Von Cloud Life Sciences zu Batch migrieren

Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie von Cloud Life Sciences.

Am 17. Juli 2023 gab Google Cloud bekannt, dass Cloud Life Sciences, die sich bisher noch in der Betaphase befand, wurde eingestellt. Der Dienst ist dann nicht mehr verfügbar nach dem 8. Juli 2025 in Google Cloud. Batch ist jedoch allgemein verfügbar und ein umfassender Nachfolger, der alle Anwendungsfälle für Cloud Life Sciences.

Weitere Informationen zu Batch Cloud Life Sciences und Produkteinführung Phasen.

Cloud Life Sciences und Batch im Vergleich

Von Cloud Life Sciences zu Batch migrieren geht es in erster Linie darum, zu verstehen, wie Sie Batch für die Arbeitslasten, die Sie derzeit ausführen, indem Sie Cloud Life Sciences-Pipelines

Hier erfahren Sie, wie Sie Ihre Cloud Life Sciences umsetzen können. finden Sie in den folgenden Abschnitten:

Übersicht

Eine Cloud Life Sciences-Pipeline beschreibt eine Abfolge von Aktionen (Container), die ausgeführt werden sollen, und der Umgebung. in dem die Container ausgeführt werden sollen.

Ein Batchjob beschreibt ein Array mit einer oder mehreren Aufgaben und für die Ausführung dieser Aufgaben. Sie definieren die Arbeitslast für einen Job Sequenz eines oder mehrerer auszuführender Runnables (Container und/oder Skripts) Jede Aufgabe für einen Job stellt eine Ausführung der zugehörigen Sequenz von Runnables dar.

Cloud Life Sciences-Pipelines können als Batchjobs mit einer Aufgabe ausgedrückt werden.

In den folgenden Beispielen wird z. B. eine einfache Cloud Life Sciences-Pipeline und ihr Äquivalent Batch job:

Cloud Life Sciences-Pipeline Batch job 
  {
    "actions": [
      {
        "imageUri": "bash",
        "commands": [
          "-c",
          "echo Hello, world!"
        ]
      }
    ]
  }
  
    {
      "taskGroups" : [{
        "taskSpec" : {
          "runnables" : [{
            "container":{
              "imageUri": "bash",
              "commands": [
                "-c",
                "echo Hello, world!"
              ]
            }
          }]
        }
      }]
    }

Batchjobs mit mehreren Aufgaben ähneln kopierten Cloud Life Sciences-Pipelines.

Im Gegensatz zu Cloud Life Sciences können Sie mit Batch Folgendes tun: automatisch mehrere Ausführungen Ihrer Arbeitslast planen. Sie geben an, wie oft Sie die Sequenz Runnables für einen Job durch Definieren der Anzahl der Aufgaben. Wenn ein Job mehrere Aufgaben ausführen, legen Sie fest, wie die einzelnen Ausführungen in Ihren Runnables auf den Aufgabenindex verweisen. Außerdem können Sie die relativen Zeitpläne für die Aufgaben eines Auftrags konfigurieren, z. B. ob mehrere Aufgaben parallel ausgeführt werden können oder ob Aufgaben erforderlich sind in sequentieller Reihenfolge ausgeführt werden. Batch verwaltet die Planung der Aufgaben des Jobs: Nach Abschluss einer Aufgabe startet der Job automatisch die nächste Aufgabe (falls vorhanden).

Sehen Sie sich beispielsweise den folgenden Batchjob an. Dieses Beispiel Job hat 100 Aufgaben, die auf 10 virtuellen Compute Engine-VMs ausgeführt werden. VM-Instanzen, sodass ungefähr 10 Aufgaben parallel ausgeführt werden jederzeit ändern. Jede Aufgabe in diesem Beispieljob führt nur ein Runnable aus: ein Skript, das eine Nachricht und den Index der Aufgabe ausgibt, der vom BATCH_TASK_INDEX vordefinierte Umgebungsvariable.

{
  "taskGroups" : [{
    "taskSpec" : {
      "runnables" : [{
        "script":{
          "text": "echo Hello world! This is task ${BATCH_TASK_INDEX}."
        }
      }]
    },
    "taskCount": 100,
    "parallelism": 10
  }]
}

Workflows, bei denen mehrere ähnliche Cloud Life Sciences-Pipelines können manchmal vereinfacht werden, indem der integrierten Zeitplanung von Batch.

Grundlegende Vorgänge

In diesem Abschnitt werden die grundlegenden Vorgänge in Cloud Life Sciences im Vergleich zu Batch.

In der folgenden Tabelle sind die grundlegenden Vorgangsoptionen für Cloud Life Sciences und Batch.

Grundlegender Vorgang Cloud Life Sciences-Optionen Batchoptionen
Arbeitslast ausführen.
  • Führen Sie eine Pipeline aus.
  • Erstellen Sie einen Job und führen Sie ihn aus.
Sehen Sie sich alle Ihre Arbeitslasten an.
  • Lange laufende Vorgänge auflisten.
  • Rufen Sie eine Liste Ihrer Jobs auf.
Rufen Sie die Details und den Status für eine Arbeitslast auf.
  • Details zu einem lang andauernden Vorgang abrufen.
  • Einen lang andauernden Vorgang abfragen
  • Rufen Sie die Details eines Jobs auf.
  • Sehen Sie sich eine Liste der Aufgaben eines Auftrags an.
  • Sehen Sie sich die Details einer Aufgabe an.
Beenden und entfernen Sie eine Arbeitslast.
  • Lange laufenden Vorgang abbrechen.
  • Jobs löschen (und abbrechen)
  • Prüfen Sie den Status einer Anfrage zum Löschen eines Jobs.

Grundlegende Vorgänge für Cloud Life Sciences und Batch gibt es einige wichtige Unterschiede.

Erstens spielen Ressourcen für Vorgänge mit langer Ausführungszeit Batch, das in Cloud Life Sciences ausgeführt wird. Ressourcen mit langer Ausführungszeit in Cloud Life Sciences sind die primäre Ressource, die zum Auflisten und Aufrufen Ihrer Pipelines verwendet wird. Aber Ressourcen mit langer Ausführungszeit in Batch und anderen Google Cloud APIs werden nur verwendet, um den Status einer Anfrage zu überwachen, deren Verarbeitung lange dauert. abgeschlossen ist. In Batch ist die einzige Anfrage, gibt eine Vorgangsressource mit langer Ausführungszeit zurück, das Löschen eines Jobs. Weitere Informationen zu Ressourcen für Vorgänge mit langer Ausführungszeit Batch finden Sie in der Batch API-Referenzdokumentation für die REST-Ressource projects.locations.operations Statt Ressourcen für Vorgänge mit langer Ausführungszeit zu verwenden, hat Batch Jobressourcen, die Sie für Ihre Arbeitslasten ansehen und löschen.

Wenn Sie sich die Details einer Arbeitslast in Batch ansehen, anderen Abläufen als Cloud Life Sciences. Sie können einen Job anzeigen, die Details und den Status. Aber jede Aufgabe eines Jobs hat auch eigene Details und Status, die Sie Anzeigen einer Liste der Aufgaben eines Auftrags und Anzeigen der Details einer Aufgabe

Damit Sie die grundlegenden Operationen für Cloud Life Sciences im Vergleich zu Batch, die folgenden Abschnitte enthalten Beispiele für Google Cloud CLI-Befehle und API-Anfragepfade für einige dieser grundlegenden Vorgänge.

Beispiele für gcloud-Kommandozeilenbefehle

Für die gcloud CLI und Cloud Life Sciences-Befehle mit gcloud beta lifesciences- und Batch-Befehlen beginnen mit gcloud batch beginnen. Sehen Sie sich beispielsweise die folgenden gcloud CLI-Befehle an.

  • gcloud CLI-Beispielbefehle für Cloud Life Sciences:

    • Führen Sie eine Pipeline aus:

      gcloud beta lifesciences pipelines run \
  --project=PROJECT_ID \
  --regions=LOCATION \
  --pipeline-file=JSON_CONFIGURATION_FILE

    • Details zu einem lang andauernden Vorgang abrufen:

      gcloud beta lifesciences operations describe OPERATION_ID

    Ersetzen Sie Folgendes:

    • PROJECT_ID: die Projekt-ID Ihres Projekts.
    • LOCATION: der Standort für den zu erstellen.
    • JSON_CONFIGURATION_FILE: die JSON-Konfiguration für die Pipeline.
    • OPERATION_ID: die Kennung für den lang andauernden Vorgang, der von der Anfrage zurückgegeben wurde, zu erstellen.

  • gcloud CLI-Beispiele für Batchbefehle:

    • Erstellen Sie einen Job und führen Sie ihn aus:

      gcloud batch jobs submit JOB_NAME \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=LOCATION \
  --config=JSON_CONFIGURATION_FILE

    • So rufen Sie die Details eines Jobs auf:

      gcloud batch jobs describe JOB_NAME \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=LOCATION \

    • So rufen Sie die Aufgabenliste eines Auftrags auf:

      ​​gcloud batch tasks list \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=LOCATION \
  --job=JOB_NAME

    • So rufen Sie die Details einer Aufgabe auf:

      gcloud batch tasks describe TASK_INDEX \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=LOCATION \
  --job=JOB_NAME \
  --task_group=TASK_GROUP

    • Jobs löschen (und abbrechen):

      gcloud batch jobs delete JOB_NAME \
  --project=PROJECT_ID \
  --location=LOCATION

    Ersetzen Sie Folgendes:

    • JOB_NAME: der Name des Jobs.
    • PROJECT_ID: die Projekt-ID Ihres Projekts.
    • LOCATION: der Standort des Jobs.
    • JSON_CONFIGURATION_FILE: Pfad für ein JSON-Objekt mit den Konfigurationsdetails des Jobs.
    • TASK_INDEX: der Index der Aufgabe, die Sie ansehen möchten zu deren Einzelheiten. In einer Aufgabengruppe beginnt der Aufgabenindex für die erste und erhöht sich bei jeder weiteren Aufgabe um 1. Zum Beispiel kann eine Aufgabe Gruppe, die vier Aufgaben enthält, hat die Indexe 0, 1, 2 und 3.
    • TASK_GROUP_NAME: der Name der Aufgabengruppe, die die Sie aufrufen möchten. Der Wert muss auf group0.

Beispiele für API-Anfragepfade

Für APIs verwendet Cloud Life Sciences lifesciences.googleapis.com-Anfragepfade und Batch-Verwendungen batch.googleapis.com-Anfragepfade. Sehen Sie sich beispielsweise die folgenden API-Anfragepfade an. „Mag ich“-Bewertung entfernen Cloud Life Sciences, Batch hat keine RPC API. nur eine REST API hat.

  • Cloud Life Sciences-Beispiel-API-Anfragepfade:

    • Führen Sie eine Pipeline aus:

      POST https://lifesciences.googleapis.com/v2beta/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/pipelines:run

    • Details zu einem lang andauernden Vorgang abrufen:

      GET https://lifesciences.googleapis.com/v2beta/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/operations/OPERATION_ID

    Ersetzen Sie Folgendes:

    • PROJECT_ID: die Projekt-ID Ihres Projekts.
    • LOCATION: der Standort für den zu erstellen.
    • OPERATION_ID: die Kennung für den lang andauernden Vorgang, der von der Anfrage zurückgegeben wurde, zu erstellen.

  • Beispiele für Batch-Anfragepfade für API-Anfragen:

    • Erstellen Sie einen Job und führen Sie ihn aus:

      POST https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs?job_id=JOB_NAME

    • So rufen Sie die Details eines Jobs auf:

      GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME

    • So rufen Sie die Aufgabenliste eines Auftrags auf:

      GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME/taskGroups/TASK_GROUP/tasks

    • Job löschen

      DELETE https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/jobs/JOB_NAME

    • Prüfen Sie den Status der Anfrage zum Löschen eines Jobs:

      GET https://batch.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/operations/OPERATION_ID

    Ersetzen Sie Folgendes:

    • PROJECT_ID: die Projekt-ID Ihres Projekts.
    • LOCATION: der Standort des Jobs.
    • JOB_NAME: der Name des Jobs.
    • TASK_GROUP_NAME: der Name der Aufgabengruppe, die die Sie aufrufen möchten. Der Wert muss auf group0.
    • OPERATION_ID: die Kennung für den lang andauernden Vorgang, der von der Anfrage zum Löschen der Job.

IAM-Rollen und -Berechtigungen

In diesem Abschnitt werden die Unterschiede in Identity and Access Management zusammengefasst. Rollen und Berechtigungen für Cloud Life Sciences und Batch. Weitere Informationen zu Rollen und finden Sie in der Referenz zu einfachen und vordefinierten IAM-Rollen

In der folgenden Tabelle werden die vordefinierten Rollen und ihre Berechtigungen beschrieben. die für Nutzer von Cloud Life Sciences erforderlich sind.

Cloud Life Sciences-Rollen Berechtigungen

Eine der folgenden:

  • Cloud Life Sciences-Administrator (roles/lifesciences.admin) für das Projekt
  • Cloud Life Sciences-Bearbeiter (roles/lifesciences.editor) für das Projekt
  • Cloud Life Sciences Workflows-Ausführer (roles/lifesciences.workflowsRunner) für das Projekt
  • lifesciences.workflows.run
  • lifesciences.operations.cancel
  • lifesciences.operations.get
  • lifesciences.operations.list
Cloud Life Sciences-Betrachter (roles/lifesciences.viewer) für das Projekt
  • lifesciences.operations.get
  • lifesciences.operations.list
  • resourcemanager.projects.get
  • resourcemanager.projects.list

In der folgenden Tabelle werden einige der vordefinierten Rollen und ihre Berechtigungen beschrieben. für Batch. Im Gegensatz zu Cloud Life Sciences Für Batch müssen Sie Nutzern Berechtigungen gewähren und das Dienstkonto für einen Job. Weitere Informationen zur IAM-Anforderungen, siehe Voraussetzungen für Batch

Batchrollen für Nutzer Berechtigungen
Batch Job Editor (roles/batch.jobsEditor) für das Projekt
  • batch.jobs.create
  • batch.jobs.delete
  • batch.jobs.get
  • batch.jobs.list
  • batch.locations.get
  • batch.locations.list
  • batch.operations.get
  • batch.operations.list
  • batch.tasks.get
  • batch.tasks.list
  • resourcemanager.projects.get
  • resourcemanager.projects.list
Batch Job Viewer (roles/batch.jobsViewer) für das Projekt
  • batch.jobs.get
  • batch.jobs.list
  • batch.locations.get
  • batch.locations.list
  • batch.operations.get
  • batch.operations.list
  • batch.tasks.get
  • batch.tasks.list
  • resourcemanager.projects.get
  • resourcemanager.projects.list
Dienstkontonutzer (roles/iam.serviceAccountUser) für das Dienstkonto des Jobs
  • iam.serviceAccounts.actAs
  • iam.serviceAccounts.get
  • iam.serviceAccounts.list
  • resourcemanager.projects.get
  • resourcemanager.projects.list
Batchrollen für Dienstkonten Berechtigungen
Batch Agent Reporter (roles/batch.agentReporter) für das Projekt
  • batch.states.report

Entsprechende Funktionen

In der folgenden Tabelle werden die Funktionen von Cloud Life Sciences, die entsprechenden Funktionen sowie Details zu den Unterschieden.

Jede Funktion wird durch eine Beschreibung und ihre JSON-Syntax dargestellt. Sie können die JSON-Syntax verwenden, wenn Sie auf Batch über die API oder beim Angeben einer JSON-Konfiguration über die Google Cloud CLI. Sie können Batch-Funktionen auch über andere Methoden verwenden, z. B. über Felder, Flags der Google Cloud Console gcloud CLI und Clientbibliotheken, die in der Batch-Dokumentation.

Weitere Informationen zu den einzelnen Funktionen und ihrer JSON-Syntax finden Sie hier:

Features von Cloud Life Sciences Batch features Details
Pipeline (pipeline) Job (job) und zugehörige Aufgaben (taskGroups[])

Ein Batch-Job besteht aus einem Array aus einer oder mehreren Aufgaben alle Runnables ausführen. Eine Cloud Life Sciences-Pipeline ähnelt auf einen Batch-Job mit einer Aufgabe. Cloud Life Sciences kein äquivalentes Konzept für (Jobs mit mehreren) Aufgaben, die den Wiederholungen einer Pipeline ähneln.

Weitere Informationen zu Jobs und Aufgaben finden Sie unter Übersicht für Batch

Aktionen (actions[]) für eine Pipeline Runnables (runnables[]) für die Aufgaben eines Jobs

Eine Cloud Life Sciences-Aktion beschreibt einen Container, aber ein Ein ausführbares Batch-Objekt kann entweder einen Container oder ein Skript enthalten.

Anmeldedaten (credentials) für eine Aktion

für ein ausführbares Container-Element fest:

In Cloud Life Sciences müssen die Anmeldedaten einer Aktion einem verschlüsselten Cloud Key Management Service -Wörterbuch mit Schlüssel/Wert-Paaren aus Nutzername und Passwort.

Im Batch Nutzername und Passwort für einen ausführbaren Container befinden sich in separaten Feldern. Jedes Feld kann mit Nur-Text oder mit dem Namen eines Secret Manager-Secret.

für eine Aktion:

für eine Umgebung:

mögliche Umgebungen:

Mit Cloud Life Sciences können Sie Umgebungsvariablen für eine Aktion, die als Nur-Text oder als verschlüsseltes Wörterbuch formatiert ist. In Batch ist dies ähnlich mit der Umgebung, für ein ausführbares Objekt (environment-Feld in runnables[]) Variablen enthalten, die folgendermaßen formatiert sind: Nur-Text (variables) oder ein verschlüsseltes Wörterbuch (encryptedVariables) gefunden.

Batch bietet aber auch mehr Optionen, Umgebungsvariablen:

  • Als Alternative zur Angabe von Variablen als Nur-Text oder einem verschlüsselten Wörterbuch verwenden, können Sie Variablen mit Secret Manager-Secrets mithilfe der eine geheime Variable (secretVariables)
  • Als Alternative zum Angeben einer Umgebungsvariable für ein ausführbares können Sie eine Umgebungsvariable für alle Runnables angeben, indem Sie mithilfe des Felds environment in taskSpec.
  • Als Alternative zur Angabe einer Umgebungsvariable, die den denselben Wert für jede Aufgabe hat, können Sie eine Umgebungsvariable angeben, einen anderen Wert für jede Aufgabe hat. Dazu verwenden Sie den Feld taskEnvironments[] in taskGroups[].

Weitere Informationen finden Sie unter Umgebungsvariablen verwenden
Labels für eine Anfrage zum Ausführen einer Pipeline (labels im Anfragetext) Labels für einen Job (labels in der Jobressource)

Im Gegensatz zu Cloud Life Sciences Die Anfrage an „Batch“ enthält kein Labelfeld in der Anfrage an einen neuen Job zu erstellen. Die nächstgelegene Option für Batch ist die Verwendung von Labels, die nur mit dem Job verknüpft sind.

Der Batch hat mehrere Labeltypen (labels Felder), die Sie beim Erstellen eines Jobs verwenden können. Weitere Informationen Siehe Ressourcen mithilfe von Labels organisieren.
Regionen (regions[]) und Zonen (zones[]) für die Ressourcen einer Pipeline (resources) Zulässige Standorte (allowedLocations) für die Richtlinie für Ressourcenstandorte (locationPolicy) eines Jobs

In Cloud Life Sciences wird eine Pipeline auf einer einzelnen VM ausgeführt, für die Sie die gewünschten Regionen und/oder Zonen angeben können.

In Batch sind dies die zulässigen Speicherorte für einen Job, den Sie als eine oder mehrere Regionen oder Zonen definieren können und gibt an, wo die VMs für einen Job erstellt werden können. Alle VMs für einen einzelnen Batchjob gehören zu einem verwaltete Instanzgruppe (MIG), die in einer bestimmten Region vorhanden ist Allerdings können sich einzelne VMs in verschiedenen Zonen der Region befinden.

Insbesondere die Angabe des Felds „Allowed locations“ (Zulässige Standorte) für einen Job ist optional da er vom Standort des Jobs getrennt ist. Im Gegensatz zum Standort des Jobs hat der zulässige Standort keinen Einfluss auf den Standort, der zum Erstellen eines Batchjob und Speichern von Jobmetadaten. Weitere Informationen finden Sie unter Batch-Standorte.

für die Ressourcen einer Pipeline (resources):

für die Ressourcenrichtlinie eines Jobs (allocationPolicy):

In Cloud Life Sciences können Sie die VM konfigurieren, auf der die Pipeline ausgeführt wird.

Im Stapel Dieselben Optionen für VMs sind in den Feldern einer Richtlinie für die Ressourcenzuweisung des Jobs (allocationPolicy):

  • Das Dienstkonto, die Labels und die Netzwerkkonfiguration für die VMs sind die in den entsprechenden Bereichen definiert sind.
  • Das VM-Feld (instances), das Sie entweder oder mithilfe einer Instanzvorlage, enthält die Konfigurationsoptionen für den Maschinentyp, die minimal zulässige CPU-Plattform, das Bootlaufwerk und alle anderen angeschlossenen Laufwerke sowie GPUs und GPU-Treiber.

für eine Aktion:

für ein Runable:

Diese verschiedenen Convenience-Flags von Cloud Life Sciences im Batch gleich außer dass sie für jedes ausführbare (die ein Skript oder einen Container enthalten kann) anstelle jeder Aktion (Container).

für eine Aktion:

 Optionen (options) für einen ausführbaren Container

Diese und weitere Cloud Life Sciences-Optionen werden in Über das Optionsfeld (options) stapeln für ein ausführbares Container-Element fest. Legen Sie im Feld "Optionen" alle Flags fest, die Sie möchten, dass Batch an den Befehl docker run angehängt wird – für Beispiel: -P --pid mynamespace -p 22:22.

für eine Aktion:

 kein Äquivalent

Es ruft Bilder im Batch vorab ab und verarbeitet die Ausgaben aller Runnables in Übereinstimmung mit dem Logrichtlinie (logsPolicy)

Option zum Blockieren externer Netzwerke (blockExternalNetwork) für eine Aktion Option zum Blockieren externer Netzwerke (blockExternalNetwork) für einen ausführbaren Container

Die Cloud Life Sciences-Option zum Blockieren externer Netzwerke für eine Aktion ähnlich der Batch-Option zum Blockieren externer Netzwerke für einen Container.

Batch bietet auch viele andere Netzwerkoptionen, um externe Netzwerke für alle VMs eines Jobs zu blockieren. Weitere Informationen Siehe Batch-Netzwerkübersicht.
Bereitstellungen (mounts[]) für eine Aktion Volumes für alle Runnables (volumes[] in taskSpec) und Volume-Optionen für einen Container (volumes[] in container)

In Batch können Sie den Feld „volumes[]“ in taskSpec zum Definieren der Volumes eines Jobs und ihrer Bereitstellungspfade. Batch stellt Speicher-Volumes auf den VMs des Jobs bereit und Speicher-Volumes sind für alle Runnables des Jobs zugänglich. (Skripts oder Container). Diese Bereitstellung erfolgt vor der VM Aufgaben oder Runnables ausführt.

Außerdem werden Batch- unterstützt explizite Volume-Optionen für Container-Runnables mithilfe der Methode Feld volumes[] in container. Diese Montageoptionen als Optionen für die API an den Container übergeben. Flag --volume des Befehls docker run – für Beispiel: Der Wert [ "/etc:/etc", "/foo:/bar" ] ist in den Befehl docker run --volume /etc:/etc --volume /foo:/bar übersetzt. für den Container.

Weitere Informationen zur Verwendung von Speicher-Volumes mit Batch finden Sie unter Job erstellen und ausführen, der Speicher-Volumes verwendet.

Option zum Aktivieren von Cloud Storage FUSE (enableFuse) für eine Aktion kein Äquivalent

Batch stellt das Bereitstellen von Speicher-Volumes wie einen Cloud Storage-Bucket, den Sie für einen Job angeben. Daher aktivieren Sie keine Bereitstellungstools wie Cloud Storage FUSE. für Batch: Sie können jedoch optional für Ihre Speicher-Volumes mithilfe der Methode Feld mountOptions[].

Weitere Informationen zur Verwendung von Cloud Storage-Buckets mit Batch finden Sie unter Job erstellen und ausführen, der Speicher-Volumes verwendet.

Pub/Sub-Thema (pubSubTopic) für eine Anfrage zum Ausführen einer Pipeline

für die Benachrichtigungskonfigurationen eines Jobs (notifications[]):

Der Batch ermöglicht eine umfassendere Anpassung von Statusaktualisierungen als Cloud Life Sciences. Batch-Nutzer können beispielsweise für ein Pub/Sub-Thema benachrichtigt werden, oder nur dann, wenn sich der Status des gesamten Jobs ändert.

Workflow-Dienste

Wenn Sie einen Workflow-Dienst mit Cloud Life Sciences verwenden, Bei der Migration muss auch ein Workflowdienst konfiguriert werden, mit Batch zu erstellen. In diesem Abschnitt werden die Workflowdienste zusammengefasst. die Sie mit Batch verwenden können.

Batch unterstützt Workflows, Workflow-Dienst von Google Cloud. Wenn Sie Workflows mit Batch verwenden möchten, lesen Sie Einen Batchjob mit Workflows ausführen Andernfalls werden in der folgenden Tabelle andere Workflowdienste beschrieben. die Sie für Cloud Life Sciences nutzen können, die Sie auch mit Batch. In dieser Tabelle sind die wichtigsten Unterschiede Workflowdienst mit Batch anstelle von Cloud Life Sciences und Details dazu, wo Sie mehr über die Verwendung der einzelnen Dienste erfahren können mit Batch zu erstellen.

Workflow-Dienst Unterschiede Details
Cromwell

So verwenden Sie eine Cromwell-Konfigurationsdatei v2beta Cloud Life Sciences API mit der Batch API nehmen Sie stattdessen folgende Änderungen vor:

  1. Ersetzen Sie im Feld actor-factory cromwell.backend.google.pipelines.v2beta.PipelinesApiLifecycleActorFactory durch cromwell.backend.google.batch.GcpBatchLifecycleActorFactory.
  2. Entfernen Sie das Feld genomics.endpoint-url.
  3. Erstellen Sie eine neue Konfigurationsdatei.
 Weitere Informationen zur Verwendung von Batch mit Cromwell finden Sie in der Cromwell-Dokumentation für Batch und das Cromwell-Tutorial für Batch.
dsub

dsub-Pipeline für Cloud Life Sciences ausführen mit „Batch“ verwenden, nehmen Sie folgende Änderungen vor:

  • Ersetzen Sie im Feld provider google-cls-v2 durch google-batch.
 Weitere Informationen zur Verwendung von Batch mit dsub sieh dir die dsub-Dokumentation für Batch
Logo: Nextflow

Um eine Nextflow-Konfigurationsdatei für Cloud Life Sciences mit Batch, nehmen Sie die folgenden Änderungen vor:

  1. Ersetzen Sie im Feld executor google-lifesciences durch google-batch.
  2. Ersetzen Sie für alle config-Präfixe google.lifeScience durch google.batch.
 Weitere Informationen zur Verwendung von Batch mit Nextflow finden Sie in einer Batch-Anleitung oder Nextflow-Anleitung Weitere Informationen zu Konfigurationsoptionen finden Sie in der Nextflow-Dokumentation.
Snakemake

So verwenden Sie eine Snakemake-Pipeline für die v2beta Cloud Life Sciences API: mit der Batch API verwenden, gehen Sie so vor: Änderungen:

  1. Achten Sie darauf, dass Sie Snakemake Version 8 oder höher verwenden. Weitere Informationen finden Sie unter Migration zwischen Snakemake-Versionen.

  2. Nehmen Sie die folgenden Änderungen am Befehl snakemake vor:

    • Ersetzen Sie das Flag --google-lifesciences durch den --executor googlebatch-Flag.
    • Ersetzen Sie alle zusätzlichen Flags mit dem Wert --google-lifesciences--Präfix für die --googlebatch-.
 Weitere Informationen zur Verwendung von Batch mit Snakemake sieh dir die Snakemake-Dokumentation für Batch.

Nächste Schritte

  • Informationen zum Konfigurieren von Batch für neue Nutzer und Projekte finden Sie unter Jetzt starten
  • Informationen zum Ausführen von Arbeitslasten mit Batch finden Sie unter Job erstellen