Menyimpan data layanan kesehatan dengan Google Cloud CLI

Halaman ini menunjukkan cara menggunakan Cloud Healthcare API dan Google Cloud CLI untuk menyelesaikan tugas berikut:

  1. Buat set data Cloud Healthcare API.
  2. Buat salah satu penyimpanan data berikut di dalam set data:
    • Penyimpanan Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM)
    • Penyimpanan Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
    • Penyimpanan Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
  3. Menyimpan data DICOM, FHIR, dan HL7v2, serta melihat metadata DICOM.

Jika hanya tertarik untuk menggunakan satu jenis penyimpanan data, Anda dapat langsung melewatkan ke bagian tersebut di panduan memulai setelah menyelesaikan langkah-langkah di Sebelum memulai dan Membuat set data.

Sebelum memulai

  1. Sign in to your Google Cloud account. If you're new to Google Cloud, create an account to evaluate how our products perform in real-world scenarios. New customers also get $300 in free credits to run, test, and deploy workloads.
  2. Install the Google Cloud CLI.
  3. To initialize the gcloud CLI, run the following command:

    gcloud init
  4. Create or select a Google Cloud project.

    • Create a Google Cloud project:

      gcloud projects create PROJECT_ID

      Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.

    • Select the Google Cloud project that you created:

      gcloud config set project PROJECT_ID

      Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.

  5. Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

  6. Enable the Cloud Healthcare API:

    gcloud services enable healthcare.googleapis.com
  7. Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

    gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
    • Replace PROJECT_ID with your project ID.
    • Replace USER_IDENTIFIER with the identifier for your user account. For example, user:myemail@example.com.

    • Replace ROLE with each individual role.
  8. Install the Google Cloud CLI.
  9. To initialize the gcloud CLI, run the following command:

    gcloud init
  10. Create or select a Google Cloud project.

    • Create a Google Cloud project:

      gcloud projects create PROJECT_ID

      Replace PROJECT_ID with a name for the Google Cloud project you are creating.

    • Select the Google Cloud project that you created:

      gcloud config set project PROJECT_ID

      Replace PROJECT_ID with your Google Cloud project name.

  11. Make sure that billing is enabled for your Google Cloud project.

  12. Enable the Cloud Healthcare API:

    gcloud services enable healthcare.googleapis.com
  13. Grant roles to your user account. Run the following command once for each of the following IAM roles: roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin

    gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:USER_IDENTIFIER" --role=ROLE
    • Replace PROJECT_ID with your project ID.
    • Replace USER_IDENTIFIER with the identifier for your user account. For example, user:myemail@example.com.

    • Replace ROLE with each individual role.

Membuat set data

Set data berisi penyimpanan data, dan penyimpanan data berisi data perawatan kesehatan. Untuk menggunakan Cloud Healthcare API, Anda harus membuat minimal satu set data.

Contoh berikut menunjukkan cara membuat set data bernama my-dataset di region us-central1. Anda akan menggunakan set data di seluruh panduan memulai ini untuk membuat penyimpanan DICOM, penyimpanan FHIR, dan penyimpanan HL7v2.

gcloud

Buat set data menggunakan perintah gcloud healthcare datasets create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare datasets create my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets create my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets create my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Create request issued for: [my-dataset]
Created dataset [my-dataset].

Untuk menyelesaikan panduan memulai ini, pilih salah satu bagian berikut:

Menyimpan dan melihat instance DICOM

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

  1. Buat penyimpanan DICOM.
  2. Mengimpor instance DICOM dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan DICOM.
  3. Melihat metadata instance DICOM.

Cloud Healthcare API menerapkan standar DICOMweb untuk menyimpan dan mengakses data pencitraan medis.

Membuat penyimpanan DICOM

Penyimpanan DICOM ada di dalam set data dan berisi instance DICOM. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan DICOM bernama my-dicom-store.

gcloud

Buat penyimpanan DICOM menggunakan perintah gcloud healthcare dicom-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created dicomStore [my-dicom-store].

Mengimpor instance DICOM

Contoh data DICOM tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

gcloud

Impor instance gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm menggunakan perintah gcloud healthcare dicom-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Dalam output ini:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-dicom-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
  • OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang disediakan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor instance DICOM. Operasi yang berjalan lama ditampilkan saat panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu instance DICOM biasanya merupakan operasi yang cepat, sehingga output hampir langsung ditampilkan.

Respons

Request issued for: [my-dicom-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store

Melihat metadata instance DICOM

gcloud CLI tidak mendukung transaksi DICOMweb, seperti melihat atau mengambil instance. Sebagai gantinya, Anda dapat menggunakan alat command line DICOMweb dari Google, yang berjalan menggunakan Python. Untuk informasi tentang cara menyiapkan Python di Google Cloud, lihat Menyiapkan lingkungan pengembangan Python.

Selesaikan langkah-langkah berikut untuk melihat metadata instance DICOM menggunakan alat command line DICOMweb:

  1. Instal alat command line DICOMweb menggunakan Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. Perbarui variabel PATH untuk menyertakan lokasi penginstalan dcmweb:

    export PATH="$HOME/bin:$PATH"
    
  3. Lihat metadata instance DICOM:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \
      search instances

    Ganti PROJECT_ID dengan ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di bagian Sebelum memulai.

    Output-nya adalah sebagai berikut. Lihat Atribut Modul Umum SOP untuk kolom dalam output.

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Setelah mengimpor instance DICOM ke Cloud Healthcare API dan melihat metadata-nya, lanjutkan ke Pembersihan untuk menghindari tagihan ke akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara menelusuri atau mengambil gambar DICOM menggunakan standar DICOMweb di Cloud Healthcare API, lihat Langkah berikutnya.

Menyimpan resource FHIR

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

  1. Buat penyimpanan FHIR.
  2. Mengimpor resource FHIR dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan FHIR.

Membuat penyimpanan FHIR

Penyimpanan FHIR ada di dalam set data dan berisi resource FHIR. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan FHIR bernama my-fhir-store yang menggunakan FHIR versi R4.

gcloud

Buat penyimpanan FHIR menggunakan perintah gcloud healthcare fhir-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --version=R4

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --version=R4

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --version=R4

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created fhirStore [my-fhir-store].

Mengimpor resource FHIR

Contoh data FHIR tersedia di bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients.

gcloud

Impor resource FHIR di gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients menggunakan perintah gcloud healthcare fhir-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson `
  --content-structure=RESOURCE

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^
  --content-structure=RESOURCE

Dalam output ini:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-fhir-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
  • OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang disediakan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor resource FHIR. Operasi yang berjalan lama ditampilkan saat panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor resource FHIR memerlukan waktu sekitar satu hingga dua menit.
  • R4: versi FHIR store

Respons

Request issued for: [my-fhir-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store
version: R4

Setelah mengimpor resource FHIR ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Pembersihan untuk menghindari tagihan ke akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara melihat dan menelusuri resource FHIR, lihat Langkah berikutnya.

Menyimpan pesan HL7v2

Bagian ini menunjukkan cara menyelesaikan tugas berikut:

  1. Buat penyimpanan HL7v2.
  2. Mengimpor pesan HL7v2 dari bucket Cloud Storage publik ke penyimpanan HL7v2.

Implementasi HL7v2 di Cloud Healthcare API selaras dengan standar HL7v2.

Membuat penyimpanan HL7v2

Penyimpanan HL7v2 ada di dalam set data dan berisi pesan HL7v2. Contoh berikut menunjukkan cara membuat penyimpanan HL7v2 bernama my-hl7v2-store.

gcloud

Buat penyimpanan HL7v2 menggunakan perintah gcloud healthcare hl7v2-stores create.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1

Anda akan melihat respons seperti berikut:

Respons

Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].

Mengimpor pesan HL7v2

gcloud

Impor pesan HL7v2 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson menggunakan perintah gcloud healthcare hl7v2-stores import.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \
  --project=PROJECT_ID \
  --dataset=my-dataset \
  --location=us-central1 \
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store `
  --project=PROJECT_ID `
  --dataset=my-dataset `
  --location=us-central1 `
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --dataset=my-dataset ^
  --location=us-central1 ^
  --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson

Dalam output ini:

  • PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: nilai yang Anda berikan saat menjalankan perintah
  • OPERATION_ID: ID untuk operasi yang berjalan lama yang disediakan oleh Cloud Healthcare API saat Anda mengimpor pesan HL7v2. Operasi yang berjalan lama ditampilkan saat panggilan metode mungkin memerlukan waktu lama untuk diselesaikan. Mengimpor satu pesan HL7v2 biasanya merupakan operasi yang cepat, sehingga output hampir langsung ditampilkan.

Respons

Request issued for: [my-hl7v2-store]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store

Setelah mengimpor pesan HL7v2 ke Cloud Healthcare API, lanjutkan ke Pembersihan untuk menghindari tagihan ke akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan di halaman ini.

Untuk informasi tentang langkah berikutnya, seperti cara melihat konten pesan HL7v2, lihat Langkah berikutnya.

Pembersihan

Agar tidak menimbulkan biaya pada akun Google Cloud Anda untuk resource yang digunakan pada halaman ini, hapus project Google Cloud yang berisi resource tersebut.

Jika Anda membuat project baru untuk panduan memulai ini, ikuti langkah-langkah di Menghapus project. Jika tidak, ikuti langkah-langkah di Menghapus set data.

Optional: Revoke credentials from the gcloud CLI.

gcloud auth revoke

Menghapus project

    Delete a Google Cloud project:

    gcloud projects delete PROJECT_ID

Menghapus set data

Jika tidak lagi memerlukan set data yang dibuat dalam panduan memulai ini, Anda dapat menghapusnya. Menghapus set data akan menghapus set data dan penyimpanan FHIR, HL7v2, atau DICOM yang ada di dalamnya secara permanen.

gcloud

Hapus set data menggunakan perintah gcloud healthcare datasets delete.

Sebelum menggunakan salah satu data perintah di bawah, lakukan penggantian berikut:

  • PROJECT_ID: ID project Google Cloud yang Anda buat atau pilih di Sebelum memulai

Jalankan perintah berikut:

Linux, macOS, atau Cloud Shell

gcloud healthcare datasets delete my-dataset \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=us-central1

Windows (PowerShell)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset `
  --project=PROJECT_ID `
  --location=us-central1

Windows (cmd.exe)

gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^
  --project=PROJECT_ID ^
  --location=us-central1
Untuk mengonfirmasi, ketik Y. Anda akan menerima respons yang mirip dengan yang berikut ini.

Respons

You are about to delete dataset [my-dataset]

Do you want to continue (Y/n)?  Y

Deleted dataset [my-dataset].

Bagaimana hasilnya?

Langkah selanjutnya

Lihat bagian berikut untuk mengetahui informasi umum tentang Cloud Healthcare API dan cara melakukan tugas dalam panduan memulai ini menggunakan antarmuka lain:

DICOM

Lihat pernyataan kesesuaian DICOM untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar DICOMweb.

FHIR

Lihat pernyataan kesesuaian FHIR untuk mengetahui informasi tentang cara Cloud Healthcare API menerapkan standar FHIR.

HL7v2