Nesta página, explicamos como desidentificar dados DICOM e gravar metadados sobre a operação de desidentificação e o que foi desidentificado em um armazenamento FHIR. Os metadados são armazenados em recursos de Provenance (em inglês) FHIR no armazenamento de FHIR. Em seguida, você pode consultar os dados usando pesquisas personalizadas FHIR para responder a perguntas como estas:
- O que foi desidentificado?
- Como e por que os dados foram desidentificados?
- Quando ocorreu a operação de desidentificação e quanto tempo levou?
Antes de começar
Como usar FHIR em vez de anotações
A API Cloud Healthcare oferece uma API de anotações que pode ser usada para anotar dados desidentificados.
A gravação de metadados de operação de desidentificação em um armazenamento FHIR funciona de maneira semelhante e tem as seguintes vantagens:
- Não é necessário usar a API de anotações, que é uma API separada.
- Você não precisa criar e gerenciar repositórios de anotações e registros de anotação.
- Continue trabalhando com o padrão FHIR e a API FHIR do Cloud Healthcare.
- É possível exportar os recursos do FHIR para o BigQuery
para exploração e análise. Os dados gerados são compatíveis apenas com
LOSSLESS
ouANALYTICS_V2
SchemaType
.- É possível fazer streaming das alterações de recursos do FHIR para o BigQuery para sincronizar os dados em um armazenamento de FHIR com um conjunto de dados do BigQuery quase em tempo real.
- Confira mais informações sobre os metadados da operação de desidentificação.
Requisitos
O armazenamento FHIR que contém os metadados da operação de desidentificação precisa atender aos seguintes requisitos:
- É necessário que já exista.
- Precisa ser um armazenamento FHIR da versão R4.
- Precisa ter
enableUpdateCreate
definido comotrue
.
Recursos de procedimento no armazenamento FHIR de metadados de operação
Quando você executa uma operação de desidentificação DICOM, os seguintes recursos de procedência são gravados no armazenamento FHIR de metadados da operação:
Um recurso de procedência que resume a operação de desidentificação, como o nome da operação de longa duração, quando ela ocorreu e qual configuração foi usada. Consulte Desidentificar metadados de operação em um recurso de procedência para ver uma lista de campos neste recurso de procedência.
Um recurso de procedência para cada instância DICOM que foi desidentificada. Para conferir uma lista de campos neste recurso de procedência, consulte Metadados de desidentificação do DICOM em um recurso de procedência.
- O recurso contém informações sobre o que foi desidentificado, como uma tag DICOM ou a parte de uma imagem DICOM e as ações que foram realizadas, por exemplo, se as informações foram editadas, transformadas ou ignoradas.
O recurso pode conter dados desidentificados processados por reconhecimento óptico de caracteres (OCR, na sigla em inglês) que estão no escopo das Informações protegidas de saúde (PHI).
O texto desidentificado, ou
quote
, está acompanhado do tipo de informação dele, ouinfoType
, e da probabilidade de encontrar a informação, ouconfidence
. Por exemplo, se uma imagem DICOM contendo o textoJohn Doe
gravado for desidentificada, o recurso Procedência teráquote
definido comoJohn Doe
,infoType
definido comoPERSON_NAME
e um valorconfidence
entre 0 e 1.Os metadados de desidentificação DICOM são gerados apenas se o método
dicomStores.deidentify
for chamado comImageConfig.textRedactionMode
definido comoREDACT_SENSITIVE_TEXT
ouREDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS
.
Desidentificar metadados de operação em um recurso de procedência
A tabela a seguir mostra uma descrição dos metadados na operação de desidentificação e o campo correspondente nos metadados em que eles podem ser encontrados no recurso de procedência. As células "campo de recurso de procedência" contêm valores de amostra para fins de demonstração.
Descrição dos metadados | Campo do recurso de origem |
---|---|
ID do recurso de origem | Provenance.id |
Quando a operação de desidentificação começou | Provenance.occurredDateTime |
Carimbo de data/hora da criação do recurso de origem | Provenance.recorded |
Nome da operação de longa duração de desidentificação | Provenance.agent.who: { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation" "value": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" } } |
Armazenamento DICOM de origem | Provenance.entity.role: "SOURCE" Provenance.entity.what.identifier.value: "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID" |
Armazenamento DICOM de destino | Provenance.target.type.value |
Valor de DeidentifyConfig usado |
Provenance.entity.extension: [{ url: 'https://g.co/deidentify-config', valueString: 'DEIDENTIFY_CONFIG' // Can be either a JSON configuration or a path to a Cloud Storage URI and timestamp if the configuration was provided using Cloud Storage }] |
Metadados de desidentificação DICOM em um recurso de procedência
A tabela a seguir mostra uma descrição dos metadados na instância DICOM que foi desidentificada e o campo correspondente dos metadados em um recurso de procedência. As células "campo de recurso de procedência" contêm valores de amostra para fins de demonstração.
Descrição dos metadados | Campo do recurso de origem |
---|---|
Link para o recurso de operação de desidentificação | Provenance.agent.who: {reference: "Provenance/PROVENANCE_RESOURCE_ID"} |
Carimbo de data/hora da criação do recurso de origem | Provenance.recorded |
Caminho REST da instância DICOM de origem | Provenance.entity.role: SOURCE Provenance.entity.what.identifier.value |
Caminho REST da instância DICOM de destino | Provenance.target.type.value |
Tamanho da imagem DICOM | Provenance.entity.extension: [ { url: 'https://g.co/WIDTH', valueDecimal: WIDTH }, url: 'https://g.co/HEIGHT', valueDecimal: HEIGHT } ] |
Tamanho estruturado | Provenance.entity.extension: [{ url: 'https://g.co/DICOM_STRUCTURED_SIZE', valueDecimal: VALUE, }] |
Anotação de imagem DICOM | Provenance.entity.extension: [{ url: 'https://g.co/DICOM_IMAGES', extension: [ { FRAME_0 }, { FRAME_1 }, ... ] }] |
Anotação de frame DICOM | Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-images'].extension: [ { url: 'frame-index', valueDecimal: 0, extension: [ { url: 'left', valueDecimal: LEFT_VALUE }, { url: 'right', valueDecimal: RIGHT_VALUE }, { url: 'top', valueDecimal: TOP_VALUE }, { url: 'bottom', valueDecimal: BOTTOM_VALUE }, { url: 'relative-left', valueDecimal: RELATIVE_LEFT_VALUE / WIDTH }, { url: 'relative-right', valueDecimal: RELATIVE_RIGHT_VALUE / HEIGHT }, { url: 'relative-top', valueDecimal: RELATIVE_TOP_VALUE / WIDTH }, { url: 'relative-bottom', valueDecimal: RELATIVE_BOTTOM / HEIGHT } ] } ] |
Anotação de frame DICOM | // Only available if the text redaction mode is REDACT_SENSITIVE_TEXT or // REDACT_SENSITIVE_TEXT_CLEAN_DESCRIPTORS Provenance.entity.extension: [ { "url": "quote", // The PHI text de-identified "valueString": "John Doe" }, { "url": "infoType", // The type of the de-identified text "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "confidence", // The likelihood of finding this quote and its infoType "valueDecimal": 0.7 } ] |
Todas as anotações de tags DICOM | Provenance.entity.extension: [{ url: 'https://g.co/dicom-tags', extension: [ { // tag (0002,0000) }, { // tag (0002,0001) }, ... ] }] |
Notação de tag individual DICOM | Provenance.entity.extension['https://g.co/dicom-tags'].extension: [ { url: 'tag-id', valueString: '00080012', extension: [ { url: 'byte-start', valueDecimal: 10 }, { url: 'byte-end', valueDecimal: 18 }, { url: 'finding-infotype', valueString: 'PERSON_NAME' }, { url: 'text-original', valueString: 'John Doe' }, { url: 'text-replaced', valueString: 'PERSON_NAME' }, { url: 'deidentify-action', valueString: 'REMOVED' // Possible values are "REMOVED", "DELETED", "REGENERATED UID", // "RESET", "CLEANED", and "RECURSED" }, { url: 'deidentify-reason', valueString: 'Matched VALUE' // Possible values include "ID", "VR", or "Expression", // for example "Matched ID: DICOM_TAG_ID" } ] } ] |
Examples
Antes de começar
Verifique se você tem o papel roles/healthcare.fhirResourceEditor
no armazenamento FHIR de metadados de operação antes de executar qualquer um dos exemplos a seguir. Você precisa desse papel para gravar no armazenamento FHIR de metadados de operação.
Desidentificar dados DICOM, gravar em um armazenamento FHIR e pesquisar recursos de procedência
Antes de executar este exemplo, siga estas etapas:
- Crie um conjunto de dados de origem contendo um armazenamento DICOM com pelo menos uma instância DICOM para ser desidentificada.
- Crie um conjunto de dados de destino que contenha um armazenamento DICOM vazio e um armazenamento FHIR vazio. O armazenamento FHIR precisa atender aos requisitos.
Este exemplo mostra a seção Combinar a desidentificação de tags e a edição de texto integrado. Neste exemplo, a desidentificação ocorre em um único repositório DICOM e os dados desidentificados são gravados em um novo armazenamento DICOM. O armazenamento FHIR de metadados de operação está no mesmo conjunto de dados que o novo armazenamento DICOM.
Este exemplo usa duas instâncias DICOM. As instâncias não são fornecidas para você, portanto, as respostas de amostra não se alinharão exatamente com os dados desidentificados.
Desidentificar os dados DICOM.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
- LOCATION: o local do conjunto de dados que contém o armazenamento DICOM de origem
- SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados pai do repositório DICOM de origem
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: o ID do repositório DICOM que contém os dados que você está desidentificando
- DESTINATION_DATASET_ID: um conjunto de dados atual que contém o armazenamento FHIR da operação de metadados, e em que o armazenamento DICOM desidentificado será criado
- DESTINATION_DICOM_STORE_ID: o armazenamento DICOM em que os dados desidentificados do armazenamento DICOM de origem serão gravados.
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o armazenamento FHIR em que os metadados da operação de desidentificação serão gravados.
Solicitar corpo JSON:
{ "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "destinationStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/dicomStores/DESTINATION_DICOM_STORE_ID", "config": { "dicom": { "filterProfile": "DEIDENTIFY_TAG_CONTENTS" }, "image": { "textRedactionMode": "REDACT_ALL_TEXT" }, "operationMetadata": { "fhirOutput": { "fhirStore": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE" } } } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:deidentify" | Select-Object -Expand ContentVeja o status da operação.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
- LOCATION: o local do conjunto de dados
- SOURCE_DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de desidentificação está em execução.
- OPERATION_ID: o ID da operação de desidentificação
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Depois de desidentificar com sucesso os dados DICOM e gravar os metadados da operação em um armazenamento FHIR, é possível visualizar os recursos de procedimento no armazenamento FHIR.
Para visualizar os recursos de procedência, use o método
fhir.search
.Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance"PowerShell
execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DESTINATION_DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance" | Select-Object -Expand Content- Um recurso de procedência para cada uma das duas instâncias DICOM
- Um recurso de procedência para a operação de desidentificação
Armazenar dados de amostra, criar uma pesquisa FHIR personalizada de coordenada x relativa e consultar
Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino que contenha um armazenamento DICOM vazio e um armazenamento FHIR vazio. O armazenamento FHIR precisa atender aos requisitos.
O exemplo a seguir mostra como armazenar os três recursos de procedência criados em Desidentificar dados DICOM, gravar em um armazenamento FHIR e pesquisar recursos de procedência e, em seguida, criar uma pesquisa personalizada. A pesquisa personalizada
consulta o relative-x-coordinate-bottom-left
em uma das instâncias
DICOM desidentificadas.
Armazenar os recursos de procedência.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentVocê receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Criar um recurso SearchParameter na coordenada x relativa da imagem DICOM.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "relative-x-coordinate-bottom-left", "base": ["Provenance"], "code": "relative-x-coordinate-bottom-left", "name": "relative x-coordinate of the bottom left corner of the bounding box", "type": "number", "expression": "Provenance.entity.extension('https://g.co/dicom-images').extension('frame-index').extension('relative-bottom').value.as(Decimal)", "status": "active", "description": "A search on bottom left relative x-coordinate of annotations generated from de-identification of a DICOM file" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentVocê receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Ativar o recurso SearchParameter personalizado no armazenamento FHIR.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "canonicalUrls": [ "relative-x-coordinate-bottom-left" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentVeja o status da operação.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
- LOCATION: o local do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de pesquisa personalizada está em execução.
- OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada.
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Consulte o recurso de procedência usando o parâmetro de pesquisa de coordenadas x relativas:
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
O exemplo a seguir usa a consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05
, que procura uma coordenada x em 5% da borda da imagem.execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05"PowerShell
O exemplo a seguir usa a consultarelative-x-coordinate-bottom-left=le0.05
, que procura uma coordenada x em 5% da borda da imagem.execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" | Select-Object -Expand Content{ "entry": [ { "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "resource": { "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "extension": [ { "extension": [ { "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ], "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 } ], "url": "https://g.co/dicom-images" }, { "extension": [ { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00100021" }, { "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ], "url": "tag-id", "valueString": "00102150" } ], "url": "https://g.co/dicom-tags" } ], "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } } ], "id": "90062087-8ac2-499c-b952-a04999578bd0", "meta": { "lastUpdated": "LAST_UPDATED", "versionId": "MTY0NjY4NDg4Nzk3MDM2MTAwMA" }, "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ] }, "search": { "mode": "match" } } ], "link": [ { "relation": "search", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "first", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" }, { "relation": "self", "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance/?relative-x-coordinate-bottom-left=le0.05" } ], "resourceType": "Bundle", "total": 1, "type": "searchset" }
Armazenar dados de amostra, criar uma pesquisa FHIR personalizada de origem e fazer uma consulta
Antes de executar este exemplo, crie um conjunto de dados de destino contendo um armazenamento DICOM vazio e um armazenamento FHIR vazio. O armazenamento FHIR precisa atender aos requisitos.
O exemplo a seguir mostra como armazenar os três recursos de procedência criados em Desidentificar dados DICOM, gravar em um armazenamento FHIR e pesquisar recursos de procedência e, em seguida, criar uma pesquisa personalizada. A pesquisa personalizada consulta informações sobre uma das duas imagens DICOM de origem.
Armazenar os recursos de procedência.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "resourceType": "Bundle", "type": "transaction", "entry": [ { "request": {"method": "PUT", "url": "Provenance/operation-123"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "id": "operation-123", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store" } } ], "occurredDateTime": "2010-11-08T08:30:00-04:00", "recorded": "2010-11-08T08:30:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "system": "https://g.co/healthcare/operation", "value": "projects/my-project/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store" } } } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:24-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/3" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0, "extension": [ { "url": "bottom", "valueDecimal": 100 }, { "url": "left", "valueDecimal": 100 }, { "url": "right", "valueDecimal": 200 }, { "url": "top", "valueDecimal": 200 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.05 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.1 }, { "url": "bottom", "valueDecimal": 900 }, { "url": "left", "valueDecimal": 900 }, { "url": "right", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "top", "valueDecimal": 1000 }, { "url": "relative-bottom", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-left", "valueDecimal": 0.45 }, { "url": "relative-right", "valueDecimal": 0.5 }, { "url": "relative-top", "valueDecimal": 0.5 } ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00100021", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 10 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 18 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "text-original", "valueString": "John Doe" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "PERSON_NAME" }, { "url": "byte-start", "valueDecimal": 25 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 35 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "DATE" }, { "url": "text-original", "valueString": "1900-12-31" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "DATE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00102150", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "LOCATION" }, { "url": "text-original", "valueString": "US" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "LOCATION" } ] } ] } ] } ] } }, { "request": {"method": "POST", "url": "Provenance"}, "resource": { "resourceType": "Provenance", "target": [ { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/deid-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } } ], "recorded": "2010-11-08T08:39:25-04:00", "agent": [ { "who": { "identifier": { "value": "projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/fhirStores/test-fhir-store/fhir/Provenance/operation-123" } } } ], "entity": [ { "role": "source", "what": { "identifier": { "value": "https://healthcare.googleapis.com/projects/test-project/locations/us-central1/datasets/test-dataset/dicomStores/test-dicom-store/dicomWeb/studies/1/series/2/instances/4" } }, "extension": [ { "url": "https://g.co/dicom-images", "extension": [ { "url": "frame-index", "valueDecimal": 0 }, { "url": "frame-index", "valueDecimal": 1, "extension": [ ] } ] }, { "url": "https://g.co/dicom-tags", "extension": [ { "url": "tag-id", "valueString": "00101010", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 2 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "AGE" }, { "url": "text-original", "valueString": "30" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "AGE" } ] }, { "url": "tag-id", "valueString": "00100020", "extension": [ { "url": "byte-start", "valueDecimal": 0 }, { "url": "byte-end", "valueDecimal": 4 }, { "url": "finding-infotype", "valueString": "GENERIC_ID" }, { "url": "text-original", "valueString": "1234" }, { "url": "text-replaced", "valueString": "GENERIC_ID" } ] } ] } ] } ] } } ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir" | Select-Object -Expand ContentVocê receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Criar um recurso SearchParameter na imagem DICOM de origem.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "resourceType": "SearchParameter", "url": "lookup-source-instance", "base": ["Provenance"], "code": "lookup-source-instance", "name": "look up the source DICOM instance", "type": "string", "expression": "Provenance.entity.what.identifier.value", "status": "active", "description": "A search on the source DICOM instance" } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/SearchParameter" | Select-Object -Expand ContentVocê receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Ativar o recurso SearchParameter personalizado no armazenamento FHIR.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Solicitar corpo JSON:
{ "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] }
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } EOF
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/fhir+json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch"PowerShell
Salve o corpo da solicitação em um arquivo chamado
request.json
. Execute o comando a seguir no terminal para criar ou substituir esse arquivo no diretório atual:@' { "canonicalUrls": [ "lookup-source-instance" ] } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Depois execute o comando a seguir para enviar a solicitação REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/fhir+json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID:configureSearch" | Select-Object -Expand ContentVeja o status da operação.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: o ID do projeto do Google Cloud
- LOCATION: o local do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados em que a operação de pesquisa personalizada está em execução.
- OPERATION_ID: o ID da operação de pesquisa personalizada.
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentAPIs Explorer
Abra a página de referência do método. O painel "APIs Explorer" é aberto no lado direito da página. Interaja com essa ferramenta para enviar solicitações. Preencha todos os campos obrigatórios e clique em Executar.
Você receberá uma resposta JSON semelhante a esta:
Consultar o recurso de procedência usando o parâmetro de pesquisa de imagem DICOM de origem.
Antes de usar os dados da solicitação, faça as substituições a seguir:
- PROJECT_ID: é o ID do projeto do Google Cloud.
- LOCATION: o local do conjunto de dados pai
- DATASET_ID: o conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR
- OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID: o ID do armazenamento FHIR que contém os metadados
Para enviar a solicitação, escolha uma destas opções:
curl
O exemplo a seguir usa a consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4
, que retorna informações sobre a instância que contémstudies/1/series/2/instances/4
no identificador.execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/OPERATION_METADATA_FHIR_STORE_ID/fhir/Provenance?lookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4"PowerShell
O exemplo a seguir usa a consultalookup-source-instance:contains=studies/1/series/2/instances/4
, que retorna informações sobre a instância que contémstudies/1/series/2/instances/4
no identificador.execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
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Exportar e consultar o repositório FHIR de metadados de operação
No exemplo a seguir, mostramos como exportar os metadados da operação de desidentificação no armazenamento FHIR para o BigQuery e consultar os dados exportados para dados PHI processados por OCR. Os dados gerados são compatíveis apenas com
LOSSLESS
ou ANALYTICS_V2
SchemaType
.
Exportar os metadados no armazenamento FHIR para um conjunto de dados do BigQuery.
Os metadados são exportados para uma tabela chamada
Provenance
no conjunto de dados selecionado do BigQuery.Acessar a página do BigQuery.
No painel Explorer, siga estas etapas:
- Selecione seu projeto do Google Cloud.
- Selecione o conjunto de dados do BigQuery para onde você exportou os metadados DICOM.
- Selecione a tabela Procedance.
Clique em
Escrever nova consulta.Execute esta consulta:
SELECT what.identifier.value AS Source, target[OFFSET(0)].identifier.value AS Destination, `left` AS `Left`, `right` AS `Right`, top AS Top, bottom AS Bottom, quote AS Quote, infoType AS InfoType, confidence AS Confidence FROM `PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET.Provenance`, UNNEST(entity), UNNEST(dicom_images), UNNEST(frame_index) LIMIT 10
Substitua:
- PROJECT_ID: o ID do seu projeto do Google Cloud;
- BIGQUERY_DATASET: o conjunto de dados do BigQuery em que você exportou os metadados do armazenamento FHIR
Clique em
Executar.Os resultados da consulta mostram os metadados dos dados PHI desidentificados em formato tabular. Se você não especificar uma tabela de destino, o job de consulta gravará a saída em uma tabela temporária (cache).
Cota
Gravar metadados de operação de desidentificação em um armazenamento FHIR consome
fhir_write_ops
cotas no projeto em que os metadados da operação são gravados.
Um recurso FHIR é criado para cada instância DICOM. Portanto, a
capacidade da operação de desidentificação não pode ser maior do que sua
cota FHIR permite.
Faturamento
Cada recurso de procedência criado no armazenamento FHIR de metadados de operação gera uma cobrança para chamar fhir.update
.
O número de chamadas de API para fhir.update
pode ser calculado como:
Total number of DICOM instances de-identified + 1
.
A seguir
- Saiba como exportar os recursos FHIR para o BigQuery para exploração e análise.
- Saiba como fazer streaming de alterações de recursos do FHIR para o BigQuery para sincronizar os dados em um armazenamento de FHIR com um conjunto de dados do BigQuery quase em tempo real.