调试内存不足和存储空间不足 DAG 问题

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本教程介绍了在 Cloud Composer 中调试失败的 Airflow DAG 的步骤,并借助日志和环境监控来诊断与工作器资源相关的问题,例如工作器内存不足或存储空间不足。

简介

本教程重点介绍资源相关问题,以演示调试 DAG 的方法。

缺少分配的工作器资源会导致 DAG 故障。如果 Airflow 任务耗尽内存或存储空间,您可能会看到 Airflow 异常,例如:

WARNING airflow.exceptions.AirflowException: Task received SIGTERM signal
INFO - Marking task as FAILED.

Task exited with return code Negsignal.SIGKILL

在这种情况下,一般建议是增加 Airflow 工作器资源或减少每个工作器的任务数。但是,由于 Airflow 异常可能是通用的,因此找出导致问题的特定资源可能颇具挑战性。

本教程介绍了如何诊断 DAG 故障的原因,以及如何调试因缺少工作器内存和存储空间而失败的两个示例 DAG,从而确定导致问题的资源类型。

目标

  • 运行由于以下原因失败的示例 DAG:

    • 缺少工作器内存
    • 缺少工作器存储空间
  • 诊断失败原因

  • 增加分配的工作器资源

  • 测试具有新资源限制的 DAG

费用

本教程使用 Google Cloud 的以下收费组件:

完成本教程后,您可以删除所创建的资源以避免继续计费。如需了解详情,请参阅清理

准备工作

本部分介绍了在开始学习本教程之前必须执行的操作。

创建和配置项目

在本教程中,您需要一个 Google Cloud 项目。按以下方式配置项目:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,选择或创建项目

    转到项目选择器

  2. 确保您的项目已启用结算功能。 了解如何检查项目是否已启用结算功能

  3. 如需创建必要的资源,请确保您的 Google Cloud 项目用户具有以下角色

    • Environment and Storage Object Administrator (roles/composer.environmentAndStorageObjectAdmin)
    • Compute Admin (roles/compute.admin)
    • Monitoring Editor (roles/monitoring.editor)

为您的项目启用 API

启用 Cloud Composer API。

启用 API

创建 Cloud Composer 环境

创建一个 Cloud Composer 2 环境

在创建环境的过程中,向 Composer Service Agent 帐号授予 Cloud Composer v2 API Service Agent Extension (roles/composer.ServiceAgentV2Ext) 角色。Cloud Composer 使用此账号在您的 Google Cloud 项目中执行操作。

检查工作器资源限制

检查环境中的 Airflow 工作器资源限制:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到环境配置标签页。

  4. 依次前往资源 > 工作负载配置 > 工作器。

  5. 检查这些值是否为 0.5 个 vCPU、1.875 GB 内存和 1 GB 存储空间。 这些是您将在本教程的后续步骤中应用的 Airflow 工作器资源限制。

示例:诊断内存不足问题

将以下示例 DAG 上传到您在先前步骤中创建的环境。在本教程中,此 DAG 名为 create_list_with_many_strings

此 DAG 包含一项执行以下步骤的任务:

  1. 创建一个空列表 s
  2. 运行一个循环,将 More 字符串附加到列表中。
  3. 输出列表占用的内存量,并在每 1 分钟的迭代中等待 1 秒。
import time

import airflow
from airflow import DAG
from airflow.operators.python_operator import PythonOperator
import sys
from datetime import timedelta

default_args = {
    'start_date': airflow.utils.dates.days_ago(0),
    'retries': 0,
    'retry_delay': timedelta(minutes=10)
}

dag = DAG(
    'create_list_with_many_strings',
    default_args=default_args,
    schedule_interval=None)


def consume():
    s = []
    for i in range(120):
        for j in range(1000000):
            s.append("More")
        print(f"i={i}; size={sys.getsizeof(s) / (1000**3)}GB")
        time.sleep(1)


t1 = PythonOperator(
    task_id='task0',
    python_callable=consume,
    dag=dag,
    depends_on_past=False,
    retries=0
)

触发示例 DAG

触发示例 DAG create_list_with_many_strings

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. Airflow Web 服务器列中,点击与您的环境对应的 Airflow 链接。

  3. 在 Airflow 网页界面中的 DAG 页面上,在您的 DAG 的链接列中,点击触发 Dag (Trigger Dag) 按钮。

  4. 点击触发器

  5. DAG 页面上,点击您触发的任务并查看输出日志,以确保您的 DAG 已经开始运行。

任务运行时,输出日志将输出 DAG 正在使用的内存大小(以 GB 为单位)。

几分钟后,任务将失败,因为它超出了 Airflow 工作器内存限制 (1.875 GB)。

诊断失败的 DAG

如果在发生故障时您正在运行多个任务,请考虑仅运行一个任务并诊断该时间段内的资源压力,从而确定哪些任务会导致资源压力,以及您需要增加哪些资源。

查看 Airflow 任务日志

观察到 create_list_with_many_strings DAG 中的任务处于 Failed 状态。

查看任务的日志。您将看到以下日志条目:

```none
{local_task_job.py:102} INFO - Task exited with return code
Negsignal.SIGKILL
```

`Netsignal.SIGKILL` might be an indication of your task using more memory
than the Airflow worker is allocated. The system sends
the `Negsignal.SIGKILL` signal to avoid further memory consumption.

查看工作负载

查看工作负载,检查任务的负载是否不会导致运行 Pod 的节点超出内存消耗限制:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到环境配置标签页。

  4. 资源 > GKE 集群 > 工作负载中,点击查看集群工作负载

  5. 检查某些工作负载 Pod 是否具有类似如下所示的状态:

    Error with exit code 137 and 1 more issue.
    ContainerStatusUnknown with exit code 137 and 1 more issue
    

    Exit code 137 表示容器或 Pod 尝试使用的内存量超出允许的上限。系统会终止该进程以避免使用内存。

查看环境健康状况和资源消耗监控情况

查看环境健康状况和资源消耗监控情况:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到监控标签页,然后选择概览

  4. 环境概览面板上,找到环境健康状况 (Airflow Monitoring DAG) 图表。它包含一个红色区域,该区域对应于日志开始输出错误的时间。

  5. 选择工作器,然后找到工作器内存总用量图表。 您会发现,内存用量行在任务运行时出现峰值。

内存用量线在任务运行时出现峰值
图 1.工作器总内存用量图(点击可放大)

虽然图表上的内存用量线未达到上限,但在诊断失败原因时,您只需考虑可分配的内存,而图表上的内存上限线表示可用的总内存(包括 GKE 预留的容量)。

在此示例中,工作器内存限制设置为 1.875 GB。GKE 预留前 4 GiB 内存的 25%。GKE 还预留了一个额外的逐出阈值:每个节点有 100 MiB 的内存用于 kubelet 逐出。

可分配内存的计算方式如下:

ALLOCATABLE = CAPACITY - RESERVED - EVICTION-THRESHOLD

如果内存限制为 1.875 GB,则实际可分配内存为:

1.75 GiB (1.875GB) - 0.44 (25% GiB reserved) - 0.1 = 1.21 GiB (~1.3 GB).

将此实际限制附加到内存用量图后,您会看到任务的内存使用量峰值达到了实际内存限制,并且可以得出任务由于工作器内存不足而失败。

提高工作器内存限制

请分配额外的工作器内存,以便示例 DAG 成功:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到环境配置标签页。

  4. 找到 Resources > Workloads 配置,然后点击 Edit

  5. 工作器部分的内存字段中,为 Airflow 工作器指定新的内存限制。在本教程中,请使用 3 GB。

  6. 保存更改,并等待 Airflow 工作器重启几分钟。

使用新的内存限制测试 DAG

再次触发 create_list_with_many_strings DAG 并等待其完成运行。

  1. 在 DAG 运行的输出日志中,您将看到 Marking task as SUCCESS,并且任务的状态将指示成功

  2. 查看监控标签页中的环境概览部分,确保没有红色区域。

  3. 点击工作器部分,然后找到工作器内存总用量图表。您会看到内存限制行反映了内存限制的变化,而内存使用量行远低于实际可分配内存限制。

示例:诊断存储空间不足问题

在此步骤中,您将上传两个用于创建大型文件的 DAG。第一个 DAG 会创建一个大文件。第二个 DAG 会创建一个大文件并模拟长时间运行的操作。

两个 DAG 中的文件大小都超过了默认的 Airflow 工作器存储空间上限 (1 GB),但第二个 DAG 还有一项额外的等待任务,可以人为地延长其时长。

在接下来的步骤中,您将调查这两个 DAG 的行为差异。

上传用于创建大型文件的 DAG

将以下示例 DAG 上传到您在先前步骤中创建的环境。在本教程中,此 DAG 名为 create_large_txt_file_print_logs

此 DAG 包含一项执行以下步骤的任务:

  1. 将 1.5 GB localfile.txt 文件写入 Airflow 工作器存储空间。
  2. 使用 Python os 模块输出所创建文件的大小。
  3. 输出每 1 分钟输出的 DAG 运行时长。
import airflow
from airflow import DAG
from airflow.operators.python_operator import PythonOperator
import os
from datetime import timedelta
import time

default_args = {
    'start_date': airflow.utils.dates.days_ago(0),
    'retries': 0,
    'retry_delay': timedelta(minutes=10)
}

dag = DAG(
    'create_large_txt_file_print_logs',
    default_args=default_args,
    schedule_interval=None)


def consume():
    size = 1000**2  # bytes in 1 MB
    amount = 100

    def create_file():
        print(f"Start creating a huge file")
        with open("localfile.txt", "ab") as f:
            for j in range(15):
                f.write(os.urandom(amount) * size)
        print("localfile.txt size:", os.stat("localfile.txt").st_size / (1000**3), "GB")

    create_file()
    print("Success!")


t1 = PythonOperator(
    task_id='create_huge_file',
    python_callable=consume,
    dag=dag,
    depends_on_past=False,
    retries=0)

上传用于在长时间运行的操作中创建大型文件的 DAG

如需模拟长时间运行的 DAG,并调查任务时长对最终状态的影响,请将第二个示例 DAG 上传到您的环境。在本教程中,此 DAG 名为 long_running_create_large_txt_file_print_logs

此 DAG 包含一项执行以下步骤的任务:

  1. 将 1.5 GB localfile.txt 文件写入 Airflow 工作器存储空间。
  2. 使用 Python os 模块输出所创建文件的大小。
  3. 等待 1 小时 15 分钟,以模拟对文件执行的操作(例如,从文件读取数据)所需的时间。
  4. 输出每 1 分钟输出的 DAG 运行时长。
import airflow
from airflow import DAG
from airflow.operators.python_operator import PythonOperator
import os
from datetime import timedelta
import time

default_args = {
    'start_date': airflow.utils.dates.days_ago(0),
    'retries': 0,
    'retry_delay': timedelta(minutes=10)
}

dag = DAG(
    'long_running_create_large_txt_file_print_logs',
    default_args=default_args,
    schedule_interval=None)


def consume():
    size = 1000**2  # bytes in 1 MB
    amount = 100

    def create_file():
        print(f"Start creating a huge file")
        with open("localfile.txt", "ab") as f:
            for j in range(15):
                f.write(os.urandom(amount) * size)
        print("localfile.txt size:", os.stat("localfile.txt").st_size / (1000**3), "GB")

    create_file()
    for k in range(75):
        time.sleep(60)
        print(f"{k+1} minute")

    print("Success!")


t1 = PythonOperator(
    task_id='create_huge_file',
    python_callable=consume,
    dag=dag,
    depends_on_past=False,
    retries=0)

触发示例 DAG

触发第一个 DAG create_large_txt_file_print_logs

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. Airflow Web 服务器列中,点击与您的环境对应的 Airflow 链接。

  3. 在 Airflow 网页界面中的 DAG 页面上,在您的 DAG 的链接列中,点击触发 Dag (Trigger Dag) 按钮。

  4. 点击触发器

  5. DAG 页面上,点击您触发的任务并查看输出日志,以确保您的 DAG 已经开始运行。

  6. 等待您使用 create_large_txt_file_print_logs DAG 创建的任务完成。这可能需要几分钟时间。

  7. DAG 页面上,点击 DAG 运行。即使已超出存储限制,您也会看到任务处于 Success 状态。

查看任务 Airflow 日志:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

    1. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

    2. 转到日志标签页,然后依次点击所有日志 > Airflow 日志 > 工作器 > 在日志浏览器中查看

    3. 按类型过滤日志:仅显示错误消息。

在日志中,您将看到类似于以下内容的消息:

Worker: warm shutdown (Main Process)

A worker pod was evicted at 2023-12-01T12:30:05Z with message: Pod ephemeral
local storage usage exceeds the total limit of containers 1023Mi.

这些日志表明 Pod 启动了“温关停”进程,因为已使用的存储空间超出限制,并在 1 小时内被逐出。但是,DAG 运行并未失败,因为它是在 Kubernetes 终止宽限期内完成的,本教程对此进行了详细介绍。

为了说明终止宽限期的概念,请查看第二个示例 DAG long_running_create_large_txt_file_print_logs 的结果。

触发第二个 DAG long_running_create_large_txt_file_print_logs

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. Airflow Web 服务器列中,点击与您的环境对应的 Airflow 链接。

  3. 在 Airflow 网页界面中的 DAG 页面上,在您的 DAG 的链接列中,点击触发 Dag (Trigger Dag) 按钮。

  4. 点击触发器

  5. DAG 页面上,点击您触发的任务并查看输出日志,以确保您的 DAG 已经开始运行。

  6. 等待 long_running_create_large_txt_file_print_logs DAG 运行失败。此过程大约需要一个小时

查看 DAG 运行结果:

  1. DAG 页面上,点击 long_running_create_large_txt_file_print_logs DAG 运行作业。您会看到该任务处于 Failed 状态,并且运行时长恰好为 1 小时 5 分钟,少于任务的等待期(1 小时 15 分钟)。

  2. 查看任务的日志。DAG 在 Airflow 工作器的容器中创建 localfile.txt 文件后,日志会输出 DAG 开始等待的信息,并且每 1 分钟在任务日志中输出一次运行时长。在此示例中,DAG 输出 localfile.txt size: 日志,localfile.txt 文件的大小为 1.5 GB。

一旦写入 Airflow 工作器容器的文件超出存储限制,DAG 运行应该会失败。但是,任务不会立即失败,而是一直运行,直到其持续时间达到 1 小时 5 分钟。这是因为 Kubernetes 不会立即终止任务,而是保持运行状态,以便留出 1 小时的恢复时间,这称为“终止宽限期”。节点资源耗尽后,Kubernetes 不会立即终止 Pod 来妥善处理终止,从而将对最终用户的影响降至最低。

终止宽限期有助于用户在任务失败后恢复文件,但可能会导致在诊断 DAG 时产生混淆。当超出 Airflow 工作器存储空间上限时,结束任务的状态取决于 DAG 运行的时长:

  • 如果 DAG 运行超出了工作器存储空间限制,但在不到 1 小时内完成,则任务将以 Success 状态完成,因为它是在终止宽限期内完成的。但是,Kubernetes 会终止 Pod,写入的文件会立即从容器中删除。

  • 如果该 DAG 超过工作器存储空间限制并且运行时间超过 1 小时,则 DAG 会持续运行 1 小时,并且在 Kubernetes 消除 Pod 和 Airflow 将任务标记为 Failed 之前,可能会超出存储空间限制数千%。

诊断失败的 DAG

如果在发生故障时您正在运行多个任务,请考虑仅运行一个任务并诊断该时间段内的资源压力,从而确定哪些任务会导致资源压力,以及您需要增加哪些资源。

查看第二个 DAG long_running_create_large_txt_file_print_logs 的任务日志:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到日志标签页,然后依次点击所有日志 > Airflow 日志 > 工作器 > 在日志浏览器中查看

  4. 按类型过滤日志:仅显示错误消息。

在日志中,您将看到类似于以下内容的消息:

Container storage usage of worker reached 155.7% of the limit.

This likely means that the total size of local files generated by your DAGs is
close to the storage limit of worker.

You may need to decrease the storage usage or increase the worker storage limit
in your Cloud Composer environment configuration.

Pod storage usage of worker reached 140.2% of the limit.
A worker pod was evicted at 2023-12-01T12:30:05Z with message: Pod ephemeral
local storage usage exceeds the total limit of containers 1023Mi.

This eviction likely means that the total size of dags and plugins folders plus
local files generated by your DAGs exceeds the storage limit of worker.

Please decrease the storage usage or increase the worker storage limit in your
Cloud Composer environment configuration.

这些消息表明,随着任务的进展,当您的 DAG 生成的文件大小超过工作器存储空间上限且终止宽限期已开始时,Airflow 日志会开始输出错误。在终止宽限期内,存储空间使用量未恢复到限额,从而导致在终止宽限期结束后 Pod 被逐出。

查看环境健康状况和资源消耗监控情况:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到监控标签页,然后选择概览

  4. 环境概览面板上,找到环境健康状况 (Airflow Monitoring DAG) 图表。它包含一个红色区域,该区域对应于日志开始输出错误的时间。

  5. 选择工作器,然后找到工作器磁盘总用量图表。您会发现,磁盘使用率线会出现峰值,并超出任务运行时的磁盘限制线。

磁盘使用率线出现峰值,并超出任务运行时的磁盘限制线
图 2.工作器磁盘总用量图表(点击可放大)

提高工作器存储空间上限

请分配额外的 Airflow 工作器存储空间,以便示例 DAG 成功:

  1. 在 Google Cloud 控制台中,前往环境页面。

    转到“环境”

  2. 在环境列表中,点击您的环境名称。环境详情页面会打开。

  3. 转到环境配置标签页。

  4. 找到 Resources > Workloads 配置,然后点击 Edit

  5. 工作器部分的存储字段中,为 Airflow 工作器指定新的存储限制。在本教程中,应将其设置为 2 GB。

  6. 保存更改,并等待 Airflow 工作器重启几分钟。

使用新的存储空间限制测试 DAG

再次触发 long_running_create_large_txt_file_print_logs DAG 并等待 1 小时 15 分钟,直到其完成运行。

  1. 在 DAG 运行的输出日志中,您会看到 Marking task as SUCCESS,并且任务的状态将显示 Success,时长为 1 小时 15 分钟,等于 DAG 代码中设置的等待时间。

  2. 查看监控标签页中的环境概览部分,确保没有红色区域。

  3. 点击工作器部分,然后找到工作器磁盘总用量图表。您将看到磁盘限制行反映了存储空间限制的变化,并且磁盘使用率行在允许的范围内。

摘要

在本教程中,您诊断了 DAG 失败的原因,并通过调试了两个因缺少工作器内存和存储空间而失败的两个示例 DAG,确定了导致压力的资源类型。然后,在向工作器分配更多内存和存储空间后,您成功运行了 DAG。但是,建议首先优化 DAG(工作流)以减少工作器资源消耗,因为不可能将资源增加到超过特定阈值。

清理

为避免系统因本教程中使用的资源向您的 Google Cloud 帐号收取费用,请删除包含这些资源的项目,或者保留项目并删除各个资源。

删除项目

  1. 在 Google Cloud 控制台中,进入管理资源页面。

    转到“管理资源”

  2. 在项目列表中,选择要删除的项目,然后点击删除
  3. 在对话框中输入项目 ID,然后点击关闭以删除项目。

删除各个资源

如果您打算探索多个教程和快速入门,重复使用项目可以帮助您避免超出项目配额上限。

删除 Cloud Composer 环境。在此过程中,您还将删除环境的存储桶。

后续步骤