Google Cloud でオープンソースの医療研究を強化

※この投稿は米国時間 2021 年 1 月 11 日に、Google Cloud blog に投稿されたものの抄訳です。

このたび、Google Cloud は Odysseus Data Services と提携して ATLAS on GCP をリリースいたします。ATLAS は、The Observational Health Data Sciences and Informatics（OHDSI）プログラムによってビルドおよび保守されているオープンソース アプリケーションです。このプログラムは、さまざまな分野の複数の関係者が連携することで、大規模な分析を通じて観察医療データの価値を引き出すオープンソース ソリューションを生み出すことを目的としています。ATLAS はデータの可視化やコホートの構築からディープ ラーニング モデルまで、あらゆる用途に対応しています。これらのツールはすべて、Observational Medical Outcomes Partnership（OMOP）の共通データモデルを活用してデプロイされます。

OHDSI と ATLAS

ATLAS は、The Observational Health Data Sciences and Informatics（OHDSI）プログラムによってビルドおよび保守されているオープンソース アプリケーションです。このプログラムは、さまざまな分野の複数の関係者が連携することで、大規模な分析を通じて観察医療データの価値を引き出すオープンソース ソリューションを生み出すことを目的としています。ATLAS はデータの可視化やコホートの構築からディープ ラーニング モデルまで、あらゆる用途に対応しています。これらのツールはすべて、Observational Medical Outcomes Partnership（OMOP）の共通データモデルを活用してデプロイされます。BigQuery をサポートする ATLAS v2.7.8 は Google Cloud Marketplace で入手できます。

ATLAS は OMOP の共通データモデル（CDM）に変換済みの標準化された患者レベルデータへの統合インターフェースを提供し、観察調査を実施することを目的としています。これにより、研究者は患者コホートの定義、分析設計の選択、パラメータの設定、データに対する分析手法の実行が可能になります。

Google Cloud で ATLAS を使用するメリット

Odysseus は Google Cloud と提携し、先述のオープンソース ツールのインフラストラクチャをユーザーに提供します。つまり、データの保存、データベースの管理、ワークロードのスケーラビリティは、自動スケーリングやマネージド プロダクトにより処理されるため、ユーザーが心配する必要がなくなります。Google Cloud と OHDSI ツールを併用すると、ユーザーはコスト効率の高い方法で、実装ではなく分析情報に集中できます。

Stanford Medicine による最近の分析によれば、ATLAS は従来のデータベースよりも BigQuery ではるかに高いパフォーマンスを発揮します。

「Google BigQuery のパフォーマンスをご紹介します。Oracle と BigQuery を比較すると、BigQuery は 10～100 倍高速です。ほぼすべてのケースで（Postgres の場合）、BigQuery 使用時の ATLAS のパフォーマンスは同等以上になります。」1

まとめ

ATLAS は、The Observational Health Data Sciences and Informatics（OHDSI）コミュニティによって作成された、一般に公開されているウェブベースの無料オープンソース ソフトウェアです。Odysseus は ATLAS 開発に携わった一社で、OHDSI コミュニティに積極的に参加しており、Google Cloud と協力して GCP BigQuery のサポートを実現しました。これにより、ATLAS を複数の医療機関の GCP プラットフォームにデプロイできるようになりました。これらの学術機関や医療機関は現在、OHDSI コミュニティが実施する医科学研究に積極的に参加しています。

こうしたツールを使用することで、分野、部門、セクター、地域間で健康に関する分析情報と知識を効率よく共有し、結果を改善できるようになります。

Google Cloud の医療データと研究への取り組み

Google Cloud は長い間、医療研究者から生物医学研究者、政策立案者まで、医療研究コミュニティをサポートしてきました。Google Cloud はオープンソース ツールを有効にし、独自のサービスを構築して、主要な公共および民間部門の組織と強力なパートナーシップを築いて医療研究を推進しています。研究者、企業、政府機関が研究目標に向かって前進するために Google Cloud を選ぶ理由は、強力なセキュリティと信頼性、データ分析、最先端の ML / AI 機能が揃っているからです。

OHDSI との新しいパートナーシップに加え、Google Cloud は Verily と Broad Institute of MIT and Harvard によって開発された Terra をはじめ、他のオープンソース データ プラットフォームの基盤を提供し、Tempus、Schrodinger、Clear Labs などの研究中心の組織と長年提携しています。また、米国立衛生研究所と緊密に連携し、Google Cloud で Accenture の INTIENT プラットフォームを使用できるようにしました。

^{1. Stanford Medicine - Somalee Datta 他、2020 年 3 月 17 日。https://arxiv.org/abs/2003.10534}

-Google Cloud 医療ソリューション コンサルタント Vivian Neilley