Das Programm Therapeutically Applied Research to Generate Effective Treatments (TARGET) wendet einen umfassenden genomischen Ansatz an, um die molekularen Veränderungen zu bestimmen, die zu Krebserkrankungen im Kindesalter führen.
Das Institute for Systems Biology Cancer Gateway to the Cloud (ISB-CGC) bietet Zugriff auf TARGET-Daten und -Metadaten in BigQuery-Tabellen, um den Zugriff und die Analyse zu erleichtern. Diese Tabellen fassen die über Zehntausende von XML- und tabellarischen, frei zugänglichen TARGET-Daten verstreuten Informationen in einem abfragbaren Format nach Datentyp (z. B. klinisch, Bioproben, Genexpression, Mutation usw.) zusammen und erleichtern so den Zugang und die Analyse.
In ähnlicher Weise hat ISB-CGC BigQuery-Tabellen für andere Krebsprogramme erstellt. Eine vollständige Liste finden Sie in der Dokumentation zu den ISB-CGC-Programmen.
ISB-CGC bietet auch Notebook-Beispiele in R und Python, die von einfachen bis zu komplexen Abfrageerstellungen und -analysen mithilfe von ISB-CGC-BigQuery-Tabellen reichen:
Dataset-Zugriff
Cloud Storage-Ordner
ISB-CGC speichert Cloud-Speicherpfade zu TARGET-Daten, die vom National Cancer Institute's Genomic Data Commons gehostet werden, in dem BigQuery-Datensatz isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata. Informationen zum Zugriff auf diese Dateispeicherorte finden Sie in der ISB-CGC TARGET-Dokumentation.
BigQuery-Datasets
Zur Untersuchung und Abfrage von Daten können Sie in BigQuery auf folgende TARGET-Datasets zugreifen:
Verwenden Sie das ISB-CGC BigQuery-Suchtool, um andere ISB-CGC-Krebs-Datasets zu entdecken. Diese Daten finden Sie im Projekt isb-cgc-bq in Google BigQuery. Weitere Informationen zu ISB-CGC und dessen Daten finden Sie in der ISB-CGC-Dokumentation.
Über die Daten
Nutzung: Dieses Dataset ist öffentlich verfügbar und kann gemäß den von der Dataset-Quelle (https://cancergenome.nih.gov/) bereitgestellten Bedingungen genutzt werden. Das Dataset wird "IM IST-ZUSTAND" ohne ausdrückliche oder stillschweigende Garantie von Google bereitgestellt. Google lehnt jegliche Haftung für direkte oder indirekte Schäden ab, die aus der Nutzung des Datasets resultieren.