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Guia de início rápido: como usar a ferramenta de linha de comando gcloud

Esta página mostra como usar a API Cloud Healthcare com a ferramenta de linha de comando gcloud para concluir as seguintes tarefas:

  1. Crie um conjunto de dados da API Cloud Healthcare.
  2. Crie um dos armazenamentos de dados a seguir dentro do conjunto de dados:
    • Loja de imagens e comunicações digitais em medicina (DICOM)
    • Armazenamento rápido de recursos de interoperabilidade de saúde (FHIR, na sigla em inglês)
    • Armazenamento internacional de nível internacional de integridade 2 (HL7v2)
  3. Armazene e inspecione um tipo específico de dados médicos no armazenamento DICOM, FHIR ou HL7v2.

Antes de começar

  1. Faça login na sua conta do Google Cloud. Se você começou a usar o Google Cloud agora, crie uma conta para avaliar o desempenho de nossos produtos em situações reais. Clientes novos também recebem US$ 300 em créditos para executar, testar e implantar cargas de trabalho.
  2. No Console do Google Cloud, na página do seletor de projetos, selecione ou crie um projeto do Google Cloud.

    Acessar o seletor de projetos

  3. Verifique se o faturamento está ativado para seu projeto na nuvem. Saiba como confirmar se o faturamento está ativado para o projeto.

  4. Ative a Cloud Healthcare API.

    Ative a API

  5. Instale gsutil (em inglês), uma ferramenta que permite acessar o Cloud Storage a partir da linha de comando usando HTTPS.
  6. Com base em como você está usando a ferramenta de linha de comando gcloud, conclua uma das seguintes etapas:
    • Se estiver usando o Cloud Shell, acesse o Console do Google Cloud e clique no botão Ativar o Cloud Shell na parte superior da janela do console.

      Ir para o Google Cloud Console

      Uma sessão do Cloud Shell é aberta em um novo frame na parte inferior do console e um prompt de linha de comando é exibido. Pode levar alguns segundos para que a sessão do shell seja inicializada.

    • Se você estiver usando uma máquina virtual do Compute Engine, abra a janela de terminal da máquina virtual.
    • Se você estiver usando a ferramenta gcloud na sua máquina, instale e inicialize o SDK do Cloud..

Como criar um conjunto de dados

Os conjuntos de dados são os contêineres básicos que armazenam dados de saúde no Google Cloud. Para usar a API Cloud Healthcare, é preciso criar pelo menos um conjunto de dados.

Para criar um conjunto de dados, use o comando gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create DATASET_ID \
    --location=LOCATION

Substitua:

  • DATASET_ID: um identificador para o conjunto de dados. O ID do conjunto de dados precisa ser exclusivo no local. O ID do conjunto de dados pode ser qualquer string Unicode de 1-256 caracteres que consiste em números, letras, sublinhados, traços e pontos.
  • LOCATION: o local do Google Cloud em que o conjunto de dados será criado. Use us-central1, us-west2, us-east4, europe-west2, europe-west4, europe-west6, northamerica-northeast1, southamerica-east1, asia-east2, asia-northeast1, asia-southeast1, australia-southeast1 ou us. Para usar a região padrão no projeto, omita a opção --location.

A saída é esta:

Created dataset [DATASET_ID].

Como armazenar e visualizar dados DICOM, FHIR e HL7v2

Para concluir este guia de início rápido, escolha em uma das seguintes seções:

Como armazenar e visualizar instâncias do DICOM

Nesta seção, você aprende a realizar as seguintes tarefas:

  1. Crie um armazenamento DICOM.
  2. Importar uma instância DICOM do Cloud Storage para o armazenamento DICOM.
  3. (Opcional) Veja os metadados da instância DICOM.

A API Cloud Healthcare implementa o padrão DICOMweb para armazenar e acessar dados de imagem médica.

  1. Os armazenamentos DICOM existem dentro de conjuntos de dados e contêm instâncias DICOM. Para criar um armazenamento DICOM, use o comando gcloud healthcare dicom-stores create:

    gcloud healthcare dicom-stores create DICOM_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION
    

    Substitua:

    • DICOM_STORE_ID: um identificador para o armazenamento DICOM. Ele precisa ser exclusivo no conjunto de dados. O ID de armazenamento DICOM pode ser qualquer string Unicode de 1 a 256 caracteres que consistem em números, letras, sublinhados, traços e pontos.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento DICOM.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.

    A saída é esta:

    Created dicomStore [DICOM_STORE_ID].
    
  2. Os dados DICOM de amostra estão disponíveis no bucket gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray do Cloud Storage.

    Importe a instância DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm usando o comando gcloud healthcare dicom-stores import:

    gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
    

    Substitua:

    • DICOM_STORE_ID: o identificador do armazenamento DICOM.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento DICOM.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.

    A saída é esta:

    Request issued for: [DICOM_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    
  3. Opcional: a ferramenta gcloud não é compatível com transações DICOMweb, como visualização ou recuperação de instâncias. Em vez disso, use a ferramenta de linha de comando DICOM do Google. A ferramenta de linha de comando DICOMweb é executada com Python. Para informações sobre como configurar o Python no Google Cloud, consulte Como configurar um ambiente de desenvolvimento do Python.

    Depois de configurar em Python, instale a ferramenta usando Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    

    Para visualizar os metadados da instância, execute o seguinte comando usando a ferramenta de linha de comando DICOMweb:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID/dicomWeb \
      search instances
    

    A saída é esta:

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Agora que você armazenou uma instância DICOM na API Cloud Healthcare, continue em A seguir para informações sobre as próximas etapas, por exemplo, como pesquisar ou recuperar imagens DICOM.

Como armazenar e visualizar recursos do FHIR

Nesta seção, você aprende a realizar as seguintes tarefas:

  1. Crie um armazenamento de FHIR.
  2. Crie um bucket do Cloud Storage e copie um arquivo de recurso FHIR para o bucket.
  3. Importe o recurso FHIR do bucket do Cloud Storage para o armazenamento de FHIR.

Para concluir este guia de início rápido, siga estas etapas:

  1. Os armazenamentos de FHIR existem dentro de conjuntos de dados e contêm recursos do FHIR. Para criar um armazenamento de FHIR, use o comando gcloud healthcare fhir-stores create:

    gcloud healthcare fhir-stores create FHIR_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --version=STU3
    

    Substitua:

    • FHIR_STORE_ID: um identificador para o armazenamento de FHIR. O código do armazenamento de FHIR precisa ser exclusivo no conjunto de dados. O ID de armazenamento FHIR pode ser qualquer string Unicode de 1 a 256 caracteres que consiste em números, letras, sublinhados, traços e pontos.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.
    • As opções disponíveis para a versão do armazenamento de FHIR são DSTU2, STU3 ou R4. Para este guia de início rápido, use STU3.

    A saída é esta:

    Created fhirStore [FHIR_STORE_ID].
    
  2. Salve o arquivo de exemplo JSON de recurso FHIR na máquina. O arquivo contém dados básicos para um recurso paciente e um contador que o paciente tinha.

  3. Se você ainda não tem um bucket do Cloud Storage que quer usar para armazenar o arquivo de recurso FHIR de amostra, crie um novo bucket usando o comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Substitua a variável BUCKET pelo nome do seu bucket globalmente exclusivo.

    A saída é esta:

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Se o nome do bucket escolhido já estiver em uso por você ou outra pessoa, o comando retornará a seguinte mensagem:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Se o nome do bucket já estiver em uso, tente novamente com outro nome de bucket.

  4. Copie o arquivo de recurso JSON FHIR de amostra para o bucket usando o comando gsutil cp:

    gsutil cp resources.ndjson gs://BUCKET
    

    A saída é esta:

    Copying file://resources.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  860.0 B/  860.0 B]
    Operation completed over 1 objects/860.0 B.
    
  5. Depois de copiar o arquivo de recursos FHIR para o bucket, importe o recurso FHIR usando o comando gcloud healthcare fhir-stores import:

    gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/resources.ndjson \
     --content-structure=RESOURCE
    

    Substitua:

    • FHIR_STORE_ID: o identificador do armazenamento de FHIR.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento de FHIR.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.
    • BUCKET: o nome do bucket do Cloud Storage que contém o arquivo de recurso FHIR.

    A saída é esta:

    Request issued for: [FHIR_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    version: STU3
    

Agora que você armazenou um recurso de FHIR na API Cloud Healthcare, acesse A seguir para ver informações sobre as próximas etapas, como visualizar e pesquisar recursos FHIR no FHIR.

Como armazenar e visualizar mensagens HL7v2

Nesta seção, você aprende a realizar as seguintes tarefas:

  1. Criar uma loja HL7v2.
  2. Crie um bucket do Cloud Storage e copie uma mensagem HL7v2 para ele.
  3. Importe a mensagem HL7v2 do bucket do Cloud Storage para o armazenamento HL7v2.

A implementação HL7v2 na API Cloud Healthcare é alinhada com o padrão HL7v2.

  1. Os armazenamentos HL7v2 existem dentro de conjuntos de dados e contêm mensagens HL7v2. Para criar um armazenamento HL7v2, use o comando gcloud healthcare hl7V2-stores create:

    gcloud healthcare hl7V2-stores create HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION
    

    Substitua:

    • HL7V2_STORE_ID: um identificador para o armazenamento HL7v2. O código de armazenamento HL7v2 precisa ser exclusivo no conjunto de dados. O código de armazenamento HL7v2 pode ser qualquer string Unicode de 1 a 256 caracteres que consistem em números, letras, sublinhados, traços e pontos.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento HL7v2.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.

    A saída é esta:

    Created hl7v2Store [HL7V2_STORE_ID].
    
  2. Salve o arquivo de mensagem HL7v2 de amostra na sua máquina. A mensagem contém as seguintes informações básicas, em que é codificada em base64 no campo data do arquivo de amostra:

    MSH|^~\&|A|SEND_FACILITY|A|A|20180101000000||TYPE^A|20180101000000|T|0.0|||AA||00|ASCII
    EVN|A00|20180101040000
    PID||14^111^^^^MRN|11111111^^^^MRN~1111111111^^^^ORGNMBR
    
  3. Se você ainda não tiver um bucket do Cloud Storage que queira usar para armazenar a mensagem de amostra HL7v2, crie um novo bucket usando o comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Substitua a variável BUCKET pelo nome do seu bucket globalmente exclusivo.

    A saída é esta:

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Se o nome de bucket escolhido já estiver em uso por você ou outra pessoa, o comando retornará o seguinte:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Se o nome do bucket já estiver em uso, tente novamente com outro nome de bucket.

  4. Copie a mensagem de amostra HL7v2 para o bucket usando o comando gsutil cp:

    gsutil cp hl7v2-sample-import.ndjson gs://BUCKET
    

    A saída é esta:

    Copying file://hl7v2-sample-import.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  241.0 B/  241.0 B]
    Operation completed over 1 objects/241.0 B.
    
  5. Depois de copiar o arquivo HL7v2 para o bucket, importe a mensagem HL7v2 usando o comando gcloud beta healthcare hl7V2-stores import:

    gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/hl7v2-sample-import.ndjson
    

    Substitua:

    • HL7V2_STORE_ID: o identificador do armazenamento HL7v2.
    • DATASET_ID: o nome do conjunto de dados pai do armazenamento HL7v2.
    • LOCATION: o local do conjunto de dados pai.
    • BUCKET: o nome do bucket do Cloud Storage que contém o arquivo HL7v2.

    A saída é esta:

    Request issued for: [HL7V2_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    

Agora que você armazenou uma mensagem HL7v2 na API Cloud Healthcare, continue em A seguir para informações sobre as próximas etapas, por exemplo, como visualizar o conteúdo da mensagem HL7v2 em a loja dele.

Limpeza

É possível limpar os recursos que foram criados no Google Cloud para evitar cobranças na conta do Google Cloud pelos recursos usados neste tutorial.

Se você criou um novo projeto para este tutorial, siga as etapas em Excluir o projeto. Caso contrário, siga as etapas em Excluir o conjunto de dados.

Exclua o projeto

  1. No Console do Cloud, acesse a página Gerenciar recursos:

    Acessar "Gerenciar recursos"

  2. Na lista de projetos, selecione o projeto que você quer excluir e clique em Excluir .
  3. Na caixa de diálogo, digite o ID do projeto e clique em Encerrar para excluí-lo.

Excluir o conjunto de dados

Se você não precisar mais do conjunto de dados criado neste guia de início rápido, poderá excluí-lo. Excluir um conjunto de dados exclui permanentemente o conjunto de dados e todos os armazenamentos FHIR, HL7v2 ou DICOM que ele contém.

  1. Para excluir um conjunto de dados, use o comando gcloud healthcare datasets delete:

    gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
    --location=LOCATION \
    --project=PROJECT_ID
    
  2. Para confirmar, digite Y.

A saída é esta:

Deleted dataset [DATASET_ID].

Como foi?

A seguir

Consulte as seções a seguir para informações gerais sobre a API Cloud Healthcare e como executar tarefas usando o Console do Cloud ou curl e o Windows PowerShell.

DICOM

Consulte o guia do DICOM para analisar tópicos como:

Consulte a instrução de conformidade sobre DICOM para informações sobre como a API Cloud Healthcare implementa o padrão DICOMweb.

FHIR

Consulte o guia de FHIR para analisar tópicos como:

Consulte a instrução de conformidade FHIR para informações sobre como a API Cloud Healthcare implementa o padrão FHIR.

HL7v2

Consulte o guia HL7v2 para revisar tópicos como: