Cette page explique comment anonymiser des données DICOM et écrire des métadonnées sur l'opération d'anonymisation et ce qui a été anonymisé pour un store FHIR. Les métadonnées sont stockées dans les ressources Provenance FHIR du store FHIR. Vous pouvez ensuite interroger les données à l'aide des recherches personnalisées FHIR pour répondre aux questions suivantes :
- Qu'est-ce qui a été anonymisé ?
- Comment et pourquoi les données ont-elles été anonymisées ?
- Quand l'opération d'anonymisation a-t-elle eu lieu et combien de temps a-t-elle duré ?
Avant de commencer
Utiliser FHIR au lieu d'annotations
L'API Cloud Healthcare propose une API d'annotations que vous pouvez utiliser pour annoter des données anonymisées.
L'écriture de métadonnées d'opérations d'anonymisation dans un store FHIR fonctionne de la même manière et présente les avantages suivants :
- Vous n'avez pas besoin d'utiliser l'API d'annotations, qui est une API distincte.
- Vous n'avez pas besoin de créer ni de gérer des magasins d'annotations et des enregistrements d'annotations.
- Vous pouvez continuer à utiliser la norme FHIR et l'API FHIR dans l'API Cloud Healthcare.
- Vous pouvez exporter les ressources FHIR vers BigQuery à des fins d'exploration et d'analyse. Les données générées ne sont compatibles qu'avec
LOSSLESSouANALYTICS_V2SchemaType.- Vous pouvez diffuser les modifications de ressources FHIR vers BigQuery pour synchroniser les données d'un store FHIR avec un ensemble de données BigQuery quasiment en temps réel.
- Vous trouverez plus d'informations sur les métadonnées de l'opération d'anonymisation.
Conditions requises
Le store FHIR contenant les métadonnées de l'opération d'anonymisation doit répondre aux exigences suivantes :
- Doit déjà exister.
- Il doit s'agir d'un store FHIR de version R4.
enableUpdateCreatedoit être défini surtrue.
Ressources de provenance dans le magasin FHIR des métadonnées d'opération
Lorsque vous exécutez une opération d'anonymisation DICOM, les ressources Provenance suivantes sont écrites dans le store FHIR des métadonnées d'opération :
Une ressource Provenance qui récapitule l'opération d'anonymisation, telle que le nom de l'opération de longue durée, le moment où l'opération s'est produite et la configuration utilisée. Pour obtenir la liste des champs de cette ressource Provenance, consultez la section Supprimer l'identification des métadonnées d'opération dans une ressource Provenance.
Une ressource Provenance pour chaque instance DICOM anonymisée. Pour obtenir la liste des champs de cette ressource Provenance, consultez la section Métadonnées d'anonymisation DICOM dans une ressource Provenance.
- La ressource contient des informations sur les éléments anonymisés, tels qu'une balise DICOM ou la partie d'une image DICOM, ainsi que les actions effectuées, par exemple si une information a été masquée, transformée ou ignorée.
La ressource peut contenir des données anonymisées traitées par reconnaissance optique des caractères (OCR) couvertes par les données de santé protégées.
Le texte anonymisé,
quote, est accompagné de son type d'information, ouinfoType, et de la probabilité de trouver les informations, ouconfidence. Par exemple, si une image DICOM contenant le texte incrustéJohn Doeest anonymisée, la ressource Provenance contiendraquotedéfini surJohn Doe,infoTypedéfini surPERSON_NAME, et une valeurconfidencecomprise entre 0 et 1.Les métadonnées de suppression de l'identification DICOM ne sont générées que si la méthode
dicomStores.deidentifyest appelée avecImageConfig.textRedactionModedéfini surREDACT_SENSITIVE_TEXTouREDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS. Si vous définissezREDACT_ALL_TEXT, la méthode génère du texte anonymisé sous la forme d'une seule chaîne dans le champextracted-text. La chaîne ne contient aucune segmentation. Les jetons sont séparés par des espaces.
Anonymiser des métadonnées d'opération dans une ressource Provenance
Le tableau suivant présente une description des métadonnées figurant dans l'opération d'anonymisation et le champ correspondant dans les métadonnées où elles se trouvent dans la ressource Provenance. Les cellules "Découvrir la ressource de provenance" contiennent des exemples de valeurs qui sont fournis à des fins de démonstration.
| Description des métadonnées | Champ de ressource de la provenance |
|---|---|
| ID de ressource de la provenance | Provenance.id |
| Début de l'opération d'anonymisation | Provenance.occurredDateTime |
| Code temporel de création de la ressource de provenance | Provenance.recorded |
| Nom de l'opération d'anonymisation de longue durée |
Provenance.agent.who: {
"identifier": {
"system": "https://g.co/healthcare/operation"
"value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}
}
|
| Store DICOM source |
Provenance.entity.role: "SOURCE"
Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID"
|
| Store DICOM de destination | Provenance.target.type.value |
Valeur DeidentifyConfig utilisée |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/deidentify-config',
valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage
}]
|
Métadonnées d'anonymisation DICOM dans une ressource Provenance
Le tableau suivant montre une description des métadonnées de l'instance DICOM anonymisée et du champ correspondant des métadonnées dans une ressource Provenance. Les cellules "Découvrir la ressource de provenance" contiennent des exemples de valeurs qui sont fournis à des fins de démonstration.
| Description des métadonnées | Champ de ressource de la provenance |
|---|---|
| Lien vers la ressource de l'opération d'anonymisation | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
| Code temporel de création de la ressource de provenance | Provenance.recorded |
| Chemin REST de l'instance DICOM source |
Provenance.entity.role: SOURCE
Provenance.entity.what.identifier.value
|
| Chemin REST de l'instance DICOM de destination | Provenance.target.type.value |
| Taille d'image DICOM |
Provenance.entity.extension: [
{
url: 'https://g.co/WIDTH',
valueDecimal: WIDTH
},
url: 'https://g.co/HEIGHT',
valueDecimal: HEIGHT
}
]
|
| Taille structurée |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE',
valueDecimal: VALUE,
}]
|
| Annotation d'images DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES',
extension: [
{ FRAME_0
},
{ FRAME_1
},
...
]
}]
|
| Annotation de cadres DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [
{
url: 'frame-index',
valueDecimal: 0,
extension: [
{
url: 'left',
valueDecimal: LEFT_VALUE
},
{
url: 'right',
valueDecimal: RIGHT_VALUE
},
{
url: 'top',
valueDecimal: TOP_VALUE
},
{
url: 'bottom',
valueDecimal: BOTTOM_VALUE
},
{
url: 'relative-left',
valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-right',
valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT
},
{
url: 'relative-top',
valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH
},
{
url: 'relative-bottom',
valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT
}
]
}
]
|
| Annotation de cadres DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or
// REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "quote", // The PHI text de-identified
"valueString": "John Doe"
},
{
"url": "infoType", // The type of the de-identified text
"valueString": "PERSON_NAME"
},
{
"url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType
"valueDecimal": 0.7
}
]
|
| Annotation de cadres DICOM |
// Only available if the text redaction mode is REDACT_ALL_TEXT
Provenance.entity.extension: [
{
"url": "extracted-text", // The entire PHI text de-identified
"valueString": "John Doe 27-Jan-1999 Sex:M"
}
]
|
| Annotation de tags DICOM |
Provenance.entity.extension: [{
url: 'https://g.co/dicom-tags',
extension: [
{ // tag (0002,0000)
},
{ // tag (0002,0001)
},
...
]
}]
|
| Notation de tag individuel DICOM |
Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [
{
url: 'tag-id',
valueString: '00080012',
extension: [
{
url: 'byte-start',
valueDecimal: 10
},
{
url: 'byte-end',
valueDecimal: 18
},
{
url: 'finding-infotype',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'text-original',
valueString: 'John Doe'
},
{
url: 'text-replaced',
valueString: 'PERSON_NAME'
},
{
url: 'deidentify-action',
valueString: 'REMOVED'
// Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID",
// "RESET", "CLEANED", and "RECURSED"
},
{
url: 'deidentify-reason',
valueString: 'Matched VALUE'
// Possible values include "ID", "VR", or "Expression",
// for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID"
}
]
}
]
|
Examples
Avant de commencer
Assurez-vous de disposer du rôle roles/healthcare.fhirResourceEditor sur le store FHIR des métadonnées d'opération avant d'exécuter l'un des exemples suivants. Vous avez besoin de ce rôle pour écrire dans le store FHIR de métadonnées d'opérations.
Anonymiser des données DICOM, écrire dans un store FHIR et rechercher des ressources Provenance
Avant d'exécuter cet exemple, procédez comme suit:
- Créez un ensemble de données source contenant un magasin DICOM avec au moins une instance DICOM à anonymiser.
- Créez un ensemble de données de destination contenant un store DICOM vide et un store FHIR vide. Le store FHIR doit répondre aux exigences.
Cet exemple se développe sur l'opération Combiner l'anonymisation de tag et le masquage de texte incrusté. Dans cet exemple, la suppression de l'identification s'effectue sur un seul store DICOM et les données anonymisées sont écrites dans un nouveau store DICOM. Le store FHIR des métadonnées d'opération se trouve dans le même ensemble de données que le nouveau store DICOM.
Cet exemple utilise deux instances DICOM. Les instances ne sont pas fournies pour vous. Par conséquent, les exemples de réponses ne correspondront pas exactement à vos données anonymisées.
Anonymisez les données DICOM.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données contenant le store DICOM source
- SOURCE_DATASET_ID : ensemble de données parent du store DICOM source
- SOURCE_DICOM_STORE_ID : ID du store DICOM contenant les données dont vous supprimez l'identification
- DESTINATION_DATASET_ID : ensemble de données existant contenant l'opération de métadonnées du store FHIR, et dans lequel le store DICOM anonymisé sera créé
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID : store DICOM dans lequel les données anonymisées du store DICOM source seront écrites.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : store FHIR dans lequel les métadonnées de l'opération d'anonymisation seront écrites
Corps JSON de la requête :
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse est la suivante. La réponse contient un identifiant pour une opération de longue durée. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre un temps considérable. Notez la valeur de OPERATION_ID. Vous aurez besoin de cette valeur à l'étape suivante.curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand ContentObtenez l'état de l'opération.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données
- SOURCE_DATASET_ID : ensemble de données dans lequel l'opération d'anonymisation est exécutée
- OPERATION_ID : ID de l'opération d'anonymisation
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPI Explorer
Ouvrez la page de référence de la méthode. Le panneau APIs Explorer s'ouvre dans la partie droite de la page. Vous pouvez interagir avec cet outil pour envoyer des requêtes. Renseignez tous les champs obligatoires, puis cliquez sur Exécuter.
Vous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Après avoir anonymisé des données DICOM et écrit les métadonnées d'opération dans un store FHIR, vous pouvez afficher les ressources Provenance dans le store FHIR.
Pour afficher les ressources Provenance, utilisez la méthode
fhir.search.Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse suivante est le résultat de l'anonymisation de deux instances DICOM. L'opération d'anonymisation a entraîné la création des trois ressources Provenance suivantes :curl
Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- Une ressource Provenance pour chacune des deux instances DICOM
- Une ressource Provenance pour l'opération d'anonymisation
Stocker des exemples de données, créer une recherche FHIR personnalisée des coordonnées x et une requête
Avant d'exécuter cet exemple, créez un ensemble de données de destination contenant un store DICOM vide et un store FHIR vide. Le store FHIR doit répondre aux exigences.
L'exemple suivant montre comment stocker les trois ressources Provenance créées dans la section Anonymiser des données DICOM, écrire dans un store FHIR et rechercher des ressources Provenance, puis créer une recherche personnalisée. La recherche personnalisée interroge relative-x-coordinate-bottom-left dans l'une des instances DICOM anonymisées.
Stockez les ressources Provenance.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentVous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Créez une ressource SearchParameter sur les coordonnées x relatives de l'image DICOM.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentVous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Activez la ressource SearchParameter personnalisée sur le store FHIR.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse est la suivante. La réponse contient un identifiant pour une opération de longue durée. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre un temps considérable. Notez la valeur de OPERATION_ID. Vous aurez besoin de cette valeur à l'étape suivante.curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtenez l'état de l'opération.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données
- DATASET_ID : ensemble de données dans lequel l'opération de recherche personnalisée est en cours d'exécution.
- OPERATION_ID : ID de l'opération de recherche personnalisée.
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPI Explorer
Ouvrez la page de référence de la méthode. Le panneau APIs Explorer s'ouvre dans la partie droite de la page. Vous pouvez interagir avec cet outil pour envoyer des requêtes. Renseignez tous les champs obligatoires, puis cliquez sur Exécuter.
Vous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Interrogez la ressource Provenance à l'aide du paramètre de recherche des coordonnées x relatives :
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse indique qu'une instance DICOM répondant à la requête de recherche est renvoyée :curl
L'exemple suivant utilise la requêterelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, qui recherche des coordonnées X dans un espace de 5 % du bord de l'image.Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
L'exemple suivant utilise la requêterelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05, qui recherche des coordonnées X dans un espace de 5 % du bord de l'image.Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
Stocker des exemples de données, créer une requête FHIR personnalisée et source de recherche
Avant d'exécuter cet exemple, créez un ensemble de données de destination contenant un store DICOM vide et un store FHIR vide. Le store FHIR doit répondre aux exigences.
L'exemple suivant montre comment stocker les trois ressources Provenance créées dans la section Anonymiser des données DICOM, écrire dans un store FHIR et rechercher des ressources Provenance, puis créer une recherche personnalisée. La recherche personnalisée demande des informations sur l'une des deux images DICOM sources.
Stockez les ressources Provenance.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentVous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Créez une ressource SearchParameter sur l'image DICOM source.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentVous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Activez la ressource SearchParameter personnalisée sur le store FHIR.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Corps JSON de la requête :
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse est la suivante. La réponse contient un identifiant pour une opération de longue durée. Les opérations de longue durée sont renvoyées lorsque les appels de méthode peuvent prendre un temps considérable. Notez la valeur de OPERATION_ID. Vous aurez besoin de cette valeur à l'étape suivante.curl
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOFExécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Enregistrez le corps de la requête dans un fichier nommé
request.json. Exécutez la commande suivante dans le terminal pour créer ou écraser ce fichier dans le répertoire actuel :@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8Exécutez ensuite la commande suivante pour envoyer votre requête REST :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentObtenez l'état de l'opération.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données
- DATASET_ID : ensemble de données dans lequel l'opération de recherche personnalisée est en cours d'exécution.
- OPERATION_ID : ID de l'opération de recherche personnalisée.
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
curl
Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPI Explorer
Ouvrez la page de référence de la méthode. Le panneau APIs Explorer s'ouvre dans la partie droite de la page. Vous pouvez interagir avec cet outil pour envoyer des requêtes. Renseignez tous les champs obligatoires, puis cliquez sur Exécuter.
Vous devriez recevoir une réponse JSON de ce type :
Interrogez la ressource Provenance à l'aide du paramètre de recherche d'images DICOM source.
Avant d'utiliser les données de requête ci-dessous, effectuez les remplacements suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- LOCATION : emplacement de l'ensemble de données parent.
- DATASET_ID : ensemble de données parent du magasin FHIR.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID : ID du store FHIR contenant les métadonnées
Pour envoyer votre requête, choisissez l'une des options suivantes :
La réponse indique qu'une instance DICOM répondant à la requête de recherche est renvoyée :curl
L'exemple suivant utilise la requêtelookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, qui renvoie des informations sur l'instance contenantstudies/1/series/2/instances/4dans son identifiant.Exécutez la commande suivante :
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
L'exemple suivant utilise la requêtelookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4, qui renvoie des informations sur l'instance contenantstudies/1/series/2/instances/4dans son identifiant.Exécutez la commande suivante :
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
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Exporter et interroger le store FHIR des métadonnées d'opération
L'exemple suivant montre comment exporter les métadonnées d'opération d'anonymisation dans le store FHIR vers BigQuery et interroger les données exportées pour les données de santé protégées traitées par la reconnaissance optique des caractères. Les données générées ne sont compatibles qu'avec LOSSLESS ou ANALYTICS_V2 SchemaType.
Exportez les métadonnées du store FHIR vers un ensemble de données BigQuery.
Les métadonnées sont exportées vers une table nommée
Provenancedans l'ensemble de données BigQuery sélectionné.Accédez à la page BigQuery.
Dans le volet Explorateur, procédez comme suit :
- Sélectionnez votre projet Google Cloud.
- Sélectionnez l'ensemble de données BigQuery dans lequel vous avez exporté les métadonnées DICOM.
- Sélectionnez la table Provenance.
Cliquez sur Saisir une nouvelle requête.
Exécutez la requête suivante :
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10Remplacez les éléments suivants :
- PROJECT_ID : ID de votre projet Google Cloud
- BIGQUERY_DATASET : ensemble de données BigQuery dans lequel vous avez exporté les métadonnées du store FHIR
Cliquez sur Exécuter.
Les résultats de la requête affichent les métadonnées des données de santé protégées anonymisées sous forme de tableau. Si vous ne spécifiez pas de table de destination, le job de requête écrit la sortie dans une table (en cache) temporaire.
Quota
L'écriture des métadonnées d'opération d'anonymisation dans un store FHIR consomme des quotas fhir_write_ops dans le projet dans lequel les métadonnées d'opération sont écrites.
Une ressource FHIR est créée pour chaque instance DICOM. Par conséquent, le débit de l'opération d'anonymisation ne peut pas être supérieur à celui autorisé par votre quota FHIR.
Facturation
Chaque ressource Provenance créée dans le store FHIR des métadonnées d'opération entraîne des frais pour l'appel de fhir.update.
Le nombre d'appels d'API vers fhir.update peut être calculé comme suit : Total number of DICOM instances de-identified + 1.
Étapes suivantes
- Découvrez comment exporter les ressources FHIR vers BigQuery à des fins d'exploration et d'analyse.
- Découvrez comment diffuser les modifications de ressources FHIR vers BigQuery afin de synchroniser les données d'un store FHIR avec un ensemble de données BigQuery quasiment en temps réel.