In questa pagina viene spiegato come esportare le istanze DICOM da Cloud Storage e come importarvi oggetti DICOM. Un'istanza DICOM è generalmente un'immagine, ma può un altro tipo di dati permanenti, ad esempio i report strutturati. Un oggetto DICOM Cloud Storage è un'istanza DICOM che risiede di archiviazione ideale in Cloud Storage. Per saperne di più, consulta Cloud Storage.
Impostazione delle autorizzazioni Cloud Storage
Prima di esportare e importare i dati DICOM da e verso Cloud Storage, devi concedere autorizzazioni aggiuntive all'interfaccia Agente di servizio Healthcare account di servizio. Per ulteriori informazioni, vedi Autorizzazioni Cloud Storage per gli archivi DICOM.
Importazione degli oggetti DICOM
Per importare diversi file di istanza DICOM in un archivio DICOM, puoi utilizza uno dei seguenti metodi:
- In modo programmatico Archiviare i dati direttamente in un archivio DICOM dalla tua macchina locale utilizzando Transazione in negozio Servizio web RESTful implementato nell'API Cloud Healthcare.
- Carica i dati DICOM in un bucket Cloud Storage e poi importa i file in un archivio DICOM utilizzando una singola operazione di importazione, come spiegato in questa sezione.
Gli esempi riportati di seguito mostrano come importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage.
Console
Per importare oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, completa i seguenti passaggi:
- Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Vai a Set di dati - Fai clic sul set di dati che contiene l'archivio DICOM a cui sei importando gli oggetti DICOM.
- Nell'elenco di datastore, scegli Importa dall'elenco Azioni per l'archivio DICOM.
Viene visualizzata la pagina Importa nell'archivio DICOM. - Nell'elenco Progetto, seleziona un progetto Cloud Storage.
- Nell'elenco Località, seleziona un bucket Cloud Storage.
- Per impostare una posizione specifica per l'importazione dei file:
- Espandi Opzioni avanzate.
- Seleziona Override del percorso di Cloud Storage.
- Per impostare un'origine specifica per l'importazione dei file, definisci il percorso
utilizzando le seguenti variabili nella casella di testo Posizione:
*
: trova caratteri non separatori.**
: trova caratteri, inclusi i separatori. Può essere utilizzata con un'estensione di nome file per trovare corrispondenze di tutti i file di sono dello stesso tipo.?
: corrisponde a 1 carattere.
- Fai clic su Importa per importare gli oggetti DICOM dall'origine definita.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Dopo l'operazione
vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato dell'operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto la Intestazione OK.
- La sezione Panoramica ha un segno di spunta verde e un indicatore OK. nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, utilizza
gcloud healthcare dicom-stores import gcs
. Specifica il nome del set di dati padre, il nome dell'archivio DICOM,
e la posizione dell'oggetto in un bucket Cloud Storage.
- La posizione dei file nel bucket è arbitraria e non deve necessariamente corrispondere esattamente al formato specificato nel seguente esempio.
- Quando specifichi la posizione degli oggetti DICOM in Cloud Storage,
puoi utilizzare caratteri jolly per importare più file da una o più directory.
Sono supportati i seguenti caratteri jolly:
- Utilizza
*
per trovare una corrispondenza con 0 o più caratteri non separatori. Ad esempio:gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corrisponde a Example.dcm ed Example22.dcm in DIRECTORY. - Utilizza
**
per trovare una corrispondenza con 0 o più caratteri (inclusi i separatori). Deve essere utilizzato in alla fine di un percorso e senza altri caratteri jolly nel percorso. Si possono usare anche con un'estensione di nome file (come .dcm), che importa tutti i file con l'estensione del nome file nella directory specificata e nelle relative sottodirectory. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa tutti i file con l'estensione .dcm del nome file in DIRECTORY e nelle relative sottodirectory. - Usa
?
per trovare una corrispondenza con 1 carattere. Ad esempio:gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corrispondenze Esempio1.dcm ma non corrisponde a Esempio.dcm o Esempio01.dcm.
- Utilizza
L'esempio seguente mostra come importare gli oggetti DICOM da un nel bucket Cloud Storage.
gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/DICOM_INSTANCE.dcm
La riga di comando mostra l'ID operazione:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Al termine del comando, la risposta include done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ImportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Per importare gli oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
- La posizione dei file all'interno del bucket può variare e non è necessario corrispondano al formato specificato nei seguenti esempi.
- Quando specifichi la posizione degli oggetti DICOM in Cloud Storage,
utilizzare caratteri jolly per importare più file da una o più directory.
Sono supportati i seguenti caratteri jolly:
- Utilizza
*
per trovare una corrispondenza con 0 o più caratteri non separatori. Ad esempio:gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corrisponde a Example.dcm ed Example22.dcm in DIRECTORY. - Utilizza
**
per trovare una corrispondenza con 0 o più caratteri (inclusi i separatori). Deve essere utilizzato in alla fine di un percorso e senza altri caratteri jolly nel percorso. Si possono usare anche con un'estensione di nome file (come .dcm), che importa tutti i file con l'estensione del nome file nella directory specificata e nelle relative sottodirectory. Ad esempio,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa tutti i file con l'estensione .dcm del nome file in DIRECTORY e nelle relative sottodirectory. - Usa
?
per trovare una corrispondenza con 1 carattere. Ad esempio:gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corrispondenze Esempio1.dcm ma non corrisponde a Esempio.dcm o Esempio01.dcm.
- Utilizza
REST
Importa l'oggetto DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
PROJECT_ID
: l'ID del tuo progetto Google CloudLOCATION
: la posizione del set di datiDATASET_ID
: set di dati padre dell'archivio DICOMDICOM_STORE_ID
: l'ID datastore DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: il percorso dell'oggetto DICOM in Cloud Storage
Corpo JSON della richiesta:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } EOF
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentVisualizza lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: set di dati padre dell'archivio DICOM
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Go
Java
Node.js
Python
Per recuperare una singola istanza o studio da un archivio DICOM, recuperare dati DICOM utilizzando il pulsante Recupera transazione Servizio web RESTful implementato nell'API Cloud Healthcare.
Specifica una classe di archiviazione per importare gli oggetti DICOM (anteprima)
Per impostazione predefinita, il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.import
importa
a un archivio DICOM con una classe di archiviazione standard. Puoi impostare
di archiviazione quando si importano gli oggetti DICOM da Cloud Storage.
Per ulteriori informazioni, vedi
Modifica la classe di archiviazione DICOM.
I seguenti esempi mostrano come specificare la classe di archiviazione durante l'importazione Oggetti DICOM da Cloud Storage.
REST
Utilizza la projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
Importa l'oggetto DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
PROJECT_ID
: l'ID del tuo progetto Google CloudLOCATION
: la posizione del set di datiDATASET_ID
: set di dati padre dell'archivio DICOMDICOM_STORE_ID
: l'ID datastore DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: il percorso dell'oggetto DICOM in Cloud StorageSTORAGE_CLASS
: la classe di archiviazione per l'oggetto DICOM nell'archivio DICOM daSTANDARD
,NEARLINE
,COLDLINE
eARCHIVE
Corpo JSON della richiesta:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } EOF
Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi, esegui il seguente comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentVisualizza lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: set di dati padre dell'archivio DICOM
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
curl
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Risoluzione dei problemi delle richieste di importazione DICOM
Se si verificano errori durante una richiesta di importazione DICOM, gli errori vengono registrati Cloud Logging. Per ulteriori informazioni, vedi Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Esportazione delle istanze DICOM
Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage. Questa operazione prevede l'esportazione di tutte le istanze nell'archivio DICOM.
Console
Per esportare le istanze DICOM in Cloud Storage, completa i seguenti passaggi:
- Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Vai a Set di dati - Fai clic sul set di dati che contiene l'archivio DICOM da cui esportando le istanze DICOM.
- Nell'elenco dei datastore, scegli Esporta dal menu a discesa Azioni. per l'archivio DICOM.
- Nella pagina Esporta archivio DICOM che viene visualizzata, seleziona Bucket Google Cloud Storage.
- Nell'elenco Progetto, seleziona un progetto Cloud Storage.
- Nell'elenco Località, seleziona un bucket Cloud Storage.
- In Impostazioni di esportazione DICOM, seleziona il tipo di file utilizzato per esportare le istanze DICOM. Sono disponibili i seguenti tipi:
- File DICOM (
.dcm
) - octet-stream
- Immagine (
.jpg
,.png
)
- File DICOM (
- Per definire una sintassi di trasferimento aggiuntiva, scegli la sintassi dall'elenco Sintassi di trasferimento.
- Fai clic su Esporta per esportare le istanze DICOM nella posizione definita. in Cloud Storage.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Dopo l'operazione
vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato dell'operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto la Intestazione OK.
- La sezione Panoramica ha un segno di spunta verde e un indicatore OK. nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage, utilizza
gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
- Indica il nome del set di dati padre, il nome dell'archivio DICOM e nel bucket Cloud Storage di destinazione.
- Scrivi in un bucket o in una directory Cloud Storage, anziché in un oggetto,
poiché l'API Cloud Healthcare crea un file
.dcm
per ogni oggetto. - Se il comando specifica una directory che non esiste, la directory viene creato.
L'esempio seguente mostra il comando gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
gcloud healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://BUCKET/DIRECTORY
La riga di comando visualizza l'ID operazione:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Al termine del comando, la risposta include done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Per esportare le istanze DICOM in un bucket Cloud Storage, utilizza
projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
- di scrivere in un bucket o in una directory Cloud Storage, anziché in un oggetto, perché
l'API Cloud Healthcare crea un file
.dcm
per ogni oggetto DICOM. - Se il comando specifica una directory che non esiste, la directory viene creato.
curl
Per esportare le istanze DICOM, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la località del set di dati padre
- Nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
L'esempio seguente mostra una richiesta POST
che utilizza curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se la richiesta riesce, il server restituisce la risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Per monitorare lo stato dell'operazione,
utilizza il
metodo Operation get
:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
Se la richiesta riesce, il server restituisce una risposta con lo stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES } }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Per esportare le istanze DICOM, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la località del set di dati padre
- Nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
L'esempio seguente mostra una richiesta POST
mediante Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta riesce, il server restituisce la risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Per monitorare lo stato dell'operazione,
utilizza la
Metodo dell'operazione get
:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta riesce, il server restituisce una risposta con lo stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES }, }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Go
Java
Node.js
Python
esportazione DICOM istanze utilizzando filtri
Per impostazione predefinita, quando esporti i file DICOM in Cloud Storage vengono esportati tutti i file DICOM nell'archivio DICOM. Analogamente, quando esporti i metadati DICOM in BigQuery, vengono esportati i metadati di tutti i dati DICOM nell'archivio DICOM.
Puoi esportare un sottoinsieme di dati o metadati DICOM utilizzando un file di filtro.
Configurare un file di filtro
- Ogni riga nel file filtro definisce lo studio, la serie o l'istanza e
utilizza il formato
/studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID/instances/INSTANCE_UID
. - Puoi troncare una riga per specificare il livello a cui funziona il filtro.
Ad esempio, puoi selezionare un intero studio specificando
/studies/STUDY_INSTANCE_UID
, oppure puoi selezionare un intere serie specificando/studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID
.
Considera il seguente file di filtro:
/studies/1.123.456.789 /studies/1.666.333.111/series/123.456 /studies/1.666.333.111/series/567.890 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/111 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/222 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/333
Questo file di filtro di esempio si applica a quanto segue:
- L'intero studio con l'UID dell'istanza di studio
1.123.456.789
- Due serie separate con UID di istanze di serie come
123.456
e567.890
nello studio1.666.333.111
- Tre singole istanze con ID istanza come
111
,222
e333
nel studio1.888.999.222
e serie123.456
Creare un file di filtro utilizzando BigQuery
Per creare un file di filtro utilizzando BigQuery, devi prima esportare i metadati dell'archivio DICOM in BigQuery. I metadati esportati mostra gli UID di studio, serie e istanza dei dati DICOM nel .
Dopo aver esportato i metadati, completa i seguenti passaggi:
Esegui una query per restituire gli UID dello studio, della serie e delle istanze che da aggiungere al file di filtro.
Ad esempio, la seguente query mostra come concatenare lo studio, la serie e UID dell'istanza in modo che corrispondano ai requisiti del formato file del filtro:
SELECT CONCAT ('/studies/', StudyInstanceUID, '/series/', SeriesInstanceUID, '/instances/', SOPInstanceUID) FROM [PROJECT_ID:BIGQUERY_DATASET.BIGQUERY_TABLE]
(Facoltativo) Se la query restituisce un set di risultati di grandi dimensioni che supera il dimensione massima della risposta, salvare i risultati della query in una nuova tabella di destinazione in BigQuery.
Salva i risultati della query in un ed esportarlo in Cloud Storage. Se hai salvato i risultati della query a una nuova tabella di destinazione nel Passaggio 2, consulta Esportazione dei dati della tabella per esportare i dati della tabella in Cloud Storage.
Modifica il file esportato in base alle necessità e includilo nella richiesta per cambiare la classe di archiviazione di più oggetti DICOM.
Creare manualmente un file di filtro
Per creare manualmente un file di filtro:
- Crea un file di filtro contenente gli oggetti DICOM su cui stai filtrando.
- Carica il file del filtro in Cloud Storage. Per istruzioni, vedi Carica oggetti da un file system.
Passaggio nel file di filtro
Dopo aver creato un file di filtro, chiama l'operazione di esportazione DICOM e invia il file di filtro utilizzando l'API REST. I seguenti esempi mostrano come per esportare i dati DICOM utilizzando un filtro.
gcloud
Per esportare i metadati DICOM in Cloud Storage utilizzando un filtro, utilizza
gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs
:
gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY \ --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE
Sostituisci quanto segue:
- DICOM_STORE_ID: l'identificatore dell'archivio DICOM
- DATASET_ID: il nome del set di dati padre dell'archivio DICOM
- LOCATION: la posizione del set di dati principale dell'archivio DICOM
- DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY: il bucket Cloud Storage di destinazione
- BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE: la posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
L'output è il seguente:
Request issued for: [DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID
Per visualizzare lo stato dell'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci OPERATION_ID dalla risposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Sostituisci quanto segue:
- OPERATION_ID: il numero ID restituito dalla risposta precedente
- DATASET_ID: il nome del set di dati padre dell'archivio DICOM
- LOCATION: la posizione del set di dati principale dell'archivio DICOM
L'output è il seguente:
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: 'CREATE_TIME' endTime: 'END_TIME' logsUrl: 'https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL' name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': '...'
API
Per esportare i dati DICOM utilizzando un filtro, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
curl
Per esportare i dati DICOM utilizzando un file filtro, effettua una richiesta POST
e fornisci le seguenti informazioni:
- Il nome e la località del set di dati padre
- Nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
- La posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
L'esempio seguente mostra una richiesta POST
che utilizza curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta in JSON formato:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Utilizza la
Metodo dell'operazione get
per monitorare lo stato dell'operazione:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME"
Se la richiesta riesce, il server restituisce la seguente risposta in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Per esportare i dati DICOM utilizzando un file di filtro, effettua una richiesta POST
e fornisci il metodo
le seguenti informazioni:
- Il nome e la località del set di dati padre
- Nome dell'archivio DICOM
- Il bucket Cloud Storage di destinazione
- La posizione del file del filtro in un bucket Cloud Storage
L'esempio seguente mostra una richiesta POST
mediante Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta in JSON formato:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
La risposta contiene il nome di un'operazione. Utilizza la
Metodo dell'operazione get
per monitorare lo stato dell'operazione:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME" | Select-Object -Expand Content
Se la richiesta ha esito positivo, il server restituisce la seguente risposta con stato dell'operazione in formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Risoluzione dei problemi delle richieste di esportazione DICOM
Se si verificano errori durante una richiesta di esportazione DICOM, gli errori vengono registrati Cloud Logging. Per ulteriori informazioni, vedi Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.
Se l'intera operazione restituisce un errore, consulta la sezione Risoluzione dei problemi relativi alle operazioni a lunga esecuzione.