Guía de inicio rápido

En esta página, se muestra cómo ejecutar una canalización de genómica que utiliza la API de Cloud Life Sciences para crear un archivo de índice (archivo BAI) a partir de un gran archivo binario que contiene secuencias de ADN (archivo BAM).

Antes de comenzar

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En la página del selector de proyectos de Google Cloud Console, selecciona o crea un proyecto de Google Cloud.

Nota: Si no planeas conservar los recursos que creaste durante este procedimiento, crea un proyecto en lugar de seleccionar uno existente. Cuando termines, puedes borrar el proyecto y quitar todos los recursos asociados con él.

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Instala e inicializa el SDK de Cloud.

También puedes usar Cloud Shell, que ya tiene instalado el SDK de Cloud.

Ejecuta la canalización

Puedes ejecutar la canalización mediante curl o Windows PowerShell.

curl

Crea una variable de entorno BUCKET. La variable dirige a un depósito de Cloud Storage que usa el nombre del proyecto con -life-sciences agregado al final.
```
export BUCKET=gs://PROJECT_ID-life-sciences
```
Crea el depósito con el comando gsutil mb:
```
gsutil mb ${BUCKET}
```
Ejecuta una canalización con la herramienta de línea de comandos de gcloud, y especifica un nombre de archivo BAM para la entrada y un nombre de archivo BAI para el resultado. La canalización invoca la API de Cloud Life Sciences, crea una instancia de VM de Compute Engine y, luego, ejecuta el proceso de canalización en la instancia. Una vez que ha finalizado el proceso, la instancia se cierra automáticamente y el archivo BAI se copia en tu bucket de Cloud Storage.
```
gcloud beta lifesciences pipelines run \
    --regions us-east1 \
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' \
    --docker-image "gcr.io/genomics-tools/samtools" \
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam \
    --outputs BAI=${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```
Si se completa correctamente, el comando muestra lo siguiente:
```
Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]
```
La canalización tarda unos minutos en finalizar. Puedes ejecutar el siguiente comando para hacer un seguimiento de su estado. Reemplaza OPERATION_ID con el valor impreso en el paso anterior.
```
gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID
```
Después de que la operación finaliza, muestra el mensaje siguiente:
```
Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.
```
Verifica que se haya generado el archivo BAI:
```
gsutil ls ${BUCKET}
```
El comando debería mostrar lo siguiente:
```
gs://BUCKET/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```

Acabas de ejecutar una canalización mediante la API de Cloud Life Sciences para crear un archivo BAI a partir de un archivo BAM.

PowerShell

Crea una variable de entorno BUCKET. La variable dirige a un depósito de Cloud Storage que usa el nombre del proyecto con -life-sciences agregado al final.
```
$BUCKET = "gs://PROJECT_ID-life-sciences"
```
Crea el depósito con el comando gsutil mb:
```
gsutil mb ${BUCKET}
```
Ejecuta una canalización con la herramienta de línea de comandos de gcloud, y especifica un nombre de archivo BAM para la entrada y un nombre de archivo BAI para el resultado. La canalización invoca la API de Cloud Life Sciences, crea una instancia de VM de Compute Engine y, luego, ejecuta el proceso de canalización en la instancia. Una vez que ha finalizado el proceso, la instancia se cierra automáticamente y el archivo BAI se copia en tu bucket de Cloud Storage.
```
gcloud beta lifesciences pipelines run `
    --regions us-east1 `
    --command-line 'samtools index ${BAM} ${BAI}' `
    --docker-image "gcr.io/genomics-tools/samtools" `
    --inputs BAM=gs://genomics-public-data/NA12878.chr20.sample.bam `
    --outputs BAI=${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```
Si se completa correctamente, el comando muestra lo siguiente:
```
Running [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]
```
La canalización tarda unos minutos en finalizar. Puedes ejecutar el siguiente comando para hacer un seguimiento de su estado. Reemplaza OPERATION_ID con el valor impreso en el paso anterior.
```
gcloud beta lifesciences operations wait OPERATION_ID
```
Después de que la operación finaliza, muestra el mensaje siguiente:
```
Waiting for [projects/PROJECT_ID/operations/OPERATION_ID]...done.
```
Verifica que se haya generado el archivo BAI:
```
gsutil ls ${BUCKET}
```
El comando debería mostrar lo siguiente:
```
gs://BUCKET/NA12878.chr20.sample.bam.bai
```

Acabas de ejecutar una canalización mediante la API de Cloud Life Sciences para crear un archivo BAI a partir de un archivo BAM.

Limpieza

Para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos utilizados en este instructivo, puedes limpiar los recursos que creaste en Google Cloud. En las siguientes secciones, se describe cómo borrarlos o desactivarlos.

Borra el proyecto

Si creaste el proyecto específicamente para esta guía de inicio rápido y ya no lo necesitas, puedes borrarlo. Cuando borras el proyecto, también se borra el bucket de Cloud Storage y el archivo BAI.

Precaución: Borrar un proyecto tiene estas consecuencias:

Se borra todo en el proyecto. Si utilizaste un proyecto existente para este instructivo, cuando lo borres, también borrarás cualquier otro trabajo que hayas realizado en el proyecto.
Se pierden los ID personalizados de proyectos. Cuando creaste este proyecto, es posible que hayas creado un ID del proyecto personalizado que desees utilizar en el futuro. Para conservar las URL que utilizan el ID del proyecto, como una URL appspot.com, borra los recursos seleccionados dentro del proyecto en lugar de borrar todo el proyecto.

Si planeas explorar varios instructivos y guías de inicio rápido, la reutilización de proyectos puede ayudarte a evitar exceder los límites de las cuotas del proyecto.

En Cloud Console, ve a la página Administrar recursos.
Ir a Administrar recursos
En la lista de proyectos, elige el proyecto que quieres borrar y haz clic en Borrar.
En el diálogo, escribe el ID del proyecto y, luego, haz clic en Cerrar para borrar el proyecto.

Borra el archivo BAI

Para borrar el archivo BAI generado, pero conservar el proyecto y el depósito que creaste, ejecuta el comando gsutil rm:

gsutil rm ${BUCKET}/NA12878.chr20.sample.bam.bai

Borra el bucket

Si creaste el depósito específicamente para esta guía de inicio rápido y ya no lo necesitas, pero quieres conservar tu proyecto, borra el depósito con el comando gsutil rb. Cuando se borra el bucket también se borra el archivo BAI generado.

gsutil rb ${BUCKET}