Informazioni sullo schema DICOM di BigQuery

Questa pagina spiega lo schema della tabella BigQuery creata durante l'esportazione dei metadati DICOM in BigQuery.

Terminologia

Per comprendere lo schema e i suoi componenti, familiarizza con il Terminologia DICOM. In particolare, in questa pagina vengono utilizzati diversi termini 3.10 Strutture di dati e definizioni di codifica DICOM.

Panoramica

L'API Cloud Healthcare genera automaticamente utilizzando i dati che stai esportando e il dizionario DICOM. Lo schema contiene solo colonne per gli elementi di dati DICOM esistenti nei metadati. L'unica eccezione è il nome della persona in VR.

Quando esporta i metadati DICOM, l'API Cloud Healthcare tenta di esportare tutti gli elementi di dati nei metadati. Per informazioni su cosa succede se un problema consulta la sezione Tipi in conflitto e non corrispondenti.

Elementi di dati standard e privati

DICOM fornisce elementi di dati standard conformi a una specifica predefinita. Per un elenco di questi elementi di dati, consulta Registry degli elementi di dati DICOM.

Se devi comunicare dati non conformi agli elementi standard, puoi utilizzare gli elementi di dati privati.

Elementi di dati standard

I seguenti comportamenti si applicano agli elementi di dati standard. Per i dati privati sul comportamento dell'elemento, consulta Elementi di dati privati.

Nomi delle colonne

Le colonne nello schema BigQuery generato sono denominate in base alla parola chiave dell'elemento dati. Ad esempio, se i metadati DICOM contengono un elemento di dati la cui parola chiave è InstanceCreationDate, lo schema generato ha una colonna corrispondente denominata InstanceCreationDate.

Comportamento degli elementi di dati DICOM standard

La tabella seguente mostra un elenco di rappresentazioni di valore (VR) e le relative abbreviature. Per qualsiasi dato esportato in BigQuery che contiene una di queste VR, utilizza il tipo di dati BigQuery, che si trova in "Tipo di dati":

VR	Tipo di dati
Entità dell'applicazione (AE) Stringa età (AS) Stringa di codice (CS) Stringa lunga (LO) Testo lungo (LT) Stringa breve (SH) Testo breve (ST) Caratteri illimitati (UC) Identificatore univoco (UI/UID) Universal Resource Identifier (UR) o Universal Resource Locator (URI/URL) Testo illimitato (UT)	Stringa
Data (DA)	Data
Tempo (TM)	Ora
Data e ora (DT)	Timestamp
Stringa decimale (DS) Stringa di numeri interi (IS)	Stringa
Nome della persona (PN)	Struct (record)
Floating Point Single (FL) Virgola mobile doppia (FD)	Punto floating
Tag attributo (AT) Firmato lungo (SL) Short firmato (SS) Unsigned Long (UL) Short senza firma (USA)	Numero intero
Sequence of Items (SQ)	Struct (record)

Modalità facoltative e ripetute

A seconda del valore di moltiplicazione del valore (VM) di un elemento dati, anche La colonna BigQuery contiene uno di questi due mode: NULLABLE o REPEATED.

Se un elemento dati ha un valore VM pari a 1, che indica che l'elemento è univoco, utilizza la modalità NULLABLE. Per qualsiasi altro valore di VM, l'elemento dati utilizza la modalità REPEATED.

Ad esempio, come mostrato nel Registry degli elementi di dati DICOM, la parola chiave SOPInstanceUID ha un valore VM pari a 1. Di conseguenza, quando viene esportato in BigQuery, la sua modalità è NULLABLE, e la sua rappresentazione nella tabella è simile alla seguente (se rappresentata come JSON):

"SOPInstanceUID": "0.0.000.000000.0.000.0000.0000000.0000.0000000000.000",

Al contrario, la parola chiave ImageType ha un valore VM di 2-n. Di conseguenza, quando viene esportato in BigQuery, la modalità èREPEATED e la sua rappresentazione nella tabella è la seguente (se rappresentata come JSON):

"ImageType": [
  "ORIGINAL",
  "PRIMARY",
  "OTHER",
  "..."
],

VR escluse

I dati binari e nel formato lungo non vengono esportati nel file BigQuery generato , quindi gli elementi di dati contenenti i seguenti VR non vengono esportati. Invece, i seguenti VR sono inclusi in una colonna separata (denominata DroppedTags.TagName) nella tabella BigQuery di destinazione.

• Altro doppio (OD)
• Altro elemento galleggiante (OF)
• Altro lungo (OL)
• Altro byte (OB)
• Altra parola (OW)
• Sconosciuto (UN)
• Tag sequenza (SQ) contenenti più di circa 1 MiB di dati
• Attribute (AT), Floating Point Double (FD), Floating Point Single (FL), Unsigned Long (UL) o Unsigned Short (US), se la molteplicità di valori (VM) è maggiore di 512.
  • Per motivi legacy, i tag delle istanze già importati L'API Cloud Healthcare potrebbe essere inclusa nella colonna DroppedTags.TagName se la moltiplicazione dei valori è maggiore di 64.

VR nome persona

Ogni colonna dello schema BigQuery con un valore VR per il nome di una persona (PN) contiene sempre tre sottocolonne, indipendentemente dal fatto che queste contengano dati. Le tre sottocolonne sono:

• Alfabetico
• Ideografica
• Fonetico

Ognuna delle tre colonne secondarie ha cinque colonne secondarie:

• NomeFamiglia
• GivenName
• Secondo nome
• NamePrefix
• SuffissoNome

Considera ad esempio il tag pubblico "OperatorsName (0008,1070)". che ha un VR del nome della persona (PN). Supponiamo che il valore di OperatorsName sia "Darcy Smith". Lo schema conterrà una colonna OperatorsName contenente le sottocolonne elencate in precedenza, ma solo Alphabetic.FamilyName (Smith) e Alphabetic.GivenName (Darcy) conterranno valori.

Elementi di dati privati

Alcune implementazioni cliniche potrebbero richiedere di archiviare dati personalizzati che non rientrano nella struttura degli elementi di dati pubblici. In alternativa, puoi utilizzare elementi di dati privati.

Gli elementi di dati privati con un VR di SQ (Sequence of Items) hanno lo stesso comportamento degli elementi di dati standard. Dati privati gli elementi con un VR di SQ sono chiamati sequenze di dati privati.

Gli elementi di dati privati che non hanno un VR di SQ sono nidificati in una colonna chiamata OtherElements e vengono convertiti in stringhe. Questi dati privati di elementi sono chiamati dati privati non in sequenza. Per eseguire query sugli elementi di dati privati non sequenziali, la query deve eseguire ricerche all'interno della colonna OtherElements dell'elemento.

La colonna OtherElements contiene due colonne secondarie "Dati" e "Tag". La colonna Data è la rappresentazione stringa del valore dell'elemento di dati privati. È sempre di tipo REPEATED. La colonna Tag utilizza il formato "Tag_HEX", dove HEX è una stringa esadecimale del numero del tag.

LastUpdated e Type colonne

Le colonne LastUpdated e Type vengono aggiunte a BigQuery creata durante l'esportazione dei metadati DICOM. Queste colonne non sono standard o elementi di dati privati, e non corrispondono al Registro di Elementi di dati DICOM.

Il comportamento di queste colonne è il seguente:

• La colonna LastUpdated contiene un valore timestamp che indica quando l'istanza DICOM è stata inserita o eliminata dall'archivio DICOM.
• La colonna Type contiene una stringa che indica il tipo di operazione che si è verificata. I valori possibili sono CREATE o DELETE.

Tipi in conflitto e non corrispondenti

Se si verifica un conflitto di tipo, ad esempio quando un tag pubblico viene utilizzato con un tipo scorretto, il tag pubblico viene trattato come se fosse un tag privato. Il valore di l'elemento dei dati è nidificato in una colonna denominata OtherElements e il valore viene convertito in una stringa.

Ad esempio, supponiamo che i metadati DICOM contengano un tag con:

• Un numero di tag "(4010,1017)"
• Un VR di SL (Signed Long)
• Un valore pari a 32

(4010,1017) è lo stesso numero di tag di "Mass", che è un nome di tag pubblico nella specifica DICOM con un VR di FL. L'operazione di esportazione prevede un elemento di dati con il numero di tag "(4010,1017)" essere la "Massa" pubblica del tag con una VR di FL. Pertanto, l'operazione di esportazione prevede di convertire il valore dell'elemento di dati in un valore float (come mostrato nella tabella in Comportamento standard degli elementi di dati DICOM.

Si verifica un conflitto di tipo perché tutti i tag con un valore VR di SL utilizzano il tipo di dato intero. Il tag viene quindi convertito in un tag privato e aggiunto alla colonnaOtherElements.

Se per i dati di sequenza viene utilizzato un nome di tag pubblico non sequenziale, il tipo non corrisponde . Di conseguenza, la sequenza viene trattata come se fosse un elemento di dati privati. Anziché utilizzare il nome del tag pubblico come nome della colonna nello schema BigQuery, viene utilizzato il numero esadecimale del nome del tag pubblico. Il numero esadecimale è di tipo stringa.

Esempi: query su elementi di dati pubblici e privati

Considera il seguente snippet di uno schema rappresentato come JSON. Lo schema è stato creato dopo l'esportazione Dati DICOM in BigQuery.

[
  ...
  {
    "name": "SOPInstanceUID",
    "type": "STRING"
  },
  {
    "fields": [
      {
        "fields": [
          {
            "mode": "REQUIRED",
            "name": "Tag",
            "type": "STRING"
          },
          {
            "mode": "REPEATED",
            "name": "Data",
            "type": "STRING"
          }
        ],
        "mode": "REPEATED",
        "name": "OtherElements",
        "type": "RECORD"
      }
    ],
    "mode": "REPEATED",
    "name": "Tag_12345678",
    "type": "RECORD"
  }
  ...
]

L'esempio seguente mostra come eseguire una query per l'elemento di dati pubblici SOPInstanceUID. Per accedere al valore della colonna, esegui questa query:

#standardSQL
SELECT
  SOPInstanceUID
FROM
  `PROJECT_ID.DATASET_ID.TABLE_ID`

La query restituisce un output simile al seguente:

[
  ...
  {
    "SOPInstanceUID": "0.0.000.000000.0.000.0000.0000000.0000.0000000000.000"
  },
  ...
]

L'esempio seguente mostra come eseguire query sui dati privati non sequenziali. Esegui questa query sulla colonna OtherElements, che è all'interno della colonna Tag_12345678. Tieni presente l'utilizzo dell'operatore UNNEST, obbligatorio perché stai eseguendo una query su un RECORD.

#standardSQL
SELECT
  Tag_12345678.OtherElements AS OtherElements
FROM
  `PROJECT_ID.DATASET_ID.TABLE_ID`,
  UNNEST(Tag_12345678) AS Tag_12345678

L'esecuzione della query restituisce un output simile al seguente, a seconda della quantità e del tipo di dati nella colonna Tag_12345678.OtherElements:

[
  {
    "OtherElements": [
      {
        "Tag": "Tag_12345678",
        "Data": [
          "DATA"
        ]
      }
    ]
  },
  {
    "OtherElements": [
      {
        "Tag": "Tag_12345678",
        "Data": [
          "DATA"
        ]
      }
    ]
  },
  {
    "OtherElements": [
      {
        "Tag": "Tag_12345678",
        "Data": [
          "DATA"
        ]
      }
    ]
  }
]

Passaggi successivi

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