Guia de início rápido: como usar a ferramenta de linha de comando gcloud

Nesta página, explicamos como usar a API Cloud Healthcare com a ferramenta de linha de comando gcloud para concluir as seguintes tarefas:

  1. Crie um conjunto de dados da API Cloud Healthcare.
  2. Crie um dos seguintes armazenamentos de dados no conjunto de dados:
    • Loja de imagens e comunicações digitais em medicamentos (DICOM)
    • Armazenamento de recursos de interoperabilidade de saúde rápida (FHIR, na sigla em inglês)
    • Armazenamento da Health Level Seven International Version 2 (HL7v2)
  3. Armazene dados DICOM, FHIR e HL7v2 e visualize metadados DICOM.

Se você tem interesse apenas em trabalhar com um tipo de repositório de dados, pule diretamente para essa seção do guia de início rápido após concluir as etapas em Antes de começar e Criar um conjunto de dados;

Antes de começar

  1. Faça login na sua conta do Google Cloud. Se você começou a usar o Google Cloud agora, crie uma conta para avaliar o desempenho de nossos produtos em situações reais. Clientes novos também recebem US$ 300 em créditos para executar, testar e implantar cargas de trabalho.
  2. No Console do Google Cloud, na página do seletor de projetos, selecione ou crie um projeto do Google Cloud.

    Acessar o seletor de projetos

  3. Verifique se o faturamento está ativado para seu projeto na nuvem. Saiba como confirmar se o faturamento está ativado para o projeto.

  4. No Console do Google Cloud, na página do seletor de projetos, selecione ou crie um projeto do Google Cloud.

    Acessar o seletor de projetos

  5. Verifique se o faturamento está ativado para seu projeto na nuvem. Saiba como confirmar se o faturamento está ativado para o projeto.

  6. Ative a Cloud Healthcare API.

    Ative a API

  7. Com base em como você está usando a ferramenta de linha de comando gcloud, conclua uma das seguintes etapas:
    • Se você estiver usando o Cloud Shell, acesse o Console do Google Cloud e clique no botão Ativar o Cloud Shell na parte superior da janela do console.

      Ir para o Google Cloud Console

      Uma sessão do Cloud Shell é aberta em um novo frame na parte inferior do console e um prompt de linha de comando é exibido. Pode levar alguns segundos para que a sessão do shell seja inicializada.

    • Se você estiver usando uma máquina virtual do Compute Engine, abra a janela de terminal da máquina virtual.
    • Se você estiver usando a ferramenta gcloud na sua máquina, instale e inicialize o SDK do Cloud.

crie um conjunto de dados

Conjuntos de dados contêm armazenamentos de dados, e armazenamentos de dados contêm dados de saúde. Para usar a API Cloud Healthcare, você precisa criar pelo menos um conjunto de dados.

Crie um conjunto de dados usando o comando gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create DATASET_ID \
    --location=LOCATION

Substitua:

  • DATASET_ID: um identificador para o conjunto de dados. O ID do conjunto de dados precisa ter os seguintes itens:
    • Um ID exclusivo no local dele
    • Uma string Unicode de 1 a 256 caracteres que consiste no seguinte:
      • Números
      • Letras
      • Sublinhados
      • Traços
      • Período
  • LOCATION: o local do conjunto de dados. Use aus-central1 ,us-west2 ,us-east4 ,europe-west2 ,europe-west3 ,europe-west4 ,europe-west6 ,northamerica-northeast1 ,southamerica-east1 ,asia-east2 ,asia-northeast1 ,asia-northeast3 ,asia-south1 ,asia-southeast1 ,australia-southeast1 ouus de dados.

A saída é esta:

Created dataset [DATASET_ID].

Para concluir este guia de início rápido, escolha uma das seguintes seções:

Armazenar e visualizar uma instância DICOM

Nesta seção, você verá como concluir as seguintes tarefas:

  1. Crie um armazenamento DICOM.
  2. Importar uma instância DICOM do Cloud Storage para o armazenamento DICOM.
  3. Visualize os metadados da instância DICOM.

A API Cloud Healthcare implementa o padrão DICOMweb para armazenar e acessar dados de diagnóstico médico por imagem.

Criar um armazenamento DICOM

Os armazenamentos DICOM existem dentro de conjuntos de dados e contêm instâncias DICOM.

Crie um armazenamento DICOM usando o comando gcloud healthcare dicom-stores create:

gcloud healthcare dicom-stores create DICOM_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION

Substitua:

  • DICOM_STORE_ID: um identificador para o armazenamento DICOM. O ID do armazenamento DICOM precisa ter os seguintes itens:
    • Um ID exclusivo no conjunto de dados
    • Uma string Unicode de 1 a 256 caracteres que consiste no seguinte:
      • Números
      • Letras
      • Sublinhados
      • Traços
      • Período
  • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
  • LOCATION: o local do conjunto de dados

A saída é esta:

Created dicomStore [DICOM_STORE_ID].

Importar uma instância de DICOM

Os dados de amostra DICOM estão disponíveis no bucket do gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray Cloud Storage.

Importe a instância DICOM do gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm usando o comando gcloud healthcare dicom-stores import:

gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Substitua:

  • DICOM_STORE_ID: o ID de armazenamento do DICOM
  • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
  • LOCATION: o local do conjunto de dados

A saída é esta:

Request issued for: [DICOM_STORE_ID]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID

Ver metadados da instância DICOM

A ferramenta gcloud não é compatível com transações DICOMweb, como visualizar ou recuperar instâncias. Em vez disso, use a ferramenta de linha de comando DICOMweb do Google. A ferramenta de linha de comando DICOMweb é executada usando o Python. Para informações sobre como configurar o Python no Google Cloud, consulte Como configurar um ambiente de desenvolvimento em Python.

Visualize os metadados da instância DICOM:

  1. Depois de configurar o Python, instale a ferramenta de linha de comando DICOMweb usando o Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. Visualize os metadados da instância DICOM:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID/dicomWeb \
      search instances
    

    Substitua:

    • DICOM_STORE_ID: o ID de armazenamento do DICOM
    • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
    • LOCATION: o local do conjunto de dados

    A saída é esta:

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Agora que você armazenou uma instância DICOM na API Cloud Healthcare e visualizou os metadados, prossiga para A seguir para saber mais sobre as próximas etapas, por exemplo, como pesquisar para ou recuperar imagens DICOM.

Armazenar recursos FHIR

Nesta seção, você verá como concluir as seguintes tarefas:

  1. Crie um armazenamento de FHIR.
  2. Importe recursos FHIR de um bucket do Cloud Storage para o armazenamento FHIR.

Criar um armazenamento FHIR

Os armazenamentos de FHIR existem dentro de conjuntos de dados e contêm recursos de FHIR.

Crie um armazenamento FHIR usando o comando gcloud healthcare fhir-stores create:

gcloud healthcare fhir-stores create FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --version=R4

Substitua:

  • FHIR_STORE_ID: um identificador para o armazenamento de FHIR. O ID do armazenamento FHIR precisa ter os seguintes itens:
    • Um ID exclusivo no conjunto de dados
    • Uma string Unicode de 1 a 256 caracteres que consiste no seguinte:
      • Números
      • Letras
      • Sublinhados
      • Traços
      • Período
  • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
  • LOCATION: o local do conjunto de dados

A saída é esta:

Created fhirStore [FHIR_STORE_ID].

Importar recursos FHIR

Há dados FHIR de amostra disponíveis no bucket do Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients. O bucket contém um diretório, fhir_r4_ndjson/, que contém vários tipos de recursos FHIR.

Importe os recursos FHIR do bucket para o armazenamento FHIR usando o comando gcloud healthcare fhir-stores import:

gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Substitua:

  • FHIR_STORE_ID: o ID de armazenamento do FHIR
  • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
  • LOCATION: o local do conjunto de dados

A saída é esta:

Request issued for: [FHIR_STORE_ID]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
version: R4

Agora que você armazenou um recurso FHIR na API Cloud Healthcare, continue em A seguir para informações sobre as próximas etapas, como ver e pesquisar recursos FHIR no Armazenamento de FHIR.

Armazenar uma mensagem HL7v2

Nesta seção, você verá como concluir as seguintes tarefas:

  1. Criar uma loja HL7v2.
  2. Crie um bucket do Cloud Storage e copie uma mensagem HL7v2 para o bucket.
  3. Importe a mensagem HL7v2 do bucket do Cloud Storage para o armazenamento HL7v2.

A implementação do HL7v2 na API Cloud Healthcare está alinhada com o padrão HL7v2.

Criar um armazenamento HL7v2

Os armazenamentos HL7v2 existem dentro de conjuntos de dados e contêm mensagens HL7v2.

Crie um armazenamento HL7v2 usando o comando gcloud healthcare hl7V2-stores create:

gcloud healthcare hl7V2-stores create HL7V2_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION

Substitua:

  • HL7V2_STORE_ID: um identificador para o armazenamento HL7v2. O ID do armazenamento HL7v2 precisa ter os seguintes itens:
    • Um ID exclusivo no conjunto de dados
    • Uma string Unicode de 1 a 256 caracteres que consiste no seguinte:
      • Números
      • Letras
      • Sublinhados
      • Traços
      • Período
  • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
  • LOCATION: o local do conjunto de dados

A saída é esta:

Created hl7v2Store [HL7V2_STORE_ID].

Importe uma mensagem HL7v2

Armazene um arquivo de mensagens de amostra HL7v2 em um bucket do Cloud Storage e importe o arquivo de mensagens de amostra para seu armazenamento HL7v2:

  1. Faça o download do arquivo de mensagens HL7v2 de amostra na sua máquina. A mensagem contém as seguintes informações básicas, com codificação base-64 no campo data do arquivo de amostra:

    MSH|^~\&|A|SEND_FACILITY|A|A|20180101000000||TYPE^A|20180101000000|T|0.0|||AA||00|ASCII
    EVN|A00|20180101040000
    PID||14^111^^^^MRN|11111111^^^^MRN~1111111111^^^^ORGNMBR
    
  2. Se você ainda não tem um bucket do Cloud Storage que quer usar para armazenar a mensagem HL7v2 de amostra, crie um novo bucket usando o comando gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Substitua a variável BUCKET pelo nome do seu bucket globalmente exclusivo.

    A saída é esta:

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Se o nome do bucket escolhido já estiver em uso, seja por você ou por outra pessoa, o comando retornará o seguinte:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Se o nome do bucket já estiver em uso, tente novamente com outro nome.

  3. Copie a mensagem HL7v2 de amostra para o bucket usando o comando gsutil cp:

    gsutil cp hl7v2-sample-import.ndjson gs://BUCKET
    

    A saída é esta:

    Copying file://hl7v2-sample-import.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  241.0 B/  241.0 B]
    Operation completed over 1 objects/241.0 B.
    
  4. Depois de copiar o arquivo HL7v2 para o bucket, importe a mensagem HL7v2 usando o comando gcloud beta healthcare hl7V2-stores import:

    gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/hl7v2-sample-import.ndjson
    

    Substitua:

    • HL7V2_STORE_ID: o ID de armazenamento do HL7v2
    • DATASET_ID: o ID do conjunto de dados
    • LOCATION: o local do conjunto de dados
    • BUCKET: o nome do bucket do Cloud Storage que contém o arquivo HL7v2

    A saída é esta:

    Request issued for: [HL7V2_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    

Agora que você armazenou uma mensagem HL7v2 na API Cloud Healthcare, continue em A seguir para informações sobre as próximas etapas, como ver o conteúdo da mensagem HL7v2. na loja dele.

Limpar

É possível limpar os recursos que foram criados no Google Cloud para evitar cobranças na conta do Google Cloud pelos recursos usados neste tutorial.

Se você criou um novo projeto para este tutorial, siga as etapas em Excluir o projeto. Caso contrário, siga as etapas em Excluir o conjunto de dados.

Exclua o projeto

  1. No Console do Cloud, acesse a página Gerenciar recursos:

    Acessar "Gerenciar recursos"

  2. Na lista de projetos, selecione o projeto que você quer excluir e clique em Excluir .
  3. Na caixa de diálogo, digite o ID do projeto e clique em Encerrar para excluí-lo.

Excluir o conjunto de dados

Se você não precisar mais do conjunto de dados criado neste guia de início rápido, poderá excluí-lo. Excluir um conjunto de dados exclui permanentemente o conjunto de dados e todos os armazenamentos FHIR, HL7v2 ou DICOM que ele contém.

  1. Para excluir um conjunto de dados, use o comando gcloud healthcare datasets delete:

    gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
    --location=LOCATION \
    --project=PROJECT_ID
    
  2. Para confirmar, digite Y.

A saída é esta:

Deleted dataset [DATASET_ID].

Como foi?

A seguir

Consulte as seções a seguir para informações gerais sobre a API Cloud Healthcare e como realizar tarefas usando o Console do Cloud ou o curl e o Windows PowerShell.

DICOM

Consulte o guia de DICOM para revisar tópicos como:

Consulte a Declaração de conformidade DICOM para ver informações sobre como a API Cloud Healthcare implementa o padrão DICOMweb.

FHIR

Continue no guia FHIR para analisar temas como:

Consulte a Declaração de conformidade FHIR para informações sobre como a API Cloud Healthcare implementa o padrão FHIR.

HL7v2

Prossiga para o guia do HL7v2 para revisar temas como: