快速入门

本页面介绍了如何运行使用 Cloud Life Sciences API 从包含 DNA 序列的大型二进制文件（BAM 文件）创建索引文件（BAI 文件）的基因组流水线。

准备工作

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在 Google Cloud Console 的项目选择器页面上，选择或创建一个 Google Cloud 项目。

注意：如果您不打算保留在此过程中创建的资源，请创建新的项目，而不要选择现有的项目。完成本教程介绍的步骤后，您可以删除所创建的项目，并移除与该项目关联的所有资源。

转到“项目选择器”

确保您的 Cloud 项目已启用结算功能。了解如何确认您的项目是否已启用结算功能。

启用 Cloud Life Sciences, Compute Engine, and Cloud Storage JSON API。
启用 API

安装并初始化 Cloud SDK。

或者，您也可以使用 Cloud Shell，该工具安装有 Cloud SDK。

运行流水线

您可以使用 curl 或 Windows PowerShell 来运行流水线。

curl

创建一个 BUCKET 环境变量。该变量指向使用您的项目名称且附加有 -life-sciences 的 Cloud Storage 存储分区。
```
export BUCKET=gs://PROJECT_ID-life-sciences
```
使用 gsutil mb 命令创建存储分区：
```
gsutil mb ${BUCKET}
```
使用 gcloud 命令行工具运行流水线，指定输入的 BAM 文件名和输出的 BAI 文件名。该流水线会调用 Cloud Life Sciences API，创建 Compute Engine 虚拟机实例，然后在实例上运行流水线流程。该流程完成后，实例会自动关闭，并且 BAI 文件会被复制到您的 Cloud Storage 存储分区。
```
gcloud beta lifesciences pipelines run \
    --regions us-east1 \
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' \
    --docker-image "gcr.io/genomics-tools/samtools" \
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam \
    --outputs BAI=${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```
如果成功，该命令会返回以下内容：
```
Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]
```
流水线需要几分钟时间才能执行完毕。您可以运行以下命令来跟踪其状态。将 OPERATION_ID 替换成上一步骤中输出的值。
```
gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID
```
操作完成后，将返回以下消息：
```
Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.
```
要验证是否生成了 BAI 文件，请运行以下命令：
```
gsutil ls ${BUCKET}
```
该命令应返回以下内容：
```
gs://BUCKET/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```

您只需使用 Cloud Life Sciences API 运行流水线，即可从 BAM 文件创建 BAI 文件。

PowerShell

创建一个 BUCKET 环境变量。该变量指向使用您的项目名称且附加有 -life-sciences 的 Cloud Storage 存储分区。
```
$BUCKET = "gs://PROJECT_ID-life-sciences"
```
使用 gsutil mb 命令创建存储分区：
```
gsutil mb ${BUCKET}
```
使用 gcloud 命令行工具运行流水线，指定输入的 BAM 文件名和输出的 BAI 文件名。该流水线会调用 Cloud Life Sciences API，创建 Compute Engine 虚拟机实例，然后在实例上运行流水线流程。该流程完成后，实例会自动关闭，并且 BAI 文件会被复制到您的 Cloud Storage 存储分区。
```
gcloud beta lifesciences pipelines run `
    --regions us-east1 `
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' `
    --docker-image "gcr.io/genomics-tools/samtools" `
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam `
    --outputs BAI=${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```
如果成功，该命令会返回以下内容：
```
Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]
```
流水线需要几分钟时间才能执行完毕。您可以运行以下命令来跟踪其状态。将 OPERATION_ID 替换成上一步骤中输出的值。
```
gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID
```
操作完成后，将返回以下消息：
```
Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.
```
要验证是否生成了 BAI 文件，请运行以下命令：
```
gsutil ls ${BUCKET}
```
该命令应返回以下内容：
```
gs://BUCKET/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```

您只需使用 Cloud Life Sciences API 运行流水线，即可从 BAM 文件创建 BAI 文件。

清理

为避免系统因本快速入门中使用的资源向您的 Google Cloud 帐号收取费用，您可以清理在 Google Cloud 上创建的资源。以下部分介绍如何删除或关闭这些资源。

删除项目

如果您专门为此快速入门创建了项目，但不再需要用到该项目，您可以将其删除。删除项目时，相应的 Cloud Storage 存储分区和 BAI 文件也会删除。

在 Cloud Console 中，转到管理资源页面。
转到“管理资源”
在项目列表中，选择要删除的项目，然后点击删除。
在对话框中输入项目 ID，然后点击关闭以删除项目。

删除 BAI 文件

要删除生成的 BAI 文件但保留创建的项目和存储分区，请运行 gsutil rm 命令：

gsutil rm ${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai

删除存储分区

如果您专门为此快速入门创建了存储分区，但不再需要用到它，请使用 gsutil rb 命令删除该存储分区。删除存储分区也会删除生成的 BAI 文件。

gsutil rb ${BUCKET}