Forschung im Gesundheitswesen mit Open-Source-Software in Google Cloud

Wir freuen uns sehr, die Zusammenarbeit von Google Cloud mit Odysseus Data Services zur Veröffentlichung von ATLAS auf der GCP bekanntzugeben. ATLAS ist eine Open-Source-Anwendung, die vom OHDSI-Programm (Observational Health Data Sciences and Informatics) entwickelt und gepflegt wird. Dieses Programm beruht auf einer interdisziplinären Zusammenarbeit verschiedener Stakeholder mit dem Ziel, Open-Source-Lösungen für die Analyse von Beobachtungsdaten aus dem Gesundheitswesen im großen Maßstab zu erstellen. Das Tool eignet sich sowohl für die Datenvisualisierung als auch die Kohortenbildung und Deep-Learning-Modelle. Alle Tools werden mithilfe des gemeinsamen OMOP-Datenmodells (Observational Medical Outcomes Partnership) bereitgestellt.

ATLAS v2.7.8 mit BigQuery-Unterstützung ist im Google Cloud Marketplace verfügbar. 

Das Ziel von ATLAS ist es, eine einheitliche Oberfläche für standardisierte Daten von Patient:innen zu bieten, die in das OMOP CDM (Common Data Model) umgewandelt wurden. Außerdem dient das Tool der beobachtenden Forschung. Wissenschaftler:innen können Kohorten für Patient:innen definieren, Analysekonfigurationen auswählen, Parameter festlegen und Daten mit verschiedenen Methoden analysieren.

Vorteile von ATLAS in Google Cloud

Odysseus stellt Nutzerinnen und Nutzern zusammen mit Google Cloud die Infrastruktur für diese Open-Source-Tools zur Verfügung. Dadurch müssen sie sich nicht um die Speicherung ihrer Daten, die Verwaltung von Datenbanken oder die Skalierbarkeit ihrer Arbeitslasten kümmern, da dies durch Autoscaling und verwaltete Produkte erledigt wird. Dank der Kombination von Google Cloud und den OHDSI-Tools können sie sich ganz darauf fokussieren, auf kosteneffiziente Weise wichtige Erkenntnisse aus den analysierten Daten zu gewinnen. 

Laut einer aktuellen Untersuchung von Stanford Medicine funktioniert ATLAS auf BigQuery deutlich besser als auf herkömmlichen Datenbanken:

„Wir demonstrieren die Leistung von Google BigQuery … Wir vergleichen Oracle und BigQuery und zeigen, dass BigQuery 10- bis 100-mal schneller ist … In fast allen Fällen (bei Postgres) ist die Leistung von ATLAS bei Verwendung von BigQuery vergleichbar oder höher."¹

Zusammenfassung

ATLAS ist eine kostenlose, öffentlich verfügbare, webbasierte Open-Source-Software, die von der OHDSI-Community (Observational Health Data Sciences and Informatics) erstellt wurde. Odysseus, eines der an der Entwicklung von ATLAS beteiligten Unternehmen, das sich aktiv in der OHDSI-Community engagiert, hat zusammen mit Google Cloud an der Unterstützung von BigQuery gearbeitet. Somit kann ATLAS auf den GCP-Plattformen verschiedener Organisationen des Gesundheitswesens bereitgestellt werden. Diese Organisationen beteiligen sich nun an der medizinischen Forschungsarbeit der OHDSI-Community.

Mit diesen Tools können wir Informationen und Erkenntnisse zum Thema Gesundheit leichter zwischen Fachrichtungen, Abteilungen, Branchen und Regionen austauschen und so insgesamt bessere Ergebnisse erzielen. 

Das Engagement von Google Cloud für Daten und Forschung im Gesundheitswesen

Google Cloud unterstützt schon seit Langem die Forschungscommunity im Gesundheitswesen – von Wissenschaftler:innen in den Bereichen Gesundheit und Biomedizin bis zu Entscheidungsträgerinnen und -trägern. Google Cloud fördert Open-Source-Tools, entwickelt spezifische Produkte und knüpft stabile Partnerschaften mit führenden Unternehmen aus dem öffentlichen und privaten Sektor, um die Forschung im Gesundheitswesen voranzubringen. Forschende, Unternehmen und Behörden entscheiden sich aufgrund unserer überzeugenden Sicherheit und Zuverlässigkeit, unserer Datenanalysen und unserer modernen ML-/KI-Funktionen für Google Cloud.

Zusätzlich zu unserer neuen Partnerschaft mit OHDSI bildet Google Cloud auch die Basis für andere Open-Source-Datenplattformen wie Terra, das von Verily und dem Broad Institute of MIT and Harvard entwickelt wurde. Außerdem arbeiten wir seit Langem mit forschungsorientierten Unternehmen wie Tempus, Schrödinger und Clear Labs zusammen. Darüber hinaus kooperieren wir eng mit den National Institutes of Health und haben die INTIENT-Plattform von Accenture in Google Cloud eingebunden.

^{1. Stanford Medicine – Datta, Somalee et al. 17. März 2020. https://arxiv.org/abs/2003.10534}