In questa pagina viene spiegato come esportare i metadati DICOM in BigQuery ai fini dell'approfondimento e dell'analisi. Per informazioni sullo schema BigQuery creato durante l'esportazione dei metadati DICOM, consulta Informazioni sullo schema DICOM di BigQuery.
Impostazione delle autorizzazioni BigQuery
Prima di esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery, devi concedere autorizzazioni aggiuntive all'account di servizio dell'agente di servizio Cloud Healthcare. Per ulteriori informazioni, consulta Autorizzazioni BigQuery per gli archivi DICOM.
Impostazione della destinazione BigQuery
Quando imposti la destinazione BigQuery, utilizza l'URI completo, in questo modo:bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_IDIl comportamento dell'operazione di esportazione può variare in base a:
- Se la tabella di destinazione esiste già
- Se hai impostato il campo
force
(mediante l'API) o il flag--overwrite-table
(mediante Google Cloud CLI) - Indica se è stato impostato un valore per l'enumerazione
writeDisposition
. Se utilizzi l'enumerazionewriteDisposition
, non impostare il campoforce
.
- Se la tabella di destinazione esiste già e
force
è impostato sutrue
o se è specificato il flag--overwrite-table
, l'operazione di esportazione sovrascrive la tabella esistente. - Se la tabella di destinazione esiste già e
force
è impostato sufalse
o il flag--overwrite-table
non è specificato, si verifica un errore. - Se la tabella di destinazione non esiste già, ne viene creata una nuova, indipendentemente dal fatto che tu abbia specificato il campo
force
o il flag--overwrite-table
. - Il comportamento di
writeDisposition
è descritto nella relativa documentazione. L'enumerazionewriteDisposition
ha un comportamento simile a quello delle opzioni quando si utilizzaforce
, con la seguente eccezione: se la tabella di destinazione esiste già ed è vuota, l'operazione di esportazione viene completata anziché restituire un errore.
Esportazione dei metadati DICOM
Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery. In questi esempi, l'archivio DICOM e la tabella BigQuery si trovano nello stesso progetto. Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery in un altro progetto, consulta l'argomento Esportazione dei metadati DICOM in un progetto diverso.
Console
Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery, segui questi passaggi:
Nella console Google Cloud, vai alla pagina Set di dati.
Fai clic sul set di dati che contiene l'archivio DICOM con i metadati che stai esportando.
Nella stessa riga dell'archivio DICOM, apri l'elenco Azioni e seleziona Esporta.
Nella pagina Esporta archivio DICOM visualizzata, seleziona Tabella BigQuery.
Nel campo Progetto, fai clic su Sfoglia e seleziona il progetto.
Nell'elenco Set di dati, seleziona il set di dati BigQuery in cui esporta i metadati DICOM.
Nel campo Tabella, inserisci un nuovo nome per la tabella. BigQuery controlla ogni selezione per garantire che la tabella di destinazione sia valida.
Nella sezione Disposizione di scrittura della tabella di destinazione, seleziona una delle seguenti opzioni. Queste opzioni corrispondono all'enumerazione
WriteDisposition
.- Esporta i dati solo se la tabella di destinazione è vuota: equivale a
WRITE_EMPTY
- Aggiungi dati alla tabella di destinazione: equivale a
WRITE_APPEND
- Cancella tutti i dati esistenti nella tabella di destinazione prima di scrivere le istanze: equivale a
WRITE_TRUNCATE
.
- Esporta i dati solo se la tabella di destinazione è vuota: equivale a
Fai clic su Esporta per esportare i metadati DICOM nella tabella BigQuery.
- Per monitorare lo stato dell'operazione, fai clic sulla scheda Operazioni. Al termine dell'operazione, vengono visualizzate le seguenti indicazioni:
- La sezione Stato operazione a lunga esecuzione ha un segno di spunta verde sotto l'intestazione OK.
- La sezione Panoramica contiene un segno di spunta verde e un indicatore OK nella stessa riga dell'ID operazione.
gcloud
Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery, esegui il comando gcloud healthcare dicom-stores export bq
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando i metadati DICOM
- BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:write-empty
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.write-truncate
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.write-append
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID \ --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID \ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID ` --location=LOCATION ` --dataset=DATASET_ID ` --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID ` --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID ^ --location=LOCATION ^ --dataset=DATASET_ID ^ --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID ^ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
name
al termine dell'esportazione. Prendi nota del valore diOPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Risposta
Request issued for: [DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...⠏ name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare ulteriori dettagli sull'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci il valore OPERATION_ID dalla risposta:Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=DATASET_ID ` --location=LOCATION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=DATASET_ID ^ --location=LOCATION
Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:
Risposta
done: true // If there were any errors, an `error` field displays instead of a `response` field. // See Troubleshooting long-running operations for a list of response codes. error: ERROR code: ERROR_CODE message: DESCRIPTION metadata: '@type': 'type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata' apiMethodName: 'google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData_bq' counter: success: 'SUCCESS_COUNT' // If there were any failures, they display in the `failure` field. failure: 'FAILURE_COUNT' createTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' endTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' logsUrl: https://console.cloud.google.com/CLOUD_LOGGING_URL name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID // The `response` field only displays if there were no errors. response: '@type': 'type.googleapis.com/google.protobuf.Empty'
REST
Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando i metadati DICOM
- BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:WRITE_EMPTY
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.WRITE_TRUNCATE
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.WRITE_APPEND
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Corpo JSON della richiesta:
{ "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } EOF
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
OPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Utilizza il metodo
projects.locations.datasets.operations.get
per ottenere lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Compila tutti i campi obbligatori e fai clic su Esegui.
"done": true
, l'operazione a lunga esecuzione è terminata.
esportazione di metadati DICOM in un progetto diverso
Per esportare i metadati DICOM da un archivio DICOM di un progetto a un set di dati BigQuery in un altro progetto, consulta prima Esportazione dei metadati DICOM in autorizzazioni di progetto diverse per informazioni su come impostare le autorizzazioni IAM nel progetto di destinazione.
gcloud
Per esportare i metadati DICOM da un archivio DICOM in un progetto a una tabella BigQuery in un altro progetto, utilizza il comando gcloud healthcare dicom-stores export bq
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- SOURCE_PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud di origine
- SOURCE_LOCATION: la posizione del set di dati di origine
- SOURCE_DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM di origine
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM di origine
- DESTINATION_PROJECT_ID: l'ID del diverso progetto
- DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente nel progetto di destinazione in cui esporta i metadati DICOM
- DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:write-empty
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.write-truncate
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.write-append
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare dicom-stores export bq SOURCE_DICOM_STORE_ID \ --project=SOURCE_PROJECT_ID \ --location=SOURCE_LOCATION \ --dataset=SOURCE_DATASET_ID \ --bq-table=bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID \ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare dicom-stores export bq SOURCE_DICOM_STORE_ID ` --project=SOURCE_PROJECT_ID ` --location=SOURCE_LOCATION ` --dataset=SOURCE_DATASET_ID ` --bq-table=bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID ` --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare dicom-stores export bq SOURCE_DICOM_STORE_ID ^ --project=SOURCE_PROJECT_ID ^ --location=SOURCE_LOCATION ^ --dataset=SOURCE_DATASET_ID ^ --bq-table=bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID ^ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
name
al termine dell'esportazione. Prendi nota del valore diOPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Risposta
Request issued for: [SOURCE_DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...⠏ name: projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare ulteriori dettagli sull'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci il valore OPERATION_ID dalla risposta:Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- SOURCE_PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud di origine
- SOURCE_LOCATION: la posizione del set di dati di origine
- SOURCE_DATASET_ID: l'ID del set di dati di origine
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --project=SOURCE_PROJECT_ID \ --dataset=SOURCE_DATASET_ID \ --location=SOURCE_LOCATION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ` --project=SOURCE_PROJECT_ID ` --dataset=SOURCE_DATASET_ID ` --location=SOURCE_LOCATION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ^ --project=SOURCE_PROJECT_ID ^ --dataset=SOURCE_DATASET_ID ^ --location=SOURCE_LOCATION
Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:
Risposta
done: true // If there were any errors, an `error` field displays instead of a `response` field. // See Troubleshooting long-running operations for a list of response codes. error: ERROR code: ERROR_CODE message: DESCRIPTION metadata: '@type': 'type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata' apiMethodName: 'google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData_bq' counter: success: 'SUCCESS_COUNT' // If there were any failures, they display in the `failure` field. failure: 'FAILURE_COUNT' createTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' endTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' logsUrl: https://console.cloud.google.com/CLOUD_LOGGING_URL name: projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID // The `response` field only displays if there were no errors. response: '@type': 'type.googleapis.com/google.protobuf.Empty'
REST
Per esportare i metadati DICOM da un archivio DICOM in un progetto a una tabella BigQuery in un altro progetto, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- SOURCE_PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud di origine
- SOURCE_LOCATION: la posizione del set di dati di origine
- SOURCE_DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM di origine
- SOURCE_DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM di origine
- DESTINATION_PROJECT_ID: l'ID del diverso progetto
- DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente nel progetto di destinazione in cui esporta i metadati DICOM
- DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:WRITE_EMPTY
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.WRITE_TRUNCATE
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.WRITE_APPEND
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Corpo JSON della richiesta:
{ "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } EOF
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:export"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://DESTINATION_PROJECT_ID.DESTINATION_BIGQUERY_DATASET_ID.DESTINATION_BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/dicomStores/SOURCE_DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
OPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Utilizza il metodo
projects.locations.datasets.operations.get
per ottenere lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- SOURCE_PROJECT_ID: l'ID del progetto Google Cloud di origine
- SOURCE_LOCATION: la posizione del set di dati di origine
- SOURCE_DATASET_ID: l'ID del set di dati di origine
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Compila tutti i campi obbligatori e fai clic su Esegui.
"done": true
, l'operazione a lunga esecuzione è terminata.
esportazione dei metadati DICOM utilizzando i filtri
Per impostazione predefinita, quando esporti i file DICOM in Cloud Storage, vengono esportati tutti i file DICOM nell'archivio DICOM specificato. Allo stesso modo, quando esporti i metadati DICOM in BigQuery, vengono esportati anche i metadati di tutti i dati DICOM nell'archivio DICOM specificato.
Puoi esportare un sottoinsieme di dati o metadati DICOM utilizzando un filtro. Il filtro viene definito in un file di filtro.
Configurazione dei file di filtro
Un file di filtro definisce quali file DICOM da esportare in Cloud Storage o BigQuery. Puoi configurare i file di filtro ai seguenti livelli:
- A livello di studio
- A livello di serie
- A livello di istanza
Il file di filtro è composto da più righe e ogni riga definisce lo studio, la serie o l'istanza da esportare. Ogni riga utilizza il formato /studies/STUDY_UID[/series/SERIES_UID[/instances/INSTANCE_UID]]
.
Se uno studio, una serie o un'istanza non sono specificati nel file del filtro quando passi il file del filtro, lo studio, la serie o l'istanza non verranno esportati.
È necessaria solo la parte /studies/STUDY_UID
del percorso. Puoi esportare un intero studio specificando /studies/STUDY_UID
oppure esportare un'intera serie specificando /studies/STUDY_UID/series/SERIES_UID
.
Considera il seguente file di filtro. Il file di filtro comporterà l'esportazione di uno studio, due serie e tre singole istanze:
/studies/1.123.456.789 /studies/1.666.333.111/series/123.456 /studies/1.666.333.111/series/567.890 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/111 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/222 /studies/1.888.999.222/series/123.456/instances/333
Creazione di un file di filtro mediante BigQuery
In genere, devi creare un file di filtro esportando prima i metadati da un archivio DICOM a BigQuery. Ciò consente di utilizzare BigQuery per visualizzare lo studio, la serie e gli UID di istanza dei dati DICOM nel tuo archivio DICOM. Completa i seguenti passaggi:
-
Query sugli UID di studio, serie e istanze che ti interessano.
Ad esempio, dopo aver esportato i metadati DICOM in BigQuery, potresti eseguire la seguente query per concatenare gli UID dello studio, della serie e dell'istanza in un formato compatibile con i requisiti del file di filtro:
SELECT CONCAT ('/studies/', StudyInstanceUID, '/series/', SeriesInstanceUID, '/instances/', SOPInstanceUID) FROM [PROJECT_ID:BIGQUERY_DATASET.BIGQUERY_TABLE]
- Se la query restituisce un set di risultati di grandi dimensioni, puoi materializzare una nuova tabella salvando i risultati della query in una tabella di destinazione in BigQuery.
- Se hai salvato i risultati della query in una tabella di destinazione, puoi salvare i contenuti della tabella di destinazione in un file ed esportarli in Cloud Storage. Per la procedura da seguire, consulta Esportazione dei dati delle tabelle. Il file esportato è il file di filtro. Devi utilizzare la posizione del file del filtro in Cloud Storage quando specifichi il filtro nell'operazione di esportazione.
Creazione manuale di un file di filtro
Puoi creare un file filtro con contenuti personalizzati e caricarlo in un bucket Cloud Storage. Puoi utilizzare la posizione del file del filtro in Cloud Storage quando specifichi il filtro nell'operazione di esportazione. Il seguente esempio mostra come caricare un file di filtro in un bucket Cloud Storage utilizzando il comandogsutil cp
:
gsutil cp FILTER_FILE gs://BUCKET
Passaggio nel file di filtro
Dopo aver creato un file di filtro, puoi chiamare l'operazione di esportazione DICOM e passare il file del filtro utilizzando l'API REST. Gli esempi riportati di seguito mostrano come esportare i metadati DICOM utilizzando un filtro.
gcloud
Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery utilizzando un filtro, esegui il comando gcloud beta healthcare dicom-stores export bq
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando i metadati DICOM
- BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- BUCKET: il nome del bucket Cloud Storage che contiene il file dei filtri. Se il file del filtro si trova in una directory, includila nel percorso.
- FILTER_FILE: la posizione e il nome del file del filtro in un bucket Cloud Storage
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:write-empty
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.write-truncate
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.write-append
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud beta healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID \ --location=LOCATION \ --dataset=DATASET_ID \ --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID \ --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/FILTER_FILE \ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (PowerShell)
gcloud beta healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID ` --location=LOCATION ` --dataset=DATASET_ID ` --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID ` --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/FILTER_FILE ` --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
Windows (cmd.exe)
gcloud beta healthcare dicom-stores export bq DICOM_STORE_ID ^ --location=LOCATION ^ --dataset=DATASET_ID ^ --bq-table=bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID ^ --filter-config-gcs-uri=gs://BUCKET/FILTER_FILE ^ --write-disposition=WRITE_DISPOSITION
name
al termine dell'esportazione. Prendi nota del valore diOPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Risposta
Request issued for: [DICOM_STORE_ID] Waiting for operation [projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID] to complete...⠏ name: projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID
Per visualizzare ulteriori dettagli sull'operazione, esegui il comando
gcloud healthcare operations describe
e fornisci il valore OPERATION_ID dalla risposta:Prima di utilizzare uno qualsiasi dei dati di comando riportati di seguito, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Esegui questo comando:
Linux, macOS o Cloud Shell
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID \ --project=PROJECT_ID \ --dataset=DATASET_ID \ --location=LOCATION
Windows (PowerShell)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ` --project=PROJECT_ID ` --dataset=DATASET_ID ` --location=LOCATION
Windows (cmd.exe)
gcloud healthcare operations describe OPERATION_ID ^ --project=PROJECT_ID ^ --dataset=DATASET_ID ^ --location=LOCATION
Dovresti ricevere una risposta simile alla seguente:
Risposta
done: true // If there were any errors, an `error` field displays instead of a `response` field. // See Troubleshooting long-running operations for a list of response codes. error: ERROR code: ERROR_CODE message: DESCRIPTION metadata: '@type': 'type.googleapis.com/google.cloud.healthcare.v1.OperationMetadata' apiMethodName: 'google.cloud.healthcare.v1.dicom.DicomService.ExportDicomData_bq' counter: success: 'SUCCESS_COUNT' // If there were any failures, they display in the `failure` field. failure: 'FAILURE_COUNT' createTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' endTime: 'YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ' logsUrl: https://console.cloud.google.com/CLOUD_LOGGING_URL name: projects/SOURCE_PROJECT_ID/locations/SOURCE_LOCATION/datasets/SOURCE_DATASET_ID/operations/OPERATION_ID // The `response` field only displays if there were no errors. response: '@type': 'type.googleapis.com/google.protobuf.Empty'
REST
Per esportare i metadati DICOM in una tabella BigQuery utilizzando un filtro, utilizza il metodo projects.locations.datasets.dicomStores.export
.
Esporta i metadati DICOM.
Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- LOCATION: la posizione del set di dati
- DATASET_ID: il set di dati padre dell'archivio DICOM
- DICOM_STORE_ID: l'ID archivio DICOM
- BIGQUERY_DATASET_ID: il nome di un set di dati BigQuery esistente in cui stai esportando i metadati DICOM
- BIGQUERY_TABLE_ID: il nome di una tabella nuova o esistente nel set di dati BigQuery. Se l'operazione di esportazione crea una nuova tabella, consulta Denominazione della tabella per i requisiti relativi ai nomi delle tabelle.
- BUCKET: il nome del bucket Cloud Storage che contiene il file dei filtri. Se il file del filtro si trova in una directory, includila nel percorso.
- FILTER_FILE: la posizione e il nome del file del filtro in un bucket Cloud Storage
- WRITE_DISPOSITION: un valore per l'enumerazione
WriteDisposition
. Utilizza uno dei seguenti valori:WRITE_EMPTY
: esporta i dati solo se la tabella BigQuery è vuota.WRITE_TRUNCATE
: cancella tutti i dati esistenti nella tabella BigQuery prima di scrivere le istanze DICOM.WRITE_APPEND
: aggiungi dati alla tabella BigQuery.
Corpo JSON della richiesta:
{ "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "filterConfig": { "resourcePathsGcsUri": "gs://BUCKET/FILTER_FILE" } }
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:cat > request.json << 'EOF' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "filterConfig": { "resourcePathsGcsUri": "gs://BUCKET/FILTER_FILE" } } EOF
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export"PowerShell
Salva il corpo della richiesta in un file denominato
request.json
. Esegui questo comando nel terminale per creare o sovrascrivere questo file nella directory attuale:@' { "bigqueryDestination": { "tableUri": "bq://PROJECT_ID.BIGQUERY_DATASET_ID.BIGQUERY_TABLE_ID", "writeDisposition": "WRITE_DISPOSITION" }, "filterConfig": { "resourcePathsGcsUri": "gs://BUCKET/FILTER_FILE" } } '@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Quindi esegui questo comando per inviare la richiesta REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/dicomStores/DICOM_STORE_ID:export" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Copia il corpo della richiesta e apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Incolla il corpo della richiesta in questo strumento, compila gli altri campi obbligatori e fai clic su Esegui.
OPERATION_ID
. Questo valore ti servirà nel passaggio successivo.Utilizza il metodo
projects.locations.datasets.operations.get
per ottenere lo stato dell'operazione a lunga esecuzione.Prima di utilizzare i dati della richiesta, effettua le seguenti sostituzioni:
- PROJECT_ID: l'ID del tuo progetto Google Cloud
- DATASET_ID: l'ID del set di dati
- LOCATION: la posizione del set di dati
- OPERATION_ID: l'ID restituito dall'operazione a lunga esecuzione
Per inviare la richiesta, scegli una delle seguenti opzioni:
arricciatura
Esegui questo comando:
curl -X GET \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID"PowerShell
Esegui questo comando:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method GET `
-Headers $headers `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/operations/OPERATION_ID" | Select-Object -Expand ContentExplorer API
Apri la pagina di riferimento del metodo. Il riquadro Explorer API si apre sul lato destro della pagina. Puoi interagire con questo strumento per inviare richieste. Compila tutti i campi obbligatori e fai clic su Esegui.
"done": true
, l'operazione a lunga esecuzione è terminata.
Esecuzione di query e analisi dei dati DICOM in BigQuery
Dopo aver esportato i metadati DICOM in una tabella BigQuery, puoi eseguire query di esempio per ottenere ulteriori dettagli sui metadati. Gli esempi riportati di seguito mostrano come eseguire query per alcuni casi d'uso comuni.
Ricerca nei metadati
Supponiamo che tu voglia cercare in una grande quantità di metadati difficilmente cercabili in altri sistemi, come ad esempio un sistema di archiviazione e comunicazione delle immagini (PACS) o un Vendor Neutral Archive (VNA). La query seguente mostra come eseguire una query sul valore PatientID
di un paziente e utilizzare il percorso DICOMweb per recuperare istanze di immagine specifiche. Nell'esempio viene utilizzata la tabella chc-nih-chest-xray.nih_chest_xray.nih_chest_xray del set di dati a raggi X Chest del NIH.
#standardSQL
SELECT CONCAT('/dicomWeb/studies/', StudyInstanceUID, '/series/', SeriesInstanceUID, '/instances/', SOPInstanceUID) as DICOMwebPath
FROM `chc-nih-chest-xray.nih_chest_xray.nih_chest_xray`
WHERE PatientID = '19045';
La query restituisce gli studi associati al paziente. La seguente risposta utilizza la formattazione JSON:
[
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.169629990647803559688464142879817265366193/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.141990184899344268273968625887396932057061/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.162448513493627342869165322873398445570578"
},
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.114160532832901355654444239008681456919023/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.178361108150351071908200174504411112440700/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.145959606905209488520697484018030440952428"
},
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.177801331756958922168115732894519725643007/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.134128639331055702643451404466208677561042/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.148534317486838863760908141408862094292875"
},
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.119570482687494886334491471870663517807852/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.148050768676645373034111775531663876425927/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111153708388576066195389700503245704293300"
},
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.144704399171290022427247626928443085419319/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.190285793344339390593165731988543561416633/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.110245902713751842026864359179754889505217"
},
{
"DICOMwebPath": "/dicomWeb/studies/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.172276126220388966649736649950361623806435/series/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.171512371498506519035489729484464872160452/instances/1.3.6.1.4.1.11129.5.5.111721417729733087384317002785068394901165"
}
]
Esecuzione di query per gli studi più recenti
Supponiamo che tu voglia completare un elenco di lavoro per la lettura del PACS con gli ultimi studi del tuo set di dati.
La seguente query mostra come recuperare e visualizzare gli studi più recenti insieme al numero di istanze e ai metadati circostanti. Nell'esempio viene utilizzata la tabella bigquery-public-data.idc_v5.dicom_metadata del set di datiTCIA.
#standardSQL
SELECT
MIN(CONCAT(StudyDate, ' ', StudyTime)) as StudyDateTime, MIN(PatientID) as PatientID, StudyInstanceUID, COUNT(*) as InstanceCount
FROM
`bigquery-public-data.idc_v5.dicom_metadata` AS dicom
GROUP BY StudyInstanceUID
ORDER BY StudyDateTime DESC
LIMIT 10;
La query restituisce le seguenti informazioni:
- Gli ultimi 10 studi che sono entrati nel sistema e quando l'utente è entrato nel sistema.
- Il paziente associato a ogni studio
- L'UID dello studio
- Il numero di istanze associate allo studio
La seguente risposta utilizza la formattazione JSON:
[
{
"StudyDateTime": "2021-07-11 00:38:22",
"PatientID": "C3L-01924",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2466232160.763753303.1625963902816.3.0",
"InstanceCount": "4"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 23:52:10",
"PatientID": "C3L-01924",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2463459463.1074873794.1625961130119.3.0",
"InstanceCount": "4"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 23:31:13",
"PatientID": "C3L-02513",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2462202516.1453336368.1625959873172.3.0",
"InstanceCount": "7"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 23:25:17",
"PatientID": "C3L-01924",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2461846936.496969835.1625959517592.3.0",
"InstanceCount": "4"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 22:35:16",
"PatientID": "C3L-02515",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2458845347.1905567435.1625956516003.3.0",
"InstanceCount": "6"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 21:49:46",
"PatientID": "C3L-02515",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2456116127.1264613559.1625953786783.3.0",
"InstanceCount": "7"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 21:46:04",
"PatientID": "C3L-02513",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2455894080.1705479047.1625953564736.3.0",
"InstanceCount": "6"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 21:13:30",
"PatientID": "C3L-01924",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2453939652.2052768474.1625951610308.3.0",
"InstanceCount": "4"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 21:10:17",
"PatientID": "C3L-02515",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2453746219.164669562.1625951416875.3.0",
"InstanceCount": "6"
}, {
"StudyDateTime": "2021-07-10 20:05:48",
"PatientID": "C3L-02513",
"StudyInstanceUID": "1.3.6.1.4.1.5962.99.1.2449877792.1996682667.1625947548448.3.0",
"InstanceCount": "6"
}
]
Limitazioni e comportamento aggiuntivo
Se il tag DICOM non ha un tipo supportato in BigQuery (elencato in VR esclusi), viene elencato in una colonna separata (chiamata DroppedTags.TagName
) nella tabella BigQuery di destinazione.
Risoluzione dei problemi relativi alle richieste di esportazione DICOM
Se si verificano errori durante una richiesta di esportazione DICOM in BigQuery, vengono registrati in Cloud Logging. Per saperne di più, consulta Visualizzazione dei log degli errori in Cloud Logging.