El programa Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) aplica un enfoque genómico integral para determinar los cambios moleculares que impulsan el cáncer infantil.
El Institute for Systems Biology Cancer Gateway to the Cloud (ISB-CGC) proporciona acceso a metadatos y datos TARGET en tablas de BigQuery para facilitar el acceso y el análisis. Estas tablas consolidan la información dispersa en miles de datos XML y tabulares de acceso abierto TARGET en un formato de consulta por tipo de datos (como clínico, biospecífico, expresión genética, mutación, etc.) para facilitar el acceso y el análisis.
De forma similar, ISB-CGC creó tablas de BigQuery para otros programas de cáncer. Consulta la documentación de los programas de ISB-CGC para obtener una lista completa.
ISB-CGC también proporciona ejemplos de notebooks en R y Python que van desde la compilación y el análisis de consultas simples hasta complejos mediante tablas de BigQuery ISB-CGC:
Acceso al conjunto de datos
Carpetas de Cloud Storage
ISB-CGC almacena rutas de Cloud Storage a datos de TARGET alojados por los Data Genomic Data Commons del Instituto Nacional del Cáncer en el conjunto de datos de BigQuery isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata. Consulta la documentación de TARGET de IBS-CGC para obtener información sobre cómo acceder a estas ubicaciones de archivos.
Conjuntos de datos de BigQuery
Puedes acceder a los siguientes conjuntos de datos TARGET en BigQuery para explorar y consultar los datos:
Para explorar otros conjuntos de datos de cáncer de ISB-CGC, usa la Herramienta de búsqueda de BigQuery de ISB-CGC. Puedes encontrar estos datos en el proyecto isb-cgc-bq de Google BigQuery. Para obtener más información sobre ISB-CGC y sus datos, consulta la documentación de ISB-CGC.
Acerca de los datos
Uso: Este conjunto de datos está disponible públicamente para que lo use cualquier persona de conformidad con las condiciones que provee la fuente del conjunto de datos (https://cancergenome.nih.gov/) y se proporciona "COMO ESTÁ", sin ninguna garantía por parte de Google, ni explícita ni implícita. Google rehúsa toda responsabilidad por cualquier daño, directo o indirecto, que resulte del uso del conjunto de datos.