Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) データ

Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments(TARGET)プログラムでは、総合的なゲノム アプローチを適用して、小児がんを引き起こす分子変化を特定します。

Institute for Systems Biology Cancer Gateway to the Cloud(ISB-CGC)では、アクセスと分析が容易になるように、BigQuery テーブル内の TARGET データとメタデータにアクセスできます。これらのテーブルには、情報が数万個に分散した XML および表形式のオープン アクセス TARGET データを、データ型(臨床、生物医学、遺伝子発現、変異など)ごとにクエリ可能な形式に整理統合することにより、アクセスと分析を容易にしています。

同様に、ISB-CGC は他のがんプログラムのための BigQuery テーブルも作成しています。全リストについては、ISB-CGC プログラムのドキュメントをご覧ください。

また ISB-CGC は、ISB-CGC BigQuery テーブルを使用した、単純なクエリから複雑なクエリまでを幅広く構築および分析するノートブックのサンプルを、R と Python の両方で提供しています。

データセットへのアクセス

Cloud Storage フォルダ

ISB-CGC は、アメリカ国立がん研究所が BigQuery データセットの GDC(ゲノム データ コモンズ)でホストする TARGET データの Cloud Storage パス(isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata)を保存しています。ファイルの場所へのアクセス方法については、ISB-CGC TARGET のドキュメントをご覧ください。

BigQuery データセット

データ探索とクエリ用に、BigQuery の次の TARGET データセットにアクセスできます。

他の ISB-CGC がんデータセットを探索するには、ISB-CGC BigQuery 検索ツールを使用します。このデータは、Google BigQuery の isb-cgc-bq プロジェクトにあります。ISB-CGC とそのデータの詳細については、ISB-CGC のドキュメントをご覧ください。

データについて

使用: このデータセットは、データセットのソース(https://cancergenome.nih.gov/)で規定されている条件の下で誰でも利用できるように公開されています。Google はこのデータセットを「現状のまま」提供し、明示または黙示を問わず、いかなる保証も行いません。Google は、このデータセットの使用で、直接または間接の損害が発生したとしても一切の責任を負いません。