Démarrage rapide avec l'outil de ligne de commande gcloud

Cette page explique comment utiliser l'API Cloud Healthcare avec l'outil de ligne de commande gcloud pour effectuer les tâches suivantes:

  1. Créer un ensemble de données pour l'API Cloud Healthcare
  2. Créez l'un des datastores suivants dans l'ensemble de données:
    • Magasin DICOM (imagerie numérique et communications en médecine)
    • Magasin FHIR (FHIR)
    • Magasin de la version 2 de l'API Health Level Sept International (HL7v2)
  3. Stocker des données DICOM, FHIR et HL7v2, et afficher les métadonnées DICOM.

Si vous ne souhaitez travailler qu'avec un seul type de datastore, vous pouvez passer directement à cette section du guide de démarrage rapide après avoir suivi les étapes décrites dans les sections Avant de commencer et Créer un ensemble de données

Avant de commencer

  1. Connectez-vous à votre compte Google Cloud. Si vous débutez sur Google Cloud, créez un compte pour évaluer les performances de nos produits en conditions réelles. Les nouveaux clients bénéficient également de 300 $ de crédits gratuits pour exécuter, tester et déployer des charges de travail.
  2. Dans Google Cloud Console, sur la page de sélection du projet, sélectionnez ou créez un projet Google Cloud.

    Accéder au sélecteur de projet

  3. Assurez-vous que la facturation est activée pour votre projet Cloud. Découvrez comment vérifier que la facturation est activée pour votre projet.

  4. Dans Google Cloud Console, sur la page de sélection du projet, sélectionnez ou créez un projet Google Cloud.

    Accéder au sélecteur de projet

  5. Assurez-vous que la facturation est activée pour votre projet Cloud. Découvrez comment vérifier que la facturation est activée pour votre projet.

  6. Activez Cloud Healthcare API.

    Activer l'API

  7. Selon votre utilisation de l'outil de ligne de commande gcloud, effectuez l'une des opérations suivantes :
    • Si vous utilisez Cloud Shell, accédez à Google Cloud Console, puis cliquez sur le bouton Activer Cloud Shell en haut de la fenêtre de la console.

      Accéder à Google Cloud Console

      Une session Cloud Shell s'ouvre dans un nouveau cadre en bas de la console et affiche une invite de ligne de commande. L'initialisation de la session Shell peut prendre quelques secondes.

    • Si vous utilisez une machine virtuelle Compute Engine, ouvrez la fenêtre de terminal de la machine virtuelle.
    • Si vous utilisez l'outil gcloud sur votre ordinateur, installez et initialisez le SDK Cloud.

Créer un ensemble de données

Les ensembles de données contiennent des datastores, et ceux-ci contiennent des données de santé. Pour utiliser l'API Cloud Healthcare, vous devez créer au moins un ensemble de données.

Créez un ensemble de données à l'aide de la commande gcloud healthcare datasets create:

gcloud healthcare datasets create DATASET_ID \
    --location=LOCATION

Remplacez les éléments suivants :

  • DATASET_ID : identifiant de l'ensemble de données. L'ID de l'ensemble de données doit comporter les éléments suivants :
    • Un identifiant unique à l'emplacement
    • Chaîne Unicode de 1 à 256 caractères composée des éléments suivants:
      • Numéros
      • Lettres
      • Traits de soulignement
      • Tirets
      • Période
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données Utilisez leus-central1 ;us-west2 ;us-east4 ;europe-west2 ,europe-west3 ;europe-west4 ;europe-west6 ;northamerica-northeast1 ,southamerica-east1 ;asia-east2 ;asia-northeast1 ,asia-northeast3 ;asia-south1 ;asia-southeast1 ;australia-southeast1 ouus (Installation de Python groupée).

Le résultat est le suivant :

Created dataset [DATASET_ID].

Pour suivre ce guide de démarrage rapide, choisissez l'une des sections suivantes:

Stocker et afficher une instance DICOM

Cette section explique comment effectuer les tâches suivantes:

  1. Créer un magasin DICOM.
  2. Importer une instance DICOM depuis Cloud Storage dans le magasin DICOM.
  3. Affichez les métadonnées de l'instance DICOM.

L'API Cloud Healthcare met en œuvre la norme DICOMweb pour stocker les données d'imagerie médicale et y accéder.

Créer un magasin DICOM

Les magasins DICOM existent dans les ensembles de données et contiennent des instances DICOM.

Créez un magasin DICOM à l'aide de la commande gcloud healthcare dicom-stores create:

gcloud healthcare dicom-stores create DICOM_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION

Remplacez les éléments suivants :

  • DICOM_STORE_ID : identifiant du magasin DICOM. L'ID de magasin DICOM doit comporter les éléments suivants :
    • Un identifiant unique dans son ensemble de données
    • Chaîne Unicode de 1 à 256 caractères composée des éléments suivants:
      • Numéros
      • Lettres
      • Traits de soulignement
      • Tirets
      • Période
  • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

Le résultat est le suivant :

Created dicomStore [DICOM_STORE_ID].

Importer une instance DICOM

Des exemples de données DICOM sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray.

Importez l'instance DICOM gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm à l'aide de la commande gcloud healthcare dicom-stores import:

gcloud healthcare dicom-stores import gcs DICOM_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm

Remplacez les éléments suivants :

  • DICOM_STORE_ID: ID de magasin DICOM
  • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

Le résultat est le suivant :

Request issued for: [DICOM_STORE_ID]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID

Afficher les métadonnées d'instance DICOM

L'outil gcloud n'accepte pas les transactions DICOMweb, telles que l'affichage ou la récupération d'instances. Vous pouvez utiliser l'outil de ligne de commande DICOMweb de Google. L'outil de ligne de commande DICOMweb s'exécute avec Python. Pour en savoir plus sur la configuration de Python sur Google Cloud, consultez la page Configurer un environnement de développement Python.

Affichez les métadonnées de l'instance DICOM:

  1. Après avoir configuré Python, installez l'outil de ligne de commande DICOMweb à l'aide de Pip:

    pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
    
  2. Affichez les métadonnées de l'instance DICOM:

    dcmweb \
      https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID/dicomWeb \
      search instances
    

    Remplacez les éléments suivants :

    • DICOM_STORE_ID: ID de magasin DICOM
    • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
    • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

    Le résultat est le suivant :

    [
      {
        "00080016": {
          "Value": [
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080018": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00080060": {
          "Value": [
            "DX"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "00100020": {
          "Value": [
            "1"
          ],
          "vr": "LO"
        },
        "00100040": {
          "Value": [
            "M"
          ],
          "vr": "CS"
        },
        "0020000D": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "0020000E": {
          "Value": [
            "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724"
          ],
          "vr": "UI"
        },
        "00280010": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280011": {
          "Value": [
            1024
          ],
          "vr": "US"
        },
        "00280100": {
          "Value": [
            8
          ],
          "vr": "US"
        }
      }
    ]
    

Maintenant que vous avez stocké une instance DICOM dans l'API Cloud Healthcare et que vous avez consulté ses métadonnées, passez à la section Étapes suivantes pour obtenir des informations sur les étapes suivantes, telles que la recherche pour les images DICOM ou pour les récupérer.

Stocker des ressources FHIR

Cette section explique comment effectuer les tâches suivantes:

  1. Créez un magasin FHIR.
  2. Importer des ressources FHIR d'un bucket Cloud Storage dans le magasin FHIR

Créer un magasin FHIR

Les magasins FHIR existent dans des ensembles de données et contiennent des ressources FHIR.

Créez un magasin FHIR à l'aide de la commande gcloud healthcare fhir-stores create:

gcloud healthcare fhir-stores create FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --version=R4

Remplacez les éléments suivants :

  • FHIR_STORE_ID : identifiant du magasin FHIR. L'ID de magasin FHIR doit comporter les éléments suivants :
    • Un identifiant unique dans son ensemble de données
    • Chaîne Unicode de 1 à 256 caractères composée des éléments suivants:
      • Numéros
      • Lettres
      • Traits de soulignement
      • Tirets
      • Période
  • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

Le résultat est le suivant :

Created fhirStore [FHIR_STORE_ID].

Importer des ressources FHIR

Des exemples de données FHIR sont disponibles dans le bucket Cloud Storage gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients. Le bucket contient un répertoire, fhir_r4_ndjson/, qui contient plusieurs types de ressources FHIR.

Importez les ressources FHIR du bucket dans votre magasin FHIR à l'aide de la commande gcloud healthcare fhir-stores import:

gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \
  --content-structure=RESOURCE

Remplacez les éléments suivants :

  • FHIR_STORE_ID: ID du magasin FHIR
  • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

Le résultat est le suivant :

Request issued for: [FHIR_STORE_ID]
Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
version: R4

Maintenant que vous avez stocké une ressource FHIR dans l'API Cloud Healthcare, passez à la section Étapes suivantes pour plus d'informations sur les étapes suivantes, telles que l'affichage et la recherche de ressources FHIR dans la Magasin FHIR.

Stocker un message HL7v2

Cette section explique comment effectuer les tâches suivantes:

  1. Créer un magasin HL7v2.
  2. Créez un bucket Cloud Storage et copiez un message HL7v2 dans le bucket.
  3. Importez le message HL7v2 du bucket Cloud Storage dans le magasin HL7v2.

La mise en œuvre HL7v2 de l'API Cloud Healthcare est conforme à la norme HL7v2.

Créer un magasin HL7v2

Les magasins HL7v2 se trouvent dans des ensembles de données et contiennent des messages HL7v2.

Créez un magasin HL7v2 à l'aide de la commande gcloud healthcare hl7V2-stores create:

gcloud healthcare hl7V2-stores create HL7V2_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION

Remplacez les éléments suivants :

  • HL7V2_STORE_ID : identifiant du magasin HL7v2. L'ID de magasin HL7v2 doit comporter les éléments suivants :
    • Un identifiant unique dans son ensemble de données
    • Chaîne Unicode de 1 à 256 caractères composée des éléments suivants:
      • Numéros
      • Lettres
      • Traits de soulignement
      • Tirets
      • Période
  • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
  • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données

Le résultat est le suivant :

Created hl7v2Store [HL7V2_STORE_ID].

Importer un message HL7v2

Stockez un exemple de fichier de message HL7v2 dans un bucket Cloud Storage, puis importez le fichier de message d'exemple dans votre magasin HL7v2:

  1. Téléchargez l'exemple de fichier de message HL7v2 sur votre ordinateur. Le message contient les informations de base suivantes, où il est encodé en base64 dans le champ data de l'exemple de fichier:

    MSH|^~\&|A|SEND_FACILITY|A|A|20180101000000||TYPE^A|20180101000000|T|0.0|||AA||00|ASCII
    EVN|A00|20180101040000
    PID||14^111^^^^MRN|11111111^^^^MRN~1111111111^^^^ORGNMBR
    
  2. Si vous ne possédez pas déjà un bucket Cloud Storage que vous souhaitez utiliser pour stocker l'exemple de message HL7v2, créez un bucket à l'aide de la commande gsutil mb:

    gsutil mb gs://BUCKET
    

    Remplacez la variable BUCKET par votre propre nom de bucket unique.

    Le résultat est le suivant :

    Creating gs://BUCKET/...
    

    Si le nom de bucket que vous avez choisi est déjà utilisé par vous ou une tierce personne, la commande renvoie le résultat suivant:

    Creating gs://BUCKET/...
    ServiceException: 409 Bucket BUCKET already exists.
    

    Si le nom du bucket est déjà utilisé, réessayez avec un autre nom.

  3. Copiez l'exemple de message HL7v2 dans le bucket à l'aide de la commande gsutil cp:

    gsutil cp hl7v2-sample-import.ndjson gs://BUCKET
    

    Le résultat est le suivant :

    Copying file://hl7v2-sample-import.ndjson [Content-Type=application/octet-stream]...
    / [1 files][  241.0 B/  241.0 B]
    Operation completed over 1 objects/241.0 B.
    
  4. Après avoir copié le fichier HL7v2 dans le bucket, importez le message HL7v2 à l'aide de la commande gcloud beta healthcare hl7V2-stores import:

    gcloud beta healthcare hl7v2-stores import gcs HL7V2_STORE_ID \
     --dataset=DATASET_ID \
     --location=LOCATION \
     --gcs-uri=gs://BUCKET/hl7v2-sample-import.ndjson
    

    Remplacez les éléments suivants :

    • HL7V2_STORE_ID: ID du magasin HL7v2
    • DATASET_ID: ID de l'ensemble de données
    • LOCATION: emplacement de l'ensemble de données
    • BUCKET: nom du bucket Cloud Storage contenant le fichier HL7v2

    Le résultat est le suivant :

    Request issued for: [HL7V2_STORE_ID]
    Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...done.
    name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID
    

Maintenant que vous avez stocké un message HL7v2 dans l'API Cloud Healthcare, passez à la section Étapes suivantes pour obtenir des informations sur les étapes suivantes, telles que l'affichage du contenu du message HL7v2 dans en magasin.

Effectuer un nettoyage

Pour éviter que les ressources utilisées dans ce tutoriel soient facturées sur votre compte Google Cloud, vous pouvez nettoyer les ressources créées sur Google Cloud.

Si vous avez créé un projet pour ce tutoriel, suivez les étapes décrites dans la section Supprimer le projet. Sinon, suivez la procédure décrite dans la section Supprimer l'ensemble de données.

Supprimer le projet

  1. Dans Cloud Console, accédez à la page Gérer les ressources.

    Accéder à la page Gérer les ressources

  2. Dans la liste des projets, sélectionnez le projet que vous souhaitez supprimer, puis cliquez sur Supprimer.
  3. Dans la boîte de dialogue, saisissez l'ID du projet, puis cliquez sur Arrêter pour supprimer le projet.

Supprimer l'ensemble de données

Si vous n'avez plus besoin de l'ensemble de données créé dans ce guide de démarrage rapide, vous pouvez le supprimer. La suppression d'un ensemble de données entraîne la suppression définitive de l'ensemble de données et des datastores FHIR, HL7v2 ou DICOM qu'il contient.

  1. Pour supprimer un ensemble de données, utilisez la commande gcloud healthcare datasets delete:

    gcloud healthcare datasets delete DATASET_ID \
    --location=LOCATION \
    --project=PROJECT_ID
    
  2. Pour confirmer, saisissez Y.

Le résultat est le suivant :

Deleted dataset [DATASET_ID].

Comment ça s'est passé ?

Étape suivante

Consultez les sections suivantes pour obtenir des informations générales sur l'API Cloud Healthcare et pour effectuer des tâches à l'aide de Cloud Console ou de curl et Windows PowerShell.

DICOM

Accédez au guide DICOM pour connaître les sujets suivants:

Consultez la déclaration de conformité DICOM pour en savoir plus sur la mise en œuvre de la norme DICOMweb par l'API Cloud Healthcare.

FHIR

Accédez au guide FHIR pour examiner les sujets suivants:

Consultez la déclaration de conformité FHIR pour en savoir plus sur la mise en œuvre de la norme FHIR par l'API Cloud Healthcare.

HL7v2

Accédez au guide HL7v2 pour examiner les sujets suivants: