Esta página explica como exportar instâncias DICOM para o Cloud Storage e importar objetos DICOM do mesmo. Normalmente, uma instância DICOM é uma imagem, mas pode ser outro tipo de dados persistentes, como um relatório estruturado. Um objeto DICOM no Cloud Storage é uma instância DICOM residente no Cloud Storage. Para mais informações, consulte o artigo Cloud Storage.
Definir autorizações do Cloud Storage
Antes de exportar e importar dados DICOM para e a partir do Cloud Storage, tem de conceder autorizações adicionais à conta de serviço do agente do serviço Google Cloud Healthcare. Para mais informações, consulte o artigo Autorizações do Cloud Storage para a loja DICOM.
Importar objetos DICOM
Para importar vários ficheiros de instâncias DICOM para um arquivo DICOM, pode usar qualquer um dos seguintes métodos:
- Armazenar os dados diretamente numa loja DICOM a partir da sua máquina local através do serviço Web RESTful Store Transaction conforme implementado na Cloud Healthcare API.
- Carregue os dados DICOM num contentor do Cloud Storage e, em seguida, importe os ficheiros para um arquivo DICOM através de uma única operação de importação conforme explicado nesta secção.
Os exemplos seguintes mostram como importar objetos DICOM de um contentor do Cloud Storage.
Consola
Para importar objetos DICOM de um contentor do Cloud Storage, conclua os seguintes passos:
- Na Google Cloud consola, aceda à página Conjuntos de dados.
Aceder a conjuntos de dados - Clique no conjunto de dados que contém o arquivo DICOM para o qual está a importar objetos DICOM.
- Na lista de arquivos de dados, escolha Importar na lista Ações
para o arquivo DICOM.
É apresentada a página Importar para o arquivo DICOM. - Na lista Projeto, selecione um projeto do Cloud Storage.
- Na lista Localização, selecione um contentor do Cloud Storage.
- Para definir uma localização específica para importar ficheiros, faça o seguinte:
- Expanda Opções avançadas.
- Selecione Substituir caminho do Cloud Storage.
- Para definir uma origem específica para importar ficheiros, defina o caminho
usando as seguintes variáveis na caixa de texto Localização:
*
: corresponde a carateres que não são separadores.**
: corresponde a carateres, incluindo separadores. Pode ser usado com uma extensão de nome de ficheiro para corresponder a todos os ficheiros do mesmo tipo.?
: corresponde a 1 caráter.
- Clique em Importar para importar objetos DICOM da origem definida.
- Para acompanhar o estado da operação, clique no separador Operações. Após a conclusão da operação, são apresentadas as seguintes indicações:
- A secção Estado da operação de longa duração tem uma marca de verificação verde no cabeçalho OK.
- A secção Vista geral tem uma marca de verificação verde e um indicador OK na mesma linha que o ID da operação.
gcloud
Para importar objetos DICOM de um contentor do Cloud Storage, use o comando
gcloud healthcare dicom-stores import gcs
. Especifique o nome do conjunto de dados principal, o nome do arquivo DICOM e a localização do objeto num contentor do Cloud Storage.
- A localização dos ficheiros no contentor é arbitrária e não tem de seguir exatamente o formato especificado no exemplo seguinte.
- Quando especifica a localização dos objetos DICOM no Cloud Storage, pode usar carateres universais para importar vários ficheiros de um ou mais diretórios.
Os seguintes carateres universais são suportados:
- Use
*
para corresponder a 0 ou mais carateres não separadores. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corresponde a Example.dcm e Example22.dcm em DIRECTORY. - Use
**
para representar 0 ou mais carateres (incluindo separadores). Tem de ser usado no final de um caminho e sem outros carateres universais no caminho. Também pode ser usado com uma extensão de nome de ficheiro (como .dcm), que importa todos os ficheiros com a extensão de nome de ficheiro no diretório especificado e respetivos subdiretórios. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa todos os ficheiros com a extensão do nome de ficheiro .dcm em DIRECTORY e respetivas subdiretorias. - Use
?
para corresponder a 1 caráter. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corresponde a Example1.dcm, mas não corresponde a Example.dcm nem a Example01.dcm.
- Use
O exemplo seguinte mostra como importar objetos DICOM de um contentor do Cloud Storage.
gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/DICOM_INSTANCE.dcm
A linha de comandos apresenta o ID da operação:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Para ver o estado da operação, execute o comando
gcloud healthcare operations describe
e indique OPERATION_ID da resposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Após a conclusão do comando, a resposta inclui done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ImportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Para importar objetos DICOM de um contentor do Cloud Storage, use o método projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
- A localização dos ficheiros no contentor pode variar e não tem de corresponder ao formato especificado nos exemplos seguintes.
- Quando especificar a localização dos objetos DICOM no Cloud Storage,
use carateres universais para importar vários ficheiros de um ou mais diretórios.
Os seguintes carateres universais são suportados:
- Use
*
para corresponder a 0 ou mais carateres não separadores. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.dcm
corresponde a Example.dcm e Example22.dcm em DIRECTORY. - Use
**
para representar 0 ou mais carateres (incluindo separadores). Tem de ser usado no final de um caminho e sem outros carateres universais no caminho. Também pode ser usado com uma extensão de nome de ficheiro (como .dcm), que importa todos os ficheiros com a extensão de nome de ficheiro no diretório especificado e respetivos subdiretórios. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/**.dcm
importa todos os ficheiros com a extensão do nome de ficheiro .dcm em DIRECTORY e respetivas subdiretorias. - Use
?
para corresponder a 1 caráter. Por exemplo,gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.dcm
corresponde a Example1.dcm, mas não corresponde a Example.dcm nem a Example01.dcm.
- Use
REST
Importe o objeto DICOM.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
PROJECT_ID
: o ID do seu Google Cloud projetoLOCATION
: a localização do conjunto de dadosDATASET_ID
: o conjunto de dados principal do arquivo DICOMDICOM_STORE_ID
: o ID da loja DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: o caminho para o objeto DICOM no Cloud Storage
Corpo JSON do pedido:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } }
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json
. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } EOF
Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json
. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentObtenha o estado da operação de execução longa.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do arquivo DICOM
- OPERATION_ID: o ID devolvido pela operação de longa duração
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Go
Java
Node.js
Python
Para obter uma única instância ou estudo de um arquivo DICOM, obtenha dados DICOM usando o serviço Web RESTful de transação de obtenção conforme implementado na Cloud Healthcare API.
Especifique uma classe de armazenamento para importar objetos DICOM (pré-visualização)
Por predefinição, o método projects.locations.datasets.dicomStores.import
importa um objeto DICOM para um arquivo DICOM com uma classe de armazenamento padrão. Pode definir a classe de armazenamento quando importa objetos DICOM do Cloud Storage.
Para mais informações, consulte o artigo
Altere a classe de armazenamento DICOM.
Os exemplos seguintes mostram como especificar a classe de armazenamento quando importa objetos DICOM do Cloud Storage.
REST
Use o método projects.locations.datasets.dicomStores.import
.
Importe o objeto DICOM.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
PROJECT_ID
: o ID do seu Google Cloud projetoLOCATION
: a localização do conjunto de dadosDATASET_ID
: o conjunto de dados principal do arquivo DICOMDICOM_STORE_ID
: o ID da loja DICOMBUCKET/PATH/TO/FILE
: o caminho para o objeto DICOM no Cloud StorageSTORAGE_CLASS
: a classe de armazenamento do objeto DICOM no arquivo DICOM deSTANDARD
,NEARLINE
,COLDLINE
eARCHIVE
Corpo JSON do pedido:
{ "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } }
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json
. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:cat > request.json << 'EOF' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } EOF
Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import"PowerShell
Guarde o corpo do pedido num ficheiro denominado
request.json
. Execute o seguinte comando no terminal para criar ou substituir este ficheiro no diretório atual:@' { "gcsSource": { "uri": "gs://BUCKET/PATH/TO/FILE.dcm" }, "blob_storage_settings": { "blob_storage_class": "STORAGE_CLASS" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Em seguida, execute o seguinte comando para enviar o seu pedido REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand ContentObtenha o estado da operação de execução longa.
Antes de usar qualquer um dos dados do pedido, faça as seguintes substituições:
- PROJECT_ID: o ID do seu Google Cloud projeto
- LOCATION: a localização do conjunto de dados
- DATASET_ID: o conjunto de dados principal do arquivo DICOM
- OPERATION_ID: o ID devolvido pela operação de longa duração
Para enviar o seu pedido, escolha uma destas opções:
curl
Execute o seguinte comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Execute o seguinte comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Resolução de problemas de pedidos de importação de DICOM
Se ocorrerem erros durante um pedido de importação DICOM, os erros são registados no Cloud Logging. Para mais informações, consulte o artigo Ver registos de erros nos Registos na nuvem.
Exportar instâncias DICOM
Os exemplos seguintes mostram como exportar instâncias DICOM para um contentor do Cloud Storage. Quando exporta instâncias DICOM de um arquivo DICOM, todas as instâncias no arquivo são exportadas.
Consola
Para exportar instâncias DICOM para o Cloud Storage, conclua os seguintes passos:
- Na Google Cloud consola, aceda à página Conjuntos de dados.
Aceder a conjuntos de dados - Clique no conjunto de dados que contém o arquivo DICOM a partir do qual está a exportar instâncias DICOM.
- Na lista de arquivos de dados, escolha Exportar na lista Ações para o arquivo DICOM.
- Na página Exportar DICOM Store apresentada, selecione Contentor do Google Cloud Storage.
- Na lista Projeto, selecione um projeto do Cloud Storage.
- Na lista Localização, selecione um contentor do Cloud Storage.
- Em Definições de exportação DICOM, selecione o tipo de ficheiro usado para exportar
as instâncias DICOM. Estão disponíveis os seguintes tipos:
- Ficheiro DICOM (
.dcm
) - octet-stream
- Imagem (
.jpg
,.png
)
- Ficheiro DICOM (
- Para definir uma sintaxe de transferência adicional, escolha a sintaxe na lista Sintaxe de transferência.
- Clique em Exportar para exportar instâncias DICOM para a localização definida no Cloud Storage.
- Para acompanhar o estado da operação, clique no separador Operações. Após a conclusão da operação, são apresentadas as seguintes indicações:
- A secção Estado da operação de longa duração tem uma marca de verificação verde no cabeçalho OK.
- A secção Vista geral tem uma marca de verificação verde e um indicador OK na mesma linha que o ID da operação.
gcloud
Para exportar instâncias DICOM para um contentor do Cloud Storage, use o comando
gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
- Indique o nome do conjunto de dados principal, o nome do arquivo DICOM e o contentor do Cloud Storage de destino.
- Escreva num diretório ou num contentor do Cloud Storage, em vez de num objeto, porque a Cloud Healthcare API cria um ficheiro
.dcm
para cada objeto. - Se o comando especificar um diretório que não existe, o diretório é criado.
O exemplo seguinte mostra o comando gcloud healthcare dicom-stores export gcs
.
gcloud healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://BUCKET/DIRECTORY
A linha de comandos apresenta o ID da operação:
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Para ver o estado da operação, execute o comando
gcloud healthcare operations describe
e indique OPERATION_ID da resposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Após a conclusão do comando, a resposta inclui done: true
.
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: "CREATE_TIME" endTime: "END_TIME" name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': "..."
API
Para exportar instâncias DICOM para um contentor do Cloud Storage, use o método projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
- Escreva num diretório ou num contentor do Cloud Storage, em vez de num objeto, porque
a Cloud Healthcare API cria um ficheiro
.dcm
para cada objeto DICOM. - Se o comando especificar um diretório que não existe, o diretório é criado.
curl
Para exportar instâncias DICOM, faça um pedido POST
e faculte as seguintes informações:
- O nome e a localização do conjunto de dados principal
- O nome do arquivo DICOM
- O contentor de destino do Cloud Storage
O exemplo seguinte mostra um pedido POST
através de curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a resposta no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
A resposta contém um nome de operação. Para acompanhar o estado da operação,
use o método
Operation get
:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve uma resposta com o estado da operação no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES } }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Para exportar instâncias DICOM, faça um pedido POST
e faculte as seguintes informações:
- O nome e a localização do conjunto de dados principal
- O nome do arquivo DICOM
- O contentor de destino do Cloud Storage
O exemplo seguinte mostra um pedido POST
através do Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' } }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a resposta no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
A resposta contém um nome de operação. Para acompanhar o estado da operação,
use o método
Operation get
:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve uma resposta com o estado da operação no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME", "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL", "counter":{ "success": SUCCESSFUL_INSTANCES "failure": FAILED_INSTANCES }, }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Go
Java
Node.js
Python
Exportar instâncias DICOM através de filtros
Por predefinição, quando exporta ficheiros DICOM para o Cloud Storage, todos os ficheiros DICOM na loja DICOM são exportados. Da mesma forma, quando exporta metadados DICOM para o BigQuery, os metadados de todos os dados DICOM no arquivo DICOM são exportados.
Pode exportar um subconjunto de dados ou metadados DICOM através de um ficheiro de filtro.
Configure um ficheiro de filtro
- Cada linha no ficheiro de filtros define o estudo, a série ou a instância e usa o formato
/studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID/instances/INSTANCE_UID
. - Pode truncar uma linha para especificar o nível em que o filtro funciona.
Por exemplo, pode selecionar um estudo completo especificando
/studies/STUDY_INSTANCE_UID
ou pode selecionar uma série completa especificando/studies/STUDY_INSTANCE_UID/series/SERIES_INSTANCE_UID
.
Considere o seguinte ficheiro de filtro:
/studies/1.123.456.789 /studies/1.666.333.111/series/123.456 /studies/1.666.333.111/series/567.890 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/111 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/222 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/333
Este ficheiro de filtro de exemplo aplica-se ao seguinte:
- Todo o estudo com o UID da instância do estudo como
1.123.456.789
- Duas séries separadas com UIDs de instância de série como
123.456
e567.890
no estudo1.666.333.111
- Três instâncias individuais com IDs de instância como
111
,222
e333
no estudo1.888.999.222
e na série123.456
Crie um ficheiro de filtro com o BigQuery
Para criar um ficheiro de filtros com o BigQuery, tem de exportar primeiro os metadados do seu arquivo DICOM para o BigQuery. Os metadados exportados mostram os UIDs de estudo, série e instância dos dados DICOM no seu arquivo DICOM.
Depois de exportar os metadados, conclua os seguintes passos:
Execute uma consulta para devolver os UIDs do estudo, da série e das instâncias que quer adicionar ao ficheiro de filtros.
Por exemplo, a consulta seguinte mostra como concatenar os UIDs do estudo, da série e da instância para corresponder aos requisitos do formato de ficheiro de filtro:
SELECT CONCAT ('/studies/', StudyInstanceUID, '/series/', SeriesInstanceUID, '/instances/', SOPInstanceUID) FROM [PROJECT_ID:BIGQUERY_DATASET.BIGQUERY_TABLE]
Opcional: se a consulta devolver um conjunto de resultados grande que exceda o tamanho máximo da resposta, guarde os resultados da consulta numa nova tabela de destino no BigQuery.
Guarde os resultados da consulta num ficheiro e exporte-o para o Cloud Storage. Se guardou os resultados da consulta numa nova tabela de destino no passo 2, consulte Exportar dados da tabela para exportar o conteúdo da tabela para o Cloud Storage.
Edite o ficheiro exportado conforme necessário e inclua-o no seu pedido para alterar a classe de armazenamento de vários objetos DICOM.
Crie um ficheiro de filtro manualmente
Para criar um ficheiro de filtro manualmente, faça o seguinte:
- Crie um ficheiro de filtro que contenha os objetos DICOM nos quais está a aplicar o filtro.
- Carregue o ficheiro de filtro para o Cloud Storage. Para ver instruções, consulte o artigo Carregue objetos a partir de um sistema de ficheiros.
Aprovado no ficheiro de filtro
Depois de criar um ficheiro de filtro, chame a operação de exportação DICOM e transmita o ficheiro de filtro através da API REST. Os exemplos seguintes mostram como exportar dados DICOM através de um filtro.
gcloud
Para exportar metadados DICOM para o Cloud Storage através de um filtro, use o comando
gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs
:
gcloud beta healthcare dicom-stores export gcs DICOM_STORE_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION \ --gcs-uri-prefix=gs://DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY \ --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE
Substitua o seguinte:
- DICOM_STORE_ID: o identificador da loja DICOM
- DATASET_ID: o nome do conjunto de dados principal do arquivo DICOM
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal do arquivo DICOM
- DESTINATION_BUCKET/DIRECTORY: o contentor de destino do Cloud Storage
- BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE: a localização do ficheiro de filtro num contentor do Cloud Storage
O resultado é o seguinte:
Request issued for: [DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID
Para ver o estado da operação, execute o comando
gcloud healthcare operations describe
e indique OPERATION_ID da resposta:
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID
Substitua o seguinte:
- OPERATION_ID: o número de ID devolvido pela resposta anterior
- DATASET_ID: o nome do conjunto de dados principal do arquivo DICOM
- LOCATION: a localização do conjunto de dados principal do arquivo DICOM
O resultado é o seguinte:
done: true metadata: '@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData counter: success: SUCCESSFUL_INSTANCES failure: FAILED_INSTANCES createTime: 'CREATE_TIME' endTime: 'END_TIME' logsUrl: 'https://console.cloud.google.com/logs/query/CLOUD_LOGGING_URL' name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID response: '@type': '...'
API
Para exportar dados DICOM através de um filtro, use o método projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
curl
Para exportar dados DICOM através de um ficheiro de filtro, faça um pedido POST
e faculte as seguintes informações:
- O nome e a localização do conjunto de dados principal
- O nome do arquivo DICOM
- O contentor de destino do Cloud Storage
- A localização do ficheiro de filtro num contentor do Cloud Storage
O exemplo seguinte mostra um pedido POST
através de curl
.
curl -X POST \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \ --data "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' } }" "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a seguinte resposta no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
A resposta contém um nome de operação. Use o
método get
Operation
para acompanhar o estado da operação:
curl -X GET \ -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \ "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME"
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a seguinte resposta no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
PowerShell
Para exportar dados DICOM através de um ficheiro de filtro, faça um pedido POST
e faculte as seguintes informações:
- O nome e a localização do conjunto de dados principal
- O nome do arquivo DICOM
- O contentor de destino do Cloud Storage
- A localização do ficheiro de filtro num contentor do Cloud Storage
O exemplo seguinte mostra um pedido POST
através do Windows PowerShell.
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Post ` -Headers $headers ` -ContentType: "application/json; charset=utf-8" ` -Body "{ 'gcsDestination': { 'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY' }, 'filterConfig': { 'resourcePathsGcsUri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FILTER_FILE' }" ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a seguinte resposta no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" }
A resposta contém um nome de operação. Use o
método get
Operation
para acompanhar o estado da operação:
$cred = gcloud auth application-default print-access-token $headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" } Invoke-WebRequest ` -Method Get ` -Headers $headers ` -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1beta1/projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_NAME" | Select-Object -Expand Content
Se o pedido for bem-sucedido, o servidor devolve a seguinte resposta com o estado da operação no formato JSON:
{ "name": "projects/PROJECT_ID/locations/REGION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID", "metadata": { "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1beta1.OperationMetadata", "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1beta1.dicom.DicomService.ExportDicomData", "createTime": "CREATE_TIME", "endTime": "END_TIME" }, "done": true, "response": { "@type": "..." } }
Resolução de problemas de pedidos de exportação de DICOM
Se ocorrerem erros durante um pedido de exportação DICOM, os erros são registados no Cloud Logging. Para mais informações, consulte o artigo Ver registos de erros nos Registos na nuvem.
Se toda a operação devolver um erro, consulte o artigo Resolução de problemas de operações de longa duração.