In questa pagina viene spiegato come esportare le risorse FHIR in BigQuery ai fini dell'approfondimento e dell'analisi. L'operazione di esportazione genera una tabella BigQuery per ogni tipo di risorsa FHIR nel datastore FHIR.
Per migliorare le prestazioni delle query e ridurre i costi, puoi configurare i flussi di dati BigQuery in tabelle partizionate. Per le istruzioni, consulta Esportare le risorse FHIR in tabelle partizionate.
Impostazione delle autorizzazioni BigQuery
Prima di esportare le risorse FHIR in BigQuery, devi concedere autorizzazioni aggiuntive all'account di servizio dell'agente di servizio Cloud Healthcare. Per ulteriori informazioni, consulta Autorizzazioni BigQuery per gli archivi FHIR.
Esportazione delle risorse FHIR
Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare le risorse FHIR in una tabella BigQuery.
Quando imposti la destinazione BigQuery, usa l'URI completo, in questo modo:
bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID
Il comportamento dell'operazione di esportazione può variare in base a quanto segue:
- Se la tabella di destinazione esiste già.
- Se hai impostato il campo
force
. - Se specifichi un'enumerazione in
WriteDisposition
. Se specifichi un'enumerazione, non impostare il campoforce
.
Il comportamento in ognuno di questi casi è il seguente:
- Se la tabella di destinazione esiste già e il criterio
force
è impostato sutrue
, l'operazione di esportazione sovrascrive la tabella esistente. - Se la tabella di destinazione esiste già e
force
è impostato sufalse
, si verifica un errore. - Se la tabella di destinazione non esiste già, l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, a prescindere dalla specifica del campo
force
. - Quando utilizzi
WriteDisposition
, se la tabella di destinazione esiste già ed è vuota, l'operazione di esportazione viene completata correttamente anziché restituire un errore.
L'operazione restituisce una tabella BigQuery per ogni tipo di risorsa nel datastore FHIR.
Console
Completa i seguenti passaggi per esportare le risorse FHIR in BigQuery utilizzando la console Google Cloud:
Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Fai clic sul set di dati contenente il datastore FHIR con i dati che stai esportando.
Nella stessa riga dell'archivio FHIR, apri l'elenco Azioni e seleziona Esporta.
Nella pagina Esporta risorse FHIR visualizzata, individua la sezione Seleziona una destinazione. Seleziona Tabella BigQuery.
Nella sezione Disposizione di scrittura della tabella di destinazione, seleziona una delle seguenti opzioni per determinare il comportamento dell'operazione di esportazione:
- Esporta i dati solo se le tabelle di destinazione sono vuote: equivale a selezionare l'enumerazione
WRITE_EMPTY
inWriteDisposition
. - Aggiungi dati alle tabelle di destinazione: equivale
a selezionare l'enum
WRITE_APPEND
inWriteDisposition
. - Cancella tutti i dati esistenti nelle tabelle di destinazione prima di scrivere le risorse FHIR: equivale a selezionare l'enumerazione
WRITE_TRUNCATE
inWriteDisposition
.
- Esporta i dati solo se le tabelle di destinazione sono vuote: equivale a selezionare l'enumerazione
Nella sezione Configurazione dell'esportazione FHIR, fai clic su Sfoglia per selezionare il set di dati e il progetto BigQuery.
Nel menu a discesa Tipo di schema, seleziona lo schema di output per la tabella BigQuery. Sono disponibili i seguenti schemi:
- Analisi. Uno schema basato sul documento SQL su FHIR. Poiché BigQuery consente solo 10.000 colonne per tabella, non vengono generati schemi per i campi
Parameters.parameter.resource
,Bundle.entry.resource
eBundle.entry.response.outcome
. - Analytics V2. Uno schema simile a quello di Analytics, con un supporto aggiuntivo per i seguenti elementi:
- Estensioni con più valori per la stessa
url
- Risorse FHIR contenute
- Estensioni con più valori per la stessa
- Analisi. Uno schema basato sul documento SQL su FHIR. Poiché BigQuery consente solo 10.000 colonne per tabella, non vengono generati schemi per i campi
Seleziona un livello di profondità nel cursore Profondità struttura ricorsiva per impostare la profondità per tutte le strutture ricorsive nello schema di output. Per impostazione predefinita, il valore ricorsivo è 2.
Per ulteriori informazioni, vedi
recursiveStructureDepth
.Fai clic su Esporta per esportare le risorse FHIR in BigQuery.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Al termine dell'operazione, vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato dell'operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto l'intestazione OK.
- La sezione Panoramica ha un segno di spunta verde e un indicatore OK nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per esportare le risorse FHIR in BigQuery, esegui il comando gcloud healthcare fhir-stores export bq
.
Esporta le risorse FHIR.
Prima di utilizzare qualsiasi dato di comando riportato di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre del datastore FHIR
- FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome del set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando le risorse FHIR
- SCHEMA_TYPE: un valore per
SchemaType
. Utilizza uno dei seguenti valori:analytics
. Uno schema basato sul documento SQL su FHIR. Poiché BigQuery consente solo 10.000 colonne per tabella, non vengono generati schemi per i campiParameters.parameter.resource
,Bundle.entry.resource
eBundle.entry.response.outcome
.analytics_v2
. Uno schema simile aanalytics
con ulteriore supporto per quanto segue:- Estensioni con campi ripetuti
- Risorse FHIR contenute
analytics-v2
utilizza più spazio nella tabella di destinazione dianalytics
.
- WRITE_DISPOSITION: un valore per
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:write-empty
. Esporta i dati solo se le tabelle BigQuery di destinazione sono vuote.write-truncate
. Cancella tutti i dati esistenti nelle tabelle BigQuery prima di scrivere le risorse FHIR.write-append
. Aggiungi dati alle tabelle BigQuery di destinazione.
- FHIR_RESOURCE_TYPE: un campo facoltativo. Specifica uno o più tipi di risorse FHIR delimitati da virgole per esportare solo le risorse FHIR di questi tipi.
- SINCE_TIMESTAMP: un campo facoltativo. Specifica un valore nel formato
YYYY-MM-DDThh:mm:ss.sss+zz:zz
per esportare solo le risorse FHIR aggiornate dopo un intervallo di tempo specifico. Specifica l'ora per il secondo e includi un fuso orario. Ad esempio,2015-02-07T13:28:17.239+02:00
e2017-01-01T00:00:00Z
sono orari validi.
Esegui questo seguente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores export bq FHIR_STORE_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID \ --bq-dataset=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID \ --schema-type=SCHEMA_TYPE \ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION \ --resource-type=FHIR_RESOURCE_TYPE \ --since=SINCE_TIMESTAMP
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores export bq FHIR_STORE_ID ` --location=LOCATION ` --dataset=DATASET_ID ` --bq-dataset=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID ` --schema-type=SCHEMA_TYPE ` --write-disposition=WRITE_DISPOSITION ` --resource-type=FHIR_RESOURCE_TYPE ` --since=SINCE_TIMESTAMP
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores export bq FHIR_STORE_ID ^ --location=LOCATION ^ --dataset=DATASET_ID ^ --bq-dataset=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID ^ --schema-type=SCHEMA_TYPE ^ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION ^ --resource-type=FHIR_RESOURCE_TYPE ^ --since=SINCE_TIMESTAMP
name
al termine dell'esportazione. Prendi nota del valore diOPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Risposta
Request issued for: [FHIR_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...⠏ name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare ulteriori dettagli sull'operazione, esegui
gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta.Prima di utilizzare qualsiasi dato di comando riportato di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Esegui questo seguente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=DATASET_ID ` --location=LOCATION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=DATASET_ID ^ --location=LOCATION
Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:
Risposta
done: true // If there were any errors, an `error` field displays instead of a `response` field. // See Troubleshooting long-running operations for a list of response codes. error: ERROR code: ERROR_CODE message: DESCRIPTION metadata: '@type': 'type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata' apiMethodName: 'google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirStoreService.ExportResources_bq' counter: success: 'SUCCESS_COUNT' // If there were any failures, they display in the `failure` field. failure: 'FAILURE_COUNT' createTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' endTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' logsUrl: https://console.cloud.google.com/CLOUD_LOGGING_URL name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID // The `response` field only displays if there were no errors. response: '@type': 'type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.ExportResourcesResponse'
REST
Per esportare le risorse FHIR in BigQuery, utilizza il metodo projects.locations.datasets.fhirStores.export
.
Esporta le risorse FHIR:
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre del datastore FHIR
- FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome del set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando le risorse FHIR
- SCHEMA_TYPE: un valore per
SchemaType
. Utilizza uno dei seguenti valori:ANALYTICS
. Uno schema basato sul documento SQL su FHIR. Poiché BigQuery consente solo 10.000 colonne per tabella, non vengono generati schemi per i campiParameters.parameter.resource
,Bundle.entry.resource
eBundle.entry.response.outcome
.ANALYTICS_V2
. Uno schema simile aANALYTICS
con ulteriore supporto per quanto segue:- Estensioni con più valori per la stessa
url
- Risorse FHIR contenute
.ANALYTICS_V2
utilizza più spazio nella tabella di destinazione diANALYTICS
- Estensioni con più valori per la stessa
- WRITE_DISPOSITION: un valore per
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:WRITE_EMPTY
. Esporta i dati solo se le tabelle BigQuery di destinazione sono vuote.WRITE_TRUNCATE
. Cancella tutti i dati esistenti nelle tabelle BigQuery prima di scrivere le risorse FHIR.WRITE_APPEND
. Aggiungi dati alle tabelle BigQuery di destinazione.
- FHIR_RESOURCE_TYPE: un campo facoltativo. Specifica uno o più tipi di risorse FHIR delimitati da virgole per esportare solo le risorse FHIR di questi tipi.
- SINCE_TIMESTAMP: un campo facoltativo. Specifica un valore nel formato
YYYY-MM-DDThh:mm:ss.sss+zz:zz
per esportare solo le risorse FHIR aggiornate dopo un intervallo di tempo specifico. Specifica l'ora per il secondo e includi un fuso orario. Ad esempio,2015-02-07T13:28:17.239+02:00
e2017-01-01T00:00:00Z
sono orari validi.
Corpo JSON della richiesta:
{ "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "_type": "FHIR_RESOURCE_TYPE", "_since": "SINCE_TIMESTAMP" }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "_type": "FHIR_RESOURCE_TYPE", "_since": "SINCE_TIMESTAMP" } EOF
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "_type": "FHIR_RESOURCE_TYPE", "_since": "SINCE_TIMESTAMP" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Sul lato destro della pagina si apre il riquadro Explorer API. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila tutti gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
OPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Utilizza il metodo
projects.locations.datasets.operations.get
per ottenere lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Apri la pagina di riferimento del metodo. Sul lato destro della pagina si apre il riquadro Explorer API. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Compila tutti i campi obbligatori e fai clic su Esegui.
"done": true
, l'operazione a lunga esecuzione è terminata.
Esporta le risorse FHIR in tabelle partizionate
Per esportare le risorse FHIR in tabelle partizionate in BigQuery, imposta l'enum TimePartitioning
nel campo lastUpdatedPartitionConfig
del tuo datastore FHIR.
Le tabelle partizionate funzionano come
tabelle partizionate per unità di tempo di BigQuery.
Alle tabelle partizionate è stata aggiunta una colonna denominata lastUpdated
, che è un duplicato della colonna meta.lastUpdated
generata dal campo meta.lastUpdated
in una risorsa FHIR. BigQuery utilizza la colonna lastUpdated
per eseguire il partizionamento delle tabelle in base a ora, giorno, mese o anno.
Consulta Selezionare il partizionamento giornaliero, orario, mensile o annuale per suggerimenti su come selezionare una granularità di partizione.
Non puoi convertire le tabelle BigQuery non partizionate esistenti in
tabelle partizionate. Se esporti le modifiche alle risorse Patient in una tabella Patients
non partizionata e in seguito crei un nuovo datastore FHIR con partizionamento delle tabelle che esegue le esportazioni nello stesso set di dati BigQuery, l'API Cloud Healthcare esporta comunque i dati nella tabella Patients
non partizionata. Per iniziare a utilizzare una tabella partizionata, elimina la tabella Patients
esistente o usa un set di dati BigQuery diverso.
Se aggiungi il partizionamento a una configurazione esistente del datastore FHIR, puoi comunque eseguire l'esportazione in tabelle non partizionate esistenti. Tuttavia, il partizionamento avrà effetto solo sulle nuove tabelle.
Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare le risorse FHIR in tabelle partizionate di BigQuery.
Console
La console Google Cloud e gcloud CLI non supportano questa azione. Usa invece curl
, PowerShell o il tuo linguaggio preferito.
gcloud
La console Google Cloud e gcloud CLI non supportano questa azione. Usa invece curl
, PowerShell o il tuo linguaggio preferito.
REST
Per esportare le risorse FHIR in tabelle partizionate in BigQuery, utilizza il metodo projects.locations.datasets.fhirStores.export
.
Esporta le risorse FHIR:
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre del datastore FHIR
- FHIR_STORE_ID: l'ID del datastore FHIR
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome del set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando le risorse FHIR
- SCHEMA_TYPE: un valore per
SchemaType
. Utilizza uno dei seguenti valori:ANALYTICS
. Uno schema basato sul documento SQL su FHIR. Poiché BigQuery consente solo 10.000 colonne per tabella, non vengono generati schemi per i campiParameters.parameter.resource
,Bundle.entry.resource
eBundle.entry.response.outcome
.ANALYTICS_V2
. Uno schema simile aANALYTICS
con ulteriore supporto per quanto segue:- Estensioni con più valori per la stessa
url
- Risorse FHIR contenute
.ANALYTICS_V2
utilizza più spazio nella tabella di destinazione diANALYTICS
- Estensioni con più valori per la stessa
- TIME_PARTITION_TYPE: la granularità con cui eseguire il partizionamento delle risorse FHIR esportate. Utilizza uno dei seguenti valori:
HOUR
: partiziona i dati in base all'oraDAY
: partiziona i dati in base al giornoMONTH
: partiziona i dati per meseYEAR
: partiziona i dati in base all'anno
- WRITE_DISPOSITION: un valore per
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:WRITE_EMPTY
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.WRITE_TRUNCATE
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.WRITE_APPEND
: aggiunge dati alla tabella BigQuery.
Corpo JSON della richiesta:
{ "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", "lastUpdatedPartitionConfig": { "type": "TIME_PARTITION_TYPE" } }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", "lastUpdatedPartitionConfig": { "type": "TIME_PARTITION_TYPE" } }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } EOF
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "bigqueryDestination": { "datasetUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID", "schemaConfig": { "schemaType": "SCHEMA_TYPE", "lastUpdatedPartitionConfig": { "type": "TIME_PARTITION_TYPE" } }, "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Sul lato destro della pagina si apre il riquadro Explorer API. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila tutti gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:
Utilizza il metodo
projects.locations.datasets.operations.get
per ottenere lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Apri la pagina di riferimento del metodo. Sul lato destro della pagina si apre il riquadro Explorer API. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Compila tutti i campi obbligatori e fai clic su Esegui.
"done": true
, l'operazione a lunga esecuzione è terminata.
esegui una query su una tabella partizionata
Per ridurre i costi delle query quando esegui query su tabelle partizionate, utilizza la clausola WHERE
per filtrare in base alle unità di tempo.
Ad esempio, supponi di impostare l'enum PartitionType
su DAY
.
Per eseguire una query su una tabella Patients
per le risorse Patient aggiornate in una data specifica, esegui questa query:
SELECT * FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Patients` WHERE DATE(lastUpdated) = 'YYYY-MM-DD'
Esecuzione di query e analisi dei dati FHIR in BigQuery
Dopo aver esportato le risorse FHIR in BigQuery, consulta la soluzione Analisi dei dati FHIR in BigQuery per informazioni su come eseguire query e analizzare i dati esportati. La soluzione utilizza il set di dati pubblico SyntheaTM generate Synthetic Data in FHIR che ospita oltre 1 milione di cartelle cliniche sintetiche di pazienti generate nei formati SyntheaTM e FHIR.
Risoluzione dei problemi delle richieste di esportazione FHIR
Se si verificano errori durante una richiesta di esportazione FHIR, questi vengono registrati in Cloud Logging. Per saperne di più, consulta Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Se l'intera operazione restituisce un errore, consulta la sezione Risoluzione dei problemi relativi alle operazioni a lunga esecuzione.
Impossibile convertire la colonna da NULLABLE a REPEATED
Questo errore è causato da un'estensione ripetuta. Per risolvere questo errore, utilizza il tipo di schema ANALYTICS_V2
. Se utilizzi già ANALYTICS_V2
, potresti avere un conflitto tra due estensioni o un conflitto tra un'estensione e un altro campo.
I nomi delle colonne vengono generati dal testo dopo l'ultimo carattere /
negli URL delle estensioni. Se l'URL di un'estensione termina con un valore come /resource_field name
, può verificarsi un conflitto.
Per evitare che questo errore si ripresenti, non utilizzare estensioni se i nomi dei loro campi corrispondono a quelli dei campi delle risorse che stai compilando.
Passaggi successivi
- Per saperne di più sulla governance e sulla sicurezza dei dati in BigQuery, consulta Panoramica della sicurezza e della governance dei dati.