Program Cancer Genome Atlas (TCGA) adalah upaya komprehensif dan terkoordinasi untuk mempercepat pemahaman tentang dasar molekul kanker melalui penerapan teknologi analisis genom, termasuk pengurutan genom skala besar. Data yang dihasilkan dari program ini secara molekul dikarakterisasikan untuk lebih dari 20.000 kanker primer dan cocok dengan sampel normal yang mencakup 33 jenis kanker yang berbeda.
Institute for Systems Biology Cancer Gateway in the Cloud (ISB-CGC) memberikan akses ke data dan metadata TCGA di tabel BigQuery untuk kemudahan akses dan analisis. Tabel ini menggabungkan informasi yang tersebar di atas puluhan ribu data XML dan data TCF akses terbuka tabular ke dalam format yang dapat dikueri berdasarkan jenis data (misalnya, klinis, biospesimen, ekspresi gen, dan mutasi) untuk kemudahan akses dan analisis.
Demikian pula, ISB-CGC telah membuat tabel BigQuery untuk program kanker lainnya; lihat dokumentasi Program ISB-CGC.
ISB-CGC juga memberikan contoh notebook di R dan Python yang berkisar dari pembuatan dan analisis kueri sederhana hingga kompleks menggunakan tabel BigQuery ISB-CGC:
Akses set data
Folder Cloud Storage
ISB-CGC menyimpan jalur penyimpanan cloud ke data TCGA yang dihosting oleh Genomic Data Commons dari National Cancer Institute dalam set data BigQuery isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata. Lihat dokumentasi TCGA ISB-CGC untuk mengetahui cara mengakses lokasi file ini.
Set data BigQuery
Anda dapat mengakses set data TCGA berikut di BigQuery untuk eksplorasi dan kueri data:
Untuk mempelajari set data kanker ISB-CGC lainnya, gunakan Alat Penelusuran BigQuery ISB-CGC. Anda dapat menemukan data ini di project isb-cgc-bq di Google BigQuery. Untuk informasi selengkapnya tentang ISB-CGC dan datanya, lihat dokumentasi ISB-CGC.
Tentang data
Penggunaan: Set data ini tersedia secara publik untuk digunakan oleh siapa saja berdasarkan persyaratan yang disediakan oleh sumber set data (https://cancergenome.nih.gov/) dan disediakan "APA ADANYA" tanpa jaminan apa pun, baik tersurat maupun tersirat, dari Google. Google tidak bertanggung jawab atas kerusakan apa pun, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang timbul dari penggunaan set data ini.