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Ferramenta Variant Transforms
Variant Transforms é uma ferramenta de código aberto usada com o Cloud Life Sciences. Ela é baseada no Apache Beam e usa o Dataflow .
Essa ferramenta permite transformar e carregar centenas de milhares de arquivos, milhões de amostras e bilhões de registros de maneira escalonável. A ferramenta também tem um pré-processador que pode ser usado para validar arquivos VCF e identificar inconsistências.
O fluxo de trabalho típico para usar a ferramenta consiste nas seguintes etapas:
Armazenar arquivos VCF brutos no Cloud Storage .Usar a ferramenta Variant Transforms para carregar os arquivos VCF do Cloud Storage no BigQuery .
Você pode usar o BigQuery para analisar as variantes .
Conheça o esquema de variantes do BigQuery para saber como a ferramenta carrega arquivos VCF nas tabelas do BigQuery.
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Last updated 2021-01-12 UTC.
