Cloud Storage を使用した FHIR リソースのインポートとエクスポート

このページでは、projects.locations.datasets.fhirStores.import メソッドと projects.locations.datasets.fhirStores.export メソッドを使用して Cloud Storage との間で FHIR リソースをエクスポートおよびインポートする方法について説明します。

FHIR データの形式に応じて、FHIR ストアにデータを読み込むには、projects.locations.datasets.fhirStores.import メソッドまたは projects.locations.datasets.fhirStores.fhir.executeBundle メソッドを使用します。メソッドの選択については、FHIR のインポートをご覧ください。

Cloud Storage 権限を設定する

Cloud Storage との間で FHIR リソースをエクスポートおよびインポートする前に、Cloud Healthcare サービス エージェントサービス アカウントに追加の権限を付与する必要があります。詳細については、FHIR ストアの Cloud Storage 権限をご覧ください。

DSTU2 または STU3 用にシミュレートされた患者データの生成

Synthea™ は患者の母集団データを生成するためのシミュレータです。Synthea を使用していない場合は、FHIR リソースのインポートまたは FHIR リソースのエクスポートに進んでください。

デフォルトでは、生成された Synthea™ データはリソースに FHIR R4 JSON 表現を使用します。

FHIR ストアが受け入れるように構成されたバージョンのデータのみをインポートできます。Synthea™ FHIR STU3 または FHIR DSTU2 のデータを生成して、FHIR STU3 または DSTU2 ストアにインポートできるようにするには、次の手順を行います。

  1. GitHub から Synthea™ ツール リポジトリのクローンを作成します。

    git clone https://github.com/synthetichealth/synthea.git
    
  2. インストール手順を完了します。

  3. synthea ディレクトリからテキスト エディタを使用して src/main/resources/synthea.properties ファイルを開き、次の変更を行います。

    FHIR STU3 データを生成するには:

    • すべての *.fhir.export*.fhir_dstu2.export の値を false に設定します。
    • すべての *.fhir_stu3.export 値を true に設定する

    FHIR DSTU2 データを生成するには:

    • すべての *.fhir.export*.fhir_stu3.export の値を false に設定します。
    • すべての *.fhir_dstu2.export 値を true に設定する

    たとえば、FHIR STU3 データを生成するには:

    exporter.fhir.export = false
    exporter.fhir_stu3.export = true
    exporter.fhir_dstu2.export = false
    
    exporter.hospital.fhir.export = false
    exporter.hospital.fhir_stu3.export = true
    exporter.hospital.fhir_dstu2.export = false
    
    exporter.practitioner.fhir.export = false
    exporter.practitioner.fhir_stu3.export = true
    exporter.practitioner.fhir_dstu2.export = false
    
  4. 手順に沿って合成患者データを生成します。生成されたデータは、FHIR STU3 の場合は synthea/output/fhir_stu3 ディレクトリに、FHIR DSTU2 の場合はsynthea/output/fhir_dstu2 ディレクトリに出力されます。

  5. 生成されたデータを Cloud Storage バケットにコピーして、Cloud Healthcare API の FHIR ストアにインポートできるようにします。たとえば、既存の Cloud Storage バケット内の synthea-data というディレクトリにデータをコピーするには、synthea ディレクトリから次の gsutil cp コマンドを実行します。

    gsutil -m cp output/fhir_stu3/* gs://BUCKET/synthea-data
    
  6. FHIR リソースをインポートするの手順に従います。

FHIR リソースをインポートする

インポート リクエストの本文を構成する際に、ContentStructure を次のいずれかの値に設定できます。

  • CONTENT_STRUCTURE_UNSPECIFIED
  • BUNDLE: ソースファイルには、改行区切りの JSON(ndjson)が 1 行以上含まれます。各行は 1 つ以上のリソースを含むバンドルです。リソース バージョンをインポートするには、バンドルタイプを history に設定します。ContentStructure を指定しない場合、デフォルトで BUNDLE になります。
  • RESOURCE: ソースファイルには、改行区切りの JSON(ndjson)が 1 行以上含まれます。各行は単一のリソースです。
  • BUNDLE_PRETTY: ソースファイル全体が 1 つの JSON バンドルです。JSON は複数の行にまたがることがあります。
  • RESOURCE_PRETTY: ソースファイル全体が 1 つの JSON リソースです。JSON は複数の行にまたがることがあります。

たとえば、次の内容の resources.ndjson という名前のファイルをインポートするとします。

{"class":{"code":"IMP","display":"inpatient encounter","system":"http://hl7.org/fhir/v3/ActCode"},"id":"6090e773-3e91-40a7-8fce-1e22f6774c29","reason":[{"text":"The patient had an abnormal heart rate. She was concerned about this."}],"resourceType":"Encounter","status":"finished","subject":{"reference":"Patient/2938bb9e-1f16-429e-8d44-9508ab0e4151"}}
{"class":{"code":"IMP","display":"inpatient encounter","system":"http://hl7.org/fhir/v3/ActCode"},"id":"7101f884-4f02-51b8-9gdf-2f33g7885d30","reason":[{"text":"The patient was experiencing recurrent fevers."}],"resourceType":"Encounter","status":"finished","subject":{"reference":"Patient/3049cc0f-2g27-530f-9e55-0619bc1f5262"}}
{"birthDate":"1970-01-01","gender":"female","id":"2938bb9e-1f16-429e-8d44-9508ab0e4151","name":[{"family":"Smith","given":["Darcy"],"use":"official"}],"resourceType":"Patient"}

このファイルには、2 つの Encounter リソースと 1 つの Patient リソースが含まれています。各リソースは別々の行にあるため、ContentStructureRESOURCE に設定します。

ContentStructure がデータの形式と一致しない場合は、データが正しくインポートされないか、まったくインポートされない可能性があります。たとえば、インポート リクエストで ContentStructureRESOURCE に設定されていない場合、上記のサンプル ファイルは正しくインポートされません。

以下のサンプルは、Cloud Storage バケットから FHIR リソースをインポートする方法を示しています。

gcloud

FHIR リソースを FHIR ストアにインポートするには、gcloud healthcare fhir-stores import gcs コマンドを使用します。以下の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • Cloud Storage バケット内のオブジェクトの場所。バケット内のファイルの場所は任意であり、次のサンプルで指定されている形式を厳密に遵守する必要はありません。Cloud Storage 内の FHIR リソースの場所を指定するときは、ワイルドカードを使用して 1 つ以上のディレクトリから複数のファイルをインポートできます。次のワイルドカードがサポートされています。
    • * は、0 個以上の区切り文字でない文字に一致します。たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.ndjsonDIRECTORY の Example.ndjson と Example22.ndjson に一致します。
    • ** は 0 個以上の文字(区切り文字を含む)と一致します。パスの末尾で使用する必要があり、パスには他のワイルドカードを使用しないでください。ファイル名の拡張子(.ndjson など)でも使用できます。この場合、指定したディレクトリとそのサブディレクトリに、このファイル名拡張子を持つすべてのファイルをインポートできます。 たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/**.ndjson では .ndjson というファイル名拡張子を持つすべてのファイルを DIRECTORYとそのサブディレクトリにインポートします。
    • ? は 1 つの文字に一致します。たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.ndjson は Example1.ndjson と一致しますが、Example.ndjson や Example01.ndjson とは一致しません。

次のサンプルは、gcloud healthcare fhir-stores import gcs コマンドを示しています。

gcloud healthcare fhir-stores import gcs FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_NAME.ndjson \
  [--content-structure=CONTENT_STRUCTURE]

コマンドラインにオペレーション ID が表示され、オペレーションが完了すると done が表示されます。

Request issued for: [FHIR_STORE_ID]
Waiting for operation [OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID

オペレーションの詳細を表示するには、gcloud healthcare operations describe コマンドを実行して、レスポンスから OPERATION_ID を指定します。

gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \
  --dataset=DATASET_ID

レスポンスには done: true が含まれます。

done: true
metadata:
'@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata
apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources
createTime: 'CREATE_TIME'
endTime: 'END_TIME'
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID
response:
'@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse
fhirStore: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID

API

FHIR リソースを FHIR ストアにインポートするには、projects.locations.datasets.fhirStores.import メソッドを使用します。

  • バケット内のファイルの場所は任意であり、次のサンプルで指定されている形式を厳密に遵守する必要はありません。
  • Cloud Storage 内の FHIR リソースの場所を指定するときは、ワイルドカードを使用して 1 つ以上のディレクトリから複数のファイルをインポートできます。次のワイルドカードがサポートされています。
    • * は、0 個以上の区切り文字でない文字に一致します。たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/Example*.ndjsonDIRECTORY の Example.ndjson と Example22.ndjson に一致します。
    • ** は 0 個以上の文字(区切り文字を含む)と一致します。パスの末尾で使用する必要があり、パスには他のワイルドカードを使用しないでください。ファイル名の拡張子(.ndjson など)でも使用できます。この場合、指定したディレクトリとそのサブディレクトリに、このファイル名拡張子を持つすべてのファイルをインポートできます。 たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/**.ndjson では .ndjson というファイル名拡張子を持つすべてのファイルを DIRECTORYとそのサブディレクトリにインポートします。
    • ? は 1 つの文字に一致します。たとえば、gs://BUCKET/DIRECTORY/Example?.ndjson は Example1.ndjson と一致しますが、Example.ndjson や Example01.ndjson とは一致しません。

curl

FHIR リソースを FHIR ストアにインポートするには、POST リクエストを行い、次の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • Cloud Storage バケット内のオブジェクトの場所。
  • アクセス トークン

次のサンプルは、curl を使用した POST リクエストを使用して単一のファイルをインポートする方法を示しています。

curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
    --data "{
      'contentStructure': 'CONTENT_STRUCTURE',
      'gcsSource': {
        'uri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_FILE'
      }
    }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:import"

リクエストが成功すると、サーバーは JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}

レスポンスにはオペレーション名が含まれています。オペレーションのステータスを追跡するには、オペレーションの get メソッドを使用します。

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"

リクエストが成功すると、サーバーはオペレーションのステータスを含む JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID",
  "metadata": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata",
    "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources",
    "createTime": "CREATE_TIME",
    "endTime": "END_TIME",
    "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/viewer/CLOUD_LOGGING_URL",
    "counter": {
      "success": "SUCCESS_COUNT"
    }
  },
  "done": true,
  "response": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse",
  }
}

PowerShell

FHIR リソースを FHIR ストアにインポートするには、POST リクエストを行い、次の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • Cloud Storage バケット内のオブジェクトの場所。
  • アクセス トークン

次のサンプルは、Windows PowerShell を使用した POST リクエストを示しています。

$cred = gcloud auth application-default print-access-token
$headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
  -Method Post `
  -Headers $headers `
  -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
  -Body "{
    'contentStructure': 'CONTENT_STRUCTURE',
    'gcsSource': {
      'uri': 'gs://BUCKET/DIRECTORY/FHIR_RESOURCE_FILE'
    }
  }" `
  -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:import" | Select-Object -Expand Content

リクエストが成功すると、サーバーは JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}

レスポンスにはオペレーション名が含まれています。オペレーションのステータスを追跡するには、オペレーションの get メソッドを使用します。

$cred = gcloud auth application-default print-access-token
$headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
  -Method Get `
  -Headers $headers `
  -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content

リクエストが成功すると、サーバーはオペレーションのステータスを含む JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID",
  "metadata": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata",
    "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ImportResources",
    "createTime": "CREATE_TIME",
    "endTime": "END_TIME",
    "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/viewer/CLOUD_LOGGING_URL",
    "counter": {
      "success": "SUCCESS_COUNT"
    }
  },
  "done": true,
  "response": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ImportResourcesResponse",
  }
}

Go

import (
	"context"
	"fmt"
	"io"
	"time"

	healthcare "google.golang.org/api/healthcare/v1"
)

// importsFHIRResource imports an FHIR resource.
func importFHIRResource(w io.Writer, projectID, location, datasetID, fhirStoreID, gcsURI string) error {
	ctx := context.Background()

	healthcareService, err := healthcare.NewService(ctx)
	if err != nil {
		return fmt.Errorf("healthcare.NewService: %v", err)
	}

	storesService := healthcareService.Projects.Locations.Datasets.FhirStores

	name := fmt.Sprintf("projects/%s/locations/%s/datasets/%s/fhirStores/%s", projectID, location, datasetID, fhirStoreID)
	req := &healthcare.ImportResourcesRequest{
		ContentStructure: "RESOURCE",
		GcsSource: &healthcare.GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsSource{
			Uri: gcsURI,
		},
	}

	op, err := storesService.Import(name, req).Do()
	if err != nil {
		return fmt.Errorf("Import: %v", err)
	}

	operationsService := healthcareService.Projects.Locations.Datasets.Operations
	ticker := time.NewTicker(1 * time.Second)
	defer ticker.Stop()
	for {
		select {
		case <-ctx.Done():
			return ctx.Err()
		case <-ticker.C:
			newOp, err := operationsService.Get(op.Name).Do()
			if err != nil {
				return fmt.Errorf("operationsService.Get(%q): %v", op.Name, err)
			}
			if newOp.Done {
				if newOp.Error != nil {
					return fmt.Errorf("import operation %q completed with error: %s", op.Name, newOp.Error.Details)
				}
				return nil
			}
		}
	}
}

Java

import com.google.api.client.http.HttpRequestInitializer;
import com.google.api.client.http.javanet.NetHttpTransport;
import com.google.api.client.json.JsonFactory;
import com.google.api.client.json.jackson2.JacksonFactory;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcare;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcare.Projects.Locations.Datasets.FhirStores;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcareScopes;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsSource;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.ImportResourcesRequest;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.Operation;
import com.google.auth.http.HttpCredentialsAdapter;
import com.google.auth.oauth2.GoogleCredentials;
import java.io.IOException;
import java.util.Collections;

public class FhirStoreImport {
  private static final String FHIR_NAME = "projects/%s/locations/%s/datasets/%s/fhirStores/%s";
  private static final JsonFactory JSON_FACTORY = new JacksonFactory();
  private static final NetHttpTransport HTTP_TRANSPORT = new NetHttpTransport();

  public static void fhirStoreImport(String fhirStoreName, String gcsUri) throws IOException {
    // String fhirStoreName =
    //    String.format(
    //        FHIR_NAME, "your-project-id", "your-region-id", "your-dataset-id", "your-fhir-id");
    // String gcsUri = "gs://your-bucket-id/path/to/destination/dir"

    // Initialize the client, which will be used to interact with the service.
    CloudHealthcare client = createClient();

    // Configure where the store should be imported from.
    GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsSource gcsSource =
        new GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsSource().setUri(gcsUri);
    ImportResourcesRequest importRequest = new ImportResourcesRequest().setGcsSource(gcsSource);

    // Create request and configure any parameters.
    FhirStores.CloudHealthcareImport request =
        client
            .projects()
            .locations()
            .datasets()
            .fhirStores()
            .healthcareImport(fhirStoreName, importRequest);

    // Execute the request, wait for the operation to complete, and process the results.
    try {
      Operation operation = request.execute();
      while (operation.getDone() == null || !operation.getDone()) {
        // Update the status of the operation with another request.
        Thread.sleep(500); // Pause for 500ms between requests.
        operation =
            client
                .projects()
                .locations()
                .datasets()
                .operations()
                .get(operation.getName())
                .execute();
      }
      System.out.println("FHIR store import complete: " + operation.getResponse());
    } catch (Exception ex) {
      System.out.printf("Error during request execution: %s", ex.toString());
      ex.printStackTrace(System.out);
    }
  }

  private static CloudHealthcare createClient() throws IOException {
    // Use Application Default Credentials (ADC) to authenticate the requests
    // For more information see https://cloud.google.com/docs/authentication/production
    GoogleCredentials credential =
        GoogleCredentials.getApplicationDefault()
            .createScoped(Collections.singleton(CloudHealthcareScopes.CLOUD_PLATFORM));

    // Create a HttpRequestInitializer, which will provide a baseline configuration to all requests.
    HttpRequestInitializer requestInitializer =
        request -> {
          new HttpCredentialsAdapter(credential).initialize(request);
          request.setConnectTimeout(60000); // 1 minute connect timeout
          request.setReadTimeout(60000); // 1 minute read timeout
        };

    // Build the client for interacting with the service.
    return new CloudHealthcare.Builder(HTTP_TRANSPORT, JSON_FACTORY, requestInitializer)
        .setApplicationName("your-application-name")
        .build();
  }
}

Node.js

const {google} = require('googleapis');
const healthcare = google.healthcare('v1');
const sleep = require('../sleep');

const importFhirResources = async () => {
  const auth = await google.auth.getClient({
    scopes: ['https://www.googleapis.com/auth/cloud-platform'],
  });
  google.options({auth});

  // TODO(developer): uncomment these lines before running the sample
  // const cloudRegion = 'us-central1';
  // const projectId = 'adjective-noun-123';
  // const datasetId = 'my-dataset';
  // const fhirStoreId = 'my-fhir-store';
  // const gcsUri = 'my-bucket/my-directory/*.json'
  const name = `projects/${projectId}/locations/${cloudRegion}/datasets/${datasetId}/fhirStores/${fhirStoreId}`;
  const request = {
    name,
    resource: {
      contentStructure: 'RESOURCE',
      gcsSource: {
        uri: `gs://${gcsUri}`,
      },
    },
  };

  const operation = await healthcare.projects.locations.datasets.fhirStores.import(
    request
  );
  const operationName = operation.data.name;

  const operationRequest = {name: operationName};

  // Wait twenty seconds for the LRO to finish.
  await sleep(20000);

  // Check the LRO's status
  const operationStatus = await healthcare.projects.locations.datasets.operations.get(
    operationRequest
  );

  const success = operationStatus.data.metadata.counter.success;

  if (typeof success !== 'undefined') {
    console.log(
      `Import FHIR resources succeeded. ${success} resources imported.`
    );
  } else {
    console.log(
      'Imported FHIR resources failed. Details available in Cloud Logging at the following URL:\n',
      operationStatus.data.metadata.logsUrl
    );
  }
};

importFhirResources();

Python

def import_fhir_resources(project_id, cloud_region, dataset_id, fhir_store_id, gcs_uri):
    """Import resources into the FHIR store by copying them from the
    specified source.
    """
    client = get_client()
    fhir_store_parent = "projects/{}/locations/{}/datasets/{}".format(
        project_id, cloud_region, dataset_id
    )
    fhir_store_name = "{}/fhirStores/{}".format(fhir_store_parent, fhir_store_id)

    body = {
        "contentStructure": "CONTENT_STRUCTURE_UNSPECIFIED",
        "gcsSource": {"uri": "gs://{}".format(gcs_uri)},
    }

    # Escape "import()" method keyword because "import"
    # is a reserved keyword in Python
    request = (
        client.projects()
        .locations()
        .datasets()
        .fhirStores()
        .import_(name=fhir_store_name, body=body)
    )

    response = request.execute()
    print("Imported FHIR resources: {}".format(gcs_uri))

    return response

FHIR リソースのエクスポート

次のサンプルは、FHIR リソースを Cloud Storage バケットにエクスポートする方法を示しています。FHIR ストアから FHIR リソースをエクスポートすると、ストア内のすべてのリソースがエクスポートされます。

エクスポート中、Cloud Healthcare API はリソースタイプごとに 1 つのオブジェクトを作成します。各オブジェクトは改行区切りの JSON ファイルで構成され、各行は FHIR リソースです。ファイル名にはリソースタイプが含まれます(例: 1264567891234567_Patient.ndjson)。

gcloud

FHIR インスタンスを Cloud Storage バケットにエクスポートするには、gcloud healthcare fhir-stores export gcs コマンドを使用します。以下の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • 宛先の Cloud Storage バケットまたはディレクトリ。Cloud Healthcare API はリソースタイプごとに 1 つのオブジェクトを作成するため、オブジェクトではなく Cloud Storage のバケットまたはディレクトリに書き込みます。各オブジェクトは、改行区切りの JSON で構成され、各行は FHIR リソースです。存在しないディレクトリを指定した場合には、作成されます。

次のサンプルは、gcloud healthcare fhir-stores export gcs コマンドを示しています。

gcloud healthcare fhir-stores export gcs FHIR_STORE_ID \
  --dataset=DATASET_ID \
  --location=LOCATION \
  --gcs-uri=gs://BUCKET/DIRECTORY

コマンドラインに次のオペレーション ID が表示されます。

Waiting for operation [OPERATION_ID] to complete...done.
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID

オペレーションのステータスを表示するには、gcloud healthcare operations describe コマンドを実行して、レスポンスから OPERATION_ID を指定します。

gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \
  --dataset=DATASET_ID

コマンドが完了すると、レスポンスには done が含まれます。

metadata:
'@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata
apiMethodName: google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportFhirData
createTime: "CREATE_TIME"
endTime: "END_TIME"
name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
response:
'@type': type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse
fhirStore: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
resourceCount: 'RESOURCE_COUNT'

API

FHIR リソースをエクスポートするには、projects.locations.datasets.fhirStores.export メソッドを使用します。

  • オブジェクトではなく Cloud Storage バケットまたはディレクトリに書き込みます。これは、Cloud Healthcare API がリソースタイプごとに 1 つの改行区切りの JSON ファイルを作成するためです。各 JSON ファイルの各行は FHIR リソースです。
  • コマンドに存在しないディレクトリが指定されている場合は、そのディレクトリが作成されます。

curl

FHIR リソースをエクスポートするには、POST リクエストを行い、次の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • 宛先の Cloud Storage バケット。
  • アクセス トークン

次のサンプルは、curl を使用した POST リクエストを示しています。

curl -X POST \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \
    -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
    --data "{
      'gcsDestination': {
        'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY'
      }
    }" "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export"

リクエストが成功すると、サーバーは JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}

レスポンスにはオペレーション名が含まれています。オペレーションのステータスを追跡するには、オペレーションの get メソッドを使用します。

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth application-default print-access-token)" \
    "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"

リクエストが成功すると、サーバーはオペレーションのステータスを含む JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID",
  "metadata": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata",
    "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportResources",
    "createTime": "CREATE_TIME",
    "endTime": "END_TIME",
    "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/viewer/CLOUD_LOGGING_URL",
    "counter": {
      "success": "SUCCESS_COUNT"
    }
  },
  "done": true,
  "response": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse",
  }
}

PowerShell

FHIR リソースをエクスポートするには、POST リクエストを行い、次の情報を指定します。

  • 親データセットの名前。
  • FHIR ストアの名前。
  • 宛先の Cloud Storage バケットまたはディレクトリ。Cloud Healthcare API はリソースタイプごとに 1 つのオブジェクトを作成するため、オブジェクトではなく Cloud Storage のバケットまたはディレクトリに書き込みます。各オブジェクトは、改行区切りの JSON で構成され、各行は FHIR リソースです。
  • アクセス トークン

次のサンプルは、Windows PowerShell を使用した POST リクエストを示しています。

$cred = gcloud auth application-default print-access-token
$headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
  -Method Post `
  -Headers $headers `
  -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
  -Body "{
    'gcsDestination': {
      'uriPrefix': 'gs://BUCKET/DIRECTORY'
    }
  }" `
  -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand Content

リクエストが成功すると、サーバーは JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"
}

レスポンスにはオペレーション名が含まれています。オペレーションのステータスを追跡するには、オペレーションの get メソッドを使用します。

$cred = gcloud auth application-default print-access-token
$headers = @{ Authorization = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
  -Method Get `
  -Headers $headers `
  -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand Content

リクエストが成功すると、サーバーはオペレーションのステータスを含む JSON 形式のレスポンスを返します。

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID",
  "metadata": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata",
    "apiMethodName": "google.cloud.healthcare.v1.fhir.FhirService.ExportResources",
    "createTime": "CREATE_TIME",
    "endTime": "END_TIME",
    "logsUrl": "https://console.cloud.google.com/logs/viewer/CLOUD_LOGGING_URL",
    "counter": {
      "success": "SUCCESS_COUNT"
    }
  },
  "done": true,
  "response": {
    "@type": "type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.fhir.rest.ExportResourcesResponse",
  }
}

Go

import (
	"context"
	"fmt"
	"io"
	"time"

	healthcare "google.golang.org/api/healthcare/v1"
)

// exportFHIRResource exports the resources in the FHIR store.
func exportFHIRResource(w io.Writer, projectID, location, datasetID, fhirStoreID, gcsURIPrefix string) error {
	ctx := context.Background()

	healthcareService, err := healthcare.NewService(ctx)
	if err != nil {
		return fmt.Errorf("healthcare.NewService: %v", err)
	}

	storesService := healthcareService.Projects.Locations.Datasets.FhirStores

	name := fmt.Sprintf("projects/%s/locations/%s/datasets/%s/fhirStores/%s", projectID, location, datasetID, fhirStoreID)
	req := &healthcare.ExportResourcesRequest{
		GcsDestination: &healthcare.GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsDestination{
			UriPrefix: gcsURIPrefix,
		},
	}

	op, err := storesService.Export(name, req).Do()
	if err != nil {
		return fmt.Errorf("Export: %v", err)
	}

	operationsService := healthcareService.Projects.Locations.Datasets.Operations
	ticker := time.NewTicker(1 * time.Second)
	defer ticker.Stop()
	for {
		select {
		case <-ctx.Done():
			return ctx.Err()
		case <-ticker.C:
			newOp, err := operationsService.Get(op.Name).Do()
			if err != nil {
				return fmt.Errorf("operationsService.Get(%q): %v", op.Name, err)
			}
			if newOp.Done {
				if newOp.Error != nil {
					return fmt.Errorf("export operation %q completed with error: %v", op.Name, newOp.Error)
				}
				return nil
			}
		}
	}
}

Java

import com.google.api.client.http.HttpRequestInitializer;
import com.google.api.client.http.javanet.NetHttpTransport;
import com.google.api.client.json.JsonFactory;
import com.google.api.client.json.jackson2.JacksonFactory;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcare;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcare.Projects.Locations.Datasets.FhirStores;
import com.google.api.services.healthcare.v1.CloudHealthcareScopes;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.ExportResourcesRequest;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsDestination;
import com.google.api.services.healthcare.v1.model.Operation;
import com.google.auth.http.HttpCredentialsAdapter;
import com.google.auth.oauth2.GoogleCredentials;
import java.io.IOException;
import java.util.Collections;

public class FhirStoreExport {
  private static final String FHIR_NAME = "projects/%s/locations/%s/datasets/%s/fhirStores/%s";
  private static final JsonFactory JSON_FACTORY = new JacksonFactory();
  private static final NetHttpTransport HTTP_TRANSPORT = new NetHttpTransport();

  public static void fhirStoreExport(String fhirStoreName, String gcsUri) throws IOException {
    // String fhirStoreName =
    //    String.format(
    //        FHIR_NAME, "your-project-id", "your-region-id", "your-dataset-id", "your-fhir-id");
    // String gcsUri = "gs://your-bucket-id/path/to/destination/dir"

    // Initialize the client, which will be used to interact with the service.
    CloudHealthcare client = createClient();

    // Configure where the store will be exported too.
    GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsDestination gcsDestination =
        new GoogleCloudHealthcareV1FhirGcsDestination().setUriPrefix(gcsUri);
    ExportResourcesRequest exportRequest =
        new ExportResourcesRequest().setGcsDestination(gcsDestination);

    // Create request and configure any parameters.
    FhirStores.Export request =
        client.projects().locations().datasets().fhirStores().export(fhirStoreName, exportRequest);

    // Execute the request, wait for the operation to complete, and process the results.
    try {
      Operation operation = request.execute();
      while (operation.getDone() == null || !operation.getDone()) {
        // Update the status of the operation with another request.
        Thread.sleep(500); // Pause for 500ms between requests.
        operation =
            client
                .projects()
                .locations()
                .datasets()
                .operations()
                .get(operation.getName())
                .execute();
      }
      System.out.println("Fhir store export complete." + operation.getResponse());
    } catch (Exception ex) {
      System.out.printf("Error during request execution: %s", ex.toString());
      ex.printStackTrace(System.out);
    }
  }

  private static CloudHealthcare createClient() throws IOException {
    // Use Application Default Credentials (ADC) to authenticate the requests
    // For more information see https://cloud.google.com/docs/authentication/production
    GoogleCredentials credential =
        GoogleCredentials.getApplicationDefault()
            .createScoped(Collections.singleton(CloudHealthcareScopes.CLOUD_PLATFORM));

    // Create a HttpRequestInitializer, which will provide a baseline configuration to all requests.
    HttpRequestInitializer requestInitializer =
        request -> {
          new HttpCredentialsAdapter(credential).initialize(request);
          request.setConnectTimeout(60000); // 1 minute connect timeout
          request.setReadTimeout(60000); // 1 minute read timeout
        };

    // Build the client for interacting with the service.
    return new CloudHealthcare.Builder(HTTP_TRANSPORT, JSON_FACTORY, requestInitializer)
        .setApplicationName("your-application-name")
        .build();
  }
}

Node.js

const {google} = require('googleapis');
const healthcare = google.healthcare('v1');
const sleep = require('../sleep');

const exportFhirResourcesGcs = async () => {
  const auth = await google.auth.getClient({
    scopes: ['https://www.googleapis.com/auth/cloud-platform'],
  });
  google.options({auth});

  // TODO(developer): uncomment these lines before running the sample
  // const cloudRegion = 'us-central1';
  // const projectId = 'adjective-noun-123';
  // const datasetId = 'my-dataset';
  // const fhirStoreId = 'my-fhir-store';
  // const gcsUri = 'my-bucket/my-directory'
  const name = `projects/${projectId}/locations/${cloudRegion}/datasets/${datasetId}/fhirStores/${fhirStoreId}`;
  const request = {
    name,
    resource: {
      gcsDestination: {
        // The destination location in Cloud Storage for the FHIR resources
        uriPrefix: `gs://${gcsUri}`,
      },
    },
  };

  const operation = await healthcare.projects.locations.datasets.fhirStores.export(
    request
  );
  const operationName = operation.data.name;

  // Wait ten seconds for the LRO to finish
  await sleep(10000);

  // Check the LRO's status
  const operationStatus = await healthcare.projects.locations.datasets.operations.get(
    {name: operationName}
  );

  if (typeof operationStatus.data.metadata.counter !== 'undefined') {
    console.log('Exported FHIR resources successfully');
  } else {
    console.log('Export failed');
  }
};

exportFhirResourcesGcs();

Python

def export_fhir_store_gcs(project_id, cloud_region, dataset_id, fhir_store_id, gcs_uri):
    """Export resources to a Google Cloud Storage bucket by copying
    them from the FHIR store."""
    client = get_client()
    fhir_store_parent = "projects/{}/locations/{}/datasets/{}".format(
        project_id, cloud_region, dataset_id
    )
    fhir_store_name = "{}/fhirStores/{}".format(fhir_store_parent, fhir_store_id)

    body = {"gcsDestination": {"uriPrefix": "gs://{}/fhir_export".format(gcs_uri)}}

    request = (
        client.projects()
        .locations()
        .datasets()
        .fhirStores()
        .export(name=fhir_store_name, body=body)
    )

    response = request.execute()
    print("Exported FHIR resources to bucket: gs://{}".format(gcs_uri))

    return response

FHIR のインポートおよびエクスポートに関するリクエストのトラブルシューティング

FHIR のインポートまたはエクスポート リクエスト中にエラーが発生した場合、エラーは Cloud Logging に記録されます。詳細については、Cloud Logging でのエラーログの表示をご覧ください。