Almacena datos de atención médica con Google Cloud CLI
En esta página, se muestra cómo usar la API de Cloud Healthcare y Google Cloud CLI para completar las siguientes tareas:
- Crear un conjunto de datos de la API de Cloud Healthcare
- Crear uno de los siguientes almacenes de datos dentro del conjunto de datos:
- Almacén de Imágenes y comunicaciones digitales en medicina (DICOM)
- Almacén de recursos para una interoperabilidad de atención médica rápida (FHIR)
- Almacén Health Level Seven International, versión 2 (HL7v2)
- Almacena datos de DICOM, FHIR y HL7v2 y visualiza metadatos de DICOM.
Si solo te interesa trabajar con un tipo de almacén de datos, puedes ir directamente a esa sección de la guía de inicio rápido después de completar los pasos en Antes de comenzar y Crea un conjunto de datos.
Antes de comenzar
- Accede a tu cuenta de Google Cloud. Si eres nuevo en Google Cloud, crea una cuenta para evaluar el rendimiento de nuestros productos en situaciones reales. Los clientes nuevos también obtienen $300 en créditos gratuitos para ejecutar, probar y, además, implementar cargas de trabajo.
- Instala Google Cloud CLI.
-
Para inicializar la CLI de gcloud, ejecuta el siguiente comando:
gcloud init
-
Crea o selecciona un proyecto de Google Cloud.
-
Crea un proyecto de Google Cloud:
gcloud projects create PROJECT_ID
Reemplaza
PROJECT_ID
por un nombre para el proyecto de Google Cloud que estás creando. -
Selecciona el proyecto de Google Cloud que creaste:
gcloud config set project PROJECT_ID
Reemplaza
PROJECT_ID
por el nombre del proyecto de Google Cloud.
-
-
Asegúrate de que la facturación esté habilitada para tu proyecto de Google Cloud.
-
Habilita la Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Otorga roles a tu Cuenta de Google. Ejecuta el siguiente comando una vez para cada uno de los siguientes roles de IAM:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE
- Reemplaza
PROJECT_ID
con el ID del proyecto. - Reemplaza
EMAIL_ADDRESS
por tu dirección de correo electrónico. - Reemplaza
ROLE
por cada rol individual.
- Reemplaza
- Instala Google Cloud CLI.
-
Para inicializar la CLI de gcloud, ejecuta el siguiente comando:
gcloud init
-
Crea o selecciona un proyecto de Google Cloud.
-
Crea un proyecto de Google Cloud:
gcloud projects create PROJECT_ID
Reemplaza
PROJECT_ID
por un nombre para el proyecto de Google Cloud que estás creando. -
Selecciona el proyecto de Google Cloud que creaste:
gcloud config set project PROJECT_ID
Reemplaza
PROJECT_ID
por el nombre del proyecto de Google Cloud.
-
-
Asegúrate de que la facturación esté habilitada para tu proyecto de Google Cloud.
-
Habilita la Cloud Healthcare API:
gcloud services enable healthcare.googleapis.com
-
Otorga roles a tu Cuenta de Google. Ejecuta el siguiente comando una vez para cada uno de los siguientes roles de IAM:
roles/healthcare.datasetAdmin, roles/healthcare.fhirStoreAdmin, roles/healthcare.dicomStoreAdmin, roles/healthcare.hl7V2StoreAdmin
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID --member="user:EMAIL_ADDRESS" --role=ROLE
- Reemplaza
PROJECT_ID
con el ID del proyecto. - Reemplaza
EMAIL_ADDRESS
por tu dirección de correo electrónico. - Reemplaza
ROLE
por cada rol individual.
- Reemplaza
Cree un conjunto de datos
Los conjuntos de datos contienen almacenes de datos y estos contienen datos de atención médica. Para usar la API de Cloud Healthcare, debes crear al menos un conjunto de datos.
En el siguiente ejemplo, se muestra cómo crear un conjunto de datos llamado my-dataset
en la región us-central1
. En esta guía de inicio rápido, usarás el conjunto de datos para crear almacenes de DICOM, de FHIR y de HL7v2.
gcloud
Crea un conjunto de datos con el comando gcloud healthcare datasets create
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare datasets create my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets create my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Deberías recibir una respuesta similar a la que figura a continuación:
Respuesta
Create request issued for: [my-dataset] Created dataset [my-dataset].
Para completar esta guía de inicio rápido, elige una de las siguientes secciones:
Almacena y visualiza una instancia de DICOM
En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:
- Crea un almacén de DICOM.
- Importar una instancia de DICOM desde un bucket público de Cloud Storage en el almacén de DICOM
- Ver los metadatos de la instancia de DICOM.
La API de Cloud Healthcare implementa el estándar DICOMweb para almacenar y acceder a datos de imágenes médicas.
Crea un almacén de DICOM
Los almacenes de DICOM existen dentro de conjuntos de datos y contienen instancias de DICOM. En el siguiente ejemplo, se muestra cómo crear un almacén de DICOM llamado my-dicom-store
.
gcloud
Crear un almacén de DICOM mediante el comando gcloud healthcare dicom-stores create
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores create my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Deberías recibir una respuesta similar a la que figura a continuación:
Respuesta
Created dicomStore [my-dicom-store].
Importa una instancia de DICOM
En el bucket gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray
de Cloud Storage hay datos de DICOM
de muestra disponibles.
gcloud
Importa la instancia gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
con el comando gcloud healthcare dicom-stores import
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores import gcs my-dicom-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
En este resultado, se ilustra lo siguiente:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-dicom-store
: Son los valores que proporcionaste cuando ejecutaste el comando.OPERATION_ID
: Es un identificador para la operación de larga duración que proporciona la API de Cloud Healthcare cuando importas una instancia de DICOM. Se muestran operaciones de larga duración cuando las llamadas a los métodos pueden tardar mucho tiempo en completarse. Importar una instancia de DICOM suele ser una operación rápida, por lo que el resultado se muestra casi de inmediato.
Respuesta
Request issued for: [my-dicom-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store
Visualiza los metadatos de la instancia de DICOM
Gcloud CLI no admite las transacciones de DICOMweb, como la visualización o la recuperación de instancias. En su lugar, puedes usar la herramienta de línea de comandos DICOMweb de Google, que se ejecuta con Python. Para obtener información sobre cómo configurar Python en Google Cloud, consulta Configura un entorno de desarrollo de Python.
Completa los siguientes pasos para ver los metadatos de la instancia de DICOM mediante la herramienta de línea de comandos de DICOMweb:
Instala la herramienta de línea de comandos de DICOMweb con Pip:
pip install https://github.com/GoogleCloudPlatform/healthcare-api-dicomweb-cli/archive/v1.0.zip
Actualiza la variable
PATH
para incluir la ubicación de instalación dedcmweb
:export PATH="$HOME/bin:$PATH"
Visualiza los metadatos de la instancia de DICOM:
dcmweb \ https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb \ search instances
Reemplaza
PROJECT_ID
por el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar.Este es el resultado. Consulta la sección Atributos del módulo común de SOP para ver los campos del resultado.
[ { "00080016": { "Value": [ "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7" ], "vr": "UI" }, "00080018": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.153751009835107614666834563294684339746480" ], "vr": "UI" }, "00080060": { "Value": [ "DX" ], "vr": "CS" }, "00100020": { "Value": [ "1" ], "vr": "LO" }, "00100040": { "Value": [ "M" ], "vr": "CS" }, "0020000D": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111396399361969898205364400549799252857604" ], "vr": "UI" }, "0020000E": { "Value": [ "1.3.6.1.4.1.11129.5.5.195628213694300498946760767481291263511724" ], "vr": "UI" }, "00280010": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280011": { "Value": [ 1024 ], "vr": "US" }, "00280100": { "Value": [ 8 ], "vr": "US" } } ]
Después de importar la instancia de DICOM a la API de Cloud Healthcare y ver sus metadatos, continúa con la limpieza para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos usados en esta página.
Para obtener información sobre los próximos pasos, como cómo buscar o recuperar imágenes de DICOM mediante el estándar DICOMweb en la API de Cloud Healthcare, consulta Próximos pasos.
Almacena recursos de FHIR
En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:
- Crea un almacén de FHIR.
- Importa recursos de FHIR desde un bucket público de Cloud Storage al almacén de FHIR.
Crea un almacén de FHIR
Los almacenes de FHIR existen dentro de los conjuntos de datos y contienen recursos de FHIR. En el siguiente ejemplo, se muestra cómo crear un almacén de FHIR llamado my-fhir-store
que use versión R4 de FHIR.
gcloud
Crea un almacén de FHIR mediante el comando gcloud healthcare fhir-stores create
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --version=R4
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --version=R4
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores create my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --version=R4
Deberías recibir una respuesta similar a la que figura a continuación:
Respuesta
Created fhirStore [my-fhir-store].
Importa recursos de FHIR
En el bucket gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
de Cloud Storage hay datos de FHIR de muestra disponibles.
gcloud
Importa los recursos de FHIR en gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients
con el comando gcloud healthcare fhir-stores import
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson \ --content-structure=RESOURCE
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ` --content-structure=RESOURCE
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare fhir-stores import gcs my-fhir-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson ^ --content-structure=RESOURCE
En este resultado, se ilustra lo siguiente:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-fhir-store
: Son los valores que proporcionaste cuando ejecutaste el comando.OPERATION_ID
: Es un identificador para la operación de larga duración que proporciona la API de Cloud Healthcare cuando importas un recurso de FHIR. Se muestran operaciones de larga duración cuando las llamadas a los métodos pueden tardar mucho tiempo en completarse. La importación de los recursos de FHIR toma entre uno y dos minutos.R4
: Es la versión del almacén de FHIR.
Respuesta
Request issued for: [my-fhir-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store version: R4
Después de importar los recursos de FHIR a la API de Cloud Healthcare, continúa con la Limpieza para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos que se usaron en esta página.
Para obtener información sobre los siguientes pasos, como cómo ver y buscar recursos de FHIR, consulta ¿Qué sigue?.
Almacena un mensaje de HL7v2
En esta sección, se muestra cómo completar las siguientes tareas:
- Crea una tienda de HL7v2
- Importar un mensaje de HL7v2 desde un bucket público de Cloud Storage al almacén de HL7v2
La implementación de HL7v2 en la API de Cloud Healthcare se alinea con el estándar HL7v2.
Crea un almacén de HL7v2
Los almacenes de HL7v2 existen dentro de los conjuntos de datos y contienen mensajes de HL7v2. En el siguiente ejemplo, se muestra cómo crear un almacén de HL7v2 llamado my-hl7v2-store
.
gcloud
Crea un almacén de HL7v2 con el comando gcloud healthcare hl7v2-stores create
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores create my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1
Deberías recibir una respuesta similar a la que figura a continuación:
Respuesta
Created hl7v2Store [my-hl7v2-store].
Importa mensajes de HL7v2
gcloud
Importa el mensaje HL7v2 gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
con el comando gcloud healthcare hl7v2-stores import
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=my-dataset \ --location=us-central1 \ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=my-dataset ` --location=us-central1 ` --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare hl7v2-stores import gcs my-hl7v2-store ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=my-dataset ^ --location=us-central1 ^ --gcs-uri=gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
En este resultado, se ilustra lo siguiente:
PROJECT_ID
,us-central1
,my-dataset
,my-hl7v2-store
: Son los valores que proporcionaste cuando ejecutaste el comando.OPERATION_ID
: Es un identificador para la operación de larga duración que proporciona la API de Cloud Healthcare cuando importas un mensaje de HL7v2. Se muestran operaciones de larga duración cuando las llamadas a los métodos pueden tardar mucho tiempo en completarse. Importar un mensaje HL7v2 suele ser una operación rápida, por lo que el resultado se muestra casi de inmediato.
Respuesta
Request issued for: [my-hl7v2-store] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/operations/OPERATION_ID] to complete...done. name: projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store
Después de importar el mensaje de HL7v2 a la API de Cloud Healthcare, continúa con la limpieza para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos usados en esta página.
Para obtener información sobre los siguientes pasos, como cómo ver el contenido de un mensaje de HL7v2, consulta ¿Qué sigue?.
Limpia
Para evitar que se apliquen cargos a tu cuenta de Google Cloud por los recursos que se usaron en esta página, borra el proyecto de Cloud que tiene los recursos.
Si creaste un proyecto nuevo para esta guía de inicio rápido, sigue los pasos en Borra el proyecto. De lo contrario, sigue los pasos en Borra el conjunto de datos.
Opcional: Revoca credenciales desde gcloud CLI.
gcloud auth revoke
Borra el proyecto
Borra un proyecto de Google Cloud:
gcloud projects delete PROJECT_ID
Borra el conjunto de datos
Si ya no necesitas el conjunto de datos que creaste en esta guía de inicio rápido, puedes borrarlo. Si borras un conjunto de datos, se borrará de forma permanente y todas las tiendas de FHIR, HL7v2 o DICOM que contenga.
gcloud
Borra un conjunto de datos con el comando gcloud healthcare datasets delete
.
Antes de usar cualquiera de los datos de comando a continuación, haz los siguientes reemplazos:
PROJECT_ID
: Es el ID del proyecto de Google Cloud que creaste o seleccionaste en Antes de comenzar
Ejecuta el siguiente comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare datasets delete my-dataset \ --project=PROJECT_ID \ --location=us-central1
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ` --project=PROJECT_ID ` --location=us-central1
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare datasets delete my-dataset ^ --project=PROJECT_ID ^ --location=us-central1
Respuesta
You are about to delete dataset [my-dataset] Do you want to continue (Y/n)? Y Deleted dataset [my-dataset].
¿Cómo fue?
¿Qué sigue?
Consulta las siguientes secciones para obtener información general sobre la API de Cloud Healthcare y cómo realizar las tareas de esta guía de inicio rápido con otra interfaz:
- Lee una descripción general de los conceptos de la API de Cloud Healthcare
- Almacena datos de atención médica con
curl
o PowerShell - Almacena datos de atención médica con bibliotecas cliente
- Almacena datos de atención médica con la CLI de gcloud
DICOM
- Crea y administra tiendas de DICOM
- Conecta un PACS a la API de Cloud Healthcare
- Usa el estándar DICOMweb
- Importa y exporta datos de DICOM con Cloud Storage
Consulta la declaración de conformidad de DICOM si deseas obtener información sobre cómo la API de Cloud Healthcare implementa el estándar DICOMweb.
FHIR
- Crea y administra tiendas de FHIR
- Crea y administra recursos de FHIR
- Importa y exporta datos de FHIR con Cloud Storage
Consulta la declaración de conformidad de FHIR si deseas obtener información sobre cómo la API de Cloud Healthcare implementa el estándar FHIR.