Questa pagina è stata tradotta dall'API Cloud Translation.

Utilizza l'API Healthcare Natural Language

Questa pagina spiega come abilitare l'API Healthcare Natural Language, configurare autorizzazioni e richiama analyzeEntities per estrarre insight medici da testi medici.

Panoramica

L'API Healthcare Natural Language fornisce soluzioni di machine learning per ricavare insight da testi medici. L'API Healthcare Natural Language dell'API Cloud Healthcare. Per una panoramica dell'API Healthcare Natural Language, consulta la documentazione concettuale dell'API Healthcare Natural Language.

L'API Healthcare Natural Language analizza dati medici non strutturati come cartelle cliniche o richieste di risarcimento assicurativi. Genera quindi un modello di dati strutturati rappresentazione delle entità della conoscenza medica memorizzate in queste origini dati per l'analisi e l'automazione downstream. Ad esempio, puoi:

Estrae informazioni su concetti medici come malattie, farmaci dispositivi medici, procedure e relativi attributi clinicamente rilevanti
Mappa i concetti medici ai vocabolari medici standard come RxNorm, ICD-10, MeSH e SNOMED CT (solo utenti degli Stati Uniti)
Ricava insight medici dai testi e integrali con l'analisi dei dati in Google Cloud

Paesi in cui è disponibile il servizio

L'API Healthcare Natural Language è disponibile nelle seguenti località:

Nome della sede	Descrizione del luogo
`asia-south1`	Mumbai, India
`australia-southeast1`	Sydney, Australia
`europe-west2`	Londra, Regno Unito
`europe-west4`	Paesi Bassi
`northamerica-northeast1`	Montréal, Canada
`us-central1`	Iowa, Stati Uniti

Abilita l'API Healthcare Natural Language

Prima di iniziare a utilizzare l'API Healthcare Natural Language, devi abilitare l'API per il tuo progetto Google Cloud. Puoi utilizzare lo API Healthcare Natural Language senza abilitare o utilizzare le funzionalità del API Cloud Healthcare.

Per abilitare l'API, completa i seguenti passaggi:

Accedi al tuo account Google Cloud. Se non conosci Google Cloud, crea un account per valutare le prestazioni dei nostri prodotti in scenari reali. I nuovi clienti ricevono anche 300 $di crediti gratuiti per l'esecuzione, il test e il deployment dei carichi di lavoro.

In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

Go to project selector

Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

Create a service account:

In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account
Select your project.
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.

In the Service account description field, enter a description. For example, Service account for quickstart.
Click Create and continue.
Grant the Project > Owner role to the service account.

To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.

Note: The Role field affects which resources the service account can access in your project. You can revoke these roles or grant additional roles later. In production environments, do not grant the Owner, Editor, or Viewer roles. Instead, grant a predefined role or custom role that meets your needs.
Click Continue.
Click Done to finish creating the service account.

Do not close your browser window. You will use it in the next step.

Create a service account key:

In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
Click Keys.
Click Add key, and then click Create new key.
Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
Click Close.

Imposta la variabile di ambiente GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS sul percorso del file JSON che contiene le tue credenziali. Questa variabile si applica solo alla sessione di shell attuale. Pertanto, se apri una nuova sessione, imposta di nuovo la variabile.

Esempio: Linux o macOS

export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="KEY_PATH"

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

Ad esempio:

export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="/home/user/Downloads/service-account-file.json"

Esempio: Windows

Per PowerShell:

$env:GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="KEY_PATH"

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

Ad esempio:

$env:GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="C:\Users\username\Downloads\service-account-file.json"

Per il prompt dei comandi:

set GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS=KEY_PATH

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

Go to project selector

Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

Create a service account:

In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account
Select your project.
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.

In the Service account description field, enter a description. For example, Service account for quickstart.
Click Create and continue.
Grant the Project > Owner role to the service account.

To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.

Note: The Role field affects which resources the service account can access in your project. You can revoke these roles or grant additional roles later. In production environments, do not grant the Owner, Editor, or Viewer roles. Instead, grant a predefined role or custom role that meets your needs.
Click Continue.
Click Done to finish creating the service account.

Do not close your browser window. You will use it in the next step.

Create a service account key:

In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
Click Keys.
Click Add key, and then click Create new key.
Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
Click Close.

Esempio: Linux o macOS

export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="KEY_PATH"

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

Ad esempio:

export GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="/home/user/Downloads/service-account-file.json"

Esempio: Windows

Per PowerShell:

$env:GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="KEY_PATH"

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

Ad esempio:

$env:GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS="C:\Users\username\Downloads\service-account-file.json"

Per il prompt dei comandi:

set GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS=KEY_PATH

Sostituisci KEY_PATH con il percorso del file JSON che contiene le tue credenziali.

Attiva Cloud Healthcare API.
Abilita l'API

Install the Google Cloud CLI.
To initialize the gcloud CLI, run the following command:
```
gcloud init
```

Configurare le autorizzazioni

Per utilizzare le funzionalità di questa guida, devi disporre del healthcare.nlpservice.analyzeEntities l'autorizzazione, ovvero incluso in healthcare.nlpServiceViewer role.

Per assegnare questo ruolo, esegui gcloud projects add-iam-policy-binding :

gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID \
    --member serviceAccount:SERVICE_ACCOUNT_ID \
    --role roles/healthcare.nlpServiceViewer

Estrazione di entità, relazioni e attributi contestuali

L'API Healthcare Natural Language utilizza modelli sensibili al contesto per estrarre entità, relazioni e attributi contestuali. Ogni entità di testo viene estratta in una voce del dizionario di medicina. Per estrarre questo livello di informazioni mediche medico, utilizza projects.locations.services.nlp.analyzeEntities .

Per includere il vocabolario autorizzato SNOMED CT nelle menzioni delle entità, consulta la sezione Includere i vocabolari autorizzati.

Per estrarre insight medici da testi medici utilizzando l'API Healthcare Natural Language, effettua una richiesta POST e specifica il testo di destinazione in il documentContent . La dimensione massima del testo medico è di 20.000 caratteri Unicode.

I seguenti esempi mostrano come utilizzare il metodo analyzeEntities per estrarre consigli medici dal testo medico "Il regime di insulina 5 unità IV sarà somministrati per il diabete".

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati

Corpo JSON della richiesta:

{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Nota: Il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso a l'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud di Google. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
EOF

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content

Se la richiesta ha esito positivo, la risposta include le seguenti informazioni:

Entità delle conoscenze mediche riconosciute
Caratteristiche funzionali
Relazioni tra le persone giuridiche riconosciute
Attributi contestuali
Mappature delle entità di conoscenza medica in terminologie standard

Per un elenco di tipi di entità, attributi e relazioni supportati, consulta Funzionalità dell'API Healthcare Natural Language.

La seguente risposta identifica l'insulina terapeutica, l'entità con codice C581 nel sistema terminologico NCI, come farmaco. La risposta include anche il punteggio di confidenza assegnato alla risposta. Per maggiori informazioni informazioni sui campi di risposta, consulta analyzeEntities documentazione.

Risposta

{
  "entityMentions": [
    {
      "mentionId": "1",
      "type": "MEDICINE",
      "text": {
        "content": "Insulin regimen",
        "beginOffset": 0
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0021641"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0795635"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C1533581"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3537244"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3714501"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "UPCOMING",
        "confidence": 0.95375925302505493
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.618984580039978
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99964696168899536
      },
      "confidence": 0.62128835916519165
    },
    {
      "mentionId": "2",
      "type": "MED_DOSE",
      "text": {
        "content": "5 units",
        "beginOffset": 16
      },
      "confidence": 0.78806477785110474
    },
    {
      "mentionId": "3",
      "type": "MED_ROUTE",
      "text": {
        "content": "IV",
        "beginOffset": 24
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0348016"
        }
      ],
      "confidence": 0.8927428126335144
    },
    {
      "mentionId": "4",
      "type": "PROBLEM",
      "text": {
        "content": "diabetes",
        "beginOffset": 52
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0011847"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0011849"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0241863"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "CURRENT",
        "confidence": 0.91680806875228882
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.98018729686737061
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99965417385101318
      },
      "confidence": 0.99518013000488281
    }
  ],
  "entities": [
    {
      "entityId": "UMLS/C0011847",
      "preferredTerm": "Diabetes",
      "vocabularyCodes": [
        "ICD10CM/E11",
        "LNC/LA10529-8",
        "LNC/LP128793-9",
        "LNC/MTHU040702",
        "MTH/NOCODE",
        "OMIM/MTHU050182"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0011849",
      "preferredTerm": "Diabetes Mellitus",
      "vocabularyCodes": [
        "HPO/HP:0000819",
        "ICD10CM/E08-E13",
        "ICD9CM/250",
        "LNC/LA14291-1",
        "LNC/LA27539-8",
        "LNC/LP74722-7",
        "LNC/MTHU020781",
        "MEDLINEPLUS/4",
        "MSH/D003920",
        "MTH/NOCODE",
        "MTH/U000263",
        "NCI/C2985",
        "OMIM/MTHU036798"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0021641",
      "preferredTerm": "Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "FMA/83365",
        "LNC/LA15805-7",
        "LNC/LP14676-8",
        "LNC/LP16325-0",
        "LNC/LP32542-0",
        "LNC/LP70329-5",
        "LNC/MTHU002108",
        "LNC/MTHU019392",
        "MSH/D007328",
        "MTH/NOCODE"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0241863",
      "preferredTerm": "Diabetic",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA26134-9"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0348016",
      "preferredTerm": "Intravenous",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA9437-0",
        "LNC/LP32453-0",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C13346"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0795635",
      "preferredTerm": "insulin, regular, human",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LP17001-6",
        "MSH/D061386",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C29125",
        "RXNORM/253182",
        "VANDF/4017559",
        "VANDF/4017569",
        "VANDF/4019786"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C1533581",
      "preferredTerm": "Therapeutic Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C581"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3537244",
      "preferredTerm": "Insulins",
      "vocabularyCodes": [
        "MSH/D061385",
        "MTH/NOCODE"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3714501",
      "preferredTerm": "Insulin Drug Class",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "VANDF/4021631"
      ]
    }
  ],
  "relationships": [
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "2",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "3",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "4",
      "objectId": "1",
      "confidence": 0.68552839756011963
    }
  ]
}

Includi i vocabolari autorizzati

Per impostazione predefinita, le risposte dell'API Healthcare Natural Language includono il parametro vocaboli medici supportati.

Puoi includere Termini clinici SNOMED, versione USA (SNOMEDCT_US) vocabolario nella risposta, se la tua richiesta soddisfa i seguenti requisiti:

La richiesta API ha origine negli Stati Uniti.
Il campo licensedVocabularies nel corpo della richiesta ha il valore SNOMEDCT_US.

Se non ti serve il vocabolario SNOMED CT, nessuno di questi sono previste limitazioni.

L'esempio seguente mostra come includere il vocabolario autorizzato SNOMED CT nel LicensedVocabularies oggetto da estrarre consigli medici dal testo medico "Il regime di insulina 5 unità IV sarà somministrati per il diabete".

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati

Corpo JSON della richiesta:

{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "licensedVocabularies": [
    "SNOMEDCT_US",
    "ICD10CM"
  ]
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "licensedVocabularies": [
    "SNOMEDCT_US",
    "ICD10CM"
  ]
}
EOF

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "licensedVocabularies": [
    "SNOMEDCT_US",
    "ICD10CM"
  ]
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content

Se la richiesta ha esito positivo, la risposta include i codici del vocabolario del Vocabolari autorizzati SNOMEDCT_US e ICD10CM. L'output è quanto segue e i codici del vocabolario concessi in licenza richiesti sono in grassetto:

Risposta

{
  "entityMentions": [
    {
      "mentionId": "1",
      "type": "MEDICINE",
      "text": {
        "content": "Insulin regimen",
        "beginOffset": 0
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0021641"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0795635"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C1533581"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3537244"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3714501"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "UPCOMING",
        "confidence": 0.95375925302505493
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.618984580039978
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99964696168899536
      },
      "confidence": 0.62128835916519165
    },
    {
      "mentionId": "2",
      "type": "MED_DOSE",
      "text": {
        "content": "5 units",
        "beginOffset": 16
      },
      "confidence": 0.78806477785110474
    },
    {
      "mentionId": "3",
      "type": "MED_ROUTE",
      "text": {
        "content": "IV",
        "beginOffset": 24
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0348016"
        }
      ],
      "confidence": 0.8927428126335144
    },
    {
      "mentionId": "4",
      "type": "PROBLEM",
      "text": {
        "content": "diabetes",
        "beginOffset": 52
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0011847"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0011849"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0241863"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "CURRENT",
        "confidence": 0.91680806875228882
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.98018729686737061
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99965417385101318
      },
      "confidence": 0.99518013000488281
    }
  ],
  "entities": [
    {
      "entityId": "UMLS/C0011847",
      "preferredTerm": "Diabetes",
      "vocabularyCodes": [
        "ICD10CM/E11",
        "LNC/LA10529-8",
        "LNC/LP128793-9",
        "LNC/MTHU040702",
        "MTH/NOCODE",
        "OMIM/MTHU050182"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0011849",
      "preferredTerm": "Diabetes Mellitus",
      "vocabularyCodes": [
        "HPO/HP:0000819",
        "ICD10CM/E08-E13",
        "ICD9CM/250",
        "LNC/LA14291-1",
        "LNC/LA27539-8",
        "LNC/LP74722-7",
        "LNC/MTHU020781",
        "MEDLINEPLUS/4",
        "MSH/D003920",
        "MTH/NOCODE",
        "MTH/U000263",
        "NCI/C2985",
        "OMIM/MTHU036798",
        "SNOMEDCT_US/73211009"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0021641",
      "preferredTerm": "Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "FMA/83365",
        "LNC/LA15805-7",
        "LNC/LP14676-8",
        "LNC/LP16325-0",
        "LNC/LP32542-0",
        "LNC/LP70329-5",
        "LNC/MTHU002108",
        "LNC/MTHU019392",
        "MSH/D007328",
        "MTH/NOCODE",
        "SNOMEDCT_US/39487003",
        "SNOMEDCT_US/412222002",
        "SNOMEDCT_US/67866001"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0241863",
      "preferredTerm": "Diabetic",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA26134-9"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0348016",
      "preferredTerm": "Intravenous",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA9437-0",
        "LNC/LP32453-0",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C13346",
        "SNOMEDCT_US/255560000"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0795635",
      "preferredTerm": "insulin, regular, human",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LP17001-6",
        "MSH/D061386",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C29125",
        "RXNORM/253182",
        "SNOMEDCT_US/126210001",
        "SNOMEDCT_US/417423002",
        "SNOMEDCT_US/420609005",
        "SNOMEDCT_US/96367001",
        "VANDF/4017559",
        "VANDF/4017569",
        "VANDF/4019786"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C1533581",
      "preferredTerm": "Therapeutic Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C581"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3537244",
      "preferredTerm": "Insulins",
      "vocabularyCodes": [
        "MSH/D061385",
        "MTH/NOCODE"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3714501",
      "preferredTerm": "Insulin Drug Class",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "VANDF/4021631"
      ]
    }
  ],
  "relationships": [
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "2",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "3",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "4",
      "objectId": "1",
      "confidence": 0.68552839756011963
    }
  ]
}

Estrai l'output come bundle FHIR R4

Puoi estrarre le entità dal testo e mapparle alle risorse FHIR R4. elementi. Il bundle FHIR R4 risultante include tutte le entità, le menzioni delle entità, in formato JSON. Ad esempio, L'API Healthcare Natural Language mappa l'entità di base PROBLEM al FHIR Condition la risorsa R4 e l'entità PROBLEM.ANATOMICAL_STRUCTURE alla Condition.bodySite elemento FHIR. Per un elenco di altre mappature, vedi Output dell'API Healthcare Natural Language come bundle FHIR.

I seguenti esempi mostrano come estrarre consigli medici dal testo medico "Il regime di insulina 5 unità IV sarà somministrati per il diabete". in un bundle FHIR R4. Per ulteriori informazioni, vedi AlternativeOutputFormat .

REST

Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati

Corpo JSON della richiesta:

{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
EOF

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  "documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
  "alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content

Se la richiesta ha esito positivo, la risposta contiene un oggetto JSON con le seguenti voci:

La persona giuridica riconosciuta menziona con le persone giuridiche e i loro relazioni in un formato simile all'output Estrai entità, relazioni e attributi contestuali.
Una chiave fhirBundle contenente una risorsa bundle FHIR in formato stringa. Il bundle FHIR include tutte le entità, le menzioni delle entità e le relazioni JSON.

Risposta

{
  "entityMentions": [
    {
      "mentionId": "1",
      "type": "MEDICINE",
      "text": {
        "content": "Insulin regimen",
        "beginOffset": 0
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0021641"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0795635"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C1533581"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3537244"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C3714501"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "UPCOMING",
        "confidence": 0.95375925302505493
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.618984580039978
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99964696168899536
      },
      "confidence": 0.62128835916519165
    },
    {
      "mentionId": "2",
      "type": "MED_DOSE",
      "text": {
        "content": "5 units",
        "beginOffset": 16
      },
      "confidence": 0.78806477785110474
    },
    {
      "mentionId": "3",
      "type": "MED_ROUTE",
      "text": {
        "content": "IV",
        "beginOffset": 24
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0348016"
        }
      ],
      "confidence": 0.8927428126335144
    },
    {
      "mentionId": "4",
      "type": "PROBLEM",
      "text": {
        "content": "diabetes",
        "beginOffset": 52
      },
      "linkedEntities": [
        {
          "entityId": "UMLS/C0011847"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0011849"
        },
        {
          "entityId": "UMLS/C0241863"
        }
      ],
      "temporalAssessment": {
        "value": "CURRENT",
        "confidence": 0.91680806875228882
      },
      "certaintyAssessment": {
        "value": "LIKELY",
        "confidence": 0.98018729686737061
      },
      "subject": {
        "value": "PATIENT",
        "confidence": 0.99965417385101318
      },
      "confidence": 0.99518013000488281
    }
  ],
  "entities": [
    {
      "entityId": "UMLS/C0011847",
      "preferredTerm": "Diabetes",
      "vocabularyCodes": [
        "ICD10CM/E11",
        "LNC/LA10529-8",
        "LNC/LP128793-9",
        "LNC/MTHU040702",
        "MTH/NOCODE",
        "OMIM/MTHU050182"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0011849",
      "preferredTerm": "Diabetes Mellitus",
      "vocabularyCodes": [
        "HPO/HP:0000819",
        "ICD10CM/E08-E13",
        "ICD9CM/250",
        "LNC/LA14291-1",
        "LNC/LA27539-8",
        "LNC/LP74722-7",
        "LNC/MTHU020781",
        "MEDLINEPLUS/4",
        "MSH/D003920",
        "MTH/NOCODE",
        "MTH/U000263",
        "NCI/C2985",
        "OMIM/MTHU036798"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0021641",
      "preferredTerm": "Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "FMA/83365",
        "LNC/LA15805-7",
        "LNC/LP14676-8",
        "LNC/LP16325-0",
        "LNC/LP32542-0",
        "LNC/LP70329-5",
        "LNC/MTHU002108",
        "LNC/MTHU019392",
        "MSH/D007328",
        "MTH/NOCODE"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0241863",
      "preferredTerm": "Diabetic",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA26134-9"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0348016",
      "preferredTerm": "Intravenous",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LA9437-0",
        "LNC/LP32453-0",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C13346"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C0795635",
      "preferredTerm": "insulin, regular, human",
      "vocabularyCodes": [
        "LNC/LP17001-6",
        "MSH/D061386",
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C29125",
        "RXNORM/253182",
        "VANDF/4017559",
        "VANDF/4017569",
        "VANDF/4019786"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C1533581",
      "preferredTerm": "Therapeutic Insulin",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "NCI/C581"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3537244",
      "preferredTerm": "Insulins",
      "vocabularyCodes": [
        "MSH/D061385",
        "MTH/NOCODE"
      ]
    },
    {
      "entityId": "UMLS/C3714501",
      "preferredTerm": "Insulin Drug Class",
      "vocabularyCodes": [
        "MTH/NOCODE",
        "VANDF/4021631"
      ]
    }
  ],
  "relationships": [
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "2",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "1",
      "objectId": "3",
      "confidence": 0.99964696168899536
    },
    {
      "subjectId": "4",
      "objectId": "1",
      "confidence": 0.68552839756011963
    }
  ],
  "fhirBundle": "{\n    \"entry\": [\n      {\n        \"fullUrl\": \"urn:uuid:7e6e2323-f9e3-4241-bb84-1a8ff997ef99\",\n        \"request\": {\n          \"method\": \"POST\",\n          \"url\": \"Condition\"\n        },\n        \"resource\": {\n          \"category\": [\n            {\n              \"coding\": [\n                {\n                  \"code\": \"problem-list-item\",\n                  \"display\": \"Problem List Item\",\n                  \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/condition-category\"\n                }\n              ]\n            }\n          ],\n          \"clinicalStatus\": {\n            \"coding\": [\n              {\n                \"code\": \"active\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/condition-clinical\"\n              }\n            ]\n          },\n          \"evidence\": [\n            {\n              \"code\": [\n                {\n                  \"coding\": [\n                    {\n                      \"code\": \"C0011847\",\n                      \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                    },\n                    {\n                      \"code\": \"C0011849\",\n                      \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                    },\n                    {\n                      \"code\": \"C0241863\",\n                      \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                    }\n                  ]\n                }\n              ]\n            }\n          ],\n          \"extension\": [\n            {\n              \"url\": \"temporalrelationship\",\n              \"valueCode\": \"CURRENT\"\n            },\n            {\n              \"url\": \"certaintyassessment\",\n              \"valueCode\": \"LIKELY\"\n            },\n            {\n              \"url\": \"g.co/fhir/StructureDefinition/healthcare_nlp\",\n              \"valueCodeableConcept\": {\n                \"coding\": [\n                  {\n                    \"code\": \"C0011847\",\n                    \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                  },\n                  {\n                    \"code\": \"C0011849\",\n                    \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                  },\n                  {\n                    \"code\": \"C0241863\",\n                    \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                  }\n                ]\n              }\n            },\n            {\n              \"url\": \"source\",\n              \"valueReference\": {\n                \"id\": \"#Document1\"\n              }\n            },\n            {\n              \"url\": \"source_offset\",\n              \"valueInteger\": 52\n            },\n            {\n              \"url\": \"entityconfidence\",\n              \"valueDecimal\": 0.995180\n            }\n          ],\n          \"meta\": {\n            \"source\": \"https://healthcare.googleapis.com/v1alpha2/projects/\u003cPROJECTNAME\u003e/locations/\u003cLOCATION\u003e/services/nlp:analyzeEntities\"\n          },\n          \"resourceType\": \"Condition\",\n          \"subject\": {\n            \"reference\": \"Patient/Patient/\u003cPATIENT_ID\u003e\"\n          },\n          \"text\": {\n            \"div\": \"\u003cdiv xmlns=\\\"http://www.w3.org/1999/xhtml\\\"\u003e\u003cPreferred Term\u003e \u003cOptional: Date\u003e\u003c/div\u003e\",\n            \"status\": \"generated\"\n          },\n          \"verificationStatus\": {\n            \"coding\": [\n              {\n                \"code\": \"confirmed\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/condition-ver-status\"\n              }\n            ]\n          }\n        }\n      },\n      {\n        \"fullUrl\": \"urn:uuid:04be4df6-4bbc-4fb5-a62f-fb82e644b8d2\",\n        \"request\": {\n          \"method\": \"POST\",\n          \"url\": \"MedicationStatement\"\n        },\n        \"resource\": {\n          \"dosage\": [\n            {\n              \"route\": {\n                \"coding\": [\n                  {\n                    \"code\": \"C0348016\",\n                    \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n                  }\n                ]\n              }\n            }\n          ],\n          \"effectivePeriod\": {\n            \"start\": \"2024-02-06T16:55:32+00:00\"\n          },\n          \"extension\": [\n            {\n              \"url\": \"dosage\",\n              \"valueString\": \"5 units\"\n            },\n            {\n              \"url\": \"temporalrelationship\",\n              \"valueCode\": \"UPCOMING\"\n            },\n            {\n              \"url\": \"certaintyassessment\",\n              \"valueCode\": \"LIKELY\"\n            },\n            {\n              \"url\": \"entityconfidence\",\n              \"valueDecimal\": 0.621288\n            }\n          ],\n          \"medicationCodeableConcept\": {\n            \"coding\": [\n              {\n                \"code\": \"C0021641\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n              },\n              {\n                \"code\": \"C0795635\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n              },\n              {\n                \"code\": \"C1533581\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n              },\n              {\n                \"code\": \"C3537244\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n              },\n              {\n                \"code\": \"C3714501\",\n                \"system\": \"http://terminology.hl7.org/CodeSystem/umls\"\n              }\n            ],\n            \"text\": \"Insulin regimen\"\n          },\n          \"meta\": {\n            \"source\": \"https://healthcare.googleapis.com/v1alpha2/projects/\u003cPROJECTNAME\u003e/locations/\u003cLOCATION\u003e/services/nlp:analyzeEntities\"\n          },\n          \"reasonReference\": [\n            {\n              \"display\": \"7e6e2323-f9e3-4241-bb84-1a8ff997ef99\"\n            }\n          ],\n          \"resourceType\": \"MedicationStatement\",\n          \"status\": \"active\",\n          \"subject\": {\n            \"reference\": \"Patient/Patient/\u003cPATIENT_ID\u003e\"\n          },\n          \"text\": {\n            \"div\": \"\u003cdiv xmlns=\\\"http://www.w3.org/1999/xhtml\\\"\u003e\u003c/div\u003e\",\n            \"status\": \"generated\"\n          }\n        }\n      },\n      {\n        \"fullUrl\": \"urn:uuid:f62fdb4b-a561-4855-96c8-23e41d8ad7b0\",\n        \"request\": {\n          \"method\": \"POST\",\n          \"url\": \"DocumentReference\"\n        },\n        \"resource\": {\n          \"content\": [\n            {\n              \"attachment\": {\n                \"url\": \"\u003cDOC_REFER\u003e\"\n              }\n            }\n          ],\n          \"meta\": {\n            \"source\": \"https://healthcare.googleapis.com/v1alpha2/projects/\u003cPROJECTNAME\u003e/locations/\u003cLOCATION\u003e/services/nlp:analyzeEntities\"\n          },\n          \"resourceType\": \"DocumentReference\",\n          \"status\": \"current\",\n          \"subject\": {\n            \"id\": \"Patient/\u003cPATIENT_ID\u003e\"\n          }\n        }\n      }\n    ],\n    \"resourceType\": \"Bundle\",\n    \"type\": \"transaction\"\n  }"
}