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DICOM-Metadaten nach BigQuery streamen

Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie einen DICOM-Speicher so konfigurieren, dass DICOM-Instanzmetadaten in eine BigQuery-Tabelle exportiert werden, wenn eines der folgenden Ereignisse eintritt:

Sie speichern eine DICOM-Instanz mithilfe der Speichertransaktion oder durch Importieren von DICOM-Objekten aus einem Cloud Storage-Bucket.
Sie löschen eine DICOM-Instanz mithilfe einer Deletion-Anfrage.
Sie ändern die Speicherklasse einer DICOM-Instanz.

Das Streamen von DICOM-Metadaten in eine BigQuery-Tabelle synchronisiert die Tabelle mit Ihren DICOM-Daten, sodass Sie komplexe Abfragen in der neuesten Version Ihres DICOM-Speichers ausführen können.

Hinweise

Bevor Sie Ihren DICOM-Speicher konfigurieren, führen Sie die folgenden Schritte aus

BigQuery-Berechtigungen festlegen

Bevor Sie DICOM-Metadaten in BigQuery streamen, müssen Sie dem Dienstkonto Cloud Healthcare Service Agent die erforderlichen Berechtigungen erteilen. Weitere Informationen finden Sie unter BigQuery-Berechtigungen für den DICOM-Speicher.

Informationen zum Exportieren von DICOM-Metadaten nach BigQuery

Bevor Sie das Streaming konfigurieren, sollten Sie sich damit vertraut machen, wie Sie DICOM-Metadaten nach BigQuery exportieren.

DICOM-Speicher konfigurieren

Konfigurieren Sie das Objekt StreamConfig in Ihrem DICOM-Speicher, um das Streaming in BigQuery zu aktivieren. Legen Sie im StreamConfig-Objekt für das Objekt BigQueryDestination einen voll qualifizierten BigQuery-Tabelle-URI als Metadatenziel der DICOM-Instanz fest.

Sie können bis zu fünf BigQuery-Ziele als kommagetrennte JSON-Objekte angeben.

Durch das Löschen von DICOM-Instanzen in einem DICOM-Speicher werden die BigQuery-Zeilen mit den Metadaten für diese Instanzen nicht gelöscht.

Console

Führen Sie folgende Schritte aus, um einen DICOM-Speicher zum Aktivieren des BigQuery-Streaming zu aktualisieren:

Rufen Sie in der Google Cloud Console die Seite Datasets auf.
Zu den Datasets
Wählen Sie das Dataset mit dem DICOM-Speicher aus, den Sie bearbeiten möchten.
Wählen Sie den DICOM-Speicher aus, für den Sie eine Streaming-Konfiguration hinzufügen.
Klicken Sie auf der Seite Datenspeicherdetails auf dem Tab Übersicht auf Neue Streamingkonfiguration hinzufügen.
Klicken Sie im Feld Neue Streaming-Konfiguration auf Durchsuchen.
1. Wählen Sie im Bereich Tabelle auswählen eine BigQuery-Tabelle.
2. Klicken Sie auf Auswählen.
Klicken Sie auf Fertig.

REST

Die folgenden Beispiele zeigen, wie Sie einen DICOM-Speicher aktualisieren, um das BigQuery-Streaming zu aktivieren. In diesen Beispielen befinden sich der DICOM-Speicher und die BigQuery-Tabelle im selben Projekt. Informationen zum Exportieren von DICOM-Metadaten in ein anderes Projekt finden Sie unter DICOM-Metadaten in ein anderes Projekt exportieren.

Bevor Sie die Anfragedaten verwenden, ersetzen Sie die folgenden Werte:

PROJECT_ID ist die ID Ihres Google Cloud-Projekts
LOCATION ist der Standort des Datasets
DATASET_ID ist das übergeordnete Dataset des DICOM-Speichers
DICOM_STORE_ID ist die DICOM-Speicher-ID
BIGQUERY_DATASET_ID ist der Name eines vorhandenen BigQuery-Datasets
BIGQUERY_TABLE_ID ist ein endeutiger Name für eine Tabelle im BigQuery-Dataset. Weitere Informationen zu den Anforderungen finden Sie unter Tabellennamen. Das BigQuery-Dataset muss vorhanden sein, aber die Cloud Healthcare API kann eine vorhandene Tabelle aktualisieren oder eine neue erstellen.

JSON-Text anfordern:

{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}

Wenn Sie die Anfrage senden möchten, wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:

curl

Hinweis: Der folgende Befehl setzt voraus, dass Sie sich mit Ihrem Nutzerkonto bei der gcloud CLI angemeldet haben. Dazu haben Sie gcloud init oder gcloud auth login ausgeführt oder die Cloud Shell genutzt, die Sie automatisch bei der gcloud CLI anmeldet. Um herauszufinden, welches Konto gerade aktiv ist, führen Sie gcloud auth list aus.

Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:

cat > request.json << 'EOF'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
EOF

Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:

curl -X PATCH \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

PowerShell

Hinweis: Der folgende Befehl setzt voraus, dass Sie sich mit Ihrem Nutzerkonto bei der gcloud CLI angemeldet haben. Dazu führen Sie gcloud init oder gcloud auth login aus. Um herauszufinden, welches Konto gerade aktiv ist, führen Sie gcloud auth list aus.

Speichern Sie den Anfragetext in einer Datei mit dem Namen request.json. Führen Sie folgenden Befehl im Terminal aus, um diese Datei im aktuellen Verzeichnis zu erstellen oder zu überschreiben:

@'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Führen Sie dann folgenden Befehl aus, um Ihre REST-Anfrage zu senden:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method PATCH `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

APIs Explorer

Kopieren Sie den Anfragetext und öffnen Sie die Referenzseite für Methoden. Der API Explorer wird rechts auf der Seite geöffnet. Sie können mit diesem Tool interagieren, um Anfragen zu senden. Fügen Sie den Anfragetext in dieses Tool ein, füllen Sie alle Pflichtfelder aus und klicken Sie auf Ausführen.

Sie sollten in etwa folgende JSON-Antwort erhalten:

Antwort

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID",
  "streamConfigs": [
    {
      "bigqueryDestination": {
        "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID"
      }
    }
  ]
}

Löschmetadaten

In früheren Versionen der Cloud Healthcare API wurden DICOM-Instanzmetadaten nur dann nach BigQuery exportiert, wenn eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher eingefügt wurde. Beim Schreiben von Metadaten für Löschvorgänge wurden der erstellten Tabelle zwei neue Spalten mit den Namen Type und LastUpdated hinzugefügt, die die DICOM-Metadaten enthalten.

Alle Metadaten in der Tabelle, die vor der Einführung der Löschmetadaten vorhanden waren, haben einen NULL-Wert für diese Spalten. Ein NULL ist der niedrigste Wert und wird beim Sortieren nach absteigender Reihenfolge zuletzt angezeigt.

Generierte BigQuery-Ansicht

Wenn Sie eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher einfügen oder löschen, wird die konfigurierte BigQuery-Tabelle aktualisiert.

Ist keine Ansicht der Tabelle vorhanden, wird die Ansicht erstellt. Andernfalls wird die Ansicht aktualisiert.

Einschränkungen und zusätzliches Verhalten

Einige DICOM-Tags fehlen möglicherweise in den exportierten Metadaten. In diesem Fall werden die fehlenden Tags einer separaten Spalte namens DroppedTags.TagName in der BigQuery-Zieltabelle hinzugefügt.

Tags fehlen aus einem der folgenden Gründe:

Das DICOM-Tag ist eine nicht unterstützte VR, die unter Ausgeschlossene VRs aufgeführt ist.
Das DICOM-Tag überschreitet ungefähr 1 MB.
Die Anzahl der Spalten in der BigQuery-Tabelle überschreitet die maximale Anzahl von Spalten. Wenn beim Exportieren von DICOM-Metadaten in eine BigQuery-Tabelle das Spaltenlimit überschritten wird, werden DICOM-Tags, die mit keiner vorhandenen Spalte übereinstimmen, der Spalte DroppedTags.Name hinzugefügt. Wenn die Spalte DroppedTags nicht hinzugefügt werden kann, werden die DICOM-Tags ohne Benachrichtigung gelöscht und ein Warnlog generiert. Weitere Informationen finden Sie unter Fehlerbehebung bei DICOM-Streaminganfragen zum Anzeigen von Logs.

Löschmetadaten in eine vorhandene Tabelle einfügen

Das Verhalten der generierten Ansicht hängt davon ab, ob die Basistabelle Metadaten enthält, die vor der Einführung der Funktion Löschmetadaten hinzugefügt wurden.

Angenommen, eine BigQuery-Tabelle enthält DICOM-Metadaten aus der Zeit vor der Unterstützung von Löschmetadaten. Dann geschieht Folgendes:

Sie fügen eine DICOM-Instanz in einen DICOM-Speicher ein.
Sie löschen die DICOM-Instanz aus dem DICOM-Speicher.
Sie bearbeiten die Tags der ursprünglichen DICOM-Instanz und fügen die geänderte DICOM-Instanz in den DICOM-Speicher ein.

Da die BigQuery-Tabelle die ursprünglichen Metadaten vor der Unterstützung von Löschmetadaten enthielt, haben die ursprüngliche DICOM-Instanz und ihre bearbeitete Version dieselben eindeutigen Studien, Serien und Instanzkennungen (UID). Die generierte Ansicht kann entweder die ursprüngliche DICOM-Instanz oder die neueste DICOM-Instanz enthalten. Ohne die Spalte LastUpdated kann die Ansicht nicht identifizieren, welche DICOM-Instanz neuer ist.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus, um sicherzustellen, dass Sie die neuesten Metadaten der DICOM-Instanz abfragen:

Fragen Sie die Basistabelle anstelle der Ansicht ab. Achten Sie darauf, dass die Abfrage nach den aktualisierten Tags in der bearbeiteten DICOM-Instanz sucht.
Löschen Sie die vorhandene DICOM-Metadaten-Tabelle und erstellen Sie sie dann neu. Dazu exportieren Sie die DICOM-Metadaten manuell nach BigQuery. Die neu erstellte Tabelle enthält die Spalte LastUpdated.

Mit dieser Option werden historische Streamingmetadaten entfernt, aber die Tabelle muss die Spalte LastUpdated mit gültigen Werten enthalten.

Fehlerbehebung bei DICOM-Streaminganfragen

Wenn Fehler während einer DICOM-Anfrage zum Exportieren von Metadaten nach BigQuery auftreten, werden die Fehler in Cloud Logging protokolliert. Weitere Informationen finden Sie unter Fehlerlogs in Cloud Logging ansehen.

Führen Sie die folgenden Schritte aus, um das Streamen von DICOM-Metadaten-Fehlerlogs in der Google Cloud Console zu filtern:

Rufen Sie die Seite Log-Explorer auf.

Zum Log-Explorer

Geben Sie im Feld Query die folgende Abfrage ein:

logName="healthcare.googleapis.com%2Fdicom_stream"

Klicken Sie auf Abfrage ausführen.

Alle Fehlerlogs werden im Abschnitt Abfrageergebnisse angezeigt.