dsub 실행

dsub는 명령줄 도구입니다. dsub를 사용하면 스크립트를 작성한 다음 Google Cloud에서 배치 컴퓨팅 작업 및 워크플로를 실행할 수 있습니다.

목표

이 가이드를 완료한 후에는 DNA 염기서열이 포함된 큰 바이너리 파일(BAM 파일)로부터 색인(BAI 파일)을 만드는 dsub 파이프라인을 Google Cloud에서 실행하는 방법을 알게 됩니다.

비용

이 가이드에서는 다음을 포함하여 Google Cloud의 청구 가능한 구성요소가 사용됩니다.

  • Compute Engine
  • Cloud Storage

가격 계산기를 사용하여 예상 사용량을 토대로 예상 비용을 산출합니다. 새 Cloud Platform 사용자는 무료 체험판을 사용할 수 있습니다.

시작하기 전에

  1. Python 3.6+를 설치합니다. 시스템에 pip 설치와 같은 Python 개발 환경 설정에 대한 자세한 내용은 Python 개발 환경 설정 가이드를 참조하세요.
  2. Google Cloud 계정에 로그인합니다. Google Cloud를 처음 사용하는 경우 계정을 만들고 Google 제품의 실제 성능을 평가해 보세요. 신규 고객에게는 워크로드를 실행, 테스트, 배포하는 데 사용할 수 있는 $300의 무료 크레딧이 제공됩니다.
  3. Google Cloud Console의 프로젝트 선택기 페이지에서 Google Cloud 프로젝트를 선택하거나 만듭니다.

    프로젝트 선택기로 이동

  4. Cloud 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인합니다. 프로젝트에 결제가 사용 설정되어 있는지 확인하는 방법을 알아보세요.

  5. Cloud Life Sciences, Compute Engine, and Cloud Storage API를 사용 설정합니다.

    API 사용 설정

BAI 파일 만들기

DNA 시퀀스(BAM 파일)의 큰 바이너리 파일(BAM 파일)에서 색인(BAI 파일)을 작성하려면 다음 단계를 완료하세요. 이 데이터의 출처는 1,000 Genomes Project입니다.

  1. databiosphere/dsub GitHub 저장소를 클론합니다.

    git clone https://github.com/databiosphere/dsub.git
    
  2. dsub 도구를 위한 디렉터리로 변경합니다. 저장소는 색인을 생성하기 위해 samtools를 사용하는 사전 제작된 Docker 이미지를 포함합니다.

    cd dsub
    
  3. dsub와 그 종속 항목을 설치합니다.

    python setup.py install
    
  4. dsub 도구를 실행하여 BAI 파일을 만들고 PROJECT_ID를 Google Cloud 프로젝트로 바꾸고 BUCKET을 쓰기 액세스 권한이 있는 Cloud Storage 버킷으로 바꿉니다.

    dsub \
        --provider google-cls-v2 \
        --project PROJECT_ID \
        --logging gs://BUCKET/logs \
        --input BAM=gs://genomics-public-data/1000-genomes/bam/HG00114.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam \
        --output BAI=gs://BUCKET/HG00114.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam.bai \
        --image quay.io/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index \
        --command 'samtools index ${BAM} ${BAI}' \
        --wait
    

    samtools 명령어는 --input 플래그로 제공되는 데이터 파일에서 실행됩니다. 파이프라인은 출력 파일을 작성하고 Cloud Storage 버킷에 로깅합니다.

  5. BAI 파일이 생성되었는지 확인합니다.

    gsutil ls BUCKET
    

    이 명령어는 다음 응답을 반환합니다.

    gs://BUCKET/HG00114.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam.bai
    

정리

dsub 가이드를 완료한 후에는 할당량을 차지하지 않고 이후에 요금이 청구되지 않도록 Google Cloud에서 만든 리소스를 삭제할 수 있습니다. 다음 섹션에서는 리소스를 삭제하거나 사용 중지하는 방법을 설명합니다.

프로젝트 삭제

비용이 청구되지 않도록 하는 가장 쉬운 방법은 가이드에서 만든 프로젝트를 삭제하는 것입니다.

프로젝트를 삭제하는 방법은 다음과 같습니다.

  1. Cloud Console에서 리소스 관리 페이지로 이동합니다.

    리소스 관리로 이동

  2. 프로젝트 목록에서 삭제할 프로젝트를 선택하고 삭제를 클릭합니다.
  3. 대화상자에서 프로젝트 ID를 입력한 후 종료를 클릭하여 프로젝트를 삭제합니다.

다음 단계

로컬에서 dsub를 사용하여 개발하거나 dsub를 사용하여 Google Cloud에서 여러 작업으로 확장하는 방법에 대한 자세한 내용과 예시는 GitHub의 dsub 문서를 참조하세요.