Gravar metadados da operação de desidentificação em um repositório FHIR

Esta página explica como desidentificar dados DICOM e gravar metadados sobre a operação de desidentificação e o que foi desidentificado para um repositório FHIR. Os metadados são armazenados em recursos de Proveniência do FHIR no armazenamento do FHIR. Em seguida, você pode consultar os dados usando pesquisas personalizadas do FHIR para responder a perguntas como estas:

  • O que foi desidentificado?
  • Como e por que os dados foram desidentificados?
  • Quando a operação de desidentificação ocorreu e quanto tempo ela levou?

Antes de começar

Como usar FHIR em vez de anotações

A API Cloud Healthcare oferece uma API de anotações que pode ser usada para anotar dados desidentificados.

Escrever metadados de operação de desidentificação em um armazenamento FHIR funciona de maneira semelhante e tem as seguintes vantagens:

  • Não é necessário usar a API de anotações, que é uma API separada.
  • Você não precisa criar e gerenciar armazenamentos e registros de anotações.
  • Você pode continuar trabalhando com o padrão FHIR e a API Cloud Healthcare API FHIR.
  • É possível exportar os recursos FHIR para o BigQuery para exploração e análise. Os dados gerados são compatíveis apenas com o LOSSLESS ou ANALYTICS_V2 SchemaType.
  • Mais informações são fornecidas sobre os metadados da operação de desidentificação.

Requisitos

O repositório FHIR que contém os metadados da operação de desidentificação precisa atender a os seguintes requisitos:

  • Deve já existir.
  • Precisa ser um armazenamento FHIR da versão R4.
  • É necessário ter enableUpdateCreate Defina como true.

Recursos de origem na loja FHIR de metadados da operação

Quando você executa uma operação de desidentificação DICOM, os seguintes recursos de procedência são gravados no repositório FHIR de metadados de operação:

  • Um recurso de proveniência que resume a operação de desidentificação, como o nome da operação de longa duração, quando ocorreu a operação configuração foi usada. Para conferir uma lista de campos neste recurso de origem, consulte Desidentificar metadados de operação em um recurso de origem.

  • Um recurso de proveniência para cada instância DICOM que foi desidentificada. Para um neste recurso de procedência, consulte Metadados de desidentificação DICOM em um recurso de proveniência.

    • O recurso contém informações sobre o que foi desidentificado, como uma tag DICOM ou a parte de uma imagem DICOM, e as ações que foram por exemplo, se as informações foram encobertas, transformadas ou ignorada.
    • O recurso pode conter dados desidentificados processados por reconhecimento óptico de caracteres (OCR) que se enquadra no informações de saúde (PHI).

      O texto desidentificado, ou quote, está acompanhado das próprias informações tipo, ou infoType, e a probabilidade de encontrar a informação, ou confidence Por exemplo, se uma imagem DICOM contendo o texto gravado John Doe for desidentificada, o recurso de origem vai conter quote definido como John Doe, infoType definido como PERSON_NAME e um valor confidence entre 0 e 1.

      Os metadados de desidentificação DICOM serão gerados somente se o dicomStores.deidentify é chamado com ImageConfig.textRedactionMode defina como REDACT_SENSITIVE_TEXT ou REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS. Se você definir REDACT_ALL_TEXT, o método gera um texto desidentificado como uma string única no campo extracted-text. A string não contém segmentação. Os tokens são separados por espaços.

Desidentificar metadados da operação em um recurso de proveniência

A tabela a seguir mostra uma descrição dos metadados na operação de desidentificação e o campo correspondente nos metadados em que ele pode ser encontrado no recurso de origem. O campo "Recurso de proveniência" as células contêm amostras que servem para fins de demonstração.

Descrição dos metadados Campo de recurso de proveniência
ID do recurso de proveniência Provenance.id
Quando a operação de remoção de identificação começou Provenance.occurredDateTime
Carimbo de data/hora de criação do recurso de origem Provenance.recorded
Nome da operação de desidentificação de longa duração
    Provenance.agent.who: {
      "identifier": {
        "system": "https://g.co/healthcare/operation"
        "value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
      }
    }
    
Armazenamento DICOM de origem
    Provenance.entity.role: "SOURCE"
    Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
    
Repositório DICOM de destino Provenance.target.type.value
Valor DeidentifyConfig usado
    Provenance.entity.extension: [{
      url: 'https://g.co/deidentify-config',
      valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
    }]
    

Metadados de desidentificação DICOM em um recurso de proveniência

A tabela a seguir mostra uma descrição dos metadados na instância DICOM que foi desidentificada e o campo correspondente dos metadados em um recurso de origem. O campo "Recurso de proveniência" as células contêm amostras que servem para fins de demonstração.

Descrição dos metadados Campo de recurso de proveniência
Link para o recurso de operação de desidentificação Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"}
Carimbo de data/hora de criação do recurso de origem Provenance.recorded
Caminho REST da instância DICOM de origem
    Provenance.entity.role: SOURCE
    Provenance.entity.what.identifier.value
    
Caminho REST da instância DICOM de destino Provenance.target.type.value
Tamanho da imagem DICOM
    Provenance.entity.extension: [
      {
        url: 'https://g.co/WIDTH',
        valueDecimal: WIDTH
      },
        url: 'https://g.co/HEIGHT',
        valueDecimal: HEIGHT
      }
    ]
    
Tamanho estruturado
    Provenance.entity.extension: [{
      url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
      valueDecimal: VALUE,
    }]
    
Anotação de imagem DICOM
    Provenance.entity.extension: [{
      url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
      extension: [
        { FRAME_0
        },
        { FRAME_1
        },
        ...
      ]
    }]
    
Anotação de frame DICOM
    Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
      {
        url: 'frame-index',
        valueDecimal: 0,
        extension: [
          {
            url: 'left',
            valueDecimal: LEFT_VALUE
          },
          {
            url: 'right',
            valueDecimal: RIGHT_VALUE
          },
          {
            url: 'top',
            valueDecimal: TOP_VALUE
          },
          {
            url: 'bottom',
            valueDecimal: BOTTOM_VALUE
          },
          {
            url: 'relative-left',
            valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
          },
          {
            url: 'relative-right',
            valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
          },
          {
            url: 'relative-top',
            valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
          },
          {
            url: 'relative-bottom',
            valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
          }
        ]
      }
    ]
    
Anotação de frame DICOM
    // Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
    // REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
    Provenance.entity.extension: [
       {
        "url": "quote", // The PHI text de-identified
        "valueString": "John Doe"
       },
      {
        "url": "infoType", // The type of the de-identified text
        "valueString": "PERSON_NAME"
       },
      {
        "url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
        "valueDecimal": 0.7
       }
    ]
    
Anotação de frame DICOM
    // Only available if the text redaction mode is REDACT_ALL_TEXT
    Provenance.entity.extension: [
       {
        "url": "extracted-text", // The entire PHI text de-identified
        "valueString": "John Doe 27-Jan-1999 Sex:M"
       }
    ]
    
Anotação de todas as tags DICOM
    Provenance.entity.extension: [{
      url: 'https://g.co/dicom-tags',
      extension: [
        { // tag (0002,0000)
        },
        { // tag (0002,0001)
        },
        ...
      ]
    }]
    
Notação de tag individual do DICOM
    Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
      {
        url: 'tag-id',
        valueString: '00080012',
        extension: [
          {
            url: 'byte-start',
            valueDecimal: 10
          },
          {
            url: 'byte-end',
            valueDecimal: 18
          },
          {
            url: 'finding-infotype',
            valueString: 'PERSON_NAME'
          },
          {
            url: 'text-original',
            valueString: 'John Doe'
          },
          {
            url: 'text-replaced',
            valueString: 'PERSON_NAME'
          },
          {
            url: 'deidentify-action',
            valueString: 'REMOVED'
            // Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
            // "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
          },
          {
            url: 'deidentify-reason',
            valueString: 'Matched VALUE'
            // Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
            // for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
          }
        ]
      }
    ]
    

Exemplos

Antes de começar

Confira se você tem o papel roles/healthcare.fhirResourceEditor na loja FHIR de metadados de operação antes de executar qualquer um dos exemplos a seguir. Você precisa desse papel para gravar no repositório FHIR de metadados de operação.

Desidentificar dados DICOM, gravar em um repositório FHIR e pesquisar recursos de origem

Antes de executar este exemplo, siga estas etapas:

  1. Crie um conjunto de dados de origem que contenha um armazenamento DICOM com pelo menos uma instância DICOM para ser desidentificada.
  2. Criar um conjunto de dados de destino contendo um armazenamento DICOM vazio e um Loja de FHIR. A loja FHIR precisa atender aos requisitos.

Este exemplo mostra mais detalhes sobre a Combinação de desidentificação de tags e edição de texto incorporada. Nesse exemplo, a desidentificação ocorre em um único repositório DICOM e os dados desidentificados são gravados em um novo repositório DICOM. O repositório FHIR de metadados de operação está no mesmo conjunto de dados que o novo repositório DICOM.

Este exemplo usa duas instâncias DICOM. As instâncias não são fornecidas a você, portanto, as respostas de amostra não vão estar alinhadas exatamente com seus dados desidentificados.

  1. Desidentifique os dados DICOM.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
    • LOCATION: o local do conjunto de dados que contém o armazenamento DICOM de origem
    • SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento DICOM de origem
    • SOURCE_DICOM_STORE_ID: o ID do armazenamento DICOM que contém os dados que você está desidentificando.
    • DESTINATION_DATASET_ID: um conjunto de dados que contém o repositório FHIR da operação de metadados e em que o repositório DICOM desidentificado será criado
    • DESTINATION_DICOM_STORE_ID: o armazenamento DICOM em que os dados desidentificados do repositório DICOM de origem serão gravados
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o repositório FHIR em que os metadados da operação de desidentificação serão gravados

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID",
      "config": {
        "dicom": {
          "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS"
        },
        "image": {
          "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT"
        },
        "operationMetadata": {
          "fhirOutput": {
            "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE"
          }
        }
      }
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID",
      "config": {
        "dicom": {
          "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS"
        },
        "image": {
          "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT"
        },
        "operationMetadata": {
          "fhirOutput": {
            "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE"
          }
        }
      }
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID",
      "config": {
        "dicom": {
          "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS"
        },
        "image": {
          "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT"
        },
        "operationMetadata": {
          "fhirOutput": {
            "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE"
          }
        }
      }
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand Content
    A resposta é esta. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. Operações de longa duração são retornadas quando as chamadas de método podem demorar um tempo significativo para serem concluídas. Observe o valor de OPERATION_ID. Você vai precisar desse valor na próxima etapa.

  2. Confira o status da operação.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
    • LOCATION: o local do conjunto de dados
    • SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de desidentificação está sendo executada
    • OPERATION_ID: o ID da operação de desidentificação

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"

    PowerShell

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content

    APIs Explorer

    Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  3. Depois de desidentificar os dados DICOM e gravar os metadados da operação em uma armazenagem FHIR, você poderá acessar os recursos de procedência na armazenagem FHIR.

    Para conferir os recursos de origem, use o método fhir.search.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"

    PowerShell

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content
    A resposta a seguir foi o resultado da desidentificação de duas instâncias DICOM. A operação de desidentificação resultou na criação dos seguintes recursos de proveniências:
    • Um recurso de origem para cada uma das duas instâncias DICOM
    • Um recurso de proveniência para a operação de desidentificação

Armazene dados de amostra, crie uma pesquisa FHIR personalizada de coordenadas x relativas e faça consultas

Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino que contenha um armazenamento DICOM vazio e um repositório FHIR. A loja FHIR precisa atender aos requisitos.

O exemplo a seguir mostra como armazenar os três recursos de proveniência criados em Desidentificar dados DICOM, gravar em um armazenamento FHIR e pesquisar recursos de proveniência e, em seguida, criar uma pesquisa personalizada. O recurso de pesquisa personalizada consulta o relative-x-coordinate-bottom-left em um dos objetos Instâncias DICOM.

  1. Armazene os recursos de origem.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
          "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "id": "operation-123",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store"
                }
              }
            ],
            "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00",
            "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "system": "https://g.co/healthcare/operation",
                    "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store"
                  }
                }
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
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                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "John Doe"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 25
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 35
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "DATE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1900-12-31"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "DATE"
                          }
                        ]
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                      {
                        "url": "tag-id",
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                            "url": "byte-start",
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                          },
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                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
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                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "LOCATION"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "US"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "LOCATION"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      },
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 1,
                        "extension": [
                        ]
                      }
                    ]
                  },
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-tags",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00101010",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
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                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
          "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "id": "operation-123",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store"
                }
              }
            ],
            "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00",
            "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "system": "https://g.co/healthcare/operation",
                    "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store"
                  }
                }
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0,
                        "extension": [
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-right",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "relative-top",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.45
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.45
                          },
                          {
                            "url": "relative-right",
                            "valueDecimal": 0.5
                          },
                          {
                            "url": "relative-top",
                            "valueDecimal": 0.5
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  },
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-tags",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100021",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 10
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 18
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "John Doe"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 25
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 35
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "DATE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1900-12-31"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "DATE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00102150",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "LOCATION"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "US"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "LOCATION"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      },
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 1,
                        "extension": [
                        ]
                      }
                    ]
                  },
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-tags",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00101010",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand Content

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  2. Criar um recurso SearchParameter na coordenada X relativa da imagem DICOM.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box",
      "type": "number",
      "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)",
      "status": "active",
      "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file"
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box",
      "type": "number",
      "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)",
      "status": "active",
      "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file"
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "relative-x-coordinate-bottom-left",
      "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box",
      "type": "number",
      "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)",
      "status": "active",
      "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file"
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand Content

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  3. Ative o recurso SearchParameter personalizado no armazenamento FHIR.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "canonicalUrls": [
        "relative-x-coordinate-bottom-left"
      ]
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "canonicalUrls": [
        "relative-x-coordinate-bottom-left"
      ]
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "canonicalUrls": [
        "relative-x-coordinate-bottom-left"
      ]
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand Content
    A resposta é esta. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. Operações de longa duração são retornadas quando as chamadas de método podem demorar um tempo significativo para serem concluídas. Observe o valor de OPERATION_ID. Você vai precisar desse valor na próxima etapa.

  4. Confira o status da operação.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
    • LOCATION: o local do conjunto de dados
    • DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de pesquisa personalizada está sendo executada
    • OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"

    PowerShell

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content

    APIs Explorer

    Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  5. Consulte o recurso de proveniência usando o parâmetro de pesquisa da coordenada x relativa:

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl


    O exemplo a seguir usa a consulta relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que pesquisa uma coordenada x dentro de 5% da borda da imagem.

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"

    PowerShell


    O exemplo a seguir usa a consulta relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, que pesquisa uma coordenada x dentro de 5% da borda da imagem.

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content
    A resposta mostra que uma instância DICOM que atende à consulta de pesquisa é retornada:
    {
      "entry": [
        {
          "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0",
          "resource": {
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "extension": [
                  {
                    "extension": [
                      {
                        "extension": [
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-right",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "relative-top",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.45
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.45
                          },
                          {
                            "url": "relative-right",
                            "valueDecimal": 0.5
                          },
                          {
                            "url": "relative-top",
                            "valueDecimal": 0.5
                          }
                        ],
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      }
                    ],
                    "url": "https://g.co/dicom-images"
                  },
                  {
                    "extension": [
                      {
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 10
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 18
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "John Doe"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 25
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 35
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "DATE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1900-12-31"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "DATE"
                          }
                        ],
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100021"
                      },
                      {
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "LOCATION"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "US"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "LOCATION"
                          }
                        ],
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00102150"
                      }
                    ],
                    "url": "https://g.co/dicom-tags"
                  }
                ],
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                  }
                }
              }
            ],
            "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0",
            "meta": {
              "lastUpdated": "LAST_UPDATED",
              "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA"
            },
            "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00",
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                }
              }
            ]
          },
          "search": {
            "mode": "match"
          }
        }
      ],
      "link": [
        {
          "relation": "search",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"
        },
        {
          "relation": "first",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"
        },
        {
          "relation": "self",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"
        }
      ],
      "resourceType": "Bundle",
      "total": 1,
      "type": "searchset"
    }
    

Armazenar dados de amostra, criar uma pesquisa FHIR personalizada de origem e consultar

Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino que contém um repositório DICOM vazio e um repositório FHIR. A loja FHIR precisa atender aos requisitos.

O exemplo a seguir mostra como armazenar os três recursos de proveniência criados em Desidentificar dados DICOM, gravar em um armazenamento FHIR e pesquisar recursos de proveniência e, em seguida, criar uma pesquisa personalizada. O recurso de pesquisa personalizada consulta informações sobre uma das duas imagens DICOM de origem.

  1. Armazene os recursos de proveniência.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
          "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "id": "operation-123",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store"
                }
              }
            ],
            "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00",
            "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "system": "https://g.co/healthcare/operation",
                    "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store"
                  }
                }
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0,
                        "extension": [
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 200
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.05
                          },
                          {
                            "url": "relative-right",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "relative-top",
                            "valueDecimal": 0.1
                          },
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 900
                          },
                          {
                            "url": "right",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "top",
                            "valueDecimal": 1000
                          },
                          {
                            "url": "relative-bottom",
                            "valueDecimal": 0.45
                          },
                          {
                            "url": "relative-left",
                            "valueDecimal": 0.45
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                            "valueString": "John Doe"
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                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 25
                          },
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                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 35
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "DATE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1900-12-31"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "DATE"
                          }
                        ]
                      },
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                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00102150",
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                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
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                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
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                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "LOCATION"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "US"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "LOCATION"
                          }
                        ]
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                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      },
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 1,
                        "extension": [
                        ]
                      }
                    ]
                  },
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-tags",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00101010",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
          "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "id": "operation-123",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store"
                }
              }
            ],
            "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00",
            "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "system": "https://g.co/healthcare/operation",
                    "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store"
                  }
                }
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0,
                        "extension": [
                          {
                            "url": "bottom",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "left",
                            "valueDecimal": 100
                          },
                          {
                            "url": "right",
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                            "url": "right",
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                            "url": "relative-right",
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                          },
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                    ]
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                            "valueDecimal": 10
                          },
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                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 18
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "John Doe"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "PERSON_NAME"
                          },
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 25
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 35
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "DATE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1900-12-31"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "DATE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00102150",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "LOCATION"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "US"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "LOCATION"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        },
        {
          "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                }
              }
            ],
            "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                  }
                },
                "extension": [
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-images",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      },
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 1,
                        "extension": [
                        ]
                      }
                    ]
                  },
                  {
                    "url": "https://g.co/dicom-tags",
                    "extension": [
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00101010",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ]
                      },
                      {
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020",
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "resourceType": "Bundle",
      "type": "transaction",
      "entry": [
        {
          "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"},
          "resource": {
            "resourceType": "Provenance",
            "id": "operation-123",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store"
                }
              }
            ],
            "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00",
            "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00",
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "system": "https://g.co/healthcare/operation",
                    "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123"
                  }
                }
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                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ]
                      }
                    ]
                  }
                ]
              }
            ]
          }
        }
      ]
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand Content

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  2. Crie um recurso SearchParameter na imagem DICOM de origem.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "lookup-source-instance",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "lookup-source-instance",
      "name": "look up the source DICOM instance",
      "type": "string",
      "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value",
      "status": "active",
      "description": "A search on the source DICOM instance"
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "lookup-source-instance",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "lookup-source-instance",
      "name": "look up the source DICOM instance",
      "type": "string",
      "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value",
      "status": "active",
      "description": "A search on the source DICOM instance"
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "resourceType": "SearchParameter",
      "url": "lookup-source-instance",
      "base": ["Provenance"],
      "code": "lookup-source-instance",
      "name": "look up the source DICOM instance",
      "type": "string",
      "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value",
      "status": "active",
      "description": "A search on the source DICOM instance"
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand Content

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  3. Ative o recurso SearchParameter personalizado no armazenamento FHIR.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Corpo JSON da solicitação:

    {
      "canonicalUrls": [
        "lookup-source-instance"
      ]
    }
    

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    cat > request.json << 'EOF'
    {
      "canonicalUrls": [
        "lookup-source-instance"
      ]
    }
    EOF

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/fhir+json" \
    -d @request.json \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"

    PowerShell

    Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado request.json. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:

    @'
    {
      "canonicalUrls": [
        "lookup-source-instance"
      ]
    }
    '@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

    Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand Content
    A resposta é esta. A resposta contém um identificador para uma operação de longa duração. Operações de longa duração são retornadas quando as chamadas de método podem demorar um tempo significativo para serem concluídas. Anote o valor de OPERATION_ID. Você vai precisar desse valor na próxima etapa.

  4. Confira o status da operação.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
    • LOCATION: o local do conjunto de dados
    • DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de pesquisa personalizada está sendo executada
    • OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"

    PowerShell

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content

    APIs Explorer

    Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.

    Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:

  5. Consulte o recurso de proveniência usando o parâmetro de pesquisa de imagem de origem DICOM.

    Antes de usar os dados da solicitação abaixo, faça as substituições a seguir:

    • PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai
    • DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
    • OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento de FHIR que contém os metadados.

    Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:

    curl


    O exemplo a seguir usa a consulta lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que retorna informações sobre a instância que contém studies/1/series/2/instances/4 no identificador.

    execute o seguinte comando:

    curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"

    PowerShell


    O exemplo a seguir usa a consulta lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, que retorna informações sobre a instância que contém studies/1/series/2/instances/4 no identificador.

    execute o seguinte comando:

    $cred = gcloud auth print-access-token
    $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

    Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4" | Select-Object -Expand Content
    A resposta mostra que uma instância DICOM que satisfaz a consulta de pesquisa é retornada:
    {
      "entry": [
        {
          "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/d82007a1-6481-4793-b17c-ae152051ee9f",
          "resource": {
            "agent": [
              {
                "who": {
                  "identifier": {
                    "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123"
                  }
                }
              }
            ],
            "entity": [
              {
                "extension": [
                  {
                    "extension": [
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 0
                      },
                      {
                        "url": "frame-index",
                        "valueDecimal": 1
                      }
                    ],
                    "url": "https://g.co/dicom-images"
                  },
                  {
                    "extension": [
                      {
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 2
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "AGE"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "30"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "AGE"
                          }
                        ],
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00101010"
                      },
                      {
                        "extension": [
                          {
                            "url": "byte-start",
                            "valueDecimal": 0
                          },
                          {
                            "url": "byte-end",
                            "valueDecimal": 4
                          },
                          {
                            "url": "finding-infotype",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          },
                          {
                            "url": "text-original",
                            "valueString": "1234"
                          },
                          {
                            "url": "text-replaced",
                            "valueString": "GENERIC_ID"
                          }
                        ],
                        "url": "tag-id",
                        "valueString": "00100020"
                      }
                    ],
                    "url": "https://g.co/dicom-tags"
                  }
                ],
                "role": "source",
                "what": {
                  "identifier": {
                    "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                  }
                }
              }
            ],
            "id": "d82007a1-6481-4793-b17c-ae152051ee9f",
            "meta": {
              "lastUpdated": "2022-03-07T20:28:07.970361+00:00",
              "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA"
            },
            "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00",
            "resourceType": "Provenance",
            "target": [
              {
                "identifier": {
                  "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4"
                }
              }
            ]
          },
          "search": {
            "mode": "match"
          }
        }
      ],
      "link": [
        {
          "relation": "search",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4"
        },
        {
          "relation": "first",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4"
        },
        {
          "relation": "self",
          "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?lookup-source-instance%3Acontains=studies%2F1%2Fseries%2F2%2Finstances%2F4"
        }
      ],
      "resourceType": "Bundle",
      "total": 1,
      "type": "searchset"
    }
    

Exportar e consultar o repositório FHIR de metadados de operação

O exemplo a seguir mostra como exportar a operação de desidentificação metadados no repositório FHIR para o BigQuery e consultar os dados exportados para Dados PHI processados pelo OCR. Os dados gerados são compatíveis apenas com o LOSSLESS ou ANALYTICS_V2 SchemaType.

  1. Exportar os metadados no armazenamento FHIR para um conjunto de dados do BigQuery.

    Os metadados são exportados para uma tabela chamada Provenance no conjunto de dados do BigQuery selecionado.

  2. Acessar a página do BigQuery.

    Ir para o BigQuery

  3. No painel Explorer, siga estas etapas:

    1. Selecione seu projeto do Google Cloud.
    2. Selecione o conjunto de dados do BigQuery para onde você exportou os metadados DICOM.
    3. Selecione a tabela Provenance.
  4. Clique em Escrever nova consulta.

  5. Execute a seguinte consulta:

    SELECT
      what.identifier.value AS Source,
      target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination,
      `left` AS `Left`,
      `right` AS `Right`,
      top AS Top,
      bottom AS Bottom,
      quote AS Quote,
      infoType AS InfoType,
      confidence AS Confidence
    FROM
      `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index)
    LIMIT
      10
    

    Substitua:

    • PROJECT_ID: o ID do seu projeto do Google Cloud;
    • BIGQUERY_DATASET: o conjunto de dados do BigQuery em que você exportou os metadados do repositório FHIR
  6. Clique em Executar.

    Os resultados da consulta mostram os metadados dos dados PHI desidentificados em um formato tabular. Se você não especificar uma tabela de destino, o job de consulta vai gravar a saída em uma tabela temporária (cache).

Cota

A gravação de metadados de operação de desidentificação em um armazenamento FHIR consome cotas fhir_write_ops no projeto em que os metadados da operação são gravados. Um recurso FHIR é criado para cada instância DICOM. Assim, o da operação de desidentificação não pode ser maior do que A cota FHIR permite.

Faturamento

Cada recurso de origem criado na loja de metadados de operação FHIR incorre em uma cobrança para chamar fhir.update. O número de chamadas de API para fhir.update pode ser calculado como: Total number of DICOM instances de-identified + 1.

A seguir