Armazene dados de cuidados de saúde com a CLI do Google Cloud
Esta página mostra como usar a Cloud Healthcare API e a Google Cloud CLI para concluir as seguintes tarefas:
- Crie um conjunto de dados da Cloud Healthcare API.
- Crie um dos seguintes arquivos de dados no conjunto de dados:
- Armazenamento de imagens digitais e comunicações em medicina (DICOM)
- Armazenamento de Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
- Armazenamento da versão 2 (HL7v2) da Health Level Seven International
- Armazene dados DICOM, FHIR e HL7v2, e veja metadados DICOM.
Se só tiver interesse em trabalhar com um tipo de arquivo de dados, pode avançar diretamente para essa secção do início rápido depois de concluir os passos em Antes de começar e Criar um conjunto de dados.
Antes de começar
- Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
-
Install the Google Cloud CLI.
-
Se estiver a usar um fornecedor de identidade (IdP) externo, tem primeiro de iniciar sessão na CLI gcloud com a sua identidade federada.
-
Para inicializar a CLI gcloud, execute o seguinte comando:
gcloud init
-
Create or select a Google Cloud project.
Roles required to select or create a project
- Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
-
Create a project: To create a project, you need the Project Creator
(
roles/resourcemanager.projectCreator
), which contains theresourcemanager.projects.create
permission. Learn how to grant roles.
-
Create a Google Cloud project:
gcloud projects create PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with a name for the Google Cloud project you are creating. -
Select the Google Cloud project that you created:
gcloud config set project PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with your Google Cloud project name.
-
Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Enable the Cloud Healthcare API:
Roles required to enable APIs
To enable APIs, you need the Service Usage Admin IAM role (
roles/serviceusage.serviceUsageAdmin
), which contains theserviceusage.services.enable
permission. Learn how to grant roles.gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
Replace the following:
PROJECT_ID
: your project ID.USER_IDENTIFIER
: the identifier for your user account—for example,myemail@example.com
.ROLE
: the IAM role that you grant to your user account.
-
Install the Google Cloud CLI.
-
Se estiver a usar um fornecedor de identidade (IdP) externo, tem primeiro de iniciar sessão na CLI gcloud com a sua identidade federada.
-
Para inicializar a CLI gcloud, execute o seguinte comando:
gcloud init
-
Create or select a Google Cloud project.
Roles required to select or create a project
- Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
-
Create a project: To create a project, you need the Project Creator
(
roles/resourcemanager.projectCreator
), which contains theresourcemanager.projects.create
permission. Learn how to grant roles.
-
Create a Google Cloud project:
gcloud projects create PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with a name for the Google Cloud project you are creating. -
Select the Google Cloud project that you created:
gcloud config set project PROJECT_ID
Replace
PROJECT_ID
with your Google Cloud project name.
-
Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.
-
Enable the Cloud Healthcare API:
Roles required to enable APIs
To enable APIs, you need the Service Usage Admin IAM role (
roles/serviceusage.serviceUsageAdmin
), which contains theserviceusage.services.enable
permission. Learn how to grant roles.gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
Replace the following:
PROJECT_ID
: your project ID.USER_IDENTIFIER
: the identifier for your user account—for example,myemail@example.com
.ROLE
: the IAM role that you grant to your user account.
PROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começar- Crie um arquivo DICOM.
- Importe uma instância DICOM de um contentor público do Cloud Storage para a loja DICOM.
- Ver os metadados da instância DICOM.
PROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-dicom-store
: os valores que forneceu quando executou o comandoOPERATION_ID
: um identificador da operação de longa duração fornecida pela Cloud Healthcare API quando importa uma instância DICOM. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar muito tempo a serem concluídas. Normalmente, a importação de uma instância DICOM é uma operação rápida, pelo que o resultado é devolvido quase de imediato.Instale a ferramenta de linha de comandos DICOMweb através do Pip:
pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
Atualize a variável
PATH
para incluir a localização de instalaçãodcmweb
:export PATH="$HOME/bin:$PATH"
Veja os metadados da instância DICOM:
dcmweb \ https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \ search instances
Substitua
PROJECT_ID
pelo ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começar.O resultado é o seguinte. Consulte os atributos do módulo comum da SOP para ver os campos na saída.
[ { "00080016": { "Value": [ "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7" ], "vr": "UI" }, "00080018": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480" ], "vr": "UI" }, "00080060": { "Value": [ "DX" ], "vr": "CS" }, "00100020": { "Value": [ "1" ], "vr": "LO" }, "00100040": { "Value": [ "M" ], "vr": "CS" }, "0020000D": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604" ], "vr": "UI" }, "0020000E": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724" ], "vr": "UI" }, "00280010": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280011": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280100": { "Value": [ 8 ], "vr": "US" } } ]
- Crie uma loja FHIR.
- Importe recursos FHIR de um contentor público do Cloud Storage para a loja FHIR.
PROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-fhir-store
: os valores que forneceu quando executou o comandoOPERATION_ID
: um identificador da operação de longa duração fornecida pela Cloud Healthcare API quando importa um recurso FHIR. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar muito tempo a serem concluídas. A importação dos recursos FHIR demora cerca de 1 a 2 minutos.R4
: a versão da loja FHIR- Crie um armazenamento de HL7v2.
- Importe uma mensagem HL7v2 de um contentor público do Cloud Storage para o armazenamento HL7v2.
PROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começarPROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-hl7v2-store
: os valores que forneceu quando executou o comandoOPERATION_ID
: um identificador para a operação de longa duração fornecida pela Cloud Healthcare API quando importa uma mensagem HL7v2. As operações de longa duração são devolvidas quando as chamadas de métodos podem demorar muito tempo a serem concluídas. Normalmente, a importação de uma mensagem HL7v2 é uma operação rápida, pelo que o resultado é devolvido quase imediatamente.PROJECT_ID
: o ID do Google Cloud projeto que criou ou selecionou em Antes de começar- Leia uma vista geral dos conceitos da Cloud Healthcare API
- Armazene dados de cuidados de saúde com o
curl
ou o PowerShell - Armazene dados de cuidados de saúde com bibliotecas cliente
- Armazene dados de saúde com a CLI gcloud
- Crie e faça a gestão de arquivos DICOM
- Ligue um PACS à Cloud Healthcare API
- Use a norma DICOMweb
- Importe e exporte dados DICOM através do Cloud Storage
- Crie e faça a gestão de FHIR stores
- Crie e faça a gestão de recursos FHIR
- Importe e exporte dados FHIR através do Cloud Storage
Crie um conjunto de dados
Os conjuntos de dados contêm arquivos de dados e os arquivos de dados contêm dados de cuidados de saúde. Para usar a Cloud Healthcare API, tem de criar, pelo menos, um conjunto de dados.
O exemplo seguinte mostra como criar um conjunto de dados denominado my-dataset
na região us-central1
. Vai usar o conjunto de dados ao longo deste início rápido para criar armazenamentos DICOM, armazenamentos FHIR e armazenamentos HL7v2.
gcloud
Crie um conjunto de dados com o comando
gcloud healthcare datasets create
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare datasets create my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Deve receber uma resposta semelhante à seguinte:
Resposta
Create request issued for: [my-dataset] Created dataset [my-dataset].
Para concluir este início rápido, escolha uma das seguintes secções:
Armazene e veja uma instância DICOM
Esta secção mostra como concluir as seguintes tarefas:
A Cloud Healthcare API implementa a norma DICOMweb para armazenar e aceder a dados de imagens médicas.
Crie um arquivo DICOM
Os arquivos DICOM existem em conjuntos de dados e contêm instâncias DICOM. O exemplo
seguinte mostra como criar um arquivo DICOM denominado my-dicom-store
.
gcloud
Crie um arquivo DICOM com o comando gcloud healthcare dicom-stores create
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Deve receber uma resposta semelhante à seguinte:
Resposta
Created dicomStore [my-dicom-store].
Importe uma instância DICOM
Os dados DICOM de exemplo estão disponíveis no gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray
contentor do Cloud Storage.
gcloud
Importe a instância gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
através do comando
gcloud healthcare dicom-stores import
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Neste resultado:
Resposta
Request issued for: [my-dicom-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store
Veja os metadados da instância DICOM
A CLI gcloud não suporta transações DICOMweb, como ver ou obter instâncias. Em alternativa, pode usar a ferramenta de linha de comandos DICOMweb da Google, que é executada através do Python. Para obter informações sobre como configurar o Python no Google Cloud, consulte o artigo Configurar um ambiente de desenvolvimento Python.
Conclua os passos seguintes para ver os metadados da instância DICOM através da ferramenta de linha de comandos DICOMweb:
Depois de importar a instância DICOM para a Cloud Healthcare API e ver os respetivos metadados, continue para a secção Limpar para evitar incorrer em custos na sua conta pelos recursos usados nesta página. Google Cloud
Para obter informações sobre os passos seguintes, como pesquisar ou obter imagens DICOM através da norma DICOMweb na Cloud Healthcare API, consulte a secção Passos seguintes.
Armazene recursos FHIR
Esta secção mostra como concluir as seguintes tarefas:
Crie um FHIR store
Os FHIR stores existem em conjuntos de dados e contêm recursos FHIR. O exemplo
seguinte mostra como criar uma loja FHIR denominada my-fhir-store
que usa a
versão R4 do FHIR.
gcloud
Crie uma loja FHIR com o comando gcloud healthcare fhir-stores create
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --version=R4
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --version=R4
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --version=R4
Deve receber uma resposta semelhante à seguinte:
Resposta
Created fhirStore [my-fhir-store].
Importe recursos FHIR
Os dados FHIR de amostra estão disponíveis no contentor do gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
Cloud Storage.
gcloud
Importe os recursos FHIR em gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
usando o comando gcloud healthcare fhir-stores import
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \ --content-structure=RESOURCE
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ` --content-structure=RESOURCE
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^ --content-structure=RESOURCE
Neste resultado:
Resposta
Request issued for: [my-fhir-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store version: R4
Depois de importar os recursos FHIR para a Cloud Healthcare API, continue a limpar para evitar incorrer em custos na sua Google Cloud conta pelos recursos usados nesta página.
Para ver informações sobre os passos seguintes, como ver e pesquisar recursos FHIR, consulte o artigo O que se segue.
Armazene uma mensagem HL7v2
Esta secção mostra como concluir as seguintes tarefas:
A implementação de HL7v2 na Cloud Healthcare API está alinhada com a norma HL7v2.
Crie um armazenamento de HL7v2
Os armazenamentos de HL7v2 existem em conjuntos de dados e contêm mensagens HL7v2. O exemplo
seguinte mostra como criar um armazenamento de HL7v2 denominado my-hl7v2-store
.
gcloud
Crie um armazenamento de HL7v2 com o comando gcloud healthcare hl7v2-stores create
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Deve receber uma resposta semelhante à seguinte:
Resposta
Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].
Importe mensagens HL7v2
gcloud
Importe a mensagem HL7v2 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
através do comando gcloud healthcare hl7v2-stores import
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Neste resultado:
Resposta
Request issued for: [my-hl7v2-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store
Depois de importar a mensagem HL7v2 para a Cloud Healthcare API, continue a limpar para evitar incorrer em custos na sua Google Cloud conta pelos recursos usados nesta página.
Para ver informações sobre os passos seguintes, como ver o conteúdo de uma mensagem HL7v2, consulte a secção O que se segue.
Limpar
Para evitar incorrer em custos na sua Google Cloud conta pelos recursos usados nesta página, elimine o Google Cloud projeto com os recursos.
Se criou um novo projeto para este início rápido, siga os passos em Elimine o projeto. Caso contrário, siga os passos em Elimine o conjunto de dados.
Optional: Revoke credentials from the gcloud CLI.
gcloud auth revoke
Elimine o projeto
Delete a Google Cloud project:
gcloud projects delete PROJECT_ID
Elimine o conjunto de dados
Se já não precisar do conjunto de dados criado neste início rápido, pode eliminá-lo. A eliminação de um conjunto de dados elimina permanentemente o conjunto de dados e quaisquer armazenamentos FHIR, HL7v2 ou DICOM que contenha.
gcloud
Elimine um conjunto de dados através do comando
gcloud healthcare datasets delete
.
Antes de usar qualquer um dos dados de comandos abaixo, faça as seguintes substituições:
Execute o seguinte comando:
Linux, macOS ou Cloud Shell
gcloud healthcare datasets delete my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Resposta
You are about to delete dataset [my-dataset] Do you want to continue (Y/n)? Y Deleted dataset [my-dataset].
Como correu?
O que se segue?
Consulte as secções seguintes para ver informações gerais sobre a Cloud Healthcare API e como realizar as tarefas neste início rápido através de outra interface:
DICOM
Consulte a declaração de conformidade com o DICOM para obter informações sobre como a Cloud Healthcare API implementa a norma DICOMweb.
FHIR
Consulte a declaração de conformidade com a FHIR para obter informações sobre como a Cloud Healthcare API implementa a norma FHIR.