Il programma Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) applica un approccio genomico completo per determinare le modifiche molecolari che causano i tumori infantili.
L'Institute for Systems Biology Cancer Gateway to the Cloud (ISB-CGC) fornisce l'accesso ai dati e ai metadati TARGET nelle tabelle BigQuery per facilitare l'accesso e l'analisi. Queste tabelle raggruppano le informazioni sparse su decine di migliaia di dati TARGET XML e tabulari di accesso pubblico in un formato interrogabile in base al tipo di dati (ad esempio clinici, campioni biologici, espressione genica, mutazioni e così via) per facilitare l'accesso e l'analisi.
Allo stesso modo, ISB-CGC ha creato tabelle BigQuery per altri programmi per il cancro; vedi La documentazione dei programmi IB-CGC per un elenco completo.
ISB-CGC fornisce anche esempi di notebook in R e Python che vanno dalla creazione e dall'analisi di query semplici a quelle complesse utilizzando le tabelle BigQuery di ISB-CGC:
Accesso a set di dati
Cartelle Cloud Storage
ISB-CGC archivia i percorsi Cloud Storage dei dati di TARGET ospitati da il National Cancer Institute Genomic Data Commons in il set di dati BigQuery isb-cgc-bq.GDC_case_file_metadata. Consulta la documentazione di TARGET ISB-CGC per scoprire come accedere a queste posizioni dei file.
Set di dati di BigQuery
Puoi accedere ai seguenti set di dati TARGET in BigQuery per i dati dell'esplorazione e delle query:
Per esplorare altri set di dati sul cancro di ISB-CGC, utilizza lo strumento di ricerca BigQuery di ISB-CGC. Puoi trovare questi dati nel progetto isb-cgc-bq in Google BigQuery. Per ulteriori informazioni su ISB-CGC e sui relativi dati, consulta la documentazione di ISB-CGC.
Informazioni sui dati
Utilizzo: questo set di dati è disponibile pubblicamente per chiunque lo utilizzi ai sensi dei termini forniti dall'origine del set di dati (https://cancergenome.nih.gov/) ed è fornito "COSÌ COM'È" senza alcuna garanzia, espressa o implicita, da parte di Google. Google esclude qualsiasi responsabilità per eventuali danni, diretti o indiretti, derivanti dall'uso del set di dati.