Cette page explique comment exporter et importer des ressources FHIR depuis et vers Cloud Storage à l'aide des méthodes projects.locations.datasets.fhirStores.import
et projects.locations.datasets.fhirStores.export
.
Selon le format de vos données FHIR, vous pouvez utiliser la méthode projects.locations.datasets.fhirStores.import
ou projects.locations.datasets.fhirStores.fhir.executeBundle
pour charger des données dans un datastore FHIR. Pour obtenir des conseils sur le choix d'une méthode, consultez la section Importation FHIR.
Définir des autorisations Cloud Storage
Avant d'importer des ressources FHIR depuis Cloud Storage ou de les exporter vers ce service, vous devez accorder des autorisations supplémentaires au compte de service Agent de service Cloud Healthcare. Pour en savoir plus, consultez la section Autorisations Cloud Storage pour les datastores FHIR.
Générer des données patient simulées
Synthea™ est un simulateur permettant de générer les données patients pour une population donnée. Si vous n'utilisez pas SyntheaTM pour générer des données patients pour une population donnée, passez à la section Importer des ressources FHIR ou Exporter des ressources FHIR.
Vous ne pouvez importer des données que dans la version acceptée par la configuration de votre datastore FHIR.
Pour télécharger et installer SyntheaTM, procédez comme suit :
Clonez le dépôt de l'outil Synthea™ à partir de GitHub :
git clone https://github.com/synthetichealth/synthea.git
Suivez la procédure d'installation.
Passez à l'une des sections suivantes pour générer des données pour une version FHIR spécifique :
Générer des données patient simulées pour R4
Par défaut, les données Synthea™ générées utilisent la représentation des ressources JSON FHIR R4. Pour générer des données Synthea™ FHIR R4 et les importer dans un magasin FHIR de l'API Cloud Healthcare, procédez comme suit :
Suivez les instructions pour générer des données patient synthétiques. Les données générées sont envoyées à
synthea/output/fhir_r4
pour FHIR R4.Copiez les données générées dans un bucket Cloud Storage afin de pouvoir les importer dans un datastore FHIR de l'API Cloud Healthcare. Par exemple, pour copier les données dans un répertoire appelé
synthea-data
dans un bucket Cloud Storage existant, exécutez la commandegcloud storage cp
suivante à partir du répertoiresynthea
:gcloud storage cp output/fhir_r4/* gs://BUCKET/synthea-data
Suivez les instructions pour importer des ressources FHIR.
Générer des données patient simulées pour la spécification DSTU2 ou STU3
Pour générer des données Synthea™ FHIR DSTU2 ou STU3, puis les importer dans un magasin FHIR de l'API Cloud Healthcare, procédez comme suit :
À partir du répertoire
synthea
, utilisez un éditeur de texte pour ouvrir lesrc/main/resources/synthea.properties
, puis nous créons ce qui suit : change, selon que vous générez des données DSTU2 ou STU3.Pour générer des données FHIR STU3 :
- Définissez toutes les valeurs
*.fhir.export
et*.fhir_dstu2.export
surfalse
. - Définissez toutes les valeurs
*.fhir_stu3.export
sur "true".
Pour générer des données FHIR DSTU2 :
- Définissez toutes les valeurs
*.fhir.export
et*.fhir_stu3.export
surfalse
. - Définissez toutes les valeurs
*.fhir_dstu2.export
sur "true".
Par exemple, pour générer des données FHIR STU3 :
exporter.fhir.export = false exporter.fhir_stu3.export = true exporter.fhir_dstu2.export = false exporter.hospital.fhir.export = false exporter.hospital.fhir_stu3.export = true exporter.hospital.fhir_dstu2.export = false exporter.practitioner.fhir.export = false exporter.practitioner.fhir_stu3.export = true exporter.practitioner.fhir_dstu2.export = false
- Définissez toutes les valeurs
Suivez les instructions pour générer des données patient synthétiques. Les données générées sont envoyées à
synthea/output/fhir_stu3
pour FHIR STU3 ou au répertoiresynthea/output/fhir_dstu2
pour FHIR DSTU2.Copiez les données générées dans un bucket Cloud Storage afin de pouvoir les importer dans un datastore FHIR de l'API Cloud Healthcare. Par exemple, pour copier les données dans un répertoire appelé
synthea-data
dans un bucket Cloud Storage existant, exécutez la commandegcloud storage cp
suivante à partir du répertoiresynthea
:gcloud storage cp output/fhir_stu3/* gs://BUCKET/synthea-data
Suivez les instructions pour importer des ressources FHIR.
Importer des ressources FHIR
Lorsque vous configurez le corps de la requête d'importation, définissez l'élément ContentStructure
sur l'une des valeurs suivantes :
CONTENT_STRUCTURE_UNSPECIFIED
BUNDLE
: le fichier source contient une ou plusieurs lignes de fichier JSON (ndjson) délimitées par un retour à la ligne. Chaque ligne correspond à un groupe contenant une ou plusieurs ressources. Si vous ne spécifiez pasContentStructure
, la valeur par défaut estBUNDLE
.RESOURCE
: le fichier source contient une ou plusieurs lignes de fichier JSON (ndjson) délimitées par un retour à la ligne. Chaque ligne est une ressource unique.BUNDLE_PRETTY
: l'intégralité du fichier source est un groupe JSON. Le fichier JSON peut s'étendre sur plusieurs lignes.RESOURCE_PRETTY
: l'intégralité du fichier source est une ressource JSON. Le fichier JSON peut s'étendre sur plusieurs lignes.
Par exemple, supposons que vous importiez un fichier nommé resources.ndjson
avec le contenu suivant :
{"class":{"code":"IMP","display":"inpatient encounter","system":"http://hl7.org/fhir/v3/ActCode"},"id":"6090e773-3e91-40a7-8fce-1e22f6774c29","reason":[{"text":"The patient had an abnormal heart rate. She was concerned about this."}],"resourceType":"Encounter","status":"finished","subject":{"reference":"Patient/2938bb9e-1f16-429e-8d44-9508ab0e4151"}}
{"class":{"code":"IMP","display":"inpatient encounter","system":"http://hl7.org/fhir/v3/ActCode"},"id":"7101f884-4f02-51b8-9gdf-2f33g7885d30","reason":[{"text":"The patient was experiencing recurrent fevers."}],"resourceType":"Encounter","status":"finished","subject":{"reference":"Patient/3049cc0f-2g27-530f-9e55-0619bc1f5262"}}
{"birthDate":"1970-01-01","gender":"female","id":"2938bb9e-1f16-429e-8d44-9508ab0e4151","name":[{"family":"Smith","given":["Darcy"],"use":"official"}],"resourceType":"Patient"}
Le fichier contient deux ressources "Encounter" et une ressource "Patient". Chaque ressource se trouve sur une ligne distincte. Vous devez donc définir ContentStructure
sur RESOURCE
.
Les données risquent de ne pas être importées correctement ou pas du tout si ContentStructure
ne correspond pas au format de vos données. Par exemple, le fichier ci-dessus ne sera pas importé correctement, sauf si ContentStructure
est défini sur RESOURCE
dans la requête d'importation.
Les exemples suivants montrent comment importer des ressources FHIR depuis un bucket Cloud Storage.
Console
Pour importer des ressources FHIR à partir d'un bucket Cloud Storage, procédez comme suit :
- Dans la console Google Cloud, accédez à la page Ensembles de données.
Accéder à la page "Ensembles de données" - Cliquez sur l'ensemble de données contenant le store FHIR dans lequel vous importez des ressources FHIR.
- Dans la liste de datastores, sélectionnez Importer dans la liste Actions du magasin FHIR.
La page Importation dans le magasin FHIR s'affiche. - Dans la liste Projet, sélectionnez un projet Cloud Storage.
- Dans la liste Emplacement, sélectionnez un bucket Cloud Storage.
- Dans Paramètres d'importation FHIR, sélectionnez la structure de contenu appropriée.
- Cliquez sur Importer pour importer des ressources FHIR.
- Pour suivre l'état de l'opération, cliquez sur l'onglet Opérations. Une fois l'opération terminée, les indications suivantes s'affichent :
- La section État de l'opération de longue durée est représentée par une coche verte sous l'en-tête OK.
- La section Présentation comporte une coche verte et un indicateur OK sur la même ligne que l'ID de l'opération.
gcloud
Pour importer des ressources FHIR dans un datastore FHIR, utilisez la commande gcloud healthcare fhir-stores import gcs
. Spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du datastore FHIR
- Emplacement de l'objet dans un bucket Cloud Storage. L'emplacement des fichiers dans le bucket est arbitraire et ne doit pas nécessairement respecter exactement le format spécifié dans l'exemple suivant. Lorsque vous spécifiez l'emplacement des ressources FHIR dans Cloud Storage, vous pouvez importer plusieurs fichiers depuis un ou plusieurs répertoires au moyen de caractères génériques.
Les caractères génériques suivants sont acceptés :
- Utilisez
*
pour correspondre à 0 ou plusieurs caractères non séparateurs. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.ndjson
correspond à "Example.ndjson" et "Example22.ndjson" dans DIRECTORY. - Utilisez
**
pour correspondre à 0 caractère ou plus (séparateurs compris). Doit être utilisé à la fin d'un chemin d'accès et sans autres caractères génériques. Peut également être utilisé avec une extension de nom de fichier (.ndjson, par exemple), qui importe tous les fichiers portant l'extension dans le répertoire spécifié et ses sous-répertoires. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.ndjson
importe tous les fichiers portant l'extension .ndjson dans DIRECTORY et ses sous-répertoires. - Utilisez
?
pour correspondre à 1 caractère. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.ndjson
correspond à "Example1.ndjson", mais ne correspond pas à "Example.ndjson" ou "Example01.ndjson".
- Utilisez
L'exemple suivant montre la commande gcloud healthcare fhir-stores import gcs
.
gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_NAME.ndjson
Pour spécifier la structure des fichiers sources FHIR, utilisez l'option --content-structure
.
La ligne de commande affiche l'ID de l'opération et, une fois l'opération terminée, done
:
Request issued for: [FHIR_STORE_ID] Waiting for operation [OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID
Pour afficher plus de détails sur l'opération, exécutez la commande gcloud healthcare operations describe
en fournissant le OPERATION_ID spécifié dans la réponse :
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --dataset=DATASET_ID
La réponse inclut done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources createTime: 'CREATE_TIME' endTime: 'END_TIME' logsUrl: https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL, counter: success: 'SUCCESS_COUNT' name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID response: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse fhirStore: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID
API
Pour importer des ressources FHIR dans un magasin FHIR, utilisez la méthode projects.locations.datasets.fhirStores.import
.
- L'emplacement des fichiers dans le bucket est arbitraire et ne doit pas nécessairement respecter exactement le format spécifié dans les exemples suivants.
- Lorsque vous spécifiez l'emplacement des ressources FHIR dans Cloud Storage, vous pouvez importer plusieurs fichiers depuis un ou plusieurs répertoires au moyen de caractères génériques.
Les caractères génériques suivants sont acceptés :
- Utilisez
*
pour correspondre à 0 ou plusieurs caractères non séparateurs. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.ndjson
correspond à "Example.ndjson" et "Example22.ndjson" dans DIRECTORY. - Utilisez
**
pour correspondre à 0 caractère ou plus (séparateurs compris). Doit être utilisé à la fin d'un chemin d'accès et sans autres caractères génériques. Peut également être utilisé avec une extension de nom de fichier (.ndjson, par exemple), qui importe tous les fichiers portant l'extension dans le répertoire spécifié et ses sous-répertoires. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.ndjson
importe tous les fichiers portant l'extension .ndjson dans DIRECTORY et ses sous-répertoires. - Utilisez
?
pour correspondre à 1 caractère. Par exemple,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.ndjson
correspond à "Example1.ndjson", mais ne correspond pas à "Example.ndjson" ou "Example01.ndjson".
- Utilisez
curl
Pour importer des ressources FHIR dans un datastore FHIR, envoyez une requête POST
et spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du datastore FHIR
- L'emplacement de l'objet dans un bucket Cloud Storage
- Un jeton d'accès
L'exemple suivant montre comment importer un seul fichier à l'aide d'une requête POST
à l'aide de curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'contentStructure': 'CONTENT_STRUCTURE', 'gcsSource': { 'uri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_FILE' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:import"
Si la requête aboutit, le serveur renvoie la réponse au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La réponse contient un nom d'opération. Pour suivre l'état de l'opération, vous pouvez utiliser la méthode get
:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
Si la requête aboutit, le serveur renvoie une réponse avec l'état de l'opération au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter": { "success": "SUCCESS_COUNT" } }, "done": true, "response": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse", } }
PowerShell
Pour importer des ressources FHIR dans un datastore FHIR, envoyez une requête POST
et spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du datastore FHIR
- L'emplacement de l'objet dans un bucket Cloud Storage
- Un jeton d'accès
L'exemple suivant montre une requête POST
utilisant Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'contentStructure': 'CONTENT_STRUCTURE', 'gcsSource': { 'uri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_FILE' } }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand Content
Si la requête aboutit, le serveur renvoie la réponse au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La réponse contient un nom d'opération. Pour suivre l'état de l'opération, vous pouvez utiliser la méthode get
:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Si la requête aboutit, le serveur renvoie une réponse avec l'état de l'opération au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter": { "success": "SUCCESS_COUNT" } }, "done": true, "response": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse", } }
Go
Java
Node.js
Python
Exporter des ressources FHIR
Les exemples suivants montrent comment exporter des ressources FHIR vers un bucket Cloud Storage. Lorsque vous exportez des ressources FHIR depuis un datastore FHIR, toutes les ressources qu'il contient sont exportées.
Si vous exportez des ressources FHIR de manière planifiée, envisagez d'exporter vos données de manière incrémentielle. Pour obtenir des instructions, consultez Exportations incrémentielles.
Lors de l'exportation, l'API Cloud Healthcare crée un fichier pour chaque type de ressource à partir du store FHIR. Le nom de fichier se compose de l'ID de l'opération et du type de ressource, séparés par un trait de soulignement. Chaque fichier se compose des éléments suivants :
JSON délimité par un retour à la ligne, où chaque ligne est une ressource FHIR correspondant à la
type de ressource dans le nom de fichier. Par exemple, si vous exportez plusieurs enregistrements Patient, le fichier de sortie sera appelé 1264567891234567_Patient
ou quelque chose de semblable et contiendra une ligne pour chaque ressource Patient du store FHIR.
Console
Pour exporter des ressources FHIR vers Cloud Storage, procédez comme suit :
- Dans la console Google Cloud, accédez à la page Ensembles de données.
Accéder à la page "Ensembles de données" - Cliquez sur l'ensemble de données contenant le store FHIR à partir duquel vous exportez des ressources FHIR.
- Dans la liste des datastores, sélectionnez Exporter dans la liste Actions du magasin FHIR.
La page Exporter des ressources FHIR s'affiche. - Sélectionnez Bucket Google Cloud Storage.
- Dans la liste Projet, sélectionnez un projet Cloud Storage.
- Dans la liste Emplacement, sélectionnez un bucket Cloud Storage.
- Cliquez sur Exporter pour exporter des ressources FHIR vers l'emplacement défini dans Cloud Storage.
- Pour suivre l'état de l'opération, cliquez sur l'onglet Opérations. Une fois l'opération terminée, les indications suivantes s'affichent :
- La section État de l'opération de longue durée est représentée par une coche verte sous l'en-tête OK.
- La section Présentation comporte une coche verte et un indicateur OK sur la même ligne que l'ID de l'opération.
gcloud
Pour exporter des ressources FHIR vers un bucket Cloud Storage, utilisez la commande gcloud healthcare fhir-stores export gcs
. Spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du magasin FHIR
- Nom du projet parent
- Le bucket ou le répertoire Cloud Storage de destination. Écrivez dans un bucket ou un répertoire Cloud Storage plutôt que dans un objet, car l'API Cloud Healthcare crée un objet pour chaque type de ressource. Chaque objet est constitué d'un fichier JSON délimité par des retours à la ligne, où chaque ligne est une ressource FHIR. Si vous spécifiez un répertoire qui n'existe pas, celui-ci est créé.
- Option facultative,
--resource-type
, qui n'exporte que des types de ressources spécifiques, définis comme une liste d'un ou de plusieurs types de ressources FHIR séparés par une virgule - Option facultative,
--since
, qui n'exporte que les ressources mises à jour après un délai spécifique, défini parYYYY-MM-DDThh:mm:ss.sss+zz:zz
L'exemple suivant montre la commande gcloud healthcare fhir-stores export gcs
.
gcloud healthcare fhir-stores export gcs FHIR_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --project=PROJECT_ID --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY
La ligne de commande affiche l'ID de l'opération :
Waiting for operation [OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID
Pour afficher l'état de l'opération, exécutez la commande gcloud healthcare operations describe
en fournissant le OPERATION_ID spécifié dans la réponse :
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --dataset=DATASET_ID
Une fois la commande terminée, la réponse inclut done
.
metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportFhirData createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse fhirStore: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID resourceCount: 'RESOURCE_COUNT'
API
Pour exporter des ressources FHIR, utilisez la méthode projects.locations.datasets.fhirStores.export
.
- Écrivez dans un bucket ou un répertoire Cloud Storage plutôt que dans un objet, car l'API Cloud Healthcare crée un fichier JSON délimité par des retours à la ligne pour chaque type de ressource. Dans chaque fichier JSON, chaque ligne est une ressource FHIR.
- Si la commande spécifie un répertoire qui n'existe pas, celui-ci est créé.
curl
Pour exporter des ressources FHIR, envoyez une requête POST
et spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du datastore FHIR
- Le bucket Cloud Storage de destination
- Un jeton d'accès
- Un champ facultatif,
_type
, qui n'exporte que des types de ressources spécifiques défini comme une liste d'un ou plusieurs types de ressources FHIR séparés par une virgule - Champ facultatif,
_since
, qui n'exporte que les ressources mises à jour après un délai spécifique, défini parYYYY-MM-DDThh:mm:ss.sss+zz:zz
.
L'exemple suivant montre une requête POST
utilisant curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export"
Si la requête aboutit, le serveur renvoie la réponse au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La réponse contient un nom d'opération. Pour suivre l'état de l'opération, vous pouvez utiliser la méthode get
:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
Si la requête aboutit, le serveur renvoie une réponse avec l'état de l'opération au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportResources", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter": { "success": "SUCCESS_COUNT" } }, "done": true, "response": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse", } }
PowerShell
Pour exporter des ressources FHIR, envoyez une requête POST
et spécifiez les informations suivantes :
- Nom de l'ensemble de données parent
- Le nom du datastore FHIR
- Le bucket ou le répertoire Cloud Storage de destination. Écrivez dans un bucket ou un répertoire Cloud Storage plutôt que dans un objet, car l'API Cloud Healthcare crée un objet pour chaque type de ressource. Chaque objet est constitué d'un fichier JSON délimité par des retours à la ligne, où chaque ligne est une ressource FHIR.
- Un jeton d'accès
- Un champ facultatif,
_type
, qui n'exporte que des types de ressources spécifiques défini comme une liste d'un ou plusieurs types de ressources FHIR séparés par une virgule - Champ facultatif,
_since
, qui n'exporte que les ressources mises à jour après un délai spécifique, défini parYYYY-MM-DDThh:mm:ss.sss+zz:zz
.
L'exemple suivant montre une requête POST
utilisant Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Si la requête aboutit, le serveur renvoie la réponse au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La réponse contient un nom d'opération. Pour suivre l'état de l'opération, vous pouvez utiliser la méthode get
:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Si la requête aboutit, le serveur renvoie une réponse avec l'état de l'opération au format JSON :
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportResources", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter": { "success": "SUCCESS_COUNT" } }, "done": true, "response": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse", } }
Go
Java
Node.js
Python
Exportations supplémentaires
Vous pouvez spécifier un code temporel pour n'exporter que les ressources FHIR ajoutées à votre datastore FHIR depuis une exportation précédente réussie. Cela améliore les performances et évite le coût de réexportation de l'ensemble du magasin FHIR, tout en vous assurant que vos données exportées sont toujours à jour.
Lorsque vous appelez fhirStores.export
,
Spécifiez le code temporel dans le champ _since
.
Résoudre les problèmes liés à l'importation et l'exportation de requêtes FHIR
Si des erreurs se produisent lors d'une requête d'importation ou d'exportation FHIR, elles sont consignées dans Cloud Logging. Pour en savoir plus, consultez la section Afficher les journaux d'erreurs dans Cloud Logging.
Si l'ensemble de l'opération renvoie une erreur, consultez la section Résoudre les problèmes d'opérations de longue durée.
Étape suivante
- Si vous avez réussi à importer des données FHIR et que vous souhaitez les analyser dans BigQuery, passez à la section Exporter des données FHIR vers BigQuery.