
作业任务的可运行对象 (runnables[]) |
Cloud Life Sciences 操作描述容器，但 Batch 可运行对象可以包含容器或脚本。 |
操作凭据 (credentials) |
指定容器是否处于可运行状态： |
在 Cloud Life Sciences 中，操作的凭据必须是包含用户名和密码键值对的 Cloud Key Management Service 加密字典。 在 Batch 中，可运行容器的用户名和密码位于不同的字段中。这两个字段可以使用纯文本或 Secret Manager Secret 的名称指定。 |
表示操作：
|
：
可能的环境：
|
借助 Cloud Life Sciences，您可以为某项操作指定采用纯文本或加密字典格式的环境变量。
在 Batch 中，这类似于为可运行环境（ 但是，Batch 还有更多用于指定环境变量的选项：
如需了解详情，请参阅使用环境变量。 |
用于运行流水线的请求的标签（请求正文中的 labels） |
作业的标签（作业资源中的 labels） |
与 Cloud Life Sciences 不同，Batch 不会在创建新作业的请求中包含标签字段。对于 Batch，最贴近的选项是使用仅与作业关联的标签。 Batch 提供多种类型的标签（ |
流水线资源 (resources) 的区域 (regions[]) 和可用区 (zones[]) |
作业的资源位置政策 (locationPolicy) 允许的位置 (allowedLocations) |
在 Cloud Life Sciences 中，流水线在单个虚拟机上执行，您可以为该虚拟机指定所需的区域和/或可用区。 在 Batch 中，等效选项是作业允许的位置，您可以将其定义为一个或多个区域或可用区，并指定可以创建作业虚拟机的位置。 单个 Batch 作业的所有虚拟机都属于单个代管式实例组 (MIG)，该实例组存在于特定区域；但是，各个虚拟机可能位于该区域的不同可用区。 值得注意的是，为任务指定允许的位置字段是可选操作，因为它与任务位置无关。与作业位置不同，允许的位置不会影响用于创建 Batch 作业和存储作业元数据的位置。如需了解详情，请参阅批量位置。 |
针对流水线的资源 (
|
作业的资源政策 (
|
在 Cloud Life Sciences 中，您可以配置一个用于运行流水线的虚拟机。 在 Batch 中，作业的资源分配政策字段 (
|
表示操作：
|
对于可运行对象：
|
Cloud Life Sciences 提供的这些各种便捷标志在 Batch 中是等效的，不过，这些标志是为每个可运行对象（可以包含脚本或容器）而非每项操作（容器）指定的。 |
表示操作：
|
选项 (options) |
Batch 支持通过容器可运行的选项字段 ( |
表示操作：
|
无对应项 |
批量预提取映像，并根据作业的日志政策 ( |
用于为某项操作屏蔽外部网络 (blockExternalNetwork) 的选项 |
用于阻止容器可运行的外部网络 (blockExternalNetwork) 的选项 |
用于为某项操作屏蔽外部网络的 Cloud Life Sciences 选项类似于用于屏蔽容器的外部网络的 Batch 选项。 Batch 还包含许多其他网络选项，例如禁止作业的所有虚拟机使用外部网络。如需了解详情，请参阅批量网络概览。 |
为操作装载 (mounts[]) |
所有可运行对象的卷（taskSpec 中的 volumes[]）和容器的卷选项（container 中的 volumes[]） |
在 Batch 中，您可以使用 此外，Batch 支持对容器可运行对象使用显式卷选项，方法是使用 如需详细了解如何将存储卷与 Batch 搭配使用，请参阅创建和运行使用存储卷的作业。 |
用于为某项操作启用 Cloud Storage FUSE (enableFuse) 的选项 |
无对应项 |
Batch 负责装载您为作业指定的任何存储卷（例如 Cloud Storage 存储桶）。
因此，您不需要启用任何装载工具（例如 Cloud Storage FUSE for Batch）；但是，您可以根据需要使用 如需详细了解如何将 Cloud Storage 存储分区与 Batch 搭配使用，请参阅创建和运行使用存储卷的作业。 |
用于运行流水线的请求的 Pub/Sub 主题 (pubSubTopic) |
作业的通知配置 (
|
与 Cloud Life Sciences 相比，Batch 提供了更强大的状态更新自定义功能。例如，Batch 用户可以在单个任务更改状态或仅在整个作业更改状态时收到有关 Pub/Sub 主题的通知。 |
工作流服务
如果您将工作流服务与 Cloud Life Sciences 搭配使用，则迁移过程还涉及配置工作流服务以使用 Batch。本部分总结了可与 Batch 搭配使用的工作流服务。除了本部分列出的工作流服务之外，Batch 还计划逐步支持更多的工作流服务。
Batch 支持 Workflows，这是 Google Cloud 提供的一项工作流服务。如果要将 Workflows 与 Batch 搭配使用，请参阅使用 Workflows 运行批处理作业。此外，下表介绍了同样适用于 Cloud Life Sciences 的其他工作流服务，这些服务可与 Batch 搭配使用。下表列出了将每种工作流服务与 Batch（而非 Cloud Life Sciences）搭配使用的主要区别，以及有关在何处详细了解如何使用每个工作批次的详细信息。
| 工作流服务 | 主要区别 | 详细信息 |
|---|---|---|
| Nextflow |
如需在 Batch 中使用 Cloud Life Sciences 的 Nextflow 配置文件，请进行以下更改：
|
如需详细了解如何将 Batch 与 Nextflow 搭配使用，请参阅 Batch 教程或 Nextflow 教程。如需详细了解配置选项，请参阅 Nextflow 文档。 |
| 克伦威尔 |
如需将 Cromwell 配置文件与 Batch API 搭配使用 v2beta Cloud Life Sciences API，请进行以下更改：
|
如需详细了解如何将 Batch 与 Cromwell 搭配使用，请参阅适用于 Batch 的 Cromwell 文档和适用于 Batch 的 Cromwell 教程。 |
| dSub |
如需通过 Batch 使用 Cloud Life Sciences API 运行 dsub 流水线，请进行以下更改：
|
如需详细了解如何将 Batch 与 dsub 搭配使用，请参阅 Batch 的 dsub 文档。 |