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VCF-Rohdatendateien in Cloud Storage speichern

Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie VCF-Rohdatendateien in Cloud Storage kopieren und speichern. Nachdem die VCF-Rohdatendateien gespeichert wurden, können sie mit dem Tool Variant Transforms in BigQuery geladen werden.

Daten in Cloud Storage kopieren

Cloud Life Sciences hostet ein öffentliches Dataset mit Daten von Illumina Platinum Genomes. So kopieren Sie zwei VCF-Dateien aus dem Dataset in einen Bucket:

gsutil cp \
    gs://genomics-public-data/platinum-genomes/vcf/NA1287*_S1.genome.vcf \
    gs://BUCKET/platinum-genomes/vcf/

Varianten aus einem lokalen Dateisystem kopieren

So kopieren Sie eine Gruppe lokaler Dateien:

gsutil -m -o 'GSUtil:parallel_composite_upload_threshold=150M' cp *.vcf \
    gs://BUCKET/vcf/

So kopieren Sie ein lokales Verzeichnis von Dateien:

gsutil -m -o 'GSUtil:parallel_composite_upload_threshold=150M' cp -R \
    VCF_FILE_DIRECTORY/ \
    gs://BUCKET/vcf/

Falls aufgrund vorübergehender Netzwerkprobleme Fehler auftreten, können Sie die vorherigen Befehle mit dem no-clobber-Flag (-n) noch einmal ausführen, um nur die fehlenden Dateien zu übertragen:

gsutil -m -o 'GSUtil:parallel_composite_upload_threshold=150M' cp -n -R \
    VCF_FILE_DIRECTORY \
    gs://BUCKET/vcf/

Weitere Informationen zum Kopieren von Daten nach Cloud Storage finden Sie unter Cloud Storage mit Big Data verwenden.

Weitere Informationen

VCF-Dateien mit dem Tool Variant Transforms in BigQuery laden