Guida rapida: elabora i dati genomici utilizzando Cloud Life Sciences

Elabora i dati genomici utilizzando Cloud Life Sciences

Questa pagina spiega come eseguire una pipeline genomica che utilizza l'API Cloud Life Sciences per creare un file indice (file BAI) da un file binario contenente sequenze di DNA (file BAM).

I file BAM sono in genere di grandi dimensioni e possono richiedere molto tempo per essere letti utilizzando un visualizzatore di genomi. Puoi utilizzare un file BAI per individuare le parti del file BAM che contengono la posizione del genoma che ti interessa.

Prima di iniziare

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  2. Nella pagina del selettore di progetti della console Google Cloud, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

    Vai al selettore progetti

  3. Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

  4. Abilita le API Cloud Life Sciences, Compute Engine, and Cloud Storage JSON.

    Abilita le API

  5. Installa Google Cloud CLI.

  6. Per initialize gcloud CLI, esegui questo comando: 

    gcloud init
    7.

  7. Nella pagina del selettore di progetti della console Google Cloud, seleziona o crea un progetto Google Cloud.

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  8. Assicurati che la fatturazione sia attivata per il tuo progetto Google Cloud.

  9. Abilita le API Cloud Life Sciences, Compute Engine, and Cloud Storage JSON.

    Abilita le API

  10. Installa Google Cloud CLI.

  11. Per initialize gcloud CLI, esegui questo comando: 

    gcloud init
    12.

    In alternativa, puoi utilizzare Cloud Shell, che include l'interfaccia alla gcloud CLI già installata.

  12. Installa Python 3.8.

    Se utilizzi Windows e hai lasciato selezionata la casella di controllo pertinente quando hai installato Google Cloud CLI, l'operazione è stata eseguita automaticamente.

esegui la pipeline.

Per eseguire la pipeline, completa i seguenti passaggi:

  1. Crea un bucket in cui archiviare il file BAI. I bucket sono i container di base di Cloud Storage in cui vengono archiviati i dati. Per creare un bucket denominato PROJECT_ID-life-sciences, esegui il comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://PROJECT_ID-life-sciences

    Sostituisci PROJECT_ID con l'ID del tuo progetto Google Cloud. Devi utilizzare un nome di bucket univoco a livello globale.

    In caso di esito positivo, il comando restituisce quanto segue:

    Creating gs://PROJECT_ID-life-sciences

  2. Per avviare la pipeline, esegui il comando gcloud beta lifesciences pipelines run:

    gcloud beta lifesciences pipelines run \
    --regions us-east1 \
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' \
    --docker-image "gcr.io/cloud-lifesciences/samtools" \
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam \
    --outputs BAI=gs://PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai

    In caso di esito positivo, il comando restituisce quanto segue:

    Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]

    Prendi nota della OPERATION_ID, che utilizzerai nel passaggio successivo.

  3. Per monitorare lo stato della pipeline, esegui il comando gcloud beta lifesciences operations wait. Sostituisci OPERATION_ID con il valore stampato nel passaggio precedente. Il completamento della pipeline richiede alcuni minuti.

    gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID

    Al termine dell'operazione, viene restituito il seguente messaggio:

    Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.

  4. Per verificare che il file BAI sia stato generato, esegui il comando gsutil ls:

    gsutil ls gs://PROJECT_ID-life-sciences

    In caso di esito positivo, il comando restituisce quanto segue:

    gs://PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai

Hai eseguito una pipeline utilizzando l'API Cloud Life Sciences per creare un file BAI da un file BAM. Utilizza un visualizzatore di genomi per esaminare il file BAM NA12878.chr20.sample.bam utilizzando il file indice NA12878.chr20.sample.bam.bai.

Esegui la pulizia

Per evitare che al tuo account Google Cloud vengano addebitati costi relativi alle risorse utilizzate in questa pagina, segui questi passaggi:

Elimina il file BAI

Per eliminare il file BAI generato mantenendo il progetto e il bucket che hai creato, esegui il comando gsutil rm:

gsutil rm PROJECT_ID-life-sciences/NA12878.chr20.sample.bam.bai

Elimina il bucket

Se hai creato il bucket in modo specifico per questa guida rapida e non ne hai più bisogno, ma vuoi conservare il progetto, elimina il bucket utilizzando il comando gsutil rb. L'eliminazione del bucket elimina anche il file BAI generato.

gsutil rb gs://PROJECT_ID-life-sciences

Elimina il progetto

Se hai creato il progetto specifico per questa guida rapida e non ne hai più bisogno, puoi eliminarlo. L'eliminazione del progetto elimina anche il file BAI e il bucket Cloud Storage.

  1. Nella console Google Cloud, vai alla pagina Gestisci risorse.

    Vai a Gestisci risorse

  2. Nell'elenco dei progetti, seleziona il progetto che vuoi eliminare, quindi fai clic su Elimina.
  3. Nella finestra di dialogo, digita l'ID del progetto e fai clic su Chiudi per eliminare il progetto.

Com'è andata?

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