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Trasmissione di flussi di metadati DICOM in BigQuery

Questa pagina descrive come configurare un archivio DICOM per l'esportazione metadati dell'istanza DICOM in una tabella BigQuery ogni volta che uno dei si verifica quanto segue:

Puoi archiviare un'istanza DICOM utilizzando Transazione in negozio o tramite importazione di oggetti DICOM da un bucket Cloud Storage.
Per eliminare un'istanza DICOM, utilizza una richiesta di eliminazione.
Modifica la classe di archiviazione di un'istanza DICOM.

L'inserimento di flussi di metadati DICOM in una tabella BigQuery sincronizza la tabella con i tuoi dati DICOM in modo da poter eseguire query complesse sull'ultima versione nel tuo archivio DICOM.

Prima di iniziare

Prima di configurare l'archivio DICOM, completa quanto segue

Impostare le autorizzazioni BigQuery

Prima di trasmettere flussi di metadati DICOM a BigQuery, devi concedere le autorizzazioni necessarie per l'agente di servizio Cloud Healthcare account di servizio. Per ulteriori informazioni, vedi Autorizzazioni BigQuery per gli archivi DICOM.

Scopri come esportare i metadati DICOM in BigQuery

Prima di configurare i flussi di dati, scopri come esportare i metadati DICOM in BigQuery.

configura l'archivio DICOM

Per attivare i flussi verso BigQuery, configura StreamConfig nel tuo archivio DICOM. Nell'oggetto StreamConfig, imposta il valore BigQueryDestination a un URI della tabella BigQuery completo come un file DICOM dei metadati dell'istanza.

Puoi specificare fino a cinque destinazioni BigQuery come separati da virgole.

L'eliminazione di istanze DICOM in un archivio DICOM non elimina BigQuery righe contenenti i metadati per quelle istanze.

Console

Per aggiornare un archivio DICOM per abilitare i flussi di dati BigQuery, completa i seguenti passaggi:

Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Vai a Set di dati
Seleziona il set di dati contenente l'archivio DICOM che vuoi modificare.
Seleziona l'archivio DICOM per il quale stai aggiungendo una configurazione di flussi di dati.
Nella scheda Panoramica della pagina Dettagli datastore, Fai clic su Aggiungi nuova configurazione di flussi di dati.
Nel campo Nuova configurazione di flussi di dati, fai clic su Sfoglia.
1. Nel riquadro Seleziona tabella, scegli una tabella BigQuery.
2. Fai clic su Seleziona.
Fai clic su Fine.

REST

Gli esempi riportati di seguito mostrano come aggiornare un archivio DICOM per abilitare BigQuery. in modalità flusso. In questi esempi, l'archivio DICOM e BigQuery sono nello stesso progetto. Per esportare I metadati DICOM in un altro progetto, consulta Esportazione dei metadati DICOM in un progetto diverso.

Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:

PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
LOCATION: la posizione del set di dati
DATASET_ID: set di dati padre dell'archivio DICOM
DICOM_STORE_ID: l'ID datastore DICOM
BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente
BIGQUERY_TABLE_ID: nome univoco per una tabella nel set di dati BigQuery. Per i requisiti di denominazione, consulta Nome delle tabelle. Il set di dati BigQuery deve esistere, ma l'API Cloud Healthcare può aggiornare una tabella esistente o crearne una nuova.

Corpo JSON della richiesta:

{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}

Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:

curl

Nota: Il comando seguente presuppone che tu abbia eseguito l'accesso a l'interfaccia a riga di comando gcloud con il tuo account utente eseguendo gcloud init o gcloud auth login oppure utilizzando Cloud Shell, che ti consente di accedere automaticamente all'interfaccia a riga di comando gcloud di Google. Puoi controllare l'account attualmente attivo eseguendo gcloud auth list

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

cat > request.json << 'EOF'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
EOF

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

curl -X PATCH \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs"

PowerShell

Salva il corpo della richiesta in un file denominato request.json. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory corrente:

@'
{
  'streamConfigs': [{
     'bigqueryDestination': {
      'tableUri': 'bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID'
     }
  }]
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

Quindi, esegui questo comando per inviare la richiesta REST:

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method PATCH `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID?updateMask=streamConfigs" | Select-Object -Expand Content

Explorer API

Copia il corpo della richiesta e apri pagina di riferimento del metodo. Sul lato destro della pagina si apre il riquadro Explorer API. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila tutti gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.

Dovresti ricevere una risposta JSON simile alla seguente:

Risposta

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID",
  "streamConfigs": [
    {
      "bigqueryDestination": {
        "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID"
      }
    }
  ]
}

Metadati di eliminazione

Nelle versioni precedenti dell'API Cloud Healthcare, i metadati dell'istanza DICOM erano esportata in BigQuery quando un'istanza DICOM è stata inserita in un . Durante la scrittura dei metadati per l'eliminazione, sono state aggiunte due nuove colonne denominate Type e LastUpdated alla colonna contenente i metadati DICOM.

Tutti i metadati presenti nella tabella prima dell'introduzione dell'eliminazione metadati hanno un valore NULL per queste colonne. NULL è il valore più basso e appare per ultima quando l'ordinamento è decrescente.

Vista BigQuery generata

Quando inserisci o elimini un'istanza DICOM in un archivio DICOM, La tabella BigQuery è aggiornata.

Se non esiste una visualizzazione della tabella, viene creata la vista. In caso contrario, la visualizzazione viene aggiornata.

Limitazioni e comportamento aggiuntivo

Nei metadati esportati potrebbero mancare alcuni tag DICOM. Se sì, i valori mancanti i tag vengono aggiunti a una colonna separata denominata DroppedTags.TagName nel tabella BigQuery di destinazione.

I tag non saranno presenti per uno dei seguenti motivi:

Il tag DICOM è un VR non supportato elencato nella sezione VR esclusi.
Il tag DICOM supera circa 1 MB.
Il numero di colonne nella tabella BigQuery di destinazione supera le numero massimo di colonne. Quando si esportano i metadati DICOM in una tabella BigQuery, limite di colonna, i tag DICOM che non corrispondono a una colonna esistente vengono aggiunti la colonna DroppedTags.Name. Se la colonna DroppedTags non può essere aggiunta: i tag DICOM vengono eliminati senza notifica e viene visualizzato un log di avviso generati. Per ulteriori informazioni, vedi Risoluzione dei problemi relativi alle richieste di flussi di dati DICOM per la visualizzazione dei log.

Incorporare metadati di eliminazione in una tabella esistente

Il comportamento della vista generata dipende dal fatto che la sua base la tabella contiene metadati aggiunti prima dei metadati di eliminazione è stata introdotta.

Supponiamo che una tabella BigQuery contenga metadati DICOM precedenti dei metadati di eliminazione era supportata, e si verifica quanto segue:

Inserirai un'istanza DICOM in un archivio DICOM.
Elimini l'istanza DICOM dall'archivio DICOM.
Modifichi i tag dell'istanza DICOM originale e inserisci DICOM nell'archivio DICOM.

Poiché la tabella BigQuery conteneva i metadati originali prima dei metadati di eliminazione, l'istanza DICOM originale e i relativi metadati hanno gli stessi studi, serie e istanze identificatori univoci (UID). La vista generata potrebbe contenere l'istanza DICOM originale o l'istanza DICOM più recente. Senza colonna LastUpdated, la vista non riesce a identificare quale istanza DICOM è più recente.

Per assicurarti di eseguire query sui metadati dell'istanza DICOM più recenti, esegui una delle seguenti:

Esegui una query sulla tabella di base anziché sulla vista. Assicurati che la query cerchi i tag aggiornati nell'istanza DICOM modificata.
Elimina la tabella esistente contenente i metadati DICOM, quindi ricreala esportando manualmente i metadati DICOM in BigQuery. La tabella ricreata contiene la colonna LastUpdated.

Questa opzione rimuove i metadati storici dei flussi di dati, ma garantisce che la tabella contiene la colonna LastUpdated con valori validi.

Risolvi i problemi relativi alle richieste di flussi di dati DICOM

Se si verificano errori durante un'esportazione DICOM in BigQuery gli errori vengono registrati in Cloud Logging. Per maggiori informazioni le informazioni, vedi Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.

Per filtrare i log degli errori dei metadati DICOM in modalità flusso nella console Google Cloud, completa i seguenti passaggi:

Vai alla pagina Esplora log.

Vai a Esplora log

Nel campo Query, inserisci la seguente query:

logName="healthcare.googleapis.com%2Fdicom_stream"

Fai clic su Esegui query.

Gli eventuali log degli errori vengono visualizzati nella sezione Risultati delle query.